seq1 = pF1KSDA1184.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KSDA1184/gi568815596f_218170536.tfa (gi568815596f:218170536_218444978), 274443 bp

>pF1KSDA1184 1155
>gi568815596f:218170536_218444978 (Chr2)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-236  (100846-101014)   100% ->
237-352  (169248-169363)   100% ->
353-465  (169494-169606)   100% ->
466-524  (170193-170251)   100% ->
525-617  (170999-171091)   100% ->
618-781  (171446-171609)   100% ->
782-868  (172965-173051)   100% ->
869-984  (173920-174035)   100% ->
985-1155  (174273-174443)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGTGGTAGCTGCTACGGCGCTGAAGGGCCGGGGGGCGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGTGGTAGCTGCTACGGCGCTGAAGGGCCGGGGGGCGAGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCGCGTCCTCCGGG         GGATTCTCGCAGGAGCCACAGCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCGCGTCCTCCGGGGTA...CAGGGATTCTCGCAGGAGCCACAGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAAGGCTTCTCATAACAGGACCCGGGCCCTGCAAAGCCACAGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100870 ACAAGGCTTCTCATAACAGGACCCGGGCCCTGCAAAGCCACAGCTCCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGGCAAGGAGGAACCTGAACCCCTATCCCCGGAGCTGGAATACATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100920 GAGGGCAAGGAGGAACCTGAACCCCTATCCCCGGAGCTGGAATACATTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGAAAGAGGGGCAAGAACCCCATGAAAGCTGTGGGACTGGCCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100970 CAGAAAGAGGGGCAAGAACCCCATGAAAGCTGTGGGACTGGCCTGGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     GTACAGCCTGTACACCCGCACCTGGCTCGGGTACCTCTTCTACCGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101020 .TAGGTACAGCCTGTACACCCGCACCTGGCTCGGGTACCTCTTCTACCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCAGCTGCGCAGGGCTCGGAATCGCTACCCTAAAGGCCACTCGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169294 CAGCAGCTGCGCAGGGCTCGGAATCGCTACCCTAAAGGCCACTCGAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGCCCCGCCTCTTCAATG         GAGTGAAGGTGCTTCCCATCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 169344 CCAGCCCCGCCTCTTCAATGGTG...CAGGAGTGAAGGTGCTTCCCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGTCCTCTCGGACAACTACAGCTACCTCATCATCGACACCCAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169515 CTGTCCTCTCGGACAACTACAGCTACCTCATCATCGACACCCAGGCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCTGTGGCTGTGGACCCTTCAGACCCTCGGGCTGTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 169565 CTGGCTGTGGCTGTGGACCCTTCAGACCCTCGGGCTGTGCAGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  GCTTCCATTGAAAAGGAAGGGGTCACCTTGGTCGCCATTCTGTGTACTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170192 GGCTTCCATTGAAAAGGAAGGGGTCACCTTGGTCGCCATTCTGTGTACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAAGCACTG         GGACCACAGTGGAGGGAACCGTGACCTCAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 170242 ACAAGCACTGGTA...CAGGGACCACAGTGGAGGGAACCGTGACCTCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGGCGGCACCGGGACTGTCGGGTGTACGGGAGCCCTCAGGACGGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171030 CGGCGGCACCGGGACTGTCGGGTGTACGGGAGCCCTCAGGACGGCATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTACCTCACCCA         TCCCCTGTGTCATCAAGATGTGGTCAGCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 171080 CTACCTCACCCAGTA...CAGTCCCCTGTGTCATCAAGATGTGGTCAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGGACGGCTTCAGATCCGGGCCCTGGCTACACCTGGCCACACACAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171475 TGGGACGGCTTCAGATCCGGGCCCTGGCTACACCTGGCCACACACAAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATCTGGTCTACCTACTGGATGGGGAGCCCTACAAGGGTCCCTCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171525 CATCTGGTCTACCTACTGGATGGGGAGCCCTACAAGGGTCCCTCCTGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCTCAGGGGACCTGCTCTTCCTCTCTGGCTGTG         GGCGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 171575 CTTCTCAGGGGACCTGCTCTTCCTCTCTGGCTGTGGTG...CAGGGCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTTTGAGGGCAATGCAGAGACCATGCTGAGCTCACTGGACACTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172971 CCTTTGAGGGCAATGCAGAGACCATGCTGAGCTCACTGGACACTGTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGCTAGGGGATGACACCCTTCTGTGGCCTG         GTCATGAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 173021 GGGCTAGGGGATGACACCCTTCTGTGGCCTGGTG...TAGGTCATGAGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCAGAGGAGAACCTGGGCTTTGCAGGTGTGGTGGAGCCCGAGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173930 TGCAGAGGAGAACCTGGGCTTTGCAGGTGTGGTGGAGCCCGAGAACCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCGGGAGAGGAAGATGCAGTGGGTGCAGCGGCAGCGGCTGGAGCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173980 CCCGGGAGAGGAAGATGCAGTGGGTGCAGCGGCAGCGGCTGGAGCGCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGCACG         TGCCCATCTACCCTGGGAGAGGAGCGCTCCTACAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174030 GGCACGGTG...CAGTGCCCATCTACCCTGGGAGAGGAGCGCTCCTACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCCGTTCCTGAGAACCCACTGCCTGGCGCTACAGGAGGCTCTGGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174308 CCCGTTCCTGAGAACCCACTGCCTGGCGCTACAGGAGGCTCTGGGGCCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGCCGGGCCCCACTGGGGATGATGACTACTCCCGGGCCCAGCTCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174358 GGCCGGGCCCCACTGGGGATGATGACTACTCCCGGGCCCAGCTCCTGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1120 GAGCTCCGCCGGCTGAAGGATATGCACAAGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174408 GAGCTCCGCCGGCTGAAGGATATGCACAAGAGCAAG