seq1 = pF1KSDA1130.tfa, 1626 bp
seq2 = pF1KSDA1130/gi568815584f_69160291.tfa (gi568815584f:69160291_69448089), 287799 bp

>pF1KSDA1130 1626
>gi568815584f:69160291_69448089 (Chr14)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-335  (160421-160578)   100% ->
336-434  (164402-164500)   100% ->
435-502  (165047-165114)   100% ->
503-568  (165672-165737)   100% ->
569-690  (168160-168281)   100% ->
691-778  (171174-171261)   100% ->
779-863  (172795-172879)   100% ->
864-967  (173207-173310)   100% ->
968-1094  (178361-178487)   100% ->
1095-1187  (179237-179329)   100% ->
1188-1271  (181391-181474)   100% ->
1272-1413  (186750-186891)   100% ->
1414-1626  (187587-187799)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAAGATCCGCGCCAATGCCATCGCCATCCTGACCGTAGCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAAGATCCGCGCCAATGCCATCGCCATCCTGACCGTAGCCTGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGCACTTTCTACTACTTATGGCAGGACAACCGAGCCCACGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGGCACTTTCTACTACTTATGGCAGGACAACCGAGCCCACGCAGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCCGGCGGCCGGGGCGCGCAGAGGGCAGGCAGGAGGTCGGAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCCGGCGGCCGGGGCGCGCAGAGGGCAGGCAGGAGGTCGGAGCAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGAGGACCGCACCATCCCGCTCATT         GTGACAGGAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 CGCGAGGACCGCACCATCCCGCTCATTGTG...CAGGTGACAGGAACTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCGAAAGGCTTTGATGAGAAGGCCTACCTGTCGGCCAAGCAGCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160435 CTCGAAAGGCTTTGATGAGAAGGCCTACCTGTCGGCCAAGCAGCTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGAGAGGACCCCTACAGACAGCACGCCTTCAACCAGCTGGAGAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160485 CTGGAGAGGACCCCTACAGACAGCACGCCTTCAACCAGCTGGAGAGTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCTGAGCCCAGACCGGCCCATCCGGGACACCCGCCATTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 160535 AAGCTGAGCCCAGACCGGCCCATCCGGGACACCCGCCATTACAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    CTGCCCATCTGTGTCCTACTCCTCGGACCTGCCAGCCACCAGCGTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164399 CAGCTGCCCATCTGTGTCCTACTCCTCGGACCTGCCAGCCACCAGCGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATCACCTTCCACAATGAGGCCCGTTCCACCCTGCTGCGCACAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164449 TCATCACCTTCCACAATGAGGCCCGTTCCACCCTGCTGCGCACAGTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AG         TGTCCTGAACCGAACTCCTGCCAACTTGATCCAGGAGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164499 AGGTA...TAGTGTCCTGAACCGAACTCCTGCCAACTTGATCCAGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTTTAGTGGATGACTTCAGCTCAGATC         CGGAAGACTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 165086 CATTTTAGTGGATGACTTCAGCTCAGATCGTG...CAGCGGAAGACTGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACTCCTGACCAGGATCCCCAAGGTCAAGTGCCTGCGCAATGATCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165684 TACTCCTGACCAGGATCCCCAAGGTCAAGTGCCTGCGCAATGATCGGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAG         GGCTGATCCGGTCCCGAGTGCGTGGGGCGGACGTGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165734 GAAGGTG...TAGGGCTGATCCGGTCCCGAGTGCGTGGGGCGGACGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCAGCTACCGTTCTCACCTTTCTGGATAGCCACTGCGAAGTGAACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168197 TGCAGCTACCGTTCTCACCTTTCTGGATAGCCACTGCGAAGTGAACACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTGGCTGCCGCCCATGCTGCAGCGGGTGAAGGAG         GACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 168247 AGTGGCTGCCGCCCATGCTGCAGCGGGTGAAGGAGGTG...TAGGACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCCGCGTGGTGAGTCCCATCATTGATGTCATCAGTCTGGATAATTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171180 ACCCGCGTGGTGAGTCCCATCATTGATGTCATCAGTCTGGATAATTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTACCTTGCAGCATCTGCTGACCTTCGTGGAG         GGTTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 171230 CTACCTTGCAGCATCTGCTGACCTTCGTGGAGGTG...TAGGGTTCGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGAGCCTGCATTTCAAGTGGGAGCAGATCCCTCTTGAGCAGAAGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172804 GGAGCCTGCATTTCAAGTGGGAGCAGATCCCTCTTGAGCAGAAGATGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGGACAGACCCCACCAGGCCCATAAG         GACGCCTGTCATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 172854 CGGACAGACCCCACCAGGCCCATAAGGTC...CAGGACGCCTGTCATAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGGAGGAATCTTCGTGATCGACAAGTCCTGGTTTAACCACTTGGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173222 TGGAGGAATCTTCGTGATCGACAAGTCCTGGTTTAACCACTTGGGAAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGATGCCCAGATGGACATCTGGGGGGGAGAGAATTTTG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 173272 ATGATGCCCAGATGGACATCTGGGGGGGAGAGAATTTTGGTG...CAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTCTCCTTCAGGGTGTGGATGTGTGGTGGCAGTCTGGAGATCGTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178363 CTCTCCTTCAGGGTGTGGATGTGTGGTGGCAGTCTGGAGATCGTCCCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGCCGGGTGGGCCATGTCTTCAGGAAACGGCACCCCTACAACTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178413 CAGCCGGGTGGGCCATGTCTTCAGGAAACGGCACCCCTACAACTTCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGGTAATGCCCTCACCTACATCAG         GAATACTAAGCGCACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 178463 AGGGTAATGCCCTCACCTACATCAGGTA...TAGGAATACTAAGCGCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCAGAAGTGTGGATGGATGAATACAAGCAATACTACTATGAGGCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179253 GCAGAAGTGTGGATGGATGAATACAAGCAATACTACTATGAGGCCCGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTCGGCCATCGGGAAGGCCTTCGGCAG         TGTGGCTACGCGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 179303 CTCGGCCATCGGGAAGGCCTTCGGCAGGTG...CAGTGTGGCTACGCGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TAGAGCAGAGGAAGAAGATGAACTGCAAGTCCTTCCGCTGGTACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181405 TAGAGCAGAGGAAGAAGATGAACTGCAAGTCCTTCCGCTGGTACCTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AACGTCTACCCAGAGCTCAC         GGTCCCCGTGAAGGAAGCACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 181455 AACGTCTACCCAGAGCTCACGTG...CAGGGTCCCCGTGAAGGAAGCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCCCGGCATCATTAAGCAGGGGGTGAACTGCTTAGAATCTCAGGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186771 CCCCGGCATCATTAAGCAGGGGGTGAACTGCTTAGAATCTCAGGGCCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACACAGCTGGTGACTTCCTGCTTGGAATGGGGATCTGCAGAGGGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186821 ACACAGCTGGTGACTTCCTGCTTGGAATGGGGATCTGCAGAGGGTCTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAGAACCCGCAGCCCGCCCAG         GCATGGCTGTTCAGTGACCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 186871 AAGAACCCGCAGCCCGCCCAGGTA...CAGGCATGGCTGTTCAGTGACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCTCATCCAGCAGCAGGGGAAGTGCCTGGCTGCCACCTCCACCTTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187607 CCTCATCCAGCAGCAGGGGAAGTGCCTGGCTGCCACCTCCACCTTAATGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCTCCCCTGGATCCCCAGTCATACTGCAGATGTGCAACCCTAGAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187657 CCTCCCCTGGATCCCCAGTCATACTGCAGATGTGCAACCCTAGAGAAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AAGCAGGTGAGTCTCCTTGCCTCTGGCCCAGAGGCCCAGCAGCCCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187707 AAGCAGGTGAGTCTCCTTGCCTCTGGCCCAGAGGCCCAGCAGCCCGAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCCATGCCTCAGGGTGGCAGACCTTGGCAGGAGAGCCCCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187757 GCCATGCCTCAGGGTGGCAGACCTTGGCAGGAGAGCCCCTGAT