seq1 = pF1KSDA1186.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KSDA1186/gi568815576f_30297117.tfa (gi568815576f:30297117_30522404), 225288 bp

>pF1KSDA1186 1209
>gi568815576f:30297117_30522404 (Chr22)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-130  (102527-102602)   100% ->
131-174  (109226-109269)   100% ->
175-234  (109979-110038)   100% ->
235-423  (110299-110487)   100% ->
424-519  (112071-112166)   100% ->
520-580  (112310-112370)   100% ->
581-664  (113480-113563)   100% ->
665-771  (118643-118749)   100% ->
772-911  (118832-118971)   100% ->
912-1081  (119118-119287)   100% ->
1082-1209  (125161-125288)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGCAGAGTCGGCGATCTGAGCCCCAGGCAGAAGGAGGCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGCAGAGTCGGCGATCTGAGCCCCAGGCAGAAGGAGGCATTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAG         TTTCGGGAGAATGTCCAGGATGTGCTGCCGGCCCTGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGTG...CAGTTTCGGGAGAATGTCCAGGATGTGCTGCCGGCCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGAATCCAGATGACTATTTTCTCCTGCGTTGGCTCCGAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102564 CGAATCCAGATGACTATTTTCTCCTGCGTTGGCTCCGAGGTG...CAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGAAGCTTCGACCTGCAGAAGTCGGAGGCCATGCTCCGGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109228 AGAAGCTTCGACCTGCAGAAGTCGGAGGCCATGCTCCGGAAGGTG...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175  CATGTGGAGTTCCGAAAGCAAAAGGACATTGACAACATCATTAGCTGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109978 GCATGTGGAGTTCCGAAAGCAAAAGGACATTGACAACATCATTAGCTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCCTCCAGAG         GTGATCCAACAGTATCTGTCAGGGGGTATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110028 AGCCTCCAGAGGTG...CAGGTGATCCAACAGTATCTGTCAGGGGGTATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TGTGGCTATGACCTGGATGGCTGCCCAGTCTGGTACGACATAATTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110329 TGTGGCTATGACCTGGATGGCTGCCCAGTCTGGTACGACATAATTGGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCTGGATGCCAAGGGTCTGCTGTTCTCAGCCTCCAAACAGGACCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110379 TCTGGATGCCAAGGGTCTGCTGTTCTCAGCCTCCAAACAGGACCTGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGACCAAGATGCGGGAGTGTGAGCTGCTTCTGCAAGAGTGTGCCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110429 GGACCAAGATGCGGGAGTGTGAGCTGCTTCTGCAAGAGTGTGCCCACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCACAAAG         TTGGGGAGGAAGGTGGAGACCATCACCATAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110479 ACCACAAAGGTG...CAGTTGGGGAGGAAGGTGGAGACCATCACCATAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTATGACTGCGAGGGGCTTGGCCTCAAGCATCTCTGGAAGCCTGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112103 TTATGACTGCGAGGGGCTTGGCCTCAAGCATCTCTGGAAGCCTGCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGCCTATGGAGAG         TTTCTCTGCATGTTTGAGGAAAATTAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112153 AGGCCTATGGAGAGGTG...CAGTTTCTCTGCATGTTTGAGGAAAATTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCGAAACACTGAAGCGTCTTTTTGTTGTTAAAG         CCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112337 CCCGAAACACTGAAGCGTCTTTTTGTTGTTAAAGGTA...CAGCCCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ACTGTTTCCTGTGGCCTATAACCTCATCAAACCCTTCCTGAGTGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113487 ACTGTTTCCTGTGGCCTATAACCTCATCAAACCCTTCCTGAGTGAGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTCGTAAGAAGATCATGGTCCTGGGAG         CAAATTGGAAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113537 CTCGTAAGAAGATCATGGTCCTGGGAGGTA...CAGCAAATTGGAAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTTTTACTGAAACATATCAGCCCTGACCAGGTGCCTGTGGAGTATGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118657 GTTTTACTGAAACATATCAGCCCTGACCAGGTGCCTGTGGAGTATGGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CACCATGACTGACCCTGATGGAAACCCCAAGTGCAAATCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118707 CACCATGACTGACCCTGATGGAAACCCCAAGTGCAAATCCAAGGTA...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772   ATCAACTACGGGGGTGACATCCCCAGGAAGTATTATGTGCGAGACCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118830 AGATCAACTACGGGGGTGACATCCCCAGGAAGTATTATGTGCGAGACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTGAAACAGCAGTATGAACACAGCGTGCAGATTTCCCGTGGCTCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118880 GTGAAACAGCAGTATGAACACAGCGTGCAGATTTCCCGTGGCTCCTCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCAAGTGGAGTATGAGATCCTCTTCCCTGGCTGTGTCCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118930 CCAAGTGGAGTATGAGATCCTCTTCCCTGGCTGTGTCCTCAGGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912  GTGGCAGTTTATGTCAGATGGAGCGGATGTTGGTTTTGGGATTTTCCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119117 GGTGGCAGTTTATGTCAGATGGAGCGGATGTTGGTTTTGGGATTTTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AAGACCAAGATGGGAGAGAGGCAGCGGGCAGGGGAGATGACAGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119167 AAGACCAAGATGGGAGAGAGGCAGCGGGCAGGGGAGATGACAGAGGTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCCCAACCAGAGGTACAACTCCCACCTGGTCCCTGAAGATGGGACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119217 GCCCAACCAGAGGTACAACTCCCACCTGGTCCCTGAAGATGGGACCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCTGCAGTGATCCTGGCATCT         ATGTCCTGCGGTTTGACAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 119267 CCTGCAGTGATCCTGGCATCTGTA...CAGATGTCCTGCGGTTTGACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ACCTACAGCTTCATTCATGCCAAGAAGGTCAATTTCACTGTGGAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125181 ACCTACAGCTTCATTCATGCCAAGAAGGTCAATTTCACTGTGGAGGTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GCTTCCAGACAAAGCCTCAGAAGAGAAGATGAAACAGCTGGGGGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125231 GCTTCCAGACAAAGCCTCAGAAGAGAAGATGAAACAGCTGGGGGCAGGCA

   1300     .
   1202 CCCCGAAA
        ||||||||
 125281 CCCCGAAA