seq1 = pF1KSDA1257.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KSDA1257/gi568815595r_128871228.tfa (gi568815595r:128871228_129093304), 222077 bp

>pF1KSDA1257 1227
>gi568815595r:128871228_129093304 (Chr3)

(complement)

1-262  (100001-100262)   100% ->
263-453  (104387-104577)   100% ->
454-667  (105476-105689)   100% ->
668-808  (115120-115260)   100% ->
809-896  (116239-116326)   100% ->
897-1021  (117402-117526)   100% ->
1022-1227  (121872-122077)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTACATGCCTGGGAGTGGGAAGAGGACCCCGCAAGCATAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCTACATGCCTGGGAGTGGGAAGAGGACCCCGCAAGCATAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTCCTCCATCACTAGCTTTTACCAGTCCACGAGCGAGTGTGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTCCTCCATCACTAGCTTTTACCAGTCCACGAGCGAGTGTGACGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAACACCTGAAGGCCAAGGCCAGGGCCCAGGAGTCTGACTCTGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAACACCTGAAGGCCAAGGCCAGGGCCCAGGAGTCTGACTCTGACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGTGCAGCAGCATCGAGTCCTCATCTGAGCCTGCCAGCACTTTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGTGCAGCAGCATCGAGTCCTCATCTGAGCCTGCCAGCACTTTCAGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACGTGCCCCACGTGGTCCCCTGCAAATTCACCATCTCACTGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGACGTGCCCCACGTGGTCCCCTGCAAATTCACCATCTCACTGGCCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTGAATATGG         GTCAGAAGGGAAAATATGCAAGTTTGATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTGAATATGGGTA...AAGGTCAGAAGGGAAAATATGCAAGTTTGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAAATATAAGAAACACCCTAAAACAGACAGTTCTGTTACAAAGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104416 GAAAAATATAAGAAACACCCTAAAACAGACAGTTCTGTTACAAAGATGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCGTTTTTACCACATTGAGTATTTCCTTCTGCCGGACGATGAAGAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 TCGTTTTTACCACATTGAGTATTTCCTTCTGCCGGACGATGAAGAACCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAAAGTTGACATATTGCTATTTCCAATGGTGGCCAAAGTATTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 AAAAAGTTGACATATTGCTATTTCCAATGGTGGCCAAAGTATTCCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCAGGAGTAAAG         ACTGTGAAGCCGTGGCACGAAGGTGACAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104566 TCAGGAGTAAAGGTG...CAGACTGTGAAGCCGTGGCACGAAGGTGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCCTGGGTGTCGTGGGAGCAGACTTTTAATATCACTGTGACAAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105505 AGCCTGGGTGTCGTGGGAGCAGACTTTTAATATCACTGTGACAAAGGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TATTAAAGAAAATAAATTTCCACAAAATCACCTTGAGGCTCTGGAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105555 TATTAAAGAAAATAAATTTCCACAAAATCACCTTGAGGCTCTGGAACACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAGACAAGATGTCAAGAAAAGTCAGATATTACCGATTAAAGACTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105605 AAAGACAAGATGTCAAGAAAAGTCAGATATTACCGATTAAAGACTGCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTCACAGACGACGTGGGAGCTTTTCATAAGTCAG         AAGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105655 CTTCACAGACGACGTGGGAGCTTTTCATAAGTCAGGTG...TAGAAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GACATTTGGTTTTAAATCAGAGAAAATTATCTGAACAGGGCATTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115126 GACATTTGGTTTTAAATCAGAGAAAATTATCTGAACAGGGCATTGAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACCAACATTGTCAGAGAAGAGTCGAACCAGGAACATCCGCCAGGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115176 ACCAACATTGTCAGAGAAGAGTCGAACCAGGAACATCCGCCAGGAAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGAAAAAACAGAAAAACACCCAAAGTCTTTGCAAG         GTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115226 AGAAAAAACAGAAAAACACCCAAAGTCTTTGCAAGGTG...CAGGTTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACCAAGCAGAGCCCGAAACTTCTTCCAAGAACAGTGAGGAATATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116245 ACCAAGCAGAGCCCGAAACTTCTTCCAAGAACAGTGAGGAATATGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCCCTCAAAATGGACGATTCTTCCACGATTCA         ATGGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116295 TCCCTCAAAATGGACGATTCTTCCACGATTCAGTA...TAGATGGAGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTCAAGAACACCAACCATTTCTTTGGCAGGAGCAAGCATGATGGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117411 TTCAAGAACACCAACCATTTCTTTGGCAGGAGCAAGCATGATGGAGATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGAATTAATTGAGAGTGAATCACTTAGCAGCTTAACAAACATATTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117461 AGGAATTAATTGAGAGTGAATCACTTAGCAGCTTAACAAACATATTAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGACAAAGGTCTCAAA         TTAAAGGGAAAGATTCAGAGGGAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117511 AGACAAAGGTCTCAAAGTA...CAGTTAAAGGGAAAGATTCAGAGGGAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAGGAAAATCCAGAGGAGACATAAGAAGCCCCTGGCAGAAGAAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121897 AAGGAAAATCCAGAGGAGACATAAGAAGCCCCTGGCAGAAGAAGAGGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACCCCACGCTGACAGGCCCCAGGAAGCAGAGCGCTTTCTCCATCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121947 ACCCCACGCTGACAGGCCCCAGGAAGCAGAGCGCTTTCTCCATCCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCCGTCATGCCGCTCCTTGCCGGTACCCACTGCTTGCCCTGTTCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121997 GCCGTCATGCCGCTCCTTGCCGGTACCCACTGCTTGCCCTGTTCCCAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1197 GCTCCTGCTTGTCTTGTGGCCAGAACGGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 122047 GCTCCTGCTTGTCTTGTGGCCAGAACGGCCA