seq1 = pF1KSDA1252.tfa, 1704 bp
seq2 = pF1KSDA1252/gi568815588f_70744472.tfa (gi568815588f:70744472_70977332), 232861 bp

>pF1KSDA1252 1704
>gi568815588f:70744472_70977332 (Chr10)

1-27  (72383-72409)   100% ->
28-193  (100002-100167)   100% ->
194-261  (106672-106739)   100% ->
262-409  (110237-110384)   100% ->
410-486  (113143-113219)   100% ->
487-615  (114900-115028)   99% ->
616-704  (123874-123962)   100% ->
705-810  (125321-125426)   100% ->
811-909  (126577-126675)   100% ->
910-1059  (127366-127515)   100% ->
1060-1298  (128880-129118)   100% ->
1299-1445  (130931-131077)   100% ->
1446-1566  (132070-132190)   100% ->
1567-1704  (132724-132861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTAGCACAGACCTTCTGATGTTG         AAGGCCTTTGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  72383 ATGCCTAGCACAGACCTTCTGATGTTGGTG...TAGAAGGCCTTTGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTACTTAGAGATTTTGGAAGTATACTCCACAAAAGCCAAGAATTATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 CTACTTAGAGATTTTGGAAGTATACTCCACAAAAGCCAAGAATTATGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGACATTGCACCAAGTATGAGCCCTGGCAGCTAATTGCATGGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 ATGGACATTGCACCAAGTATGAGCCCTGGCAGCTAATTGCATGGAGTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTGGACCCTGCTGATAGTCTGGGGATATGAGTTTGTCTTCCAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 GTGTGGACCCTGCTGATAGTCTGGGGATATGAGTTTGTCTTCCAGCCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GA         GTTTATGGTCAAGGTTTAAAAAGAAATGTTTTAAGCTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 GAGTA...TAGGTTTATGGTCAAGGTTTAAAAAGAAATGTTTTAAGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAGGAAGATGCCCATTATTGGTCGTAAG         ATTCAAGACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106711 CCAGGAAGATGCCCATTATTGGTCGTAAGGTA...GAGATTCAAGACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGAACAAGACCAAGGATGATATTAGCAAGAACATGTCATTCCTGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110249 TTGAACAAGACCAAGGATGATATTAGCAAGAACATGTCATTCCTGAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACAAAGAGTATGTGAAAGCTTTACCCTCCCAGGGTCTGAGCTCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110299 GGACAAAGAGTATGTGAAAGCTTTACCCTCCCAGGGTCTGAGCTCATCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGTTTTGGAGAAACTTAAGGAGTACAGCTCTATGG         ACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110349 CTGTTTTGGAGAAACTTAAGGAGTACAGCTCTATGGGTA...CAGACGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCTGGCAAGAGGGGAGAGCCTCTGGAACAGTGTACAGTGGGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113148 TTCTGGCAAGAGGGGAGAGCCTCTGGAACAGTGTACAGTGGGGAGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTCACTGAGCTCCTTGTGAAG         GCTTATGGAGATTTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113198 GCTCACTGAGCTCCTTGTGAAGGTG...CAGGCTTATGGAGATTTTGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGAGTAACCCCCTGCATCCAGATATCTTCCCAGGACTACGCAAGATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114919 GGAGTAACCCCCTGCATCCAGATATCTTCCCAGGACTACGCAAGATAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGAAATTGTGAGGATAGCTTGTTCCCTGTTCAATGGGGGACCAGATTC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114969 GCAGAAATCGTGAGGATAGCTTGTTCCCTGTTCAATGGGGGACCAGATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTGTGGATGT         GTGACTTCTGGGGGAACAGAAAGCATACTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115019 GTGTGGATGTGTA...TAGGTGACTTCTGGGGGAACAGAAAGCATACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGCCTGCAAAGCATATCGGGATCTGGCCTTTGAGAAGGGGATCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123905 TGGCCTGCAAAGCATATCGGGATCTGGCCTTTGAGAAGGGGATCAAAACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAGAAAT         TGTGGCTCCCCAAAGTGCCCATGCTGCATTTAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123955 CCAGAAATGTA...TAGTGTGGCTCCCCAAAGTGCCCATGCTGCATTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAAGCAGCCAGTTACTTTGGGATGAAGATTGTGCGGGTCCCATTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125354 CAAAGCAGCCAGTTACTTTGGGATGAAGATTGTGCGGGTCCCATTGACGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGATGATGGAGGTGGATGTGCGG         GCAATGAGAAGAGCTATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125404 AGATGATGGAGGTGGATGTGCGGGTG...TAGGCAATGAGAAGAGCTATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCCAGGAACACTGCCATGCTCGTCTGTTCTACCCCACAGTTTCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126595 TCCAGGAACACTGCCATGCTCGTCTGTTCTACCCCACAGTTTCCTCATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTAATAGATCCTGTCCCTGAAGTGGCCAAG         CTGGCTGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 126645 TGTAATAGATCCTGTCCCTGAAGTGGCCAAGGTA...AAGCTGGCTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AATACAAAATACCCCTTCATGTCGACGCTTGTCTGGGAGGCTTCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127376 AATACAAAATACCCCTTCATGTCGACGCTTGTCTGGGAGGCTTCCTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTCTTTATGGAGAAAGCAGGATACCCACTGGAGCACCCATTTGATTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127426 GTCTTTATGGAGAAAGCAGGATACCCACTGGAGCACCCATTTGATTTCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGTGAAAGGTGTAACCAGCATTTCAGCTGACACCCATAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 127476 GGTGAAAGGTGTAACCAGCATTTCAGCTGACACCCATAAGGTG...CAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATGGCTATGCCCCAAAAGGCTCATCATTGGTGTTGTATAGTGACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128881 ATGGCTATGCCCCAAAAGGCTCATCATTGGTGTTGTATAGTGACAAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACAGGAACTATCAGTTCTTCGTCGATACAGATTGGCAGGGTGGCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128931 TACAGGAACTATCAGTTCTTCGTCGATACAGATTGGCAGGGTGGCATCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCTTCCCCAACCATCGCAGGCTCACGGCCTGGTGGCATTAGCGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128981 TGCTTCCCCAACCATCGCAGGCTCACGGCCTGGTGGCATTAGCGCAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTTGGGCTGCCTTGATGCACTTCGGTGAGAACGGCTATGTTGAAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129031 GTTGGGCTGCCTTGATGCACTTCGGTGAGAACGGCTATGTTGAAGCTACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAACAGATCATCAAAACTGCTCGCTTCCTCAAGTCAGA         ACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129081 AAACAGATCATCAAAACTGCTCGCTTCCTCAAGTCAGAGTA...AAGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGAAAATATCAAAGGCATCTTTGTTTTTGGGAATCCCCAATTGTCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130934 GGAAAATATCAAAGGCATCTTTGTTTTTGGGAATCCCCAATTGTCAGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTGCTCTGGGATCCCGTGATTTTGACATCTACCGACTATCAAACCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130984 TTGCTCTGGGATCCCGTGATTTTGACATCTACCGACTATCAAACCTGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACTGCTAAGGGGTGGAACTTGAACCAGTTGCAGTTCCCACCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 131034 ACTGCTAAGGGGTGGAACTTGAACCAGTTGCAGTTCCCACCCAGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446    TATTCATTTCTGCATCACATTACTACACGCCCGGAAACGAGTAGCTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132067 TAGTATTCATTTCTGCATCACATTACTACACGCCCGGAAACGAGTAGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TACAATTCCTAAAGGACATTCGAGAATCTGTCACTCAAATCATGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132117 TACAATTCCTAAAGGACATTCGAGAATCTGTCACTCAAATCATGAAGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCTAAAGCGAAGACCACAGGAATG         GGTGCCATCTATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 132167 CCTAAAGCGAAGACCACAGGAATGGTA...TAGGGTGCCATCTATGGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGCCCAGACAACTGTTGACAGGAATATGGTTGCAGAATTGTCCTCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132741 GGCCCAGACAACTGTTGACAGGAATATGGTTGCAGAATTGTCCTCAGTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCTTGGACAGCTTGTACAGCACCGACACTGTCACCCAGGGCAGCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132791 TCTTGGACAGCTTGTACAGCACCGACACTGTCACCCAGGGCAGCCAGATG

   1800     .    :    .    :
   1684 AATGGTTCTCCAAAACCCCAC
        |||||||||||||||||||||
 132841 AATGGTTCTCCAAAACCCCAC