seq1 = pF1KSDA1194.tfa, 1671 bp
seq2 = pF1KSDA1194/gi568815593f_180429277.tfa (gi568815593f:180429277_180674197), 244921 bp

>pF1KSDA1194 1671
>gi568815593f:180429277_180674197 (Chr5)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-299  (120655-120841)   100% ->
300-385  (124110-124195)   100% ->
386-490  (135213-135317)   100% ->
491-559  (135399-135467)   100% ->
560-717  (136544-136701)   100% ->
718-872  (137812-137966)   100% ->
873-1027  (138573-138727)   100% ->
1028-1258  (139834-140064)   99% ->
1259-1461  (141954-142156)   100% ->
1462-1671  (144712-144921)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAAAGAAAAATACGAGCCCCCTGACCCTCGGAGGATGTATACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAAAGAAAAATACGAGCCCCCTGACCCTCGGAGGATGTATACAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATGTCTTCTGAGGAAGCAGCAAATGGAAAGAAATCCCACTGGGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATGTCTTCTGAGGAAGCAGCAAATGGAAAGAAATCCCACTGGGCAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGAAATAAGTG         GAAAAGTAAGAAGCTTAAGCGCATCTTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGAAATAAGTGGTA...CAGGAAAAGTAAGAAGCTTAAGCGCATCTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGTCACTAACTCACCTGACAGCTTTGCATTTGAGTGACAATTCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120684 TGGTCACTAACTCACCTGACAGCTTTGCATTTGAGTGACAATTCCCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGAATTCCTTCAGACATTGCCAAGCTTCACAATCTGGTGTATTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120734 CCGAATTCCTTCAGACATTGCCAAGCTTCACAATCTGGTGTATTTGGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTCATCTAATAAAATTCGTAGCTTACCCGCAGAACTCGGAAACATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120784 TGTCATCTAATAAAATTCGTAGCTTACCCGCAGAACTCGGAAACATGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCACTCAG         GGAGCTCCATTTAAATAACAACCTGTTACGAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120834 TCACTCAGGTA...CAGGGAGCTCCATTTAAATAACAACCTGTTACGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTACCTTTTGAGCTGGGAAAACTGTTTCAGTTGCAGACTTTAGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124143 TCTACCTTTTGAGCTGGGAAAACTGTTTCAGTTGCAGACTTTAGGCCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAG         GAAATCCCCTTACCCAGGATATATTGAACCTTTATCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124193 AAGGTA...CAGGAAATCCCCTTACCCAGGATATATTGAACCTTTATCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACCAGATGGAACAAGACGGCTGCTGAACTATTTGCTTGATAATTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135251 GAACCAGATGGAACAAGACGGCTGCTGAACTATTTGCTTGATAATTTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGTACTGCAAAAAGAA         TTACAACAGAACAACCACCTCCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 135301 AGGTACTGCAAAAAGAAGTA...TAGTTACAACAGAACAACCACCTCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGTCTTGGATTATGTTACAAGAACCAGATAGGACAAGGCCAACTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135423 GGTCTTGGATTATGTTACAAGAACCAGATAGGACAAGGCCAACTGGTT..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560     CCTTGTTTTCTGTCATGTGCTATAATGTTCTTTGTGATAAATATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135473 .CAGCCTTGTTTTCTGTCATGTGCTATAATGTTCTTTGTGATAAATATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACCCGGCAGTTATACGGCTACTGTCCATCATGGGCGCTAAACTGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136590 GACCCGGCAGTTATACGGCTACTGTCCATCATGGGCGCTAAACTGGGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAGGAAAAAGGCCATTATTCAAGAAATCTTGAGCTGCAATGCTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136640 ACAGGAAAAAGGCCATTATTCAAGAAATCTTGAGCTGCAATGCTGATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTAAGTCTTCAG         GAGGTTGAAACGGAACAGTATTACAGTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 136690 GTAAGTCTTCAGGTA...CAGGAGGTTGAAACGGAACAGTATTACAGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTTCTGGTAGAGCTGAAAGAACGTGGCTATAATGGATTCTTCAGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137841 TTTTCTGGTAGAGCTGAAAGAACGTGGCTATAATGGATTCTTCAGTCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTCTAGAGCTAGGACAATGTCAGAACAAGAAAGGAAACATGTTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137891 AGTCTAGAGCTAGGACAATGTCAGAACAAGAAAGGAAACATGTTGATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGTGCAATATTCTTCAAGACAGAAAA         ATTTACTTTGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 137941 TGTGCAATATTCTTCAAGACAGAAAAGTA...TAGATTTACTTTGGTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAACACACTGTTGAATTTAATCAGCTAGCCATGGCAAATTCTGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138588 GAAACACACTGTTGAATTTAATCAGCTAGCCATGGCAAATTCTGAGGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGAAGCTATGCTGAACAGAGTCATGACAAAAGATAACATTGGGGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138638 CTGAAGCTATGCTGAACAGAGTCATGACAAAAGATAACATTGGGGTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTACTGCTAGAACTTCGGAAGGAATCGATTGAAATGCCGT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 138688 GTACTGCTAGAACTTCGGAAGGAATCGATTGAAATGCCGTGTG...TAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGAAAGCCACATCTTGGAACAGAAAAACAACTTATTCTTGTGGCTAACG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139835 CGGAAAGCCACATCTTGGAACAGAAAAACAACTTATTCTTGTGGCTAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCACATGCATTGGGACCCTGAATACTCTGATGTGAAGTTGGTACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139885 CCCACATGCATTGGGACCCTGAATACTCTGATGTGAAGTTGGTACAAACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGATGTTCCTCTCAGAAGTGAAGAACATTATTGATAAAGCCTCTCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139935 ATGATGTTCCTCTCAGAAGTGAAGAACATTATTGATAAAGCCTCTCGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTCAAATCCAGTGTTTTGGGAGAATTTGGAACTATTCCACTTGTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139985 CCTCAAATCCAGTGTTTTGGGAGAATTTGGAACTATTCCACTTGTGTTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTGCAGATCTTAATTCTTTGCCAGACTCTG         GTGTTGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 140035 GTGCAGATCTTAATTCTTTGCCAGACTCTGGTA...TAGGTGTTGTAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TATTTGAGCACAGGTGGAGTAGAAACAAATCACAAAGACTTTAAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141965 TATTTGAGCACAGGTGGAGTAGAAACAAATCACAAAGACTTTAAGGAGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAGGTATAATGAAAGTCTCACAAACTTCAGCTGTCATGGGAAGAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142015 GAGGTATAATGAAAGTCTCACAAACTTCAGCTGTCATGGGAAGAATGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCACCAATGGAAGGATCACTCATGGTTTCAAGTTACAGAGTGCCTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142065 CCACCAATGGAAGGATCACTCATGGTTTCAAGTTACAGAGTGCCTATGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AGTGGCCTGATGCCTTACACGAATTACACATTTGATTTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 142115 AGTGGCCTGATGCCTTACACGAATTACACATTTGATTTCAAGGTG...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1462  GGTATAATAGACTACATTTTCTATTCTAAACCTCAGCTGAACACCTTAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144711 GGGTATAATAGACTACATTTTCTATTCTAAACCTCAGCTGAACACCTTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCATCCTGGGCCCTCTGGACCACCACTGGCTGGTTGAGAATAACATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144761 GCATCCTGGGCCCTCTGGACCACCACTGGCTGGTTGAGAATAACATCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGCTGCCCGCACCCCCTCATCCCCTCTGACCACTTCTCACTTTTTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144811 GGCTGCCCGCACCCCCTCATCCCCTCTGACCACTTCTCACTTTTTGCACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ACTGGAGCTCTTACTGCCTTTCCTGCCCCAAGTCAACGGCATCCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144861 ACTGGAGCTCTTACTGCCTTTCCTGCCCCAAGTCAACGGCATCCACCTTC

   1750     .    :
   1661 CTGGCAGGAGG
        |||||||||||
 144911 CTGGCAGGAGG