seq1 = pF1KSDA1201.tfa, 2094 bp
seq2 = pF1KSDA1201/gi568815587f_123477464.tfa (gi568815587f:123477464_123722592), 245129 bp

>pF1KSDA1201 2094
>gi568815587f:123477464_123722592 (Chr11)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-135  (106849-106869)   100% ->
136-220  (116619-116703)   100% ->
221-324  (117272-117375)   100% ->
325-420  (118479-118574)   100% ->
421-501  (123005-123085)   100% ->
502-617  (125963-126078)   100% ->
618-774  (127859-128015)   100% ->
775-964  (129146-129335)   99% ->
965-1108  (131196-131339)   100% ->
1109-1227  (132332-132450)   100% ->
1228-1370  (132733-132875)   99% ->
1371-1474  (135298-135401)   100% ->
1475-1678  (135992-136195)   100% ->
1679-1769  (137282-137372)   100% ->
1770-1889  (141217-141337)   95% ->
1890-2007  (141644-141761)   100% ->
2008-2094  (145043-145129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGAGAAGGGCTCAGATCACTCCTCGGACAAGTCCCCGTCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGAGAAGGGCTCAGATCACTCCTCGGACAAGTCCCCGTCCACACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCAGGGCGTGCAGCGCAGCTGCTCCTCCCAGTCCGGCCGGAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCAGGGCGTGCAGCGCAGCTGCTCCTCCCAGTCCGGCCGGAGCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGAATTCCAAG         AAAAGCCAGAGTTGGTATAAT      
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...
 100101 GCAAGAATTCCAAGGTG...CAGAAAAGCCAGAGTTGGTATAATGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    GTGTTAAGCCCCACCTACAAGCAGAGAAATGAAGACTTCAGAAAGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116616 CAGGTGTTAAGCCCCACCTACAAGCAGAGAAATGAAGACTTCAGAAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTTAAGCAGCTTCCAGACACGGAGCGCCTCATTGTTG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116666 CTTTAAGCAGCTTCCAGACACGGAGCGCCTCATTGTTGGTG...CAGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTCATGTGCACTCCAAAGAGACATTCTCCTTCAGGGCCGACTCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117275 ACTCATGTGCACTCCAAAGAGACATTCTCCTTCAGGGCCGACTCTACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTGAAAATTGGATCTGCTTCTACAGCAACATCTTCCGCTGGGAAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117325 TCTGAAAATTGGATCTGCTTCTACAGCAACATCTTCCGCTGGGAAACTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 G         CTGACAGTCCGTTTGAAAGACATCTGTTCCATGACTAAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117375 GGTA...CAGCTGACAGTCCGTTTGAAAGACATCTGTTCCATGACTAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAAAAACAGCTCGCCTCATTCCCAATGCCATCCAAGTTTGCACTGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118519 AAAAAACAGCTCGCCTCATTCCCAATGCCATCCAAGTTTGCACTGATTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAAAG         CACTTCTTCACTTCGTTTGGGGCCCGGGATAGGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118569 GAAAAGGTA...TAGCACTTCTTCACTTCGTTTGGGGCCCGGGATAGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATATATGATGATGTTCCGGCTCTGGCAGAATGCTCTCCTTGAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123040 ATATATGATGATGTTCCGGCTCTGGCAGAATGCTCTCCTTGAAAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      CCTCTGTGTCCCAAGGAGCTCTGGCACTTTGTTCACCAGTGCTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123090 ..AAGCCTCTGTGTCCCAAGGAGCTCTGGCACTTTGTTCACCAGTGCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGGAACGAATTGGGCCTGACCAGTGATGACGAGGACTACGTGCCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126008 GGGAACGAATTGGGCCTGACCAGTGATGACGAGGACTACGTGCCCCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGACGACTTCAACACAATGGG         ATACTGTGAAGAGATCCCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126058 CGACGACTTCAACACAATGGGGTG...CAGATACTGTGAAGAGATCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGAAGAGAATGAAGTGAATGACAGCTCATCCAAGAGCAGCATAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127879 TGGAAGAGAATGAAGTGAATGACAGCTCATCCAAGAGCAGCATAGAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGCCAGATGCCAGTCCACAGCTGCCCAAGAAATCCATCACCAACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127929 AAGCCAGATGCCAGTCCACAGCTGCCCAAGAAATCCATCACCAACAGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACTAACATCCACAGGGAGCAGTGAGGCCCCCGTCTCG         TTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127979 ACTAACATCCACAGGGAGCAGTGAGGCCCCCGTCTCGGTA...CAGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGGGCTGCCCCTGGAGGAAGAGGCGCTGGAAGGAGACGGGTCCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 129150 ATGGGCTGCCCCTGGAGGAAGAGGCGCTGGAGGGAGACGGGTCCCTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGGAGCTCGCCATTGACAACATCATGGGGGAGAAGATTGAGATGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129200 AAGGAGCTCGCCATTGACAACATCATGGGGGAGAAGATTGAGATGATCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCCTGTGAACTCCCCTTCACTGGACTTCAATGACAATGAGGACATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129250 TCCTGTGAACTCCCCTTCACTGGACTTCAATGACAATGAGGACATCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGAGCTCAGTGACTCTTCCGACACACACGATGAAG         GAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 129300 CTGAGCTCAGTGACTCTTCCGACACACACGATGAAGGTG...CAGGAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTCCAGGCCTTCTATGAGGACCTGAGTGGCCGGCAGTACGTGAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131201 GTCCAGGCCTTCTATGAGGACCTGAGTGGCCGGCAGTACGTGAATGAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTCAACTTCAGCGTGGACAAGCTCTATGACCTCCTCTTCACCAACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131251 CTTCAACTTCAGCGTGGACAAGCTCTATGACCTCCTCTTCACCAACTCGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCTTCCAGCGGGATTTCATGGAGCAGCGGCGCTTCTCTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 131301 CCTTCCAGCGGGATTTCATGGAGCAGCGGCGCTTCTCTGGTC...TAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCATCTTCCATCCATGGAAAAAGGAGGAGAATGGAAACCAGAGCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132334 ATCATCTTCCATCCATGGAAAAAGGAGGAGAATGGAAACCAGAGCCGAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GATTCTTTACACCATCACCCTTACCAACCCTCTGGCTCCCAAAACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132384 GATTCTTTACACCATCACCCTTACCAACCCTCTGGCTCCCAAAACTGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTGTCAGGGAGACACAG         ACCATGTACAAGGCGAGCCAGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132434 CTGTCAGGGAGACACAGGTG...CAGACCATGTACAAGGCGAGCCAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGTGAATGTTACGTGATAGATGCCGAAGTCCTCACCCACGACGTGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132757 AGTGAATGTTACGTGATAGATGCCGAAGTCCTCACCCACGACGTGCCCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCACGACTACTTCTACACAATCAATCGCTACACGCTCACCCGTGTGGCTC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132807 CCATGACTACTTCTACACAATCAATCGCTACACGCTCACCCGTGTGGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGAACAAGAGCCGACTCAG         GGTCTCCACAGAGCTGCGCTAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 132857 GGAACAAGAGCCGACTCAGGTG...CAGGGTCTCCACAGAGCTGCGCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CGAAAACAGCCCTGGGGGTTAGTGAAAACGTTCATCGAGAAGAACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135320 CGAAAACAGCCCTGGGGGTTAGTGAAAACGTTCATCGAGAAGAACTTCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAGTGGGCTGGAGGACTACTTCCGCCATTTAG         AGAGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 135370 GAGTGGGCTGGAGGACTACTTCCGCCATTTAGGTG...TAGAGAGCGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGGCCAAAACGGAGAGCACTTATTTGGCTGAGATGCACAGACAATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136001 TGGCCAAAACGGAGAGCACTTATTTGGCTGAGATGCACAGACAATCTCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AAAGAGAAGGCCAGCAAGACTACAACGGTGCGGAGGAGGAAGCGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136051 AAAGAGAAGGCCAGCAAGACTACAACGGTGCGGAGGAGGAAGCGTCCCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGCCCACCTGCGAGTCCCTCACCTGGAAGAGGTGATGAGCCCGGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136101 TGCCCACCTGCGAGTCCCTCACCTGGAAGAGGTGATGAGCCCGGTCACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CGCCCACAGATGAGGATGTGGGCCACAGGATCAAACATGTGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 136151 CGCCCACAGATGAGGATGTGGGCCACAGGATCAAACATGTGGCAGGTG..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679     GTTCCACACAGACGCGGCATATCCCGGAGGACACCCCCAACGGTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136201 .CAGGTTCCACACAGACGCGGCATATCCCGGAGGACACCCCCAACGGTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCACCTGCAGAGCGTGTCCAAGCTGCTGCTGGTTATCAGCTGTGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 137328 CCACCTGCAGAGCGTGTCCAAGCTGCTGCTGGTTATCAGCTGTGTGTA..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770     GATCT GTTTC AGTCTGGTGCTGCTGGTCATCCTTAACATGATGC
        .>>>|-|||- || |-||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137378 .CACG TCTCCTTCCTAGTCTGGTGCTGCTGGTCATCCTTAACATGATGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1814 TCTTCTACAAACTCTGGATGTTGGAATACACCACGCAGACCCTCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141262 TCTTCTACAAACTCTGGATGTTGGAATACACCACGCAGACCCTCACTGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1864 TGGCAGGGTCTAAGGCTCCAAGAAAG         GTTACCCCAGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 141312 TGGCAGGGTCTAAGGCTCCAAGAAAGGTA...CAGGTTACCCCAGTCTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1905 GACAGAATGGGCCCAGCTCTTAGAGTCCCAACAAAAGTACCACGATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141659 GACAGAATGGGCCCAGCTCTTAGAGTCCCAACAAAAGTACCACGATACTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1955 AGCTCCAAAAATGGAGGGAAATCATCAAATCCTCAGTGATGCTCCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141709 AGCTCCAAAAATGGAGGGAAATCATCAAATCCTCAGTGATGCTCCTTGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2005 CAG         ATGAAGGACTCGCTCATCAACCTTCAGAACGGCATCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141759 CAGGTG...CAGATGAAGGACTCGCTCATCAACCTTCAGAACGGCATCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2046 GTCCCGCGACTACACGTCGGAAAGTGAAGAAAAGAGGAATCGCTATCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145081 GTCCCGCGACTACACGTCGGAAAGTGAAGAAAAGAGGAATCGCTATCAT