seq1 = pF1KSDA1045.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KSDA1045/gi568815589f_34871299.tfa (gi568815589f:34871299_35078108), 206810 bp

>pF1KSDA1045 1200
>gi568815589f:34871299_35078108 (Chr9)

1-378  (100001-100378)   100% ->
379-564  (101048-101233)   100% ->
565-643  (104854-104932)   100% ->
644-849  (105237-105442)   100% ->
850-1010  (105785-105945)   100% ->
1011-1106  (106248-106343)   100% ->
1107-1200  (106717-106810)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGTGTTGATGTCCAAGCGGCAGACAGTGGAGCAGGTGCAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGTGTTGATGTCCAAGCGGCAGACAGTGGAGCAGGTGCAGAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTCTGGCTGTGTCTGCTTTCAAGGATGGGCTGCGGGACAGGCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTCTGGCTGTGTCTGCTTTCAAGGATGGGCTGCGGGACAGGCCTTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCGACGCACAGGTGAGCTGCCAGGGTCCCGCCGTGGCACTGTAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCGACGCACAGGTGAGCTGCCAGGGTCCCGCCGTGGCACTGTAGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGTCCAGGAGGTACAGGAGGAGAAGGAAGCAGAAGCAGGAACCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGTCCAGGAGGTACAGGAGGAGAAGGAAGCAGAAGCAGGAACCTCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTCCAGGAAGAGAGTAGTGCCGGCCGCGCAGCCTGGGAGCGGCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTCCAGGAAGAGAGTAGTGCCGGCCGCGCAGCCTGGGAGCGGCTCCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGGGCGCGGCGTGGAGCCTGAGGAGTTTGACAGGACAAGTCGATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGGGCGCGGCGTGGAGCCTGAGGAGTTTGACAGGACAAGTCGATTCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCCTGCGTTCATCCGCCCCACCCGGAAGCTGGATGATGACAAACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCCTGCGTTCATCCGCCCCACCCGGAAGCTGGATGATGACAAACCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAAATCTGCCTGGAGCCCAGAGAGCCT         GTTGTCAACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100351 AGAAATCTGCCTGGAGCCCAGAGAGCCTGTG...CAGGTTGTCAACGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGATGTGTGATGTTTGTGAGGTCTGGACAGCTGAGAGCCTCTTCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101061 AGATGTGTGATGTTTGTGAGGTCTGGACAGCTGAGAGCCTCTTCCCGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGGGTCTGCACCAGGGTTTTCCATGATGGCTGCCTGCGCCGCATGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101111 AGGGTCTGCACCAGGGTTTTCCATGATGGCTGCCTGCGCCGCATGGGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCCAAGGAGACAGTGCAGCGGAGGTGACGGAGATGGCCCACACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101161 CATCCAAGGAGACAGTGCAGCGGAGGTGACGGAGATGGCCCACACAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGGCTGGAGCTGCCACTACTGT         GACAACATCAACTTGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101211 CAGGCTGGAGCTGCCACTACTGTGTA...CAGGACAACATCAACTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTTACTGAGGAGGAAATGTATAGCCTCACGGAGACCTTTCAGCGGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104872 CTTACTGAGGAGGAAATGTATAGCCTCACGGAGACCTTTCAGCGGTGTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGTCATCCCTG         ATTGCTCCCTGACACTGGAGGACTTTCTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104922 AGTCATCCCTGGTA...CAGATTGCTCCCTGACACTGGAGGACTTTCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTACCGCCACCAAGCAGCCAAGCGGGGGGACCGTGACAGGGCCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105267 GTTACCGCCACCAAGCAGCCAAGCGGGGGGACCGTGACAGGGCCCTGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGGAGCAAGAAGAGCAGGCGGCCCGCCAGTTTGCTGCCCTGGACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105317 GAGGAGCAAGAAGAGCAGGCGGCCCGCCAGTTTGCTGCCCTGGACCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACATCGAGGCCACATAGAGTGGCCTGACTTCTTGTCCCATGAGTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105367 ACATCGAGGCCACATAGAGTGGCCTGACTTCTTGTCCCATGAGTCCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCTTCTGCAGCAGTTGCGTCCCCAG         AACTCTCTGTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105417 TGCTTCTGCAGCAGTTGCGTCCCCAGGTG...CAGAACTCTCTGTTGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTCTGACAGTGAAGGAGCGGGAGCGAGCCCGAGCCGCCTTCCTGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105800 CTTCTGACAGTGAAGGAGCGGGAGCGAGCCCGAGCCGCCTTCCTGGCTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGGCAGTGGGAGCACCGTCAGTGAGGCAGAGTGCCGCCGGGCCCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105850 GGGCAGTGGGAGCACCGTCAGTGAGGCAGAGTGCCGCCGGGCCCAGCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTTGGTTTTGCAAACGGTTCCCAGAGGCTCCTTCCTGCAGTGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105900 CTTGGTTTTGCAAACGGTTCCCAGAGGCTCCTTCCTGCAGTGTCAGGTC.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011      CATCAGCCATGTGGGTCCCATCGCAGATAGCAGCCCAGCCAGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105950 ..CAGCATCAGCCATGTGGGTCCCATCGCAGATAGCAGCCCAGCCAGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAGCAGCAAGAGTCAGGACAAGACCCTGCTGCCCACAGAGCAGGAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106293 CAGCAGCAAGAGTCAGGACAAGACCCTGCTGCCCACAGAGCAGGAGTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 G         ATTTGTGGACTGGCCTACCTTCCTGCAAGAGAATGTCCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106343 GGTG...CAGATTTGTGGACTGGCCTACCTTCCTGCAAGAGAATGTCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TACATCCTGGCTGCTCGCCCCAACAGCGCAGCCATTCACCTGAAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106757 TACATCCTGGCTGCTCGCCCCAACAGCGCAGCCATTCACCTGAAGCCCCC

   1250 
   1197 AGGA
        ||||
 106807 AGGA