seq1 = pF1KSDA1234.tfa, 2157 bp
seq2 = pF1KSDA1234/gi568815593f_243893.tfa (gi568815593f:243893_534831), 290939 bp

>pF1KSDA1234 2157
>gi568815593f:243893_534831 (Chr5)

1-74  (99999-100072)   98% ->
75-256  (109838-110019)   100% ->
257-363  (132718-132824)   100% ->
364-453  (169452-169541)   100% ->
454-583  (178837-178966)   99% ->
584-720  (179949-180085)   100% ->
721-774  (183745-183798)   100% ->
775-974  (183915-184114)   100% ->
975-1036  (188571-188632)   100% ->
1037-1178  (188914-189055)   100% ->
1179-2157  (189961-190939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAGGACGATGATCCCGCCGGGGGAGTGCACGTACGCGGGCCGGAA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGCCGAGGACGATGATCCCGCCGGGGGAGTGCACGTACGCGGGCCGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGAGGAGGCCCCTGCAGAAACA         GAGGCCCGCCGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100049 GCGGAGGAGGCCCCTGCAGAAACAGTA...CAGGAGGCCCGCCGTGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGAAGTCCAACCCCTCCAAGCGACACCGGGACCGCCTCAACGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109855 CAGAGAAGTCCAACCCCTCCAAGCGACACCGGGACCGCCTCAACGCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGGACCACCTGGCCAGCCTGCTGCCGTTCCCGCCTGACATCATCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109905 TTGGACCACCTGGCCAGCCTGCTGCCGTTCCCGCCTGACATCATCTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGACAAGCTTTCTGTCCTGCGCCTCAGTGTCAGTTACCTCCGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109955 GCTGGACAAGCTTTCTGTCCTGCGCCTCAGTGTCAGTTACCTCCGGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGCTTCTTCCAAG         TCGTGCAGGAGCAGAGCTCACGGCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110005 AGAGCTTCTTCCAAGGTA...CAGTCGTGCAGGAGCAGAGCTCACGGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGCGGCCGGCGCCCCCTCGCCCGGAGACAGCTGTCCTCTTGCAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132744 CCTGCGGCCGGCGCCCCCTCGCCCGGAGACAGCTGTCCTCTTGCAGGGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCGTGCTGGAGGGAAGGCTGCTGTTGGAG         TCTCTTAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 132794 TGCCGTGCTGGAGGGAAGGCTGCTGTTGGAGGTG...TAGTCTCTTAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTTGCTCTGGTCGTGAGTGCAGAAGGGACGATATTTTATGCATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169462 GCTTTGCTCTGGTCGTGAGTGCAGAAGGGACGATATTTTATGCATCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACGATCGTGGACTATCTGGGCTTCCATCAG         ACGGATGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 169512 ACGATCGTGGACTATCTGGGCTTCCATCAGGTA...CAGACGGATGTAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCACCAGAACATTTATGACTACATCCACGTGGACGACCGCCAGGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178848 GCACCAGAACATTTATGACTACATCCACGTGGACGACCGCCAGGACTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCGGCAGCTCCACTGGGCCATGGACCCTCCCCAGGTGGTGTTTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178898 GCCGGCAGCTCCACTGGGCCATGGACCCTCCCCAGGTGGTGTTTGGGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCCGCCCTTGGAGACAG         GAGATGATGCTATCCTGGGGAG
         ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 178948 CCCCCGCCCTTGGAGACAGGTG...CAGGAGATGATGCTATCCTGGGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGCTCAGGGCCCAGGAGTGGGGCACAGGCACGCCCACCGAGTACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179971 GCTGCTCAGGGCCCAGGAGTGGGGCACAGGCACGCCCACCGAGTACTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTCCTGACCCGCTGCTTCATCTGCCGTGTGCGCTGCCTGCTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180021 CCTTCCTGACCCGCTGCTTCATCTGCCGTGTGCGCTGCCTGCTGGACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCTCGGGCTTCCTG         GCCCGGGGGTCACAGGCTTGGCAGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 180071 ACCTCGGGCTTCCTGGTG...CAGGCCCGGGGGTCACAGGCTTGGCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCGGCTCTGCTGTCCCGAGCCACTCATG         ACGATGCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 183771 GCGGCTCTGCTGTCCCGAGCCACTCATGGTG...CAGACGATGCAGTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAGGAAAACTAAAATTCCTGTTTGGACAGAAGAAGAAGGCGCCGTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183928 AAGGAAAACTAAAATTCCTGTTTGGACAGAAGAAGAAGGCGCCGTCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCATGCTCCCGCCGCGGCTGTCGCTGTTCTGCATTGCGGCACCCGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183978 GCCATGCTCCCGCCGCGGCTGTCGCTGTTCTGCATTGCGGCACCCGTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTCCCCTCCGCAGCGGAGATGAAAATGAGGAGCGCGCTCCTGAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184028 CCTCCCCTCCGCAGCGGAGATGAAAATGAGGAGCGCGCTCCTGAGGGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AACCCAGAGCAGACACCGCAGCCACCGCGGATGCAAA         AGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 184078 AACCCAGAGCAGACACCGCAGCCACCGCGGATGCAAAGTG...CAGAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAGCCACCACCAGTCTGTGCGAATCGGAACTGCATGGAAAACCCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188575 AAAGCCACCACCAGTCTGTGCGAATCGGAACTGCATGGAAAACCCAATTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTCAGCAG         GAAGGAGCAGCAGAGAGAGCGGCGTTTTGGTGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 188625 CTCAGCAGGTA...CAGGAAGGAGCAGCAGAGAGAGCGGCGTTTTGGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCAGGGAACAGACTGACGCTGGCCGATGGGCACAGGTTCCCGCCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188947 TCAGGGAACAGACTGACGCTGGCCGATGGGCACAGGTTCCCGCCAGGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCATGCCTGTGCCTCCGGGGTGGCCCTGACCTTGTCCTTGACCCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188997 CCATGCCTGTGCCTCCGGGGTGGCCCTGACCTTGTCCTTGACCCCAAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGCTCAGG         GGACAGGGAGGAGGAGCAGCACAGGATGCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 189047 GGGCTCAGGGTA...CAGGGACAGGGAGGAGGAGCAGCACAGGATGCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCAGGGCCTCTGGAGTGACAGGGCGGAGGGAGACTCCAGGACCCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189993 GCAGGGCCTCTGGAGTGACAGGGCGGAGGGAGACTCCAGGACCCACAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCCCTGCCCTGGACAGCGGGAAAGCACAGTGAGGATGGTGCCAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190043 CCCCTGCCCTGGACAGCGGGAAAGCACAGTGAGGATGGTGCCAGGCCGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCTGCAGCCCAGCAAGAATGACCCGCCCTCCCTGCGCCCCATGCCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190093 GCTGCAGCCCAGCAAGAATGACCCGCCCTCCCTGCGCCCCATGCCCCGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCTCCTGCCTGCCCTGCCCGTGTGTCCAGGGCACTTTCAGGAACTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190143 GCTCCTGCCTGCCCTGCCCGTGTGTCCAGGGCACTTTCAGGAACTCGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATCTCTCACCCGCCGAGCCCGTCCCCCAGTGCCTACTCCAGCCGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190193 ATCTCTCACCCGCCGAGCCCGTCCCCCAGTGCCTACTCCAGCCGGACCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAGACCCATGCGGGATGTCGGTGAGGACCAGGTGCACCCTCCCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190243 CAGACCCATGCGGGATGTCGGTGAGGACCAGGTGCACCCTCCCCTCTGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACTTTCCCCAGAGGAGCCTGCAGCACCAGCTCCCTCAGCCTGGAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190293 ACTTTCCCCAGAGGAGCCTGCAGCACCAGCTCCCTCAGCCTGGAGCTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CGTTTTGCCACGAGGGGCTATCCCATGGAGGACATGAAGCTGCAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190343 CGTTTTGCCACGAGGGGCTATCCCATGGAGGACATGAAGCTGCAAGGTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ACCGATGCCTCCGGGGGACCTGTGTGGTCCGACGCTGCTGCTAGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190393 ACCGATGCCTCCGGGGGACCTGTGTGGTCCGACGCTGCTGCTAGATGTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CCATCAAGATGGAGAAGGACTCTGGGTGTGAGGGTGCTGCAGACGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190443 CCATCAAGATGGAGAAGGACTCTGGGTGTGAGGGTGCTGCAGACGGCTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GTGCCCAGCCAGGTGTGGCTGGGGGCCAGTGACAGGAGCCACCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190493 GTGCCCAGCCAGGTGTGGCTGGGGGCCAGTGACAGGAGCCACCCAGCCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CTTCCCTACCAGGATGCACCTGAAAACAGAGCCAGACTCTCGGCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190543 CTTCCCTACCAGGATGCACCTGAAAACAGAGCCAGACTCTCGGCAACAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGTACATCTCGCACCTGGGGCACGGCGTGCGGGGGGCTCAGCCCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190593 TGTACATCTCGCACCTGGGGCACGGCGTGCGGGGGGCTCAGCCCCATGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AGGGCCACTGCTGGGCGCAGCAGGGAGCTGACCCCTTTCCACCCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190643 AGGGCCACTGCTGGGCGCAGCAGGGAGCTGACCCCTTTCCACCCTGCACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CTGTGCCTGCCTGGAGCCCACAGACGGCCTTCCCCAGTCGGAGCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190693 CTGTGCCTGCCTGGAGCCCACAGACGGCCTTCCCCAGTCGGAGCCTCCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 ACCAGCTCTGTGCACGGGGCCGAGGTGAACAGTCCTGCACCTGCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190743 ACCAGCTCTGTGCACGGGGCCGAGGTGAACAGTCCTGCACCTGCAGAGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GCTGAGGCCGCCCCTGTGGTCAAGCGGGAGCCCTTGGACTCACCCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190793 GCTGAGGCCGCCCCTGTGGTCAAGCGGGAGCCCTTGGACTCACCCCAGTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGCTACTCACAGCCAGGGAATGGTGCCCGGGATGTTGCCCAAAAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190843 GGCTACTCACAGCCAGGGAATGGTGCCCGGGATGTTGCCCAAAAGTGCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2111 TGGCCACGCTGGTCCCGCCCCAAGCTTCGGGGTGCACATTCCTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190893 TGGCCACGCTGGTCCCGCCCCAAGCTTCGGGGTGCACATTCCTGCCA