seq1 = pF1KSDA1112.tfa, 2010 bp
seq2 = pF1KSDA1112/gi568815596f_130830958.tfa (gi568815596f:130830958_131145535), 314578 bp

>pF1KSDA1112 2010
>gi568815596f:130830958_131145535 (Chr2)

1-300  (100001-100300)   100% ->
301-427  (115552-115678)   100% ->
428-567  (196988-197127)   100% ->
568-747  (207896-208075)   100% ->
748-924  (209059-209235)   100% ->
925-1104  (209304-209483)   100% ->
1105-1337  (210273-210505)   100% ->
1338-1467  (210858-210987)   100% ->
1468-1599  (212495-212626)   100% ->
1600-1843  (213342-213585)   100% ->
1844-2010  (214412-214578)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTGGGAAGAACCAGCAGGTGAGAAGCCCAGTTGCTCTCACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCTGGGAAGAACCAGCAGGTGAGAAGCCCAGTTGCTCTCACAGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGCGTTCCACATGGAGCCTGCCCAGAAGCCCTGCTTCACCACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGCGTTCCACATGGAGCCTGCCCAGAAGCCCTGCTTCACCACTGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGACATGGGCCCTCCTCTGCATCTCTGCAGAGACTGTGCGTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGACATGGGCCCTCCTCTGCATCTCTGCAGAGACTGTGCGTGGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCCTTCACAGCCTAGGGGCATCCCTCACCGCTCGCCCGTCAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCCTTCACAGCCTAGGGGCATCCCTCACCGCTCGCCCGTCAGTGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACCTGTGGCTGGAGAAGACACAGAGAAAGAAGTTGCAGAAGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACCTGTGGCTGGAGAAGACACAGAGAAAGAAGTTGCAGAAGCAGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGTCGAAAGGAGGCTGCACATAGGGGCAGTGCACAAAGATGGAGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGTCGAAAGGAGGCTGCACATAGGGGCAGTGCACAAAGATGGAGTCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301          TGCTGGAGAAAGACGATCATTACCTCTCCAGAGTCTTTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTA...CAGTGCTGGAGAAAGACGATCATTACCTCTCCAGAGTCTTTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTCCCTAGAAGAAGCCATCCACTCTCCCAGAGTGCTCCAACGGGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115593 TCTCCCTAGAAGAAGCCATCCACTCTCCCAGAGTGCTCCAACGGGACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCACATGGGCTGGCCAGAGCACACACCAGGCACTG         CCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115643 ACCACATGGGCTGGCCAGAGCACACACCAGGCACTGGTG...CAGCCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTGATGGAGCTCTGGACACAGCTGTCTGCGCTGACGAAGTGGGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196993 CCTGATGGAGCTCTGGACACAGCTGTCTGCGCTGACGAAGTGGGGAGCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGGACCTGTATGATGACCTGCACAGCTCCAGCCACCACTACAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197043 GGAGGACCTGTATGATGACCTGCACAGCTCCAGCCACCACTACAGCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGGAGGGGGTGGGGAGCAGCTGGCTATCAATGAG         CTCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 197093 CTGGAGGGGGTGGGGAGCAGCTGGCTATCAATGAGGTA...CAGCTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCGATGGCAGTGTGGTCTGCGCTGAAGCACTCTGGGACCATGTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207902 AGCGATGGCAGTGTGGTCTGCGCTGAAGCACTCTGGGACCATGTCACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGACGACCAGGAGCTGGGCTTCAAAGCTGGGGACGTCATCGAAGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207952 GGACGACCAGGAGCTGGGCTTCAAAGCTGGGGACGTCATCGAAGTGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGCCACCAACAGAGAGTGGTGGTGGGGCCGGGTCGCCGATGGCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208002 ATGCCACCAACAGAGAGTGGTGGTGGGGCCGGGTCGCCGATGGCGAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGGTTTCCAGCCAGCTTCGTTCGG         CTGAGGGTGAATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 208052 TGGTTTCCAGCCAGCTTCGTTCGGGTA...CAGCTGAGGGTGAATCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGAGCCCGCGGATGACGACGCCCCTCTGGCCGGGAACAGCGGAGCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209076 CGAGCCCGCGGATGACGACGCCCCTCTGGCCGGGAACAGCGGAGCGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACGGCGGGGCGGAGGCGCAGAGCAGCAAGGACCAGATGCGGACCAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209126 ACGGCGGGGCGGAGGCGCAGAGCAGCAAGGACCAGATGCGGACCAACGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCAACGAGATCCTCAGCACTGAGCGGGACTACATCAAGCACCTGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209176 ATCAACGAGATCCTCAGCACTGAGCGGGACTACATCAAGCACCTGCGCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATCTGCGAG         GGCTACGTCCGGCAGTGCCGCAAGCGCGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 209226 CATCTGCGAGGTG...CAGGGCTACGTCCGGCAGTGCCGCAAGCGCGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACATGTTCAGCGAGGAGCAGCTGCGTACCATCTTCGGGAACATCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209335 ACATGTTCAGCGAGGAGCAGCTGCGTACCATCTTCGGGAACATCGAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATCTACCGCTGCCAGAAGGCCTTCGTGAAGGCCCTGGAGCAGAGGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209385 ATCTACCGCTGCCAGAAGGCCTTCGTGAAGGCCCTGGAGCAGAGGTTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCGCGAGCGCCCACACCTGAGCGAGCTGGGTGCCTGCTTCCTGGAGCAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 209435 CCGCGAGCGCCCACACCTGAGCGAGCTGGGTGCCTGCTTCCTGGAGCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105         CAAGCCGACTTCCAGATCTACTCGGAGTACTGCAATAACCAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209485 TG...TAGCAAGCCGACTTCCAGATCTACTCGGAGTACTGCAATAACCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCCAACGCCTGCGTGGAGCTCTCCCGGCTCACCAAGCTCAGCAAGTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210315 CCCAACGCCTGCGTGGAGCTCTCCCGGCTCACCAAGCTCAGCAAGTACGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GTACTTCTTCGAGGCCTGCCGGCTGCTGCAGAAGATGATTGACATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210365 GTACTTCTTCGAGGCCTGCCGGCTGCTGCAGAAGATGATTGACATCTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGATGGCTTCCTGCTGACTCCGGTGCAGAAGATCTGCAAGTACCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210415 TGGATGGCTTCCTGCTGACTCCGGTGCAGAAGATCTGCAAGTACCCTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAGCTGGCCGAGCTGCTCAAATACACGCACCCCCAGCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 210465 CAGCTGGCCGAGCTGCTCAAATACACGCACCCCCAGCACAGGTA...CAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGACTTCAAGGATGTTGAAGCCGCCTTGCATGCCATGAAGAACGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210858 GGACTTCAAGGATGTTGAAGCCGCCTTGCATGCCATGAAGAACGTGGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGCTCATCAACGAGCGGAAGCGGAGACTTGAGAACATCGACAAGATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210908 AGCTCATCAACGAGCGGAAGCGGAGACTTGAGAACATCGACAAGATTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CAGTGGCAGAGCTCCATAGAGGACTGGGAG         GGAGAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 210958 CAGTGGCAGAGCTCCATAGAGGACTGGGAGGTG...CAGGGAGAAGATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CTTGGTCAGGAGCTCAGAACTCATCTACTCGGGGGAGCTGACTCGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212506 CTTGGTCAGGAGCTCAGAACTCATCTACTCGGGGGAGCTGACTCGAGTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CACAGCCTCAAGCCAAAAGCCAGCAGCGAATGTTCTTTCTCTTTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212556 CACAGCCTCAAGCCAAAAGCCAGCAGCGAATGTTCTTTCTCTTTGACCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CAGCTCATCTACTGTAAGAAG         GACCTGCTCCGCCGCGACGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 212606 CAGCTCATCTACTGTAAGAAGGTA...CAGGACCTGCTCCGCCGCGACGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GTTGTACTACAAGGGCCGGCTGGACATGGACGGCCTGGAGGTGGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213362 GTTGTACTACAAGGGCCGGCTGGACATGGACGGCCTGGAGGTGGTGGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGAGGACGGGAAGGACAGAGACCTCCATGTGAGCATCAAGAACGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213412 TGGAGGACGGGAAGGACAGAGACCTCCATGTGAGCATCAAGAACGCCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CGGCTGCACCGTGGCGCCACAGGGGACAGCCACCTGCTGTGCACCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213462 CGGCTGCACCGTGGCGCCACAGGGGACAGCCACCTGCTGTGCACCAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GCCCGAGCAGAAGCAGCGCTGGCTCAAGGCCTTTGCCAGGGAGAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213512 GCCCGAGCAGAAGCAGCGCTGGCTCAAGGCCTTTGCCAGGGAGAGGGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGGTGCAGCTGGACCAGGAGACAG         GCTTCTCCATCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 213562 AGGTGCAGCTGGACCAGGAGACAGGTT...CAGGCTTCTCCATCACTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CTGCAGAGGAAGCAGGCCATGCTGAATGCCAGCAAGCAGCAGGTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214429 CTGCAGAGGAAGCAGGCCATGCTGAATGCCAGCAAGCAGCAGGTCACAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GAAGCCCAAAGGTAGGCGGACAGCAGCCCCACCTCCTCGGCTGCCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214479 GAAGCCCAAAGGTAGGCGGACAGCAGCCCCACCTCCTCGGCTGCCCGGTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CTTACCCTGCTGACATCATTCCCTTCTCTGAACCACAAAGCCAAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214529 CTTACCCTGCTGACATCATTCCCTTCTCTGAACCACAAAGCCAAGCCAGC