seq1 = pF1KSDA1195.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KSDA1195/gi568815595f_121521432.tfa (gi568815595f:121521432_121726907), 205476 bp

>pF1KSDA1195 2127
>gi568815595f:121521432_121726907 (Chr3)

1-1914  (100000-101912)   99% ->
1915-2127  (105264-105476)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAAGCCCGCAGATCCCCGCCAGGGCACCACAGGCATTGTGAGGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGGAAAGCCCGCAGATCCCCGCCAGGGCACCACAGGCATTGTGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGCTTCAACCGCCACTGCCACATTCCTGTGGAACCCAACACCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ATGCTTCAACCGCCACTGCCACATTCCTGTGGAACCCAACACCTCCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTAATAAGCTGCCACCTGCTCTGTGGTGCCACCTTCCACATGTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGGTAATAAGCTGCCACCTGCTCTGTGGTGCCACCTTCCACATGTGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCAGAGCACCAGCTCCTCTGCCCTTTAGAGCAGGTTCCGTGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GAGGCAGAGCACCAGCTCCTCTGCCCTTTAGAGCAGGTTCCGTGCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCGAATATGGCTGCCCTCTGTCCATGTCCCGCCACAAACTGGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CTCCGAATATGGCTGCCCTCTGTCCATGTCCCGCCACAAACTGGCCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGCAGGTGTGCCCCGCCAGCGTGGTCTGCTGCTCCATGGAGTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 ACCTGCAGGTGTGCCCCGCCAGCGTGGTCTGCTGCTCCATGGAGTGGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCTGGCCAAATGTGGACTCTGAAACCACCCTTCATGAAAACATCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 CGCTGGCCAAATGTGGACTCTGAAACCACCCTTCATGAAAACATCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGACCCCCAGTGAGGAGTGTTTGGACACAGCCCTGGCCCTGCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 AGAGACCCCCAGTGAGGAGTGTTTGGACACAGCCCTGGCCCTGCAGGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAAGGTCCTCTTCAGATCCTTGAAAATGGTGGAACTTTTCCCAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 AGAAGGTCCTCTTCAGATCCTTGAAAATGGTGGAACTTTTCCCAGAAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGAGAGGCTACTGAGGAGGAACCAACTATGAATGGTGAAACCAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 AGAGAGGCTACTGAGGAGGAACCAACTATGAATGGTGAAACCAGTGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAAATGGGAGGAGCAGTGGGTGGAGTGGATATCGGTTTGGTACCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 GGAAATGGGAGGAGCAGTGGGTGGAGTGGATATCGGTTTGGTACCACATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTCTGTCAGCAACTAATGGGGAGATGGCAGAGCTAAGTCAAGAAGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 GTCTGTCAGCAACTAATGGGGAGATGGCAGAGCTAAGTCAAGAAGAACGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGTGCTAGCCAAAACCAAAGAAGGGATGGACCTGGTCAAGTTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 GAGGTGCTAGCCAAAACCAAAGAAGGGATGGACCTGGTCAAGTTTGGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTGGGAAAATATTTTCAGCAAAGAGCACGCAGCCTCTGCTTTAACAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 GTGGGAAAATATTTTCAGCAAAGAGCACGCAGCCTCTGCTTTAACAAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CATCAGCGAGCTGTGAGAGCAAGAACAAGAATGACTCCGAGAAAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 CATCAGCGAGCTGTGAGAGCAAGAACAAGAATGACTCCGAGAAAGAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTTCCAGTGGCCATAACATGGTAGAAGGAGAGGGCGCTCCCAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100749 ATTTCCAGTGGCCATAACATGGTAGAAGGAGAGGGCGCTCCCAAAAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGAACCACAGGAAAATCAGAAGCAGCAGGACGTTCGTACAGCCATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 AGAACCACAGGAAAATCAGAAGCAGCAGGACGTTCGTACAGCCATGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCACAGGGCTTGCCCCTTGGCAGGATGGTGTTCTGGAAAGACTGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100849 CCACAGGGCTTGCCCCTTGGCAGGATGGTGTTCTGGAAAGACTGAAAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCTGTGGATGCAAAGGACTATAACATGTATCTAGTGCACAATGGGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100899 GCTGTGGATGCAAAGGACTATAACATGTATCTAGTGCACAATGGGCGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTGATACACTTTGGTCAGATGCCTGCTTGTACACCCAAGGAGAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100949 GCTGATACACTTTGGTCAGATGCCTGCTTGTACACCCAAGGAGAGAGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TTGTTTATGGCAAGCTGGAGGCTCAGGAAGTTAAGACTGTTTACACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100999 TTGTTTATGGCAAGCTGGAGGCTCAGGAAGTTAAGACTGTTTACACCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAAGTTCCTGTGAGCTACTGTGGAAAGCGAGCTCGACTTGGAGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101049 AAAGTTCCTGTGAGCTACTGTGGAAAGCGAGCTCGACTTGGAGATGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GTTGAGTTGTAAGCCAAGTGAACACAAGGCAGTGGATACTTCAGATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101099 GTTGAGTTGTAAGCCAAGTGAACACAAGGCAGTGGATACTTCAGATTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GGATCACTGTGGAGGACCTGCCCAAATCAGATCTCATCAAGACCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101149 GGATCACTGTGGAGGACCTGCCCAAATCAGATCTCATCAAGACCACCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAGTGTGCTTTGGAAAGAGAACTCAAAGGCCACGTCATCTCTGAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 CAGTGTGCTTTGGAAAGAGAACTCAAAGGCCACGTCATCTCTGAATCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AAGCATTGATGGACTGTTCATGGATTTTGCCACACAAACATACAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101249 AAGCATTGATGGACTGTTCATGGATTTTGCCACACAAACATACAACTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGCCAGAACAGTTTTCCTCTGGGACAGTGCTGGCTGACCTAACCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 AGCCAGAACAGTTTTCCTCTGGGACAGTGCTGGCTGACCTAACCGCTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACCCCAGGGGGACTCCACGTGGAGCTCCACAGCGAGTGTGTGACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 ACCCCAGGGGGACTCCACGTGGAGCTCCACAGCGAGTGTGTGACCAGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ACACAACAAAAGCAGCTCTGCCTTCACTTTCACTTGCAACAAATTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 ACACAACAAAAGCAGCTCTGCCTTCACTTTCACTTGCAACAAATTCTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GGAGGGATGAGTTCCCCCTGCACTTCAAGAATGTCCACACAGACATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 GGAGGGATGAGTTCCCCCTGCACTTCAAGAATGTCCACACAGACATTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TCATGTCTCAATGGCTGGTTCCAGCATCGATGCCCCCTCGCCTACTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 TCATGTCTCAATGGCTGGTTCCAGCATCGATGCCCCCTCGCCTACTTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 ATGTACATTTGTTCAAAACCATTTCCGTCCCCCAGGGCAAAAGGCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 ATGTACATTTGTTCAAAACCATTTCCGTCCCCCAGGGCAAAAGGCAAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TAATCTATAGCCAGGAGCTCAAGACCTTTGCCATTAAGCCGGAGGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101599 TAATCTATAGCCAGGAGCTCAAGACCTTTGCCATTAAGCCGGAGGTTGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CCAGAGCTGAGCGAGGGAAGGAAGAACAACCATCTTTTGGGTCATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 CCAGAGCTGAGCGAGGGAAGGAAGAACAACCATCTTTTGGGTCATGGAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 AAAAAGCCAGAATTCTTTAACCAGCCTGCCCCTGGAGATTTTGAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 AAAAAGCCAGAATTCTTTAACCAGCCTGCCCCTGGAGATTTTGAAGTACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TTGCTGGGTTCTTGGACAGCGTCAGCCTGGCCCAGCTCTCCCAGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101749 TTGCTGGGTTCTTGGACAGCGTCAGCCTGGCCCAGCTCTCCCAGGTGTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GTGCTGATGAGGAATATCTGTGCCACTTTGTTACAAGAGAGAGGAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101799 GTGCTGATGAGGAATATCTGTGCCACTTTGTTACAAGAGAGAGGAATGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CCTTTTGCAATGGAAGAAAAAGAGGTATTCCCATGGAGGCACCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101849 CCTTTTGCAATGGAAGAAAAAGAGGTATTCCCATGGAGGCACCTCCTGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 GAGTCCACAGAGAG         ATCTGGCAGTTCAGCAGCCTCTTCTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101899 GAGTCCACAGAGAGGTA...CAGATCTGGCAGTTCAGCAGCCTCTTCTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 AAAATCAAGAGCTGGGAGTTTAATGAAGTCACCTCCATGTCTGAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105291 AAAATCAAGAGCTGGGAGTTTAATGAAGTCACCTCCATGTCTGAGCACCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 GAAGTCCTGTCCTTTCAACATTGTAGAGCACAAAACTGACCCGATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105341 GAAGTCCTGTCCTTTCAACATTGTAGAGCACAAAACTGACCCGATTCTTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 TGACTAGCATGTGTCAGCCCCGTGAGCAGGCCCGAGAGAGCTTAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105391 TGACTAGCATGTGTCAGCCCCGTGAGCAGGCCCGAGAGAGCTTAGTCTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .
   2092 ACCTTTAGAATCAGACCACGAGGAAGATACGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105441 ACCTTTAGAATCAGACCACGAGGAAGATACGTCTCC