seq1 = pF1KSDA1165.tfa, 726 bp
seq2 = pF1KSDA1165/gi568815585f_79381486.tfa (gi568815585f:79381486_79651117), 269632 bp

>pF1KSDA1165 726
>gi568815585f:79381486_79651117 (Chr13)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-205  (139325-139490)   99% ->
206-339  (151838-151971)   100% ->
340-433  (158197-158290)   100% ->
434-558  (162073-162197)   100% ->
559-625  (166843-166909)   100% ->
626-726  (169532-169632)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCACCACCAGCCGGGGACTGGGCGCTACCAGGTG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGATCACCACCAGCCGGGGACTGGGCGCTACCAGGTGGTG...TAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTTAATGAAGAGGATAACTCAGAATCATCGGCTATAGAGCAGCCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139327 TCTTAATGAAGAGGATAACTCAGAATCATCGGCTATAGAGCAGCCACCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCAAACCCAGCACCGCAGATTGTGCAGGCTGTGTCTTCAGCACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 139377 CTTCAAACCCAGCACCGCAGATTGTGCAGGCTGCGTCTTCAGCACCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGAAACTGACTCTTCCCCTCCACCATATAGTAGTATTACTGTGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139427 CTTGAAACTGACTCTTCCCCTCCACCATATAGTAGTATTACTGTGGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTACAACTTCAG         ATACAGAAGTTTACGGTGAGTTTTATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 139477 ACCTACAACTTCAGGTA...CAGATACAGAAGTTTACGGTGAGTTTTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCGTGCCACCTCCCTATAGCGTTGCTACCTCTCTTCCTACATACGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151865 CCGTGCCACCTCCCTATAGCGTTGCTACCTCTCTTCCTACATACGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGAGAAGGCTAAAGCTGCTGCAATGGCAGCTGCAGCAGCAGAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151915 GCTGAGAAGGCTAAAGCTGCTGCAATGGCAGCTGCAGCAGCAGAAACATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAAAGA         ATTCAGGAGGAAGAGTGTCCACCAAGAGATGACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151965 TCAAAGAGTA...CAGATTCAGGAGGAAGAGTGTCCACCAAGAGATGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAGTGATGCAGACCAGCTCAGAGTGGGGAATGATGGCATTTTCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158231 TCAGTGATGCAGACCAGCTCAGAGTGGGGAATGATGGCATTTTCATGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCATTTTTCA         TGGCATTTATTTTCAACTGGCTTGGATTTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 158281 GCATTTTTCAGTA...TAGTGGCATTTATTTTCAACTGGCTTGGATTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTATCCTTCTGTATCACCAATACCATAGCTGGAAGGTATGGTGCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162104 TTTATCCTTCTGTATCACCAATACCATAGCTGGAAGGTATGGTGCTATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCGGATTTGGCCTTTCCTTGATCAAATGGATCCTTATTGTCAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 162154 GCGGATTTGGCCTTTCCTTGATCAAATGGATCCTTATTGTCAGGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559    TTTTCTGATTATTTTACTGGATATTTCAATGGACAGTATTGGCTTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166840 TAGTTTTCTGATTATTTTACTGGATATTTCAATGGACAGTATTGGCTTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTGGATATTTCTTGTACTTG         GCCTGCTCCTTTTCTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 166890 GTGGATATTTCTTGTACTTGGTA...CAGGCCTGCTCCTTTTCTTCAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GATTTGTTAATTATCTAAAAGTCAGAAACATGTCTGAAAGTATGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169553 GATTTGTTAATTATCTAAAAGTCAGAAACATGTCTGAAAGTATGGCAGCT

    750     .    :    .    :    .    :
    697 GCTCATAGAACAAGGTATTTCTTCTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 169603 GCTCATAGAACAAGGTATTTCTTCTTATTG