seq1 = pF1KSDA1215.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KSDA1215/gi568815597f_160315838.tfa (gi568815597f:160315838_160525375), 209538 bp

>pF1KSDA1215 1563
>gi568815597f:160315838_160525375 (Chr1)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-192  (100225-100345)   100% ->
193-800  (103165-103772)   100% ->
801-937  (104574-104710)   100% ->
938-1073  (105215-105350)   100% ->
1074-1305  (108215-108446)   100% ->
1306-1563  (109281-109538)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACCGAGTCCCAGTACTCGGGCTATTCCTACAAGTCGGGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACACCGAGTCCCAGTACTCGGGCTATTCCTACAAGTCGGGCCACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCAGCTCCCGCAAGCACAG         GGACCGCCGGGACCGACACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 CCGCAGCTCCCGCAAGCACAGGTG...CAGGGACCGCCGGGACCGACACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTCTAAGAGTCGAGATGGGGGCCGAGGGGACAAGTCGGTGACAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 GCTCTAAGAGTCGAGATGGGGGCCGAGGGGACAAGTCGGTGACAATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCCGGGGAGCCCCTGCTGGACAATGAGTCCACACGAGGGGATGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100295 GCTCCCGGGGAGCCCCTGCTGGACAATGAGTCCACACGAGGGGATGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         GATGACAACTGGGGGGAAACGACGACAGTAGTAACGGGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100345 GGTG...TAGGATGACAACTGGGGGGAAACGACGACAGTAGTAACGGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTCAGAGCACAGCATCTCCCATGATGACCTCACACGCATCGCCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103205 CCTCAGAGCACAGCATCTCCCATGATGACCTCACACGCATCGCCAAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGAGGACAGTGTCCCTCTGGACTGCTCCCGTCACCTGGGTGTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103255 ATGGAGGACAGTGTCCCTCTGGACTGCTCCCGTCACCTGGGTGTGGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGGCCACCCTGGCACTGCTGTCTTTCCTCACGCCTCTGGCCTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103305 GGGGGCCACCCTGGCACTGCTGTCTTTCCTCACGCCTCTGGCCTTCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTGCCCCCACTGCTGTGGCGGGAGGAGCTGGAGCCTTGCGGGACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103355 TGCTGCCCCCACTGCTGTGGCGGGAGGAGCTGGAGCCTTGCGGGACGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCGAGGGCCTCTTCATCTCTGTCGCCTTCAAGCTGCTCATCCTGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103405 TGCGAGGGCCTCTTCATCTCTGTCGCCTTCAAGCTGCTCATCCTGCTACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGCAGCTGGGCTCTGTTCTTCCGCCGGCCCAAGGCCTCGCTGCCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103455 GGGCAGCTGGGCTCTGTTCTTCCGCCGGCCCAAGGCCTCGCTGCCCCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTTTGTGCTGCGTGCCCTGCTTATGGTGCTGGTTTTCCTGCTCGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103505 TCTTTGTGCTGCGTGCCCTGCTTATGGTGCTGGTTTTCCTGCTCGTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCTACTGGCTCTTCTATGGTGTGCGCATCCTGGATGCTCGGGAGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103555 TCCTACTGGCTCTTCTATGGTGTGCGCATCCTGGATGCTCGGGAGCGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTACCAGGGCGTGGTGCAGTTCGCCGTGTCGCTGGTGGACGCCCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103605 CTACCAGGGCGTGGTGCAGTTCGCCGTGTCGCTGGTGGACGCCCTTCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCGTGCACTACCTGGCCGTGGTCCTGCTGGAGCTGCGCCAGCTCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103655 TCGTGCACTACCTGGCCGTGGTCCTGCTGGAGCTGCGCCAGCTCCAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGTTCACGCTCAAGGTCGTGCGCTCCACCGACGGCGCCAGCCGCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103705 CAGTTCACGCTCAAGGTCGTGCGCTCCACCGACGGCGCCAGCCGCTTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAACGTTGGCCATCTCAG         CATCCAGCGCGTGGCAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103755 CAACGTTGGCCATCTCAGGTA...CAGCATCCAGCGCGTGGCAGTGTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCTGGAGAAGTATTACCATGACTTCCCTGTCTACAACCCTGCCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104597 TCCTGGAGAAGTATTACCATGACTTCCCTGTCTACAACCCTGCCCTCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AACCTGCCCAAGTCCGTCCTGGCCAAGAAAGTGTCTGGCTTCAAGGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104647 AACCTGCCCAAGTCCGTCCTGGCCAAGAAAGTGTCTGGCTTCAAGGTGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TTCCCTCGGAGAGG         AAAACAGCACCAACAACTCCACTGGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104697 TTCCCTCGGAGAGGGTG...CAGAAAACAGCACCAACAACTCCACTGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGTCTCGGGCTGTGATTGCAGCGGCAGCTCGGAGGCGGGACAACAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105242 AGTCTCGGGCTGTGATTGCAGCGGCAGCTCGGAGGCGGGACAACAGTCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AATGAGTACTACTATGAGGAGGCTGAGCATGAGCGAAGGGTGCGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105292 AATGAGTACTACTATGAGGAGGCTGAGCATGAGCGAAGGGTGCGCAAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GAGGGCCAG         GCTTGTAGTGGCGGTGGAGGAGGCCTTCACTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105342 GAGGGCCAGGTG...TAGGCTTGTAGTGGCGGTGGAGGAGGCCTTCACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACATTAAGCGGCTGCAGGAAGAGGAGCAGAAAAACCCCAGGGAGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108247 ACATTAAGCGGCTGCAGGAAGAGGAGCAGAAAAACCCCAGGGAGGTGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GACCCCCGGGAGGCAGCCCAAGCCATCTTTGCATCCATGGCCCGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108297 GACCCCCGGGAGGCAGCCCAAGCCATCTTTGCATCCATGGCCCGTGCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCAGAAGTACCTTCGGACCACCAAGCAGCAGCCCTACCACACCATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108347 GCAGAAGTACCTTCGGACCACCAAGCAGCAGCCCTACCACACCATGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GCATCCTGCAGCACCTTGAATTCTGCATCACGCATGACATGACGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108397 GCATCCTGCAGCACCTTGAATTCTGCATCACGCATGACATGACGCCCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306          GCCTTCTTGGAGCGATACTTGGCGGCTGGACCTACCATCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108447 GTA...CAGGCCTTCTTGGAGCGATACTTGGCGGCTGGACCTACCATCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GTACCACAAGGAACGCTGGCTGGCCAAACAGTGGACATTGGTGAGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109322 GTACCACAAGGAACGCTGGCTGGCCAAACAGTGGACATTGGTGAGCGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGCCGGTGACCAACGGCCTCAAGGATGGCATCGTTTTCCTCTTAAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109372 AGCCGGTGACCAACGGCCTCAAGGATGGCATCGTTTTCCTCTTAAAACGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CAGGACTTCAGCCTGGTGGTCAGCACCAAGAAGGTCCCATTCTTCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109422 CAGGACTTCAGCCTGGTGGTCAGCACCAAGAAGGTCCCATTCTTCAAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CTCCGAGGAATTTGTGGATCCCAAGTCACACAAGTTTGTCATGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109472 CTCCGAGGAATTTGTGGATCCCAAGTCACACAAGTTTGTCATGAGGCTGC

   1600     .    :    .
   1547 AGTCTGAGACCTCAGTG
        |||||||||||||||||
 109522 AGTCTGAGACCTCAGTG