seq1 = pF1KSDA1155.tfa, 369 bp
seq2 = pF1KSDA1155/gi568815596r_71088482.tfa (gi568815596r:71088482_71302589), 214108 bp

>pF1KSDA1155 369
>gi568815596r:71088482_71302589 (Chr2)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-315  (112569-112745)   99% ->
316-369  (114055-114108)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGATCCAATATGGCAAATACATCACCGAGTGTAAAATCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGATCCAATATGGCAAATACATCACCGAGTGTAAAATCCAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCAGGGGTTAAGTGGGCACGATGAAAAGGAAAACCCATTTGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCAGGGGTTAAGTGGGCACGATGAAAAGGAAAACCCATTTGCAGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATGTGGATGGAGAATGAAGAGGATTTCAACAGACAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 ACATGTGGATGGAGAATGAAGAGGATTTCAACAGACAGGTA...TAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAGGAACTGCAGGAGCAAGACTTCTTGGACCGCTGCTTCCAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112572 GAGGAGGAACTGCAGGAGCAAGACTTCTTGGACCGCTGCTTCCAAGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGATGAAGAAGACCAAGACTGGTTTATTCCATCACGAGACCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 112622 GCTGGATGAAGAAGACCAAGACTGGTTTATTCCCTCACGAGACCTGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCCATGGGACAGTTGCAACAGCAGTTAAATGGACTGTCAGTCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112672 AGGCCATGGGACAGTTGCAACAGCAGTTAAATGGACTGTCAGTCAGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTCATGATTCTGAAGATATTTTG         AGCAAAAGTAACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112722 GGTCATGATTCTGAAGATATTTTGGTA...CAGAGCAAAAGTAACCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .
    333 CCCAGATGCCAAGGAGTTTATTCCAGGAGAGAAGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114072 CCCAGATGCCAAGGAGTTTATTCCAGGAGAGAAGTAC