seq1 = pF1KSDA1129.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KSDA1129/gi568815593r_137525751.tfa (gi568815593r:137525751_137820586), 294836 bp

>pF1KSDA1129 1761
>gi568815593r:137525751_137820586 (Chr5)

(complement)

13-134  (100001-100122)   100% ->
135-241  (110731-110837)   100% ->
242-363  (122179-122300)   100% ->
364-526  (128140-128302)   100% ->
527-636  (142933-143042)   100% ->
637-753  (158556-158672)   100% ->
754-903  (162307-162456)   100% ->
904-1021  (180610-180727)   100% ->
1022-1219  (181437-181634)   100% ->
1220-1321  (183192-183293)   100% ->
1322-1450  (186422-186550)   100% ->
1451-1591  (192150-192290)   100% ->
1592-1735  (194691-194834)   100% ->
1736-1761  (198461-198486)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 AGTGTCAAGCTGAGCTCCCAGACTCTGATACAGGCTGGGGATGATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTGTCAAGCTGAGCTCCCAGACTCTGATACAGGCTGGGGATGATGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 GAACCAGAGGACGATCACTGTCAACCCTGCCCACATGGGGAAAGCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACCAGAGGACGATCACTGTCAACCCTGCCCACATGGGGAAAGCATTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 AGGTTATGAATGAACTGCGGAG         TAAACAGCTGTTGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 AGGTTATGAATGAACTGCGGAGGTA...CAGTAAACAGCTGTTGTGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 GTGATGATTGTGGCAGAAGATGTCGAGATAGAAGCCCACCGTGTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110750 GTGATGATTGTGGCAGAAGATGTCGAGATAGAAGCCCACCGTGTGGTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    204 GGCAGCCTGCAGCCCCTACTTCTGTGCGATGTTCACAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110800 GGCAGCCTGCAGCCCCTACTTCTGTGCGATGTTCACAGGTA...TAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 ACATGTCTGAGAGTAAAGCCAAAAAGATAGAAATCAAGGACGTGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122182 ACATGTCTGAGAGTAAAGCCAAAAAGATAGAAATCAAGGACGTGGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 CAGACGCTGAGTAAGCTGATTGACTACATCTATACTGCTGAAATCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122232 CAGACGCTGAGTAAGCTGATTGACTACATCTATACTGCTGAAATCGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 GACTGAAGAGAATGTCCAG         GTGCTGCTCCCGGCAGCCAGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122282 GACTGAAGAGAATGTCCAGGTA...CAGGTGCTGCTCCCGGCAGCCAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 TGCTGCAGCTCATGGATGTTCGGCAGAACTGCTGTGACTTCCTGCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128162 TGCTGCAGCTCATGGATGTTCGGCAGAACTGCTGTGACTTCCTGCAGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 CAGTTGCATCCCACCAATTGCCTGGGCATCCGTGCATTTGCAGATGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128212 CAGTTGCATCCCACCAATTGCCTGGGCATCCGTGCATTTGCAGATGTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 CACCTGCACTGACCTTCTGCAGCAGGCCAATGCCTACGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128262 CACCTGCACTGACCTTCTGCAGCAGGCCAATGCCTACGCAGGTA...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527 AGCAGCACTTTCCAGAGGTGATGCTAGGAGAAGAATTTCTTAGCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142933 AGCAGCACTTTCCAGAGGTGATGCTAGGAGAAGAATTTCTTAGCCTGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577 CTGGACCAGGTGTGCAGCTTGATATCCAGCGACAAGCTGACCGTTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142983 CTGGACCAGGTGTGCAGCTTGATATCCAGCGACAAGCTGACCGTTTCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    627 AGAAGAGAAG         GTGTTTGAAGCTGTGATCTCATGGATCAATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 143033 AGAAGAGAAGGTA...TAGGTGTTTGAAGCTGTGATCTCATGGATCAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668 ATGAGAAAGAAACCCGTTTAGAGCACATGGCAAAGCTGATGGAACATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158587 ATGAGAAAGAAACCCGTTTAGAGCACATGGCAAAGCTGATGGAACATGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718 CGACTTCCTCTCTTACCTAGGGACTACCTAGTCCAA         ACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 158637 CGACTTCCTCTCTTACCTAGGGACTACCTAGTCCAAGTG...TAGACGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 TGAAGAAGAAGCTTTGATAAAGAATAACAACACCTGTAAAGACTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162312 TGAAGAAGAAGCTTTGATAAAGAATAACAACACCTGTAAAGACTTCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 TTGAGGCCATGAAATACCATCTCCTCCCTCTGGATCAGAGACTATTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162362 TTGAGGCCATGAAATACCATCTCCTCCCTCTGGATCAGAGACTATTGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859 AAGAACCCAAGGACCAAGCCCAGGACTCCAGTCAGCCTTCCCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 162412 AAGAACCCAAGGACCAAGCCCAGGACTCCAGTCAGCCTTCCCAAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904     GTCATGATTGTGGTTGGCGGCCAGGCACCCAAGGCAATCCGCAGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162462 .GAGGTCATGATTGTGGTTGGCGGCCAGGCACCCAAGGCAATCCGCAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 TGGAGTGCTATGATTTCGAGGAGGACCGGTGGGATCAGATTGCTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180656 TGGAGTGCTATGATTTCGAGGAGGACCGGTGGGATCAGATTGCTGAGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 CCTTCCAGAAGATGCAGAGCAG         GTGTGGTGTTCATGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 180706 CCTTCCAGAAGATGCAGAGCAGGTG...CAGGTGTGGTGTTCATGGCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041 CCACGTGTATGCCGTGGGAGGGTTTAATGGCTCACTGCGGGTGCGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181456 CCACGTGTATGCCGTGGGAGGGTTTAATGGCTCACTGCGGGTGCGGACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 TGGATGTGTATGACGGCGTGAAGGACCAGTGGACGTCCATTGCCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181506 TGGATGTGTATGACGGCGTGAAGGACCAGTGGACGTCCATTGCCAGCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 CAGGAGCGCCGGAGCACACTGGGCGCAGCGGTGCTCAATGACTTGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181556 CAGGAGCGCCGGAGCACACTGGGCGCAGCGGTGCTCAATGACTTGCTCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 CGCAGTGGGAGGCTTTGATGGCAGTACTG         GCCTAGCATCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 181606 CGCAGTGGGAGGCTTTGATGGCAGTACTGGTA...CAGGCCTAGCATCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232 TGGAAGCCTACAGCTACAAGACCAACGAGTGGTTCTTTGTGGCCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183204 TGGAAGCCTACAGCTACAAGACCAACGAGTGGTTCTTTGTGGCCCCGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 AACACGCGGCGGAGCAGTGTGGGTGTGGGCGTTGTGGAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 183254 AACACGCGGCGGAGCAGTGTGGGTGTGGGCGTTGTGGAGGGTA...CAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1323 GAAGCTATATGCTGTTGGGGGTTATGATGGAGCTTCCCGCCAGTGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186423 GAAGCTATATGCTGTTGGGGGTTATGATGGAGCTTCCCGCCAGTGTCTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1373 GCACTGTGGAGCAGTACAACCCAGCGACCAATGAATGGATATACGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186473 GCACTGTGGAGCAGTACAACCCAGCGACCAATGAATGGATATACGTGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1423 GACATGAGCACCCGCCGCAGTGGCGCAG         GGGTTGGAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 186523 GACATGAGCACCCGCCGCAGTGGCGCAGGTA...CAGGGGTTGGAGTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1464 TAGCGGACAGCTGTACGCCACAGGTGGGCATGATGGGCCTTTGGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192163 TAGCGGACAGCTGTACGCCACAGGTGGGCATGATGGGCCTTTGGTGAGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1514 AGAGCGTTGAGGTTTACGATCCTGGAACAAATACCTGGAAGCAAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192213 AGAGCGTTGAGGTTTACGATCCTGGAACAAATACCTGGAAGCAAGTGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1564 GACATGAACATGTGCCGGCGCAACGCAG         GGGTCTGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 192263 GACATGAACATGTGCCGGCGCAACGCAGGTA...CAGGGGTCTGTGCAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1605 AAATGGGCTCCTGTATGTGGTTGGAGGGGATGATGGATCCTGCAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194704 AAATGGGCTCCTGTATGTGGTTGGAGGGGATGATGGATCCTGCAACTTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1655 CTTCGGTGGAGTACTACAATCCTGTCACTGACAAATGGACGCTGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194754 CTTCGGTGGAGTACTACAATCCTGTCACTGACAAATGGACGCTGCTTCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1705 ACGAACATGAGCACGGGGCGGAGCTATGCAG         GTGTTGCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 194804 ACGAACATGAGCACGGGGCGGAGCTATGCAGGTC...TAGGTGTTGCCGT

   1850     .    :    .
   1746 GATTCACAAGTCCTTG
        ||||||||||||||||
 198471 GATTCACAAGTCCTTG