seq1 = pF1KSDA1246.tfa, 2367 bp
seq2 = pF1KSDA1246/gi568815592r_40291946.tfa (gi568815592r:40291946_40533113), 241168 bp

>pF1KSDA1246 2367
>gi568815592r:40291946_40533113 (Chr6)

(complement)

1-1400  (100001-101400)   100% ->
1401-2367  (140202-141168)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCCTGCTTGGTGGCCTGCTAGCGTTTGGCATGGCGTTTGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCCTGCTTGGTGGCCTGCTAGCGTTTGGCATGGCGTTTGCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCGACGCCTGCCCCAAGTACTGTGTCTGCCAGAATCTGTCTGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCGACGCCTGCCCCAAGTACTGTGTCTGCCAGAATCTGTCTGAGTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGACCCTGTGCCCCTCCAAGGGGCTGCTCTTTGTACCCCCTGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGACCCTGTGCCCCTCCAAGGGGCTGCTCTTTGTACCCCCTGATATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCGGCGGACAGTGGAGCTGCGCCTGGGCGGCAACTTCATCATCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCGGCGGACAGTGGAGCTGCGCCTGGGCGGCAACTTCATCATCCACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCGCCAGGACTTTGCCAACATGACGGGGCTGGTGGACCTGACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCGCCAGGACTTTGCCAACATGACGGGGCTGGTGGACCTGACCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGGAACACCATCAGCCACATCCAGCCCTTTTCCTTTCTGGACCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGGAACACCATCAGCCACATCCAGCCCTTTTCCTTTCTGGACCTCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCTCCGCTCCCTGCATCTTGACAGCAATCGGCTGCCAAGCCTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCTCCGCTCCCTGCATCTTGACAGCAATCGGCTGCCAAGCCTTGGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGACACCCTCCGGGGCCTGGTCAACCTGCAGCACCTTATCGTGAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGACACCCTCCGGGGCCTGGTCAACCTGCAGCACCTTATCGTGAACAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCAGCTGGGCGGCATCGCAGATGAGGCTTTTGAGGACTTCCTGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCAGCTGGGCGGCATCGCAGATGAGGCTTTTGAGGACTTCCTGCTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGAGGATCTGGACCTCTCCTACAACAACCTCCATGGCCTGCCGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGGAGGATCTGGACCTCTCCTACAACAACCTCCATGGCCTGCCGTGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCCGTGCGACGCATGGTCAACCTCCACCAGCTGAGCCTGGACCACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCCGTGCGACGCATGGTCAACCTCCACCAGCTGAGCCTGGACCACAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTGGATCACATCGCCGAGGGCACCTTTGCAGACCTGCAGAAACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCTGGATCACATCGCCGAGGGCACCTTTGCAGACCTGCAGAAACTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCCTGGATCTCACCTCCAATCGGCTGCAGAAGCTGCCCCCTGATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCCTGGATCTCACCTCCAATCGGCTGCAGAAGCTGCCCCCTGATCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTTGCCCGCTCCCAGGCTTCGGCTTTGACAGCCACACCCTTTGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTTGCCCGCTCCCAGGCTTCGGCTTTGACAGCCACACCCTTTGCCCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTTGTCCTTTAGTTTTGGGGGTAACCCACTTCACTGCAATTGTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTTGTCCTTTAGTTTTGGGGGTAACCCACTTCACTGCAATTGTGAGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCTGGCTGCGGAGGCTCGAGCGGGACGATGACCTGGAAACCTGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCTGGCTGCGGAGGCTCGAGCGGGACGATGACCTGGAAACCTGTGGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCCAGGGGGCCTCAAGGGTCGCTACTTCTGGCATGTGCGTGAGGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCCAGGGGGCCTCAAGGGTCGCTACTTCTGGCATGTGCGTGAGGAGGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGTGTGCGAGCCGCCTCTCATCACCCAGCACACACACAAGTTGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGTGTGCGAGCCGCCTCTCATCACCCAGCACACACACAAGTTGCTGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGAGGGCCAGGCGGCCACACTCAAGTGCAAAGCCATTGGGGACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGGAGGGCCAGGCGGCCACACTCAAGTGCAAAGCCATTGGGGACCCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCCCCTTATCCACTGGGTAGCCCCCGATGACCGCCTGGTAGGGAACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCCCCTTATCCACTGGGTAGCCCCCGATGACCGCCTGGTAGGGAACTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAAGGACCGCTGTCTATGACAATGGCACCCTGGACATCTTCATCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAAGGACCGCTGTCTATGACAATGGCACCCTGGACATCTTCATCACCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTCAGGACAGTGGTGCCTTCACCTGCATTGCTGCCAATGCTGCCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTCAGGACAGTGGTGCCTTCACCTGCATTGCTGCCAATGCTGCCGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCCACGGCCATGGTGGAGGTCTCCATCGTCCAGCTGCCACACCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCCACGGCCATGGTGGAGGTCTCCATCGTCCAGCTGCCACACCTCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACAGCACCAGCCGCACTGCACCCCCCAAGTCCCGCCTCTCAGACATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACAGCACCAGCCGCACTGCACCCCCCAAGTCCCGCCTCTCAGACATCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GGCTCCAGCAAGACCAGCCGGGGAGGTGGAGGCAGTGGGGGCGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GGCTCCAGCAAGACCAGCCGGGGAGGTGGAGGCAGTGGGGGCGGAGAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TCCCAAAAGCCCCCCGGAACGGGCTGTGCTTGTGTCTGAAGTGACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TCCCAAAAGCCCCCCGGAACGGGCTGTGCTTGTGTCTGAAGTGACCACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCTCGGCCCTGGTCAAGTGGTCTGTCAGCAAGTCAGCACCCCGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCTCGGCCCTGGTCAAGTGGTCTGTCAGCAAGTCAGCACCCCGGGTGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ATGTACCAGCTGCAGTACAACTGCTCTGACGATGAGGTACTGATTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ATGTACCAGCTGCAGTACAACTGCTCTGACGATGAGGTACTGATTTACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401          GATGATCCCAGCCTCCAACAAGGCCTTCGTGGTCAACAACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GTG...CAGGATGATCCCAGCCTCCAACAAGGCCTTCGTGGTCAACAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TGGTGTCAGGGACTGGCTACGACTTGTGTGTGCTGGCCATGTGGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140243 TGGTGTCAGGGACTGGCTACGACTTGTGTGTGCTGGCCATGTGGGATGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ACAGCCACGACACTCACGGCCACCAACATCGTGGGCTGCGCCCAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140293 ACAGCCACGACACTCACGGCCACCAACATCGTGGGCTGCGCCCAGTTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CACCAAGGCTGACTACCCGCAGTGCCAGTCCATGCACAGCCAGATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140343 CACCAAGGCTGACTACCCGCAGTGCCAGTCCATGCACAGCCAGATTCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GCGGCACCATGATCCTGGTCATCGGGGGCATCATCGTGGCCACGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140393 GCGGCACCATGATCCTGGTCATCGGGGGCATCATCGTGGCCACGCTGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GTCTTCATCGTCATCCTCATGGTGCGCTACAAGGTCTGCAACCACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140443 GTCTTCATCGTCATCCTCATGGTGCGCTACAAGGTCTGCAACCACGAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CCCCAGCAAGATGGCAGCGGCCGTGAGCAATGTGTACTCGCAGACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140493 CCCCAGCAAGATGGCAGCGGCCGTGAGCAATGTGTACTCGCAGACCAACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GCGCCCAGCCACCGCCTCCAAGCAGCGCACCAGCCGGGGCCCCGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140543 GCGCCCAGCCACCGCCTCCAAGCAGCGCACCAGCCGGGGCCCCGCCGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GGCCCGCCGAAGGTGGTGGTGCGCAACGAGCTCCTGGACTTCACCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140593 GGCCCGCCGAAGGTGGTGGTGCGCAACGAGCTCCTGGACTTCACCGCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 CCTGGCCCGCGCCAGTGACTCCTCTTCCTCCAGCTCCCTGGGCAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140643 CCTGGCCCGCGCCAGTGACTCCTCTTCCTCCAGCTCCCTGGGCAGTGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 AGGCTGCGGGGCTGGGACGGGCCCCCTGGAGGATCCCACCCTCCGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140693 AGGCTGCGGGGCTGGGACGGGCCCCCTGGAGGATCCCACCCTCCGCCCCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 CGCCCCAAGCCCAGCCTTGACCGCCTGATGGGGGCCTTCGCCTCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140743 CGCCCCAAGCCCAGCCTTGACCGCCTGATGGGGGCCTTCGCCTCCCTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 CCTCAAGAGTCAGAGAAAGGAGGAGCTGCTGGACTCCAGGACTCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140793 CCTCAAGAGTCAGAGAAAGGAGGAGCTGCTGGACTCCAGGACTCCAGCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 GGAGAGGGGCTGGGACGTCGGCCCGGGGCCACCACTCGGACCGAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140843 GGAGAGGGGCTGGGACGTCGGCCCGGGGCCACCACTCGGACCGAGAGCCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 CTGCTGGGGCCCCCTGCGGCCCGGGCCAGGAGCCTGCTCCCCTTGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140893 CTGCTGGGGCCCCCTGCGGCCCGGGCCAGGAGCCTGCTCCCCTTGCCGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 GGAGGGCAAGGCCAAACGCAGCCACTCCTTCGACATGGGGGACTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140943 GGAGGGCAAGGCCAAACGCAGCCACTCCTTCGACATGGGGGACTTTGCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 CTGCGGCGGCGGGAGGGGTCGTGCCGGGCGGCTACAGTCCTCCTCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140993 CTGCGGCGGCGGGAGGGGTCGTGCCGGGCGGCTACAGTCCTCCTCGGAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 GTCTCGAACATCTGGACGAAGCGCAGCCTCTCTGTCAACGGCATGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141043 GTCTCGAACATCTGGACGAAGCGCAGCCTCTCTGTCAACGGCATGCTCTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 GCCCTTTGAGGAGAGTGACCTGGTGGGGGCCCGGGGGACTTTTGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141093 GCCCTTTGAGGAGAGTGACCTGGTGGGGGCCCGGGGGACTTTTGGCAGCT

   2350     .    :    .    :    .
   2342 CCGAATGGGTGATGGAGAGCACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||
 141143 CCGAATGGGTGATGGAGAGCACGGTC