seq1 = pF1KSDA1247.tfa, 2610 bp
seq2 = pF1KSDA1247/gi568815578r_47559398.tfa (gi568815578r:47559398_47857363), 297966 bp

>pF1KSDA1247 2610
>gi568815578r:47559398_47857363 (Chr20)

(complement)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-415  (120422-120661)   99% ->
416-567  (154694-154845)   100% ->
568-737  (167069-167238)   100% ->
738-888  (172783-172933)   100% ->
889-1064  (174195-174370)   100% ->
1065-1193  (178560-178688)   100% ->
1194-1250  (180230-180286)   100% ->
1251-1380  (180741-180870)   100% ->
1381-1576  (184971-185166)   100% ->
1577-1805  (190876-191104)   100% ->
1806-1902  (191411-191507)   100% ->
1903-1997  (192071-192165)   100% ->
1998-2057  (193175-193234)   100% ->
2058-2227  (193742-193911)   100% ->
2228-2370  (194152-194294)   100% ->
2371-2494  (195468-195591)   100% ->
2495-2528  (197634-197667)   100% ->
2529-2582  (197912-197965)   100% ->
2583-2610  (198972-198999)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCCCCCGAGCCTCGTGCTGTGCTTGCTGTCCGCAACTGTGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCCCCCGAGCCTCGTGCTGTGCTTGCTGTCCGCAACTGTGTTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGGGTGGAAGCTCGGCCTTCCTGTCGCACCACCGCCTGAAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGGGTGGAAGCTCGGCCTTCCTGTCGCACCACCGCCTGAAAGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTTTCAGAGGGACCGCAGGAACATCCGCCCCAACATCATCCTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTTTCAGAGGGACCGCAGGAACATCCGCCCCAACATCATCCTGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGGACGACCAGGATGTGGAGCTGG         GTTCCATGCAGGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 ACGGACGACCAGGATGTGGAGCTGGGTA...CAGGTTCCATGCAGGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACAAGACCCGGCGCATCATGGAGCAGGGCGGGACGCACTTCATCAACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 120438 GAACAAGACCCGGCGCATCATGGAGCAGGGCGGGGCGCACTTCATCAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTCGTGACCACACCCATGTGCTGCCCCTCACGCTCCTCCATCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 120488 CCTTCGTGACCACACCCATGTGCTGCCCCTCACGCTCCTCCATCCTCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCAAGTACGTCCACAACCACAACACCTACACCAACAATGAGAACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120538 GGCAAGTACGTCCACAACCACAACACCTACACCAACAATGAGAACTGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCGCCCTCCTGGCAGGCACAGCACGAGAGCCGCACCTTTGCCGTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120588 CTCGCCCTCCTGGCAGGCACAGCACGAGAGCCGCACCTTTGCCGTGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAATAGCACTGGCTACCGGACAG         CTTTCTTCGGGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120638 TCAATAGCACTGGCTACCGGACAGGTG...CAGCTTTCTTCGGGAAGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTAATGAATACAACGGCTCCTACGTGCCACCCGGCTGGAAGGAGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154711 CTTAATGAATACAACGGCTCCTACGTGCCACCCGGCTGGAAGGAGTGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGGACTCCTTAAAAACTCCCGCTTTTATAACTACACGCTGTGTCGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154761 CGGACTCCTTAAAAACTCCCGCTTTTATAACTACACGCTGTGTCGGAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGTGAAAGAGAAGCACGGCTCCGACTACTCCAAG         GATTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 154811 GGGTGAAAGAGAAGCACGGCTCCGACTACTCCAAGGTA...CAGGATTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCACAGACCTCATCACCAATGACAGCGTGAGCTTCTTCCGCACGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167075 CTCACAGACCTCATCACCAATGACAGCGTGAGCTTCTTCCGCACGTCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGATGTACCCGCACAGGCCAGTCCTCATGGTCATCAGCCATGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167125 GAAGATGTACCCGCACAGGCCAGTCCTCATGGTCATCAGCCATGCAGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCACGGCCCTGAGGATTCAGCCCCACAATATTCACGCCTCTTCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167175 CCCACGGCCCTGAGGATTCAGCCCCACAATATTCACGCCTCTTCCCAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCATCTCAGCACAT         CACGCCGAGCTACAACTACGCGCCCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 167225 GCATCTCAGCACATGTA...CAGCACGCCGAGCTACAACTACGCGCCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCGGACAAACACTGGATCATGCGCTACACGGGGCCCATGAAGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172810 CCCGGACAAACACTGGATCATGCGCTACACGGGGCCCATGAAGCCCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACATGGAATTCACCAACATGCTCCAGCGGAAGCGCTTGCAGACCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172860 ACATGGAATTCACCAACATGCTCCAGCGGAAGCGCTTGCAGACCCTCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCGGTGGACGACTCCATGGAGACG         ATTTACAACATGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 172910 TCGGTGGACGACTCCATGGAGACGGTA...CAGATTTACAACATGCTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAGACGGGCGAGCTGGACAACACGTACATCGTATACACCGCCGACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174212 TGAGACGGGCGAGCTGGACAACACGTACATCGTATACACCGCCGACCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTTACCACATCGGCCAGTTTGGCCTGGTGAAAGGGAAATCCATGCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174262 GTTACCACATCGGCCAGTTTGGCCTGGTGAAAGGGAAATCCATGCCATAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGTTTGACATCAGGGTCCCGTTCTACGTGAGGGGCCCCAACGTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174312 GAGTTTGACATCAGGGTCCCGTTCTACGTGAGGGGCCCCAACGTGGAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CGGCTGTCT         GAATCCCCACATCGTCCTCAACATTGACCTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 174362 CGGCTGTCTGTA...CAGGAATCCCCACATCGTCCTCAACATTGACCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCCCCACCATCCTGGACATTGCAGGCCTGGACATACCTGCGGATATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178592 CCCCCACCATCCTGGACATTGCAGGCCTGGACATACCTGCGGATATGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGGAAATCCATCCTCAAGCTGCTGGACACGGAGCGGCCGGTGAATCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 178642 GGGAAATCCATCCTCAAGCTGCTGGACACGGAGCGGCCGGTGAATCGGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1194       GTTTCACTTGAAAAAGAAGATGAGGGTCTGGCGGGACTCCTTCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178692 ...CAGGTTTCACTTGAAAAAGAAGATGAGGGTCTGGCGGGACTCCTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGTGGAGAGAGG         CAAGCTGCTACACAAGAGAGACAATGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 180274 TGGTGGAGAGAGGGTG...TAGCAAGCTGCTACACAAGAGAGACAATGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGGTGGACGCCCAGGAGGAGAACTTTCTGCCCAAGTACCAGCGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180769 AAGGTGGACGCCCAGGAGGAGAACTTTCTGCCCAAGTACCAGCGTGTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGACCTGTGTCAGCGTGCTGAGTACCAGACGGCGTGTGAGCAGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180819 GGACCTGTGTCAGCGTGCTGAGTACCAGACGGCGTGTGAGCAGCTGGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AG         AAGTGGCAGTGTGTGGAGGACGCCACGGGGAAGCTGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180869 AGGTA...CAGAAGTGGCAGTGTGTGGAGGACGCCACGGGGAAGCTGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTGCATAAGTGCAAGGGCCCCATGCGGCTGGGCGGCAGCAGAGCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185010 CTGCATAAGTGCAAGGGCCCCATGCGGCTGGGCGGCAGCAGAGCCCTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAACCTCGTGCCCAAGTACTACGGGCAGGGCAGCGAGGCCTGCACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185060 CAACCTCGTGCCCAAGTACTACGGGCAGGGCAGCGAGGCCTGCACCTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACAGCGGGGACTACAAGCTCAGCCTGGCCGGACGCCGGAAAAAACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185110 ACAGCGGGGACTACAAGCTCAGCCTGGCCGGACGCCGGAAAAAACTCTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AAGAAGA         AGTACAAGGCCAGCTATGTCCGCAGTCGCTCCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185160 AAGAAGAGTA...CAGAGTACAAGGCCAGCTATGTCCGCAGTCGCTCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCGCTCAGTGGCCATCGAGGTGGACGGCAGGGTGTACCACGTAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190910 CCGCTCAGTGGCCATCGAGGTGGACGGCAGGGTGTACCACGTAGGCCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTGATGCCGCCCAGCCCCGAAACCTCACCAAGCGGCACTGGCCAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190960 GTGATGCCGCCCAGCCCCGAAACCTCACCAAGCGGCACTGGCCAGGGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CCTGAGGACCAAGATGACAAGGATGGTGGGGACTTCAGTGGCACTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191010 CCTGAGGACCAAGATGACAAGGATGGTGGGGACTTCAGTGGCACTGGAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CCTTCCCGACTACTCAGCCGCCAACCCCATTAAAGTGACACATCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 191060 CCTTCCCGACTACTCAGCCGCCAACCCCATTAAAGTGACACATCGGTG..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806     GTGCTACATCCTAGAGAACGACACAGTCCAGTGTGACCTGGACCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191110 .CAGGTGCTACATCCTAGAGAACGACACAGTCCAGTGTGACCTGGACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TACAAGTCCCTGCAGGCCTGGAAAGACCACAAGCTGCACATCGACCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191457 TACAAGTCCCTGCAGGCCTGGAAAGACCACAAGCTGCACATCGACCACGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 G         ATTGAAACCCTGCAGAACAAAATTAAGAACCTGAGGGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191507 GGTG...CAGATTGAAACCCTGCAGAACAAAATTAAGAACCTGAGGGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TCCGAGGTCACCTGAAGAAAAAGCGGCCAGAAGAATGTGACTGTCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192111 TCCGAGGTCACCTGAAGAAAAAGCGGCCAGAAGAATGTGACTGTCACAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 ATCAG         CTACCACACCCAGCACAAAGGCCGCCTCAAGCACAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192161 ATCAGGTG...CAGCTACCACACCCAGCACAAAGGCCGCCTCAAGCACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGGCTCCAGTCTGCATCCTTTCAG         GAAGGGCCTGCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 193211 AGGCTCCAGTCTGCATCCTTTCAGGTA...TAGGAAGGGCCTGCAAGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AGGACAAGGTGTGGCTGTTGCGGGAGCAGAAGCGCAAGAAGAAACTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193759 AGGACAAGGTGTGGCTGTTGCGGGAGCAGAAGCGCAAGAAGAAACTCCGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AAGCTGCTCAAGCGCCTGCAGAACAACGACACGTGCAGCATGCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193809 AAGCTGCTCAAGCGCCTGCAGAACAACGACACGTGCAGCATGCCAGGCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CACGTGCTTCACCCACGACAACCAGCACTGGCAGACGGCGCCTTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193859 CACGTGCTTCACCCACGACAACCAGCACTGGCAGACGGCGCCTTTCTGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CAC         TGGGGCCTTTCTGTGCCTGCACCAGCGCCAACAATAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193909 CACGTG...CAGTGGGGCCTTTCTGTGCCTGCACCAGCGCCAACAATAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ACGTACTGGTGCATGAGGACCATCAATGAGACTCACAATTTCCTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194190 ACGTACTGGTGCATGAGGACCATCAATGAGACTCACAATTTCCTCTTCTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TGAATTTGCAACTGGCTTCCTAGAGTACTTTGATCTCAACACAGACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194240 TGAATTTGCAACTGGCTTCCTAGAGTACTTTGATCTCAACACAGACCCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 ACCAG         CTGATGAATGCAGTGAACACACTGGACAGGGATGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194290 ACCAGGTA...CAGCTGATGAATGCAGTGAACACACTGGACAGGGATGTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 CTCAACCAGCTACACGTACAGCTCATGGAGCTGAGGAGCTGCAAGGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195504 CTCAACCAGCTACACGTACAGCTCATGGAGCTGAGGAGCTGCAAGGGTTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 CAAGCAGTGTAACCCCCGGACTCGAAACATGGACCTGG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 195554 CAAGCAGTGTAACCCCCGGACTCGAAACATGGACCTGGGTG...TAGGAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TTAAAGATGGAGGAAGCTATGAGCAATACAG         GCAGTTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 197637 TTAAAGATGGAGGAAGCTATGAGCAATACAGGTA...TAGGCAGTTTCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 CGTCGAAAGTGGCCAGAAATGAAGAGACCTTCTTCCAAATCACT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 197922 CGTCGAAAGTGGCCAGAAATGAAGAGACCTTCTTCCAAATCACTGTG...

   2750     .    :    .    :    .    :
   2583    GGGACAACTGTGGGAAGGCTGGGAAGGT
        >>>||||||||||||||||||||||||||||
 198969 TAGGGGACAACTGTGGGAAGGCTGGGAAGGT