seq1 = pF1KSDA1214.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KSDA1214/gi568815594r_140768264.tfa (gi568815594r:140768264_141232808), 464545 bp

>pF1KSDA1214 1188
>gi568815594r:140768264_141232808 (Chr4)

(complement)

1-484  (100001-100484)   100% ->
485-609  (264936-265060)   100% ->
610-681  (283437-283508)   100% ->
682-764  (285073-285155)   100% ->
765-861  (306736-306832)   100% ->
862-1072  (321455-321665)   100% ->
1073-1188  (364430-364545)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGTCTCTCATCCAAGCGTGCTGCAGTCTGGCTCTCTCAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGTCTCTCATCCAAGCGTGCTGCAGTCTGGCTCTCTCAACATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTTTCCTTTTGTTTCGTGCATCTGCTCTGCCTGGACTTTACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTTTCCTTTTGTTTCGTGCATCTGCTCTGCCTGGACTTTACCGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGAGAAGGAGGAATGGTACACCGCCTTCGTGAACATCACCTACGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGAGAAGGAGGAATGGTACACCGCCTTCGTGAACATCACCTACGCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCGCGCCGGACCCCGGGGCCGGGGCGGCGGGCGGCGGCGGCGCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCGCGCCGGACCCCGGGGCCGGGGCGGCGGGCGGCGGCGGCGCGGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACACGGAGAAGACGGAGTGCGGGCGCTACGGAGAGCACTCGCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACACGGAGAAGACGGAGTGCGGGCGCTACGGAGAGCACTCGCCCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGACGCCCGCGGGGAGGTGGTCATGGCCAGCTCGGCCCACGACCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGACGCCCGCGGGGAGGTGGTCATGGCCAGCTCGGCCCACGACCGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCTGCGACCCCAACACCAAGTTCGCCGCCCCGACCCGCGGCAAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCTGCGACCCCAACACCAAGTTCGCCGCCCCGACCCGCGGCAAGAACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATAGCCCTCATCCCCAAGGGCAACTGCACGTACAGGGATAAGATCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATAGCCCTCATCCCCAAGGGCAACTGCACGTACAGGGATAAGATCCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGCGTTCCTGCAGAACGCCTCAGCCGTGGTCATCTTCAACGTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGCGTTCCTGCAGAACGCCTCAGCCGTGGTCATCTTCAACGTGGGCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACACCAACGAGACCATCACCATGCCCCACGCGG         GTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100451 AACACCAACGAGACCATCACCATGCCCCACGCGGGTG...CAGGTGTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGACATCGTGGCCATAATGATTCCTGAGCCAAAAGGGAAGGAGATAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264943 AGACATCGTGGCCATAATGATTCCTGAGCCAAAAGGGAAGGAGATAGTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCTGCTGGAAAGAAACATCACCGTGACAATGTACATCACCATCGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264993 GCCTGCTGGAAAGAAACATCACCGTGACAATGTACATCACCATCGGAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGGAACTTGCAGAAATAT         CGCCGACTGGGGGATGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 265043 CGGAACTTGCAGAAATATGTG...CAGCGCCGACTGGGGGATGCAGCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAAAGCCATCAGCAAACTCCAGATCAGGACCATCAAGAAGGGTGACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 283460 GAAAGCCATCAGCAAACTCCAGATCAGGACCATCAAGAAGGGTGACAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682         GAAACAGAGTCTGATTTTGACAACTGTGCAGTTTGTATTGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283510 TA...CAGGAAACAGAGTCTGATTTTGACAACTGTGCAGTTTGTATTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGTACAAGCCCAATGACGTTGTCCGGATCCTGCCCTGCCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 285115 GGGTACAAGCCCAATGACGTTGTCCGGATCCTGCCCTGCCGGTG...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCATCTTTTCCACAAGTCCTGTGTTGACCCCTGGCTTCTAGACCATCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306736 GCATCTTTTCCACAAGTCCTGTGTTGACCCCTGGCTTCTAGACCATCGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTGTCCCATGTGCAAGATGAACATTCTTAAAGCCCTAGGGATCCCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 306786 CCTGTCCCATGTGCAAGATGAACATTCTTAAAGCCCTAGGGATCCCGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862       CCCAATGCCGACTGCATGGACGACTTGCCCACTGACTTCGAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306836 ...CAGCCCAATGCCGACTGCATGGACGACTTGCCCACTGACTTCGAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCTCTGGGAGGTCCACCCACCAACCAGATCACAGGTGCCAGCGACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321499 CTCTCTGGGAGGTCCACCCACCAACCAGATCACAGGTGCCAGCGACACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAGTGAATGAAAGTTCAGTCACTTTGGACCCTGCTGTCCGGACTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321549 CAGTGAATGAAAGTTCAGTCACTTTGGACCCTGCTGTCCGGACTGTGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCCTTGCAGGTGGTCCAGGATACAGACCCCATCCCCCAGGAGGGAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321599 GCCTTGCAGGTGGTCCAGGATACAGACCCCATCCCCCAGGAGGGAGACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATCTTTACTACTAACA         GTGAGCAGGAGCCAGCTGTAAGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 321649 CATCTTTACTACTAACAGTG...CAGGTGAGCAGGAGCCAGCTGTAAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTGATTCTGACATTTCCTTGATCATGGCAATGGAGGTTGGACTGTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364454 GTGATTCTGACATTTCCTTGATCATGGCAATGGAGGTTGGACTGTCTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTAGAACTTTCCACTGACCAGGACTGTGAAGAAGTGAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364504 GTAGAACTTTCCACTGACCAGGACTGTGAAGAAGTGAAATCT