seq1 = pF1KSDA1073.tfa, 1929 bp
seq2 = pF1KSDA1073/gi568815587r_95735293.tfa (gi568815587r:95735293_96023954), 288662 bp

>pF1KSDA1073 1929
>gi568815587r:95735293_96023954 (Chr11)

(complement)

1-80  (100001-100080)   98% ->
81-186  (135694-135799)   100% ->
187-262  (158279-158354)   100% ->
263-357  (161589-161683)   100% ->
358-468  (161853-161963)   100% ->
469-570  (165323-165424)   100% ->
571-654  (166320-166403)   100% ->
655-804  (173206-173355)   100% ->
805-993  (174093-174281)   100% ->
994-1179  (176056-176241)   99% ->
1180-1386  (178796-179002)   100% ->
1387-1479  (182246-182338)   100% ->
1480-1593  (185748-185861)   100% ->
1594-1770  (187631-187807)   100% ->
1771-1929  (188504-188662)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACGAGCTCGAGCTGCGAGAGTCTTGGCTCCCAGCCGGCGGCGGC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAGAGCTCGAGCTGCGAGAGTCTTGGCTCCCAGCCGGCGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGCCGCCCAGCGTGGACTCCTTGTCCAG         TGCCTCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 TCGGCCGCCCAGCGTGGACTCCTTGTCCAGGTA...TAGTGCCTCCACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCATTCAGAGAATTCAGTGCATACAAAATCAGCTTCTGTTGTATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135705 CTCATTCAGAGAATTCAGTGCATACAAAATCAGCTTCTGTTGTATCATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTCCATTTCAACTTCTGCCGACAACTTTTCTCCTGATTTGAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135755 GATTCCATTTCAACTTCTGCCGACAACTTTTCTCCTGATTTGAGGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GTCCTGAGGGAGTCTAACAAGTTAGCAGAAATGGAAGAACCACCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135805 .CAGGTCCTGAGGGAGTCTAACAAGTTAGCAGAAATGGAAGAACCACCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTTCCAGGAGAAAATATTAAAGACATGG         CCAAAGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 158325 TGCTTCCAGGAGAAAATATTAAAGACATGGGTC...CAGCCAAAGATGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACTTATATATGTCCATTCACTGGCGCTGTACGAGGAACTCTGACTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161600 ACTTATATATGTCCATTCACTGGCGCTGTACGAGGAACTCTGACTGTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAATTATAGGTTATATTTCAAAAGCATGGAACGG         GATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 161650 GAATTATAGGTTATATTTCAAAAGCATGGAACGGGTA...TAGGATCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATTTGTTTTAGATGCTTCCCTTGGTGTGATAAATAGAGTAGAAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161860 CATTTGTTTTAGATGCTTCCCTTGGTGTGATAAATAGAGTAGAAAAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTGGTGCTTCTAGTCGAGGTGAAAATTCTTATGGACTAGAAACTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161910 GGTGGTGCTTCTAGTCGAGGTGAAAATTCTTATGGACTAGAAACTGTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAAG         GATATTAGGAATTTACGATTTGCTCATAAACCTGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161960 TAAGGTA...TAGGATATTAGGAATTTACGATTTGCTCATAAACCTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCGGACAAGAAGATCCATATTTGAGAATCTAATGAAATATGCATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165360 GGCGGACAAGAAGATCCATATTTGAGAATCTAATGAAATATGCATTTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCTCTAATAACCTG         CCTCTTTTTGCTTTTGAATACAAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 165410 GTCTCTAATAACCTGGTA...TAGCCTCTTTTTGCTTTTGAATACAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTATTCCCTGAAAATGGGTGGAAGCTATATGACCCTCTTTTAGAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166346 AGTATTCCCTGAAAATGGGTGGAAGCTATATGACCCTCTTTTAGAGTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAAGGCAG         GGAATTCCAAATGAAAGCTGGAGAATAACAAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 166396 GAAGGCAGGTA...TAGGGAATTCCAAATGAAAGCTGGAGAATAACAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATAAATGAACGATATGAACTTTGTGATACATACCCTGCCCTCCTGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173239 ATAAATGAACGATATGAACTTTGTGATACATACCCTGCCCTCCTGGTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCCAGCAAATATTCCTGATGAAGAATTAAAGAGAGTGGCATCCTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173289 GCCAGCAAATATTCCTGATGAAGAATTAAAGAGAGTGGCATCCTTCAGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAAGAGGCCGTATCCCA         GTTTTATCATGGATTCATCCTGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 173339 CAAGAGGCCGTATCCCAGTA...AAGGTTTTATCATGGATTCATCCTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGTCAAGCCACAATCACTCGGTGTAGCCAGCCCATGGTTGGAGTGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174117 AGTCAAGCCACAATCACTCGGTGTAGCCAGCCCATGGTTGGAGTGAGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAAGCGAAGCAAAGAAGATGAAAAATACCTTCAAGCTATCATGGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174167 AAAGCGAAGCAAAGAAGATGAAAAATACCTTCAAGCTATCATGGATTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGCCCAGTCTCACAAAATCTTTATATTTGATGCCCGGCCAAGTGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174217 ATGCCCAGTCTCACAAAATCTTTATATTTGATGCCCGGCCAAGTGTTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTGTTGCCAACAAG         GCAAAGGGTGGAGGTTATGAAAGTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 174267 GCTGTTGCCAACAAGGTC...CAGGCAAAGGGTGGAGGTTATGAAAGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGATGCCTATCAAAATGCTGAACTAGTTTTCCTGGATATCCACAATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176082 AGATGCCTATCAAAATGCTGAACTAGTTTTCCTGGATATCCACAATATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGTTATGAGAGAATCATTACGAAAACTTAAGGAGATTGTGTACCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176132 ATGTTATGAGAGAATCATTACGAAAACTTAAGGAGATTGTGTACCCCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATTGAGGAAACTCACTGGTTGTCTAACTTGGAATCTACTCATTGGCTAGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176182 ATTGAGGAAACCCACTGGTTGTCTAACTTGGAATCTACTCATTGGCTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACATATTAAG         CTTATTCTTGCAGGGGCTCTTAGGATTGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 176232 ACATATTAAGGTG...CAGCTTATTCTTGCAGGGGCTCTTAGGATTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAAGGTAGAGTCAGGGAAGACGTCTGTGGTAGTGCATTGCAGTGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178827 ACAAGGTAGAGTCAGGGAAGACGTCTGTGGTAGTGCATTGCAGTGATGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGGGATCGCACAGCTCAGCTCACTTCCCTTGCCATGCTCATGTTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178877 TGGGATCGCACAGCTCAGCTCACTTCCCTTGCCATGCTCATGTTGGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATACTATCGAACCATCCGAGGATTTGAAGTCCTTGTGGAGAAAGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178927 ATACTATCGAACCATCCGAGGATTTGAAGTCCTTGTGGAGAAAGAATGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TAAGTTTTGGACATCGATTTCAACTA         AGAGTTGGCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 178977 TAAGTTTTGGACATCGATTTCAACTAGTA...CAGAGAGTTGGCCATGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GATAAGAACCATGCAGATGCAGACAGATCGCCTGTTTTTCTTCAATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182261 GATAAGAACCATGCAGATGCAGACAGATCGCCTGTTTTTCTTCAATTTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGACTGTGTCTGGCAGATGACAAGACAG         TTTCCTACCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 182311 TGACTGTGTCTGGCAGATGACAAGACAGGTA...CAGTTTCCTACCGCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTGAATTCAATGAGTATTTTCTCATTACCATTTTGGACCACCTATACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185761 TTGAATTCAATGAGTATTTTCTCATTACCATTTTGGACCACCTATACAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TGCTTATTCGGAACATTCCTCTGTAATAGTGAACAACAGAGAGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185811 TGCTTATTCGGAACATTCCTCTGTAATAGTGAACAACAGAGAGGAAAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 G         AATCTTCCTAAAAGGACTGTGTCACTGTGGTCTTACATAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185861 GGTA...CAGAATCTTCCTAAAAGGACTGTGTCACTGTGGTCTTACATAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACAGCCAGCTGGAAGACTTCACTAATCCTCTCTATGGGAGCTATTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187671 ACAGCCAGCTGGAAGACTTCACTAATCCTCTCTATGGGAGCTATTCCAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CATGTCCTTTATCCAGTAGCCAGCATGCGCCACCTAGAGCTCTGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187721 CATGTCCTTTATCCAGTAGCCAGCATGCGCCACCTAGAGCTCTGGGTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 ATATTACATAAGGTGGAATCCACGGATGAAACCACAG         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 187771 ATATTACATAAGGTGGAATCCACGGATGAAACCACAGGTA...CAGGAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CTATTCACAACAGATACAAAGAACTTCTTGCTAAACGAGCAGAGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188508 CTATTCACAACAGATACAAAGAACTTCTTGCTAAACGAGCAGAGCTTCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AAAAAAGTAGAGGAACTACAGAGAGAGATTTCTAACCGATCAACCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188558 AAAAAAGTAGAGGAACTACAGAGAGAGATTTCTAACCGATCAACCTCATC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CTCAGAGAGAGCCAGCTCTCCTGCACAGTGTGTCACTCCTGTCCAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188608 CTCAGAGAGAGCCAGCTCTCCTGCACAGTGTGTCACTCCTGTCCAAACTG

   2050     .
   1925 TTGTA
        |||||
 188658 TTGTA