seq1 = pF1KSDA1187.tfa, 2409 bp
seq2 = pF1KSDA1187/gi568815597f_36056418.tfa (gi568815597f:36056418_36280067), 223650 bp

>pF1KSDA1187 2409
>gi568815597f:36056418_36280067 (Chr1)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-391  (114554-114898)   100% ->
392-460  (115096-115164)   100% ->
461-624  (116047-116210)   100% ->
625-739  (116947-117061)   100% ->
740-1122  (119782-120164)   100% ->
1123-1268  (120280-120425)   99% ->
1269-1597  (121456-121784)   100% ->
1598-1775  (122002-122179)   100% ->
1776-1914  (122268-122406)   100% ->
1915-2019  (122504-122608)   100% ->
2020-2073  (122845-122898)   100% ->
2074-2116  (123098-123140)   100% ->
2117-2207  (123249-123339)   100% ->
2208-2405  (123457-123652)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCGGCCCGCGTGCGGAGCTGGGGGCGGGCGCACCCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGAGAGCGGCCCGCGTGCGGAGCTGGGGGCGGGCGCACCCCCAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      CTGTGGTCGCCAGGACCCCCCCAGAGCCAAGACCTTCTCCAGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGCTGTGGTCGCCAGGACCCCCCCAGAGCCAAGACCTTCTCCAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGACCCTTCCCCCCCACCACCACCAATGTCAGCCCTGGTCCCCGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114599 GTGACCCTTCCCCCCCACCACCACCAATGTCAGCCCTGGTCCCCGACACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCCCGGACACCCCTCCTGCCATGAAGAATGCCACTAGCTCTAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114649 CCCCCGGACACCCCTCCTGCCATGAAGAATGCCACTAGCTCTAAGCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCACTGGAACCAGAGAGCCCCTCAGGGCAGGTCGGGCCTAGGCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114699 CCCACTGGAACCAGAGAGCCCCTCAGGGCAGGTCGGGCCTAGGCCAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCCGCAGGAAGAGTCCCCTTCCTCTGAAGCAAAGAGCAGAGGACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114749 CCCCGCAGGAAGAGTCCCCTTCCTCTGAAGCAAAGAGCAGAGGACCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCACCAGCCATGGGCCCACGGGATGCCAGACCTCCTCGAAGGAGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114799 CCACCAGCCATGGGCCCACGGGATGCCAGACCTCCTCGAAGGAGCAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCATCTCCAACAGCAGTGCCAGCCTCCGACAGCCCTCCCACCAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114849 GCCATCTCCAACAGCAGTGCCAGCCTCCGACAGCCCTCCCACCAAGCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392          AGGTGAAGAAGGCAGGAGAGAGACACAAGCTGGCAAAGGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114899 GTG...CAGAGGTGAAGAAGGCAGGAGAGAGACACAAGCTGGCAAAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGGCGAGAAGAGCGGGCCAAGTACCTGG         CGGCCAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115137 CGGCGAGAAGAGCGGGCCAAGTACCTGGGTG...CAGCGGCCAAGAAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTGTGGCTGGAGAAGGAGGAGAAGGCCAAGGCGCTGCGGGAGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116060 AGTGTGGCTGGAGAAGGAGGAGAAGGCCAAGGCGCTGCGGGAGAAGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCAGGAGCGCCGGCGCCGGCTGGAGGAGCAACGTCTTAAAGCCGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116110 TCCAGGAGCGCCGGCGCCGGCTGGAGGAGCAACGTCTTAAAGCCGAGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGCCGTGCAGCCCTGGAGGAACGGCAGCGGCAGAAGCTCGAGAAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116160 CGCCGTGCAGCCCTGGAGGAACGGCAGCGGCAGAAGCTCGAGAAAAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 G         GAGCGCTATGAAGCAGCCATCCAACGGTCAGTGAAGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116210 GGTG...CAGGAGCGCTATGAAGCAGCCATCCAACGGTCAGTGAAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGTGGGCCGAAATCCGGCAGCAGCGCTGGTCCTGGGCAGGGGCCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116987 CGTGGGCCGAAATCCGGCAGCAGCGCTGGTCCTGGGCAGGGGCCCTGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACAGCTCTCCAGGACATAAGACCA         ATCGCAGCCTGCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117037 CACAGCTCTCCAGGACATAAGACCAGTG...CAGATCGCAGCCTGCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAGCGCATGGGAGAGCAGCATCGTGGATCGTCTGATGACGCCCACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119798 GAGCGCATGGGAGAGCAGCATCGTGGATCGTCTGATGACGCCCACTCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCTTCCTTGCTCGGAGTCGCAGCGCGGTCACACTGCCCCGCAACGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119848 CCTTCCTTGCTCGGAGTCGCAGCGCGGTCACACTGCCCCGCAACGGCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACCAGGGTAGGGGCTGCGACCCTGGGAGAGGCCCCACGTGGGGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119898 GACCAGGGTAGGGGCTGCGACCCTGGGAGAGGCCCCACGTGGGGCCGGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGGGGCCAGCCTGGCGCGCGGGCCGCAACCCGACCGCACTCATCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119948 AGGGGCCAGCCTGGCGCGCGGGCCGCAACCCGACCGCACTCATCCCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAGCCGTGCCGGTGTGCCCGCGCTCGGCCTCCGCCAGCCCCCTGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119998 CAGCCGTGCCGGTGTGCCCGCGCTCGGCCTCCGCCAGCCCCCTGACGCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGCAGCGTCACCCGAAGCGTGCACCGCTGCGCCCCCGCCGGTGAGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120048 TGCAGCGTCACCCGAAGCGTGCACCGCTGCGCCCCCGCCGGTGAGCGCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGAGCGCCGCAAGCCCAACGCCGGGGGCAGCCCCGCTCCGGTGCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120098 GGAGCGCCGCAAGCCCAACGCCGGGGGCAGCCCCGCTCCGGTGCGCCGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGCCGGAGGCCTCGCCG         GTGCAGAAAAAGGAGAAGAAGGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120148 GGCCGGAGGCCTCGCCGGTG...CAGGTGCAGAAAAAGGAGAAGAAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAGGAGCGGGAAAACGAGAAGGAGAAGAGTGCCCTAGCCCGGGAGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120304 AAGGAGCGGGAAAACGAGAAGGAGAAGAGTGCCCTAGCCCGGGAGCGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCTCAAGAAGCGCCAGTCGCTGCCCGCCTCCCCACGTGCCCGCCTCTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 120354 CCTCAAGAAGCGCCAGTCGCTGCCCGCCTCCCCACGTGCCCGCCTCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCAGCACCGCCTCTGAGCTCAG         CCCCAAATCCAAGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120404 CCAGCACCGCCTCTGAGCTCAGGTG...TAGCCCCAAATCCAAGGCCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCATCCTCTCCCTCCACATCCTGGCACAGGCCTGCCTCCCCCTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121475 CCATCCTCTCCCTCCACATCCTGGCACAGGCCTGCCTCCCCCTGCCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCCAGGGCCAGGCCACACTCTGCCTCCAAAGCCACCGTCCCCCCGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121525 CCCAGGGCCAGGCCACACTCTGCCTCCAAAGCCACCGTCCCCCCGAGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCACTGCATCCCCCAAGGGGCGGGTTCGGAGGAAGGAGGAGGCAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121575 CCACTGCATCCCCCAAGGGGCGGGTTCGGAGGAAGGAGGAGGCAAAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AGCCCCAGCGCCGCAGGGCCCGAGGACAAGAGCCAGAGCAAGCGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121625 AGCCCCAGCGCCGCAGGGCCCGAGGACAAGAGCCAGAGCAAGCGCAGGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAGTAACGAGAAGGAGTCAGCAGCCCCAGCCTCACCGGCACCTTCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121675 CAGTAACGAGAAGGAGTCAGCAGCCCCAGCCTCACCGGCACCTTCGCCGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CGCCCTCGCCCACCCCAGCCCCGCCCCAGAAGGAGCAGCCCCCCGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121725 CGCCCTCGCCCACCCCAGCCCCGCCCCAGAAGGAGCAGCCCCCCGCGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 ACCCCTACAG         ACGCTGCTGTCTTGACCTCACCCCCAGCCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121775 ACCCCTACAGGTA...CAGACGCTGCTGTCTTGACCTCACCCCCAGCCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGCTCCCCCGGTGACCCCTAGCAAACCAATGGCCGGCACCACAGACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122033 TGCTCCCCCGGTGACCCCTAGCAAACCAATGGCCGGCACCACAGACCGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AAGAAGCCACTCGGCTCTTGGCTGAGAAGCGGCGCCAGGCCCGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122083 AAGAAGCCACTCGGCTCTTGGCTGAGAAGCGGCGCCAGGCCCGGGAGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CGGGAGCGCGAGGAGCAGGAGCGGAGGCTGCAGGCAGAAAGGGACAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 122133 CGGGAGCGCGAGGAGCAGGAGCGGAGGCTGCAGGCAGAAAGGGACAAGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1776       GCGAATGCGAGAGGAGCAGCTGGCACGGGAGGCCGAGGCCCGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122183 ...CAGGCGAATGCGAGAGGAGCAGCTGGCACGGGAGGCCGAGGCCCGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CGGAGCGGGAGGCGGAGGCCCGGAGGCGGGAGGAGCAGGAGGCACGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122312 CGGAGCGGGAGGCGGAGGCCCGGAGGCGGGAGGAGCAGGAGGCACGAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAGGCGCAGGCCGAGCAGGAGGAGCAGGAGCGGCTGCAGAAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122362 AAGGCGCAGGCCGAGCAGGAGGAGCAGGAGCGGCTGCAGAAGCAGGTG..

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915     AAAGAGGAGGCCGAAGCTCGGTCGCGGGAAGAGGCGGAGCGGCAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122412 .CAGAAAGAGGAGGCCGAAGCTCGGTCGCGGGAAGAGGCGGAGCGGCAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GTCTGGAGCGGGAAAAGCACTTCCAGCAGCAGGAGCAAGAGCGGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122550 GTCTGGAGCGGGAAAAGCACTTCCAGCAGCAGGAGCAAGAGCGGCAAGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CGCAGAAAG         CGTCTGGAGGAGATCATGAAGAGGACTCGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 122600 CGCAGAAAGGTG...CAGCGTCTGGAGGAGATCATGAAGAGGACTCGGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GTCAGAAGTTTCTGAAACCAAG         AAGCAGGACAGCAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122877 GTCAGAAGTTTCTGAAACCAAGGTC...CAGAAGCAGGACAGCAAGGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCAACGCCAACGGTTCCAGCCCAG         AGCCTGTGAAAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123117 CCAACGCCAACGGTTCCAGCCCAGGTA...CAGAGCCTGTGAAAGCTGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GAGGCTCGGTCCCCAGGGCTGCAGAAGGAGGCTGTGCAGAAAGAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123266 GAGGCTCGGTCCCCAGGGCTGCAGAAGGAGGCTGTGCAGAAAGAGGAGCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CATCCCACAGGAGCCTCAGTGGAG         TCTCCCAAGCAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123316 CATCCCACAGGAGCCTCAGTGGAGGTA...CAGTCTCCCAAGCAAGGAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TGCCAGCGTCCCTGGTGAATGGCCTGCAGCCTCTCCCAGCACACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123474 TGCCAGCGTCCCTGGTGAATGGCCTGCAGCCTCTCCCAGCACACCAGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 AATGGCTTCTCCACCAACGGACCCTCTGGGGACAAGAGTCTGAGCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123524 AATGGCTTCTCCACCAACGGACCCTCTGGGGACAAGAGTCTGAGCCGAAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 ACCAGAGACACTCCTGCCCTTTGCAGAGGCAGAAGCCTTCCTCAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123574 ACCAGAGACACTCCTGCCCTTTGCAGAGGCAGAAGCCTTCCTCAAGAAAG

   2500     .    :    .    :    .    :
   2375 CTGTGGTGCAGTCCCCGCAGGTCACAGAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||--||
 123624 CTGTGGTGCAGTCCCCGCAGGTCACAG  GT