seq1 = pF1KSDA1095.tfa, 3198 bp
seq2 = pF1KSDA1095/gi568815595r_73283368.tfa (gi568815595r:73283368_73724825), 441458 bp

>pF1KSDA1095 3198
>gi568815595r:73283368_73724825 (Chr3)

(complement)

1-723  (100001-100723)   99% ->
724-810  (116142-116228)   100% ->
811-918  (122365-122472)   100% ->
919-1166  (320431-320678)   100% ->
1167-1254  (323817-323904)   100% ->
1255-1353  (333710-333808)   100% ->
1354-1416  (334948-335010)   100% ->
1417-1518  (336757-336858)   100% ->
1519-1635  (339041-339157)   100% ->
1636-3198  (339896-341458)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTTCGAGCTGGACCGCTTCGACGGCGACGTGGACCCGGACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTTCGAGCTGGACCGCTTCGACGGCGACGTGGACCCGGACCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCGCGCTGTGCCACAAGGTCCTGGAGGACCCGCTGACCACGCCGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCGCGCTGTGCCACAAGGTCCTGGAGGACCCGCTGACCACGCCGTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACGTCTTCTGCGCCGGCTGCGTGCTGCCCTGGGTGGTGCAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCACGTCTTCTGCGCCGGCTGCGTGCTGCCCTGGGTGGTGCAGGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTGCCCGGCGCGCTGCCGCGGTCGCCTGTCGGCCAAAGAGCTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCTGCCCGGCGCGCTGCCGCGGTCGCCTGTCGGCCAAAGAGCTCAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTCCTGCCGCTCAAGCGCCTTATCCTCAAGCTGGACATCAAGTGCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTCCTGCCGCTCAAGCGCCTTATCCTCAAGCTGGACATCAAGTGCGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGCGACGCGCGGCTGCGGCCGGGTGGTCAAGCTGCAGCAGCTGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGCGACGCGCGGCTGCGGCCGGGTGGTCAAGCTGCAGCAGCTGCCGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCTCGAGCGCTGCGACTTCGCGCCCGCGCGCTGTCGCCACGCGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACCTCGAGCGCTGCGACTTCGCGCCCGCGCGCTGTCGCCACGCGGGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCCAGGTGCTGCTGCGGCGCGACGTGGAGGCGCACATGCGCGACGCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100351 CGGCCAGGTGCTGCTGCGGCGCGACGTGGAGGCGCACATGCGCGACGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGACGCGCGGCCAGTGGGCCGCTGCCAGGAGGGCTGCGGGCTACCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGACGCGCGGCCAGTGGGCCGCTGCCAGGAGGGCTGCGGGCTACCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACGCACGGCGAGCAGCGCGCGGGCGGCCACTGCTGCGCGCGAGCGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACGCACGGCGAGCAGCGCGCGGGCGGCCACTGCTGCGCGCGAGCGCTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCGCACAACGGCGCGCTCCAGGCCCGCCTGGGCGCGCTGCACAAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCGCACAACGGCGCGCTCCAGGCCCGCCTGGGCGCGCTGCACAAGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCAAGAAGGAGGCGCTGCGCGCTGGGAAGCGCGAGAAGTCGCTGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCAAGAAGGAGGCGCTGCGCGCTGGGAAGCGCGAGAAGTCGCTGGTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGCTGGCCGCGGCGCAGCTTGAGCTGCAGATGACCGCGCTGCGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGCTGGCCGCGGCGCAGCTTGAGCTGCAGATGACCGCGCTGCGCTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAGAAATTCACCGAATACAGCGCGCGCCTCGACTCGCTCAGCCGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAGAAATTCACCGAATACAGCGCGCGCCTCGACTCGCTCAGCCGCTGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGCCGCGCCGCCCGGCGGCAAG         GGCGAAGAAACCAAAAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100701 TGGCCGCGCCGCCCGGCGGCAAGGTA...CAGGGCGAAGAAACCAAAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGACTCTTGTCCTGCATCGGGACTCCGGCTCCCTGGGATTCAATATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116160 CTGACTCTTGTCCTGCATCGGGACTCCGGCTCCCTGGGATTCAATATTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGGTGGCCGGCCGAGTGTG         GATAACCACGATGGATCATCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116210 TGGTGGCCGGCCGAGTGTGGTA...AAGGATAACCACGATGGATCATCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGAAGGAATCTTTGTATCCAAGATAGTTGACAGTGGGCCTGCAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122387 GTGAAGGAATCTTTGTATCCAAGATAGTTGACAGTGGGCCTGCAGCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAAGGAGGCCTGCAAATTCATGACAGGATTATTGAG         GTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122437 GAAGGAGGCCTGCAAATTCATGACAGGATTATTGAGGTA...CAGGTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CGGCAGAGACTTATCCAGAGCAACTCATGACCAGGCTGTGGAAGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320436 CGGCAGAGACTTATCCAGAGCAACTCATGACCAGGCTGTGGAAGCTTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGACAGCCAAGGAGCCCATAGTGGTGCAGGTGTTGAGAAGAACACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320486 AGACAGCCAAGGAGCCCATAGTGGTGCAGGTGTTGAGAAGAACACCAAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACCAAAATGTTCACGCCTCCATCAGAGTCTCAGCTGGTGGACACGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320536 ACCAAAATGTTCACGCCTCCATCAGAGTCTCAGCTGGTGGACACGGGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCAAACCGACATCACCTTTGAACATATCATGGCCCTCACTAAGATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320586 CCAAACCGACATCACCTTTGAACATATCATGGCCCTCACTAAGATGTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTCCCAGCCCACCCGTGCTGGATCCCTATCTCTTGCCAGAGGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 320636 CTCCCAGCCCACCCGTGCTGGATCCCTATCTCTTGCCAGAGGAGTA...C

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1167   GCATCCCTCAGCCCATGAATACTACGATCCAAATGACTACATTGGAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323815 AGGCATCCCTCAGCCCATGAATACTACGATCCAAATGACTACATTGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CATCCATCAGGAGATGGACAGGGAGGAGCTGGAGCTGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 323865 CATCCATCAGGAGATGGACAGGGAGGAGCTGGAGCTGGAGGTA...TAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AAGTGGACCTCTACAGAATGAACAGCCAGGACAAGCTGGGCCTCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333711 AAGTGGACCTCTACAGAATGAACAGCCAGGACAAGCTGGGCCTCACTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TGCTACCGGACGGACGATGAAGACGACATTGGGATTTATATCAGTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 333761 TGCTACCGGACGGACGATGAAGACGACATTGGGATTTATATCAGTGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1354        ATTGACCCTAACAGCATTGCAGCCAAGGATGGGCGCATCCGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333811 A...CAGATTGACCCTAACAGCATTGCAGCCAAGGATGGGCGCATCCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAGGAGACCGCATTATCCAG         ATTAATGGGATAGAGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 334991 AAGGAGACCGCATTATCCAGGTA...AAGATTAATGGGATAGAGGTGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AACCGTGAAGAGGCTGTGGCTCTTCTAACCAGTGAAGAAAATAAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336778 AACCGTGAAGAGGCTGTGGCTCTTCTAACCAGTGAAGAAAATAAAAACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TTCATTGCTGATTGCAAGGCCTGAACTCCAG         CTGGATGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 336828 TTCATTGCTGATTGCAAGGCCTGAACTCCAGGTA...CAGCTGGATGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCTGGATGGATGATGACAGGAACGACTTTCTGGATGACCTGCACATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339051 GCTGGATGGATGATGACAGGAACGACTTTCTGGATGACCTGCACATGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATGCTGGAGGAGCAGCACCACCAGGCCATGCAATTCACAGCTAGCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339101 ATGCTGGAGGAGCAGCACCACCAGGCCATGCAATTCACAGCTAGCGTGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GCAGCAG         AAGAAGCACGACGAAGACGGTGGGACCACAGATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339151 GCAGCAGGTA...CAGAAGAAGCACGACGAAGACGGTGGGACCACAGATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGCCACCATCTTGTCCAACCAGCACGAGAAGGACAGCGGTGTGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339930 CAGCCACCATCTTGTCCAACCAGCACGAGAAGGACAGCGGTGTGGGGCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ACCGACGAGAGCACCCGTAATGACGAGAGCTCGGAGCAAGAGAACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339980 ACCGACGAGAGCACCCGTAATGACGAGAGCTCGGAGCAAGAGAACAATGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CGACGACGCCACCGCATCCTCCAACCCGCTGGCGGGGCAGAGGAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340030 CGACGACGCCACCGCATCCTCCAACCCGCTGGCGGGGCAGAGGAAGCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CCTGCAGCCAGGACACCTTGGGCAGCGGCGACCTGCCCTTCAGCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340080 CCTGCAGCCAGGACACCTTGGGCAGCGGCGACCTGCCCTTCAGCAACGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 TCTTTCATTTCGGCCGACTGCACGGACGCCGACTACCTGGGGATCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340130 TCTTTCATTTCGGCCGACTGCACGGACGCCGACTACCTGGGGATCCCGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GGACGAGTGCGAGCGCTTCCGCGAGCTCCTGGAGCTCAAGTGCCAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340180 GGACGAGTGCGAGCGCTTCCGCGAGCTCCTGGAGCTCAAGTGCCAGGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AGAGCGCCACCCCTTACGGCCTGTACTACCCTAGCGGCCCCCTGGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340230 AGAGCGCCACCCCTTACGGCCTGTACTACCCTAGCGGCCCCCTGGACGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GGCAAGAGTGACCCTGAGAGCGTGGACAAGGAGCTGGAGCTGCTGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340280 GGCAAGAGTGACCCTGAGAGCGTGGACAAGGAGCTGGAGCTGCTGAACGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 AGAGCTGCGCAGCATCGAGCTGGAGTGCCTGAGCATCGTGCGCGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340330 AGAGCTGCGCAGCATCGAGCTGGAGTGCCTGAGCATCGTGCGCGCCCACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 AGATGCAGCAGCTCAAGGAGCAGTACCGCGAGTCCTGGATGCTGCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340380 AGATGCAGCAGCTCAAGGAGCAGTACCGCGAGTCCTGGATGCTGCACAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 AGCGGCTTCCGCAACTACAACACCAGCATCGACGTGCGCAGACACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340430 AGCGGCTTCCGCAACTACAACACCAGCATCGACGTGCGCAGACACGAGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 CTCAGATATCACCGAGCTCCCGGAGAAATCCGACAAGGACAGCTCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340480 CTCAGATATCACCGAGCTCCCGGAGAAATCCGACAAGGACAGCTCGAGCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 CCTACAACACAGGCGAGAGCTGCCGCAGCACCCCGCTCACCCTGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340530 CCTACAACACAGGCGAGAGCTGCCGCAGCACCCCGCTCACCCTGGAGATC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 TCCCCCGACAACTCCTTGAGGAGAGCGGCGGAGGGCATCAGCTGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340580 TCCCCCGACAACTCCTTGAGGAGAGCGGCGGAGGGCATCAGCTGCCCGAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 CAGCGAAGGGGCTGTGGGGACCACGGAAGCCTACGGGCCAGCCTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340630 CAGCGAAGGGGCTGTGGGGACCACGGAAGCCTACGGGCCAGCCTCCAAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 ATCTGCTCTCCATCACGGAAGATCCCGAAGTGGGCACCCCTACCTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340680 ATCTGCTCTCCATCACGGAAGATCCCGAAGTGGGCACCCCTACCTATAGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 CCGTCCCTGAAGGAGCTGGACCCCAACCAGCCCCTGGAAAGCAAAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340730 CCGTCCCTGAAGGAGCTGGACCCCAACCAGCCCCTGGAAAGCAAAGAGCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2520 GAGAGCCAGCGACGGGAGCCGGAGCCCCACGCCCAGCCAGAAGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340780 GAGAGCCAGCGACGGGAGCCGGAGCCCCACGCCCAGCCAGAAGCTGGGCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2570 GCGCCTACCTGCCCTCCTATCACCACTCCCCATACAAGCACGCGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340830 GCGCCTACCTGCCCTCCTATCACCACTCCCCATACAAGCACGCGCACATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2620 CCGGCGCACGCCCAGCACTACCAGAGCTACATGCAGCTGATCCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340880 CCGGCGCACGCCCAGCACTACCAGAGCTACATGCAGCTGATCCAGCAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2670 GTCGGCCGTGGAGTACGCGCAAAGCCAGATGAGCCTGGTGAGCATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340930 GTCGGCCGTGGAGTACGCGCAAAGCCAGATGAGCCTGGTGAGCATGTGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2720 AGGACCTGAGCTCTCCCACCCCGTCGGAGCCGCGCATGGAGTGGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340980 AGGACCTGAGCTCTCCCACCCCGTCGGAGCCGCGCATGGAGTGGAAGGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2770 AAGATCCGCAGCGACGGGACGCGCTACATCACCAAGAGGCCCGTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341030 AAGATCCGCAGCGACGGGACGCGCTACATCACCAAGAGGCCCGTGCGGGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2820 CCGCCTGCTGCGGGAGCGCGCCCTGAAGATCCGGGAAGAGCGCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341080 CCGCCTGCTGCGGGAGCGCGCCCTGAAGATCCGGGAAGAGCGCAGCGGCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2870 TGACCACCGACGACGACGCGGTGAGCGAGATGAAGATGGGGCGCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341130 TGACCACCGACGACGACGCGGTGAGCGAGATGAAGATGGGGCGCTACTGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2920 AGCAAGGAGGAGAGGAAGCAGCACCTGGTGAAGGCCAAGGAGCAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341180 AGCAAGGAGGAGAGGAAGCAGCACCTGGTGAAGGCCAAGGAGCAGCGGCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2970 GCGGCGCGAGTTCATGATGCAGAGCAGGTTGGATTGTCTCAAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341230 GCGGCGCGAGTTCATGATGCAGAGCAGGTTGGATTGTCTCAAGGAGCAGC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3020 AAGCAGCCGATGACAGGAAGGAGATGAACATTCTCGAACTGAGCCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341280 AAGCAGCCGATGACAGGAAGGAGATGAACATTCTCGAACTGAGCCACAAA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3070 AAGATGATGAAGAAGAGGAATAAGAAAATCTTCGATAACTGGATGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341330 AAGATGATGAAGAAGAGGAATAAGAAAATCTTCGATAACTGGATGACGAT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3120 CCAAGAACTCTTAACCCACGGCACAAAATCCCCGGACGGCACTAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341380 CCAAGAACTCTTAACCCACGGCACAAAATCCCCGGACGGCACTAGAGTAT

   3250     .    :    .    :    .
   3170 ACAATTCCTTCCTATCGGTGACTACTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 341430 ACAATTCCTTCCTATCGGTGACTACTGTA