seq1 = pF1KSDA1227.tfa, 3198 bp
seq2 = pF1KSDA1227/gi568815577r_41890898.tfa (gi568815577r:41890898_42094095), 203198 bp

>pF1KSDA1227 3198
>gi568815577r:41890898_42094095 (Chr21)

(complement)

1-3198  (100001-103198)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGATTACTGCATTACATCAACCCTGCACACGCCATTTCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGATTACTGCATTACATCAACCCTGCACACGCCATTTCTCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTGCCCTGAATGAGGAGCGTCTCAAAGGACAGCTGTGTGATGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTGCCCTGAATGAGGAGCGTCTCAAAGGACAGCTGTGTGATGTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATTGTTGGAGACCAAAAGTTCCGAGCTCATAAAAACGTCTTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGATTGTTGGAGACCAAAAGTTCCGAGCTCATAAAAACGTCTTGGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCAGCGAATACTTTCAGAGTTTATTCACAAATAAGGAAAATGAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCAGCGAATACTTTCAGAGTTTATTCACAAATAAGGAAAATGAGTCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACTGTATTTCAGCTTGACTTCTGTGAGCCAGATGCTTTTGATAATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACTGTATTTCAGCTTGACTTCTGTGAGCCAGATGCTTTTGATAATGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAAACTACATTTATTCTTCCTCTCTATTTGTTGAGAAGAGCAGCCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAAACTACATTTATTCTTCCTCTCTATTTGTTGAGAAGAGCAGCCTTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGTGCAAGAACTTGGCTATAGTCTTGGGATTTCCTTTCTGACTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTGTGCAAGAACTTGGCTATAGTCTTGGGATTTCCTTTCTGACTAACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTTTCTAAAACACCTCAAGCCCCCTTTCCAACGTGTCCTAATAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTTTCTAAAACACCTCAAGCCCCCTTTCCAACGTGTCCTAATAGAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAGTGTTTGTAGAAGATGATGAAAACAGTTCTCAAAAGAGAAGTGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAGTGTTTGTAGAAGATGATGAAAACAGTTCTCAAAAGAGAAGTGTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTTTGTCAAAGTAGAAACGAAGCACAAGGAAAAACTGTTAGTCAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTTTGTCAAAGTAGAAACGAAGCGCAAGGAAAAACTGTTAGTCAAAATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACCCGATGTAAGCCATACTTCCCGGCCCTCTCCTAGCATTGCAGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACCCGATGTAAGCCATACTTCCCGGCCCTCTCCTAGCATTGCAGTCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAATACCAATAAGCCACATGTCCCAAAACCAATAGAACCACTTCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAATACCAATAAGCCACATGTCCCAAAACCAATAGAACCACTTCATAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTGTCATTAACTGAAAAGAGTTGGCCGAAAGATAGTTCTGTGGTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTGTCATTAACTGAAAAGAGTTGGCCGAAAGATAGTTCTGTGGTATATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAAGTCTCTTGAGCATTCTGGATCTTTGGATGATCCTAATAGAATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AAAGTCTCTTGAGCATTCTGGATCTTTGGATGATCCTAATAGAATCAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGTGAAAAGAAATGCAGTGTTGCCTTCAAAGCCTCTGCAAGACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGTGAAAAGAAATGCAGTGTTGCCTTCAAAGCCTCTGCAAGACAGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCTATGGATGATAAACCAGGTGTGAGTGGTCAGCTTCCAAAAGGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCTATGGATGATAAACCAGGTGTGAGTGGTCAGCTTCCAAAAGGAAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTAGAGCTGGCTTTGAAGAGACCACGGCCACCTGTTTTGTCTGTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTAGAGCTGGCTTTGAAGAGACCACGGCCACCTGTTTTGTCTGTTTGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCTCATCAGAGACTCCCTATCTATTAAAAGAAACTAACAAAGGAAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCTCATCAGAGACTCCCTATCTATTAAAAGAAACTAACAAAGGAAATGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAAGGTGAAGATAGAAACTTGTTGTACTATTCAAAGTTAGGCTTAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAAGGTGAAGATAGAAACTTGTTGTACTATTCAAAGTTAGGCTTAGTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCCATCCAGTGGATCTGGTTCTGGAAACCAAAGCATTGACAGGAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCCATCCAGTGGATCTGGTTCTGGAAACCAAAGCATTGACAGGAGTGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CACTTGTTAAGAGTCTCCTCAGACGGTCATTGTCGATGGATAGCCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CACTTGTTAAGAGTCTCCTCAGACGGTCATTGTCGATGGATAGCCAGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCTGTCTATTCACCTTCCATAGATTTGAAATCTTCCCAGGGATCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCTGTCTATTCACCTTCCATAGATTTGAAATCTTCCCAGGGATCATCTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGTGTCCAGTGATGCACCAGGGAATGTGTTGTGTGCTTTATCTCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGTGTCCAGTGATGCACCAGGGAATGTGTTGTGTGCTTTATCTCAGAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CATCTTTAAAAGATTGTAGTGAAAAAACAGCCCTAGATGACAGGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CATCTTTAAAAGATTGTAGTGAAAAAACAGCCCTAGATGACAGGCCTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GTGCTACAACCGCATCGCCTCAGGTCCTTTAGTGCTTCTCAGTCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GTGCTACAACCGCATCGCCTCAGGTCCTTTAGTGCTTCTCAGTCAACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CAGGGAGGGAGCTTCCCCTGTGACTGAGGTGCGCATAAAGACTGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CAGGGAGGGAGCTTCCCCTGTGACTGAGGTGCGCATAAAGACTGAGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GCAGCCCGCTGTCGGACCCCTCGGACATCATCCGCGTCACTGTGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GCAGCCCGCTGTCGGACCCCTCGGACATCATCCGCGTCACTGTGGGAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCGGCAACAACAGCAGCTGCCTCATCTTCGTCGGTCACAAGAGACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCGGCAACAACAGCAGCTGCCTCATCTTCGTCGGTCACAAGAGACCTGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TCTGAAAACAGAAGATGACCAAAAAGACATGAGCAGACTCCCAGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TCTGAAAACAGAAGATGACCAAAAAGACATGAGCAGACTCCCAGCAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GGAGGTTCCAAGCGGACCGAAGATTGCCGTTTAAGAAGTTAAAGGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GGAGGTTCCAAGCGGACCGAAGATTGCCGTTTAAGAAGTTAAAGGTGAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GAGCACGGGTCTCCTGTGTCAGAAGATAATTTTGAGGAAGGCTCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GAGCACGGGTCTCCTGTGTCAGAAGATAATTTTGAGGAAGGCTCAAGCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TACTCTCCTTGATGCAGATTTTCCAGATTCTGATTTGAATAAAGACGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TACTCTCCTTGATGCAGATTTTCCAGATTCTGATTTGAATAAAGACGAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TTGGTGAGTTGGAGGGGACGAGACCAAACAAAAAATTTAAATGCAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TTGGTGAGTTGGAGGGGACGAGACCAAACAAAAAATTTAAATGCAAACAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TGCCTTAAGATCTTTAGATCAACAGCAGGTCTTCACCGTCATGTTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TGCCTTAAGATCTTTAGATCAACAGCAGGTCTTCACCGTCATGTTAACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GTACCATAACCCAGAAAAGCCCTACGCTTGTGACATCTGTCACAAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GTACCATAACCCAGAAAAGCCCTACGCTTGTGACATCTGTCACAAGAGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TTCACACCAACTTCAAAGTGTGGACACACTGTCAGACCCAACACGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TTCACACCAACTTCAAAGTGTGGACACACTGTCAGACCCAACACGGCATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GTGAAGAACCCATCACCAGCCTCTAGTTCACATGCTGTTTTGGATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GTGAAGAACCCATCACCAGCCTCTAGTTCACATGCTGTTTTGGATGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 ATTCCAAAGAAAGCTGATTGACATAGTGAGAGAGAGAGAAATTAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 ATTCCAAAGAAAGCTGATTGACATAGTGAGAGAGAGAGAAATTAAGAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CCCTGATCATTAAGTTAAGGCGCGGCAAGCCTGGTTTTCAGGGACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CCCTGATCATTAAGTTAAGGCGCGGCAAGCCTGGTTTTCAGGGACAGAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 AGCTCCCAAGCACAGCAAGTCATCAAGAGGAACTTGAGATCTCGAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 AGCTCCCAAGCACAGCAAGTCATCAAGAGGAACTTGAGATCTCGAGCCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 AGGAGCTTACATTTGTACTTACTGCGGAAAAGCGTACCGCTTTCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 AGGAGCTTACATTTGTACTTACTGCGGAAAAGCGTACCGCTTTCTCTCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 AATTTAAGCAGCATATAAAAATGCATCCAGGAGAAAAACCCCTTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 AATTTAAGCAGCATATAAAAATGCATCCAGGAGAAAAACCCCTTGGAGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 AATAAAGTTGCTAAACCAAAAGAGCATGCTCCTCTTGCAAGTCCAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 AATAAAGTTGCTAAACCAAAAGAGCATGCTCCTCTTGCAAGTCCAGTAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 AAACAAGGAGGTTTACCAGTGCCGCCTCTGTAATGCTAAGCTCTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 AAACAAGGAGGTTTACCAGTGCCGCCTCTGTAATGCTAAGCTCTCTTCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TCCTAGAGCAAGGAAGCCACGAGCGGCTGTGCCGGAACGCGGCCGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TCCTAGAGCAAGGAAGCCACGAGCGGCTGTGCCGGAACGCGGCCGTCTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 CCTTACTGCAGCCTCAGGTTTTTCTCGCCCGAGCTGAAGCAAGAACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 CCTTACTGCAGCCTCAGGTTTTTCTCGCCCGAGCTGAAGCAAGAACACGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 GAGCAAGTGTGAGTATAAGAAGCTGACCTGCCTCGAGTGCATGCGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 GAGCAAGTGTGAGTATAAGAAGCTGACCTGCCTCGAGTGCATGCGCACCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 TCAAGTCCTCTTTCAGCATCTGGCGGCACCAGGTTGAAGTCCATAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 TCAAGTCCTCTTTCAGCATCTGGCGGCACCAGGTTGAAGTCCATAATCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 AACAACATGGCACCCACCGAAAACTTTTCTTTGCCCGTTTTGGACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 AACAACATGGCACCCACCGAAAACTTTTCTTTGCCCGTTTTGGACCACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 TGGTGATGTGACTGGTTCTTCAAGGCCCCAATCCCAGCCTGAGCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 TGGTGATGTGACTGGTTCTTCAAGGCCCCAATCCCAGCCTGAGCCCAACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 AAGTAAACCACATCGTCACCACAAAAGACGACAACGTGTTCAGTGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 AAGTAAACCACATCGTCACCACAAAAGACGACAACGTGTTCAGTGATTCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 TCAGAACAAGTTAACTTCGACTCGGAAGATTCCTCTTGTCTTCCCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 TCAGAACAAGTTAACTTCGACTCGGAAGATTCCTCTTGTCTTCCCGAAGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 CCTTAGTCTTTCCAAGCAACTGAAAATCCAAGTCAAAGAGGAGCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 CCTTAGTCTTTCCAAGCAACTGAAAATCCAAGTCAAAGAGGAGCCTGTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2651 AGGAGGCTGAAGAAGAGGCACCCGAGGCCAGCACAGCCCCCAAAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 AGGAGGCTGAAGAAGAGGCACCCGAGGCCAGCACAGCCCCCAAAGAAGCG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2701 GGTCCTAGCAAAGAAGCCAGCCTGTGGCCCTGCGAGAAGTGTGGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 GGTCCTAGCAAAGAAGCCAGCCTGTGGCCCTGCGAGAAGTGTGGGAAGAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2751 GTTCACGGTGCATAAGCAGCTGGAGCGTCACCAGGAGCTTCTGTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 GTTCACGGTGCATAAGCAGCTGGAGCGTCACCAGGAGCTTCTGTGCTCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2801 TGAAACCATTTATTTGTCACGTGTGCAACAAAGCTTTTCGCACTAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102801 TGAAACCATTTATTTGTCACGTGTGCAACAAAGCTTTTCGCACTAATTTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2851 CGACTCTGGAGTCACTTCCAATCGCACATGTCTCAGGCTTCAGAGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102851 CGACTCTGGAGTCACTTCCAATCGCACATGTCTCAGGCTTCAGAGGAATC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2901 GGCACATAAGGAATCTGAGGTGTGCCCTGTTCCCACAAACTCTCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102901 GGCACATAAGGAATCTGAGGTGTGCCCTGTTCCCACAAACTCTCCCTCTC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2951 CACCACCTCTGCCACCGCCACCACCACTGCCCAAGATCCAGCCTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102951 CACCACCTCTGCCACCGCCACCACCACTGCCCAAGATCCAGCCTCTGGAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3001 CCTGACAGCCCCACAGGCCTGTCCGAAAACCCAACTCCAGCCACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103001 CCTGACAGCCCCACAGGCCTGTCCGAAAACCCAACTCCAGCCACAGAAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3051 ACTGTTTGTGCCCCAAGAATCAGACACCCTTTTTTACCATGCCCCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103051 ACTGTTTGTGCCCCAAGAATCAGACACCCTTTTTTACCATGCCCCACCCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3101 TTTCAGCAATCACATTTAAAAGACAGTTTATGTGTAAACTTTGCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103101 TTTCAGCAATCACATTTAAAAGACAGTTTATGTGTAAACTTTGCCACAGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   3151 ACATTCAAGACTGCATTTAGTCTTTGGAGTCACGAACAAACACACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103151 ACATTCAAGACTGCATTTAGTCTTTGGAGTCACGAACAAACACACAAT