seq1 = pF1KSDA1158.tfa, 645 bp
seq2 = pF1KSDA1158/gi568815587r_123534146.tfa (gi568815587r:123534146_123753801), 219656 bp

>pF1KSDA1158 645
>gi568815587r:123534146_123753801 (Chr11)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-219  (108052-108215)   100% ->
220-445  (111131-111356)   100% ->
446-584  (115478-115616)   100% ->
585-645  (119596-119656)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGCCTTCAATAGATTGTTTCCCCTGGCTTCTCTCGTGCTTATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGCCTTCAATAGATTGTTTCCCCTGGCTTCTCTCGTGCTTATCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGG         TCAGTGTCTGCTTCCCTGTGTGTGTGGAAGTGCCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGGTA...CAGTCAGTGTCTGCTTCCCTGTGTGTGTGGAAGTGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGAGACGGAGGCCGTGCAGGGCAACCCCATGAAGCTGCGCTGCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108088 CGGAGACGGAGGCCGTGCAGGGCAACCCCATGAAGCTGCGCTGCATCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCATGAAGAGAGAGGAGGTGGAGGCCACCACGGTGGTGGAATGGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108138 TGCATGAAGAGAGAGGAGGTGGAGGCCACCACGGTGGTGGAATGGTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGCCCGAGGGCGGTAAAGATTTCCTT         ATTTACGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108188 CAGGCCCGAGGGCGGTAAAGATTTCCTTGTA...CAGATTTACGAGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAATGGCCACCAGGAGGTGGAGAGCCCCTTTCAGGGGCGCCTGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111144 GGAATGGCCACCAGGAGGTGGAGAGCCCCTTTCAGGGGCGCCTGCAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGGCAGCAAGGACCTGCAGGACGTGTCCATCACTGTGCTCAACGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111194 AATGGCAGCAAGGACCTGCAGGACGTGTCCATCACTGTGCTCAACGTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGAACGACTCTGGCCTCTACACCTGCAATGTGTCCCGGGAGTTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111244 TCTGAACGACTCTGGCCTCTACACCTGCAATGTGTCCCGGGAGTTTGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGAGGCGCATCGGCCCTTTGTGAAGACGACGCGGCTGATCCCCCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111294 TTGAGGCGCATCGGCCCTTTGTGAAGACGACGCGGCTGATCCCCCTAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCACCGAGGAGG         CTGGAGAGGACTTCACCTCTGTGGTCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111344 GTCACCGAGGAGGGTG...CAGCTGGAGAGGACTTCACCTCTGTGGTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAAATCATGATGTACATCCTTCTGGTCTTCCTCACCTTGTGGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115506 AGAAATCATGATGTACATCCTTCTGGTCTTCCTCACCTTGTGGCTGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCGAGATGATATATTGCTACAGAAAGGTCTCAAAAGCCGAAGAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115556 TCGAGATGATATATTGCTACAGAAAGGTCTCAAAAGCCGAAGAGGCAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAAGAAAACGC         GTCTGACTACCTTGCCATCCCATCTGAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115606 CAAGAAAACGCGTA...TAGGTCTGACTACCTTGCCATCCCATCTGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :
    615 CAAGGAGAACTCTGCGGTACCAGTGGAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 119626 CAAGGAGAACTCTGCGGTACCAGTGGAGGAA