seq1 = pF1KSDA1171.tfa, 1677 bp
seq2 = pF1KSDA1171/gi568815582f_2396149.tfa (gi568815582f:2396149_2600955), 204807 bp

>pF1KSDA1171 1677
>gi568815582f:2396149_2600955 (Chr16)

1-965  (100001-100965)   99% ->
966-983  (101562-101579)   100% ->
984-1142  (102090-102248)   100% ->
1143-1206  (103209-103272)   100% ->
1207-1302  (103687-103782)   100% ->
1303-1525  (104120-104342)   100% ->
1526-1677  (104656-104807)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCTCCAGGATACAACTGCTTCGTGGACAAAGACAAGATGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCTCCAGGATACAACTGCTTCGTGGACAAAGACAAGATGGACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCATCCAGGACCTGGGGCCCAAGGAGCTGAGCTGCACTGAACTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCATCCAGGACCTGGGGCCCAAGGAGCTGAGCTGCACTGAACTGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTGAAGCAGCTGGCGCGCCAGGGCTACTGGGCCCAAAGCCACGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTGAAGCAGCTGGCGCGCCAGGGCTACTGGGCCCAAAGCCACGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGGAAAGGTGTACCAGCGCCTGATCCGGGACATTCCCTGCCGCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGGAAAGGTGTACCAGCGCCTGATCCGGGACATTCCCTGCCGCACGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACGCCTGACGCCAGCGTGTACAGCGACATCGTGGGCAAGATCGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACGCCTGACGCCAGCGTGTACAGCGACATCGTGGGCAAGATCGTGGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCACAGCAGCAGCTGCCTGCCGCTGCCCGAGTTCGTGGACAACACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCACAGCAGCAGCTGCCTGCCGCTGCCCGAGTTCGTGGACAACACGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCCCAGCTACTGCCTGAATGCACGCGGCGAGGGGGCCGTGCGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCCCAGCTACTGCCTGAATGCACGCGGCGAGGGGGCCGTGCGCAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCCTGTGCCTGGCCAACCAGTTCCCCGACATCTCCTTCTGCCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCCTGTGCCTGGCCAACCAGTTCCCCGACATCTCCTTCTGCCCCGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCCGGCCGTGGTGGCCCTGCTGCTGCACTACAGCATCGACGAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCCGGCCGTGGTGGCCCTGCTGCTGCACTACAGCATCGACGAGGCCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCTTCGAGAAGGCCTGCCGCATCCTGGCCTGCAATGACCCCGGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCTTCGAGAAGGCCTGCCGCATCCTGGCCTGCAATGACCCCGGCAGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGATCGACCAGAGCTTCCTGGCCTTTGAGTCGTCCTGCATGACGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGATCGACCAGAGCTTCCTGGCCTTTGAGTCGTCCTGCATGACGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGGACCTGGTGAACAAGTACTGCCAGGCGGCCCACAAGCTGATGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGGACCTGGTGAACAAGTACTGCCAGGCGGCCCACAAGCTGATGGTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGTCGGAGGATGTCCTGCAGGTCTATGCGGACTGGCAGCGCTGGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGTCGGAGGATGTCCTGCAGGTCTATGCGGACTGGCAGCGCTGGCTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGGGAGCTGCCCCTCTGCTACTTCGCCCGGGTCTTTGACGTCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGGGAGCTGCCCCTCTGCTACTTCGCCCGGGTCTTTGACGTCTTCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGAGGGCTACAAGGTGCTGTACCGCGTGGCGCTGGCCATCCTCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGAGGGCTACAAGGTGCTGTACCGCGTGGCGCTGGCCATCCTCAAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCCATAAGGTGAGGGCCGGGCAGCCGCTGGAGTCGGACAGCGTGAAGCA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCCACAAGGTGAGGGCCGGGCAGCCGCTGGAGTCGGACAGCGTGAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGACATCCGCACGTTCGTCAGAGACATCGCGAAGACGGTGTCCCCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGACATCCGCACGTTCGTCAGAGACATCGCGAAGACGGTGTCCCCTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCTGCTGGAGAAAGCGTTCGCCATCCGCCTCTTGTCCCGCAAGGAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100851 AGCTGCTGGAGAAAGCGTTCGCCATCCGCCTCTTCTCCCGCAAGGAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGCTCCTGCAGATGGCCAATGAGAAAGCCCTGAAGCAGAAGGGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGCTCCTGCAGATGGCCAATGAGAAAGCCCTGAAGCAGAAGGGCATCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGTGAAGCAGAAGAG         TGTGTCACTTTCTAAAAG        
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||>>>...>>
 100951 CGTGAAGCAGAAGAGGTA...CAGTGTGTCACTTTCTAAAAGGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984  GCAGTTTGTACACTTGGCCGTCCATGCAGAGAACTTCCGCTCGGAGATC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102089 GGCAGTTTGTACACTTGGCCGTCCATGCAGAGAACTTCCGCTCGGAGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GTCAGCGTGAGGGAGATGAGAGACATCTGGTCCTGGGTCCCCGAGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102139 GTCAGCGTGAGGGAGATGAGAGACATCTGGTCCTGGGTCCCCGAGCGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGCCCTGTGCCAGCCCCTTCTGCTGTTCTCCTCCCTGCAGCACGGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102189 TGCCCTGTGCCAGCCCCTTCTGCTGTTCTCCTCCCTGCAGCACGGGTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCCTGGCCAG         GTTCTACTTCCAGTGTGAAGGACATGAGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102239 GCCTGGCCAGGTA...CAGGTTCTACTTCCAGTGTGAAGGACATGAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACCCTCTTGCTCATCAAGACCACGCAGAAGGAG         GTGTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103240 ACCCTCTTGCTCATCAAGACCACGCAGAAGGAGGTG...CAGGTGTGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGCTTACCTGTCCACAGACTGGAGTGAGAGAAATAAGTTTGGAGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103695 TGCTTACCTGTCCACAGACTGGAGTGAGAGAAATAAGTTTGGAGGCAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGGGCTTCTTTGGGACCGGAGAATGCTTTGTGTTTAGG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103745 TGGGCTTCTTTGGGACCGGAGAATGCTTTGTGTTTAGGGTG...CAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CAGCCTGAGGTGCAGCGCTACGAGTGGGTGGTGATCAAGCACCCCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 CAGCCTGAGGTGCAGCGCTACGAGTGGGTGGTGATCAAGCACCCCGAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GACCAAGCCCCCACCCTTGATGGCTGCCGAGCCCACCGCCCCACTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 GACCAAGCCCCCACCCTTGATGGCTGCCGAGCCCACCGCCCCACTCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACTCCGCCTCCTCAGACCCCGCTGACCGCCTCTCGCCCTTCCTGGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 ACTCCGCCTCCTCAGACCCCGCTGACCGCCTCTCGCCCTTCCTGGCCGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CGCCACTTCAACCTGCCCTCCAAGACCGAGTCCATGTTCATGGCGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 CGCCACTTCAACCTGCCCTCCAAGACCGAGTCCATGTTCATGGCGGGGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CAGCGACTGCCTCATCGTCG         GGGGAGGAGGCGGCCAGGCGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104323 CAGCGACTGCCTCATCGTCGGTG...CAGGGGGAGGAGGCGGCCAGGCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TCTACATCGATGGGGACCTGAACCGGGGCCGCACAAGCCACTGCGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104677 TCTACATCGATGGGGACCTGAACCGGGGCCGCACAAGCCACTGCGACACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TTCAACAACCAGCCCCTCTGCTCCGAGAACTTCCTCATTGCTGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104727 TTCAACAACCAGCCCCTCTGCTCCGAGAACTTCCTCATTGCTGCCGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :
   1647 GGCCTGGGGCTTCCAGGACCCTGACACCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 104777 GGCCTGGGGCTTCCAGGACCCTGACACCCAG