seq1 = pF1KSDA1044.tfa, 1890 bp
seq2 = pF1KSDA1044/gi568815591f_120174633.tfa (gi568815591f:120174633_120847855), 673223 bp

>pF1KSDA1044 1890
>gi568815591f:120174633_120847855 (Chr7)

1-1115  (100001-101115)   100% ->
1116-1278  (558271-558433)   100% ->
1279-1374  (566902-566997)   100% ->
1375-1467  (567878-567970)   100% ->
1468-1715  (571148-571395)   100% ->
1716-1890  (573049-573223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGGGGTGGCAGCGTGGCTGCCTTTTGCAAGGGCAGCGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGGGGTGGCAGCGTGGCTGCCTTTTGCAAGGGCAGCGGCTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGTGGATGCCTGTGGCCTCGGGGCCTATGCCGGCTCCCCCGAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGTGGATGCCTGTGGCCTCGGGGCCTATGCCGGCTCCCCCGAGGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGGAAAAGGACCCAAGATGCTCTCATTGTGCTGAATGTGAGTGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGGAAAAGGACCCAAGATGCTCTCATTGTGCTGAATGTGAGTGGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTCCAGACGTGGCAGGACACCCTGGAACGTTACCCAGACACTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTTCCAGACGTGGCAGGACACCCTGGAACGTTACCCAGACACTCTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCAGTTCTGAGAGGGACTTTTTCTACCACCCAGAAACTCAGCAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCAGTTCTGAGAGGGACTTTTTCTACCACCCAGAAACTCAGCAGTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTTGACCGTGACCCAGACATCTTCCGCCACATCCTGAATTTCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTTGACCGTGACCCAGACATCTTCCGCCACATCCTGAATTTCTACCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTGGGAAGCTCCACTATCCTCGCCACGAGTGCATCTCTGCTTACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTGGGAAGCTCCACTATCCTCGCCACGAGTGCATCTCTGCTTACGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAACTGGCCTTCTTTGGCCTCATCCCGGAAATCATCGGCGACTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAACTGGCCTTCTTTGGCCTCATCCCGGAAATCATCGGCGACTGCTGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGAGGAGTACAAGGATCGCAGGCGAGAGAACGCCGAGCGCCTGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGAGGAGTACAAGGATCGCAGGCGAGAGAACGCCGAGCGCCTGCAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACGCGGATACCGACACCGCTGGGGAGAGCGCCTTGCCCACCATGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACGCGGATACCGACACCGCTGGGGAGAGCGCCTTGCCCACCATGACTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAGGCAGAGGGTCTGGAGGGCCTTCGAGAACCCCCACACCAGCACGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAGGCAGAGGGTCTGGAGGGCCTTCGAGAACCCCCACACCAGCACGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCTGGTGTTCTACTATGTCACGGGGTTTTTCATTGCCGTCTCTGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCTGGTGTTCTACTATGTCACGGGGTTTTTCATTGCCGTCTCTGTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGAATGTGGTGGAAACAGTGCCGTGCGGATCAAGCCCAGGTCACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGAATGTGGTGGAAACAGTGCCGTGCGGATCAAGCCCAGGTCACATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAACTGCCCTGTGGAGAGCGGTATGCTGTGGCCTTCTTCTGCTTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAACTGCCCTGTGGAGAGCGGTATGCTGTGGCCTTCTTCTGCTTGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGCCTGCGTCATGATCTTCACAGTTGAGTATTTGCTTCGCCTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGGCCTGCGTCATGATCTTCACAGTTGAGTATTTGCTTCGCCTGGCTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCGCCTAGTCGTTACCGTTTTGTGCGTAGTGTCATGAGTATCATCGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCGCCTAGTCGTTACCGTTTTGTGCGTAGTGTCATGAGTATCATCGACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGTGGCCATCCTGCCTTATTACATTGGGCTGGTGATGACAGACAATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGTGGCCATCCTGCCTTATTACATTGGGCTGGTGATGACAGACAATGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGTCAGCGGAGCCTTTGTCACACTCCGAGTCTTCCGGGTCTTCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACGTCAGCGGAGCCTTTGTCACACTCCGAGTCTTCCGGGTCTTCAGGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTAAGTTTTCCCGCCACTCTCAAGGCCTGCGCATCCTGGGGTACACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTAAGTTTTCCCGCCACTCTCAAGGCCTGCGCATCCTGGGGTACACACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAAGAGTTGTGCCTCAGAATTGGGCTTCTTGCTTTTCTCGCTCACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAAGAGTTGTGCCTCAGAATTGGGCTTCTTGCTTTTCTCGCTCACCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTATCATCATCTTCGCTACAGTTATGTTCTACGCAGAGAAGGGGTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTATCATCATCTTCGCTACAGTTATGTTCTACGCAGAGAAGGGGTCTTCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCTAGCAAGTTCACCAGCATCCCTGCAGCCTTCTGGTATACCATCGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCTAGCAAGTTCACCAGCATCCCTGCAGCCTTCTGGTATACCATCGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATGACAACACTAGG         GTATGGTGACATGGTGCCAAAAACCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101101 CATGACAACACTAGGGTA...CAGGTATGGTGACATGGTGCCAAAAACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TAGCAGGGAAGATTTTTGGTTCTATCTGTTCGCTGAGTGGGGTCTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 558297 TAGCAGGGAAGATTTTTGGTTCTATCTGTTCGCTGAGTGGGGTCTTGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ATTGCTCTACCTGTTCCGGTGATTGTATCCAACTTCAGTCGCATCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 558347 ATTGCTCTACCTGTTCCGGTGATTGTATCCAACTTCAGTCGCATCTACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CCAGAATCAACGAGCAGACAAACGAAGGGCACAAAAG         AAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 558397 CCAGAATCAACGAGCAGACAAACGAAGGGCACAAAAGGTG...TAGAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CTAGACTGGCCAGGATCCGGGCAGCCAAAAGCGGAAGCGCAAATGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 566906 CTAGACTGGCCAGGATCCGGGCAGCCAAAAGCGGAAGCGCAAATGCTTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 ATGCAGAGCAAACGGAATGGTTTACTCAGTAATCAGCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 566956 ATGCAGAGCAAACGGAATGGTTTACTCAGTAATCAGCTGCAGGTA...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375  TCCTCAGAGGATGAGCAGGCTTTTGTTAGCAAATCCGGCTCCAGCTTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 567877 GTCCTCAGAGGATGAGCAGGCTTTTGTTAGCAAATCCGGCTCCAGCTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AAACCCAGCACCACCACCTGCTTCACTGCCTGGAAAAAACCACG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 567927 AAACCCAGCACCACCACCTGCTTCACTGCCTGGAAAAAACCACGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1468    AATCACGAGTTTGTGGACGAACAAGTCTTTGAAGAAAGCTGCATGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571145 CAGAATCACGAGTTTGTGGACGAACAAGTCTTTGAAGAAAGCTGCATGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AGTTGCAACTGTTAATCGTCCTTCAAGTCACAGTCCTTCACTGTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571195 AGTTGCAACTGTTAATCGTCCTTCAAGTCACAGTCCTTCACTGTCTTCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AACAAGGAGTCACCAGCACCTGCTGTTCACGACGACACAAAAAAACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571245 AACAAGGAGTCACCAGCACCTGCTGTTCACGACGACACAAAAAAACTTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CGCATCCCAAATGCCAATGTATCAGGAAGCCATCAAGGTAGTATACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571295 CGCATCCCAAATGCCAATGTATCAGGAAGCCATCAAGGTAGTATACAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 ACTCAGCACGATTCAGATCAGATGTGTGGAGAGAACACCTCTGTCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571345 ACTCAGCACGATTCAGATCAGATGTGTGGAGAGAACACCTCTGTCTAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 G         CCGATCCAGTTTAAATGCCAAAATGGAAGAGTGTGTTAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 571395 GGTA...CAGCCGATCCAGTTTAAATGCCAAAATGGAAGAGTGTGTTAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CTAAACTGTGAACAACCTTATGTGACTACAGCAATAATAAGCATCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 573089 CTAAACTGTGAACAACCTTATGTGACTACAGCAATAATAAGCATCCCAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 ACCTCCAGTAACCACACCAGAAGGAGACGATAGGCCAGAATCCCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 573139 ACCTCCAGTAACCACACCAGAAGGAGACGATAGGCCAGAATCCCCTGAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .
   1856 ACTCAGGAGGAAATATTGTCAGAGTTTCTGCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 573189 ACTCAGGAGGAAATATTGTCAGAGTTTCTGCTTTG