seq1 = pF1KSDA1036.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KSDA1036/gi568815584f_76662822.tfa (gi568815584f:76662822_76879015), 216194 bp

>pF1KSDA1036 1095
>gi568815584f:76662822_76879015 (Chr14)

1-309  (100001-100309)   100% ->
310-398  (107142-107230)   98% ->
399-455  (108369-108425)   100% ->
456-530  (110316-110390)   100% ->
531-912  (113071-113452)   100% ->
913-1025  (115138-115250)   100% ->
1026-1095  (116125-116194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGGGGGAAGAAGGTGGCTGGGGGTGGCAGCAGCGGTGCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGGGGGGAAGAAGGTGGCTGGGGGTGGCAGCAGCGGTGCCACTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACGTCCGCTGCGGCCACCGCCCCCTCTGGGGTCAGGCGTTTGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACGTCCGCTGCGGCCACCGCCCCCTCTGGGGTCAGGCGTTTGGAGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAAGGAACCTCAGCCCAGAGAGATGAGGAGCCAGAAGAGGAAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAAGGAACCTCAGCCCAGAGAGATGAGGAGCCAGAAGAGGAAGGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGACCTGCGAGACGGAGGCGTCCCCTTCTTTGTCAACCGGGGTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGACCTGCGAGACGGAGGCGTCCCCTTCTTTGTCAACCGGGGTGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCTGTGGATGAGGCCACCTGGGAAAGGATGTGGAAACACGTGGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCTGTGGATGAGGCCACCTGGGAAAGGATGTGGAAACACGTGGCCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCACCCCGATGGAGAGAAGGTGGCGCAACGGATCCGTGGGGCCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCACCCCGATGGAGAGAAGGTGGCGCAACGGATCCGTGGGGCCACAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCCCAAG         ATCCCCATACCGAGTGTGCCTACGTTCCAGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCCCAAGGTG...CAGATCCCCATACCGAGTGTGCCTACGTTCCAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCTACACCTGTCCCTGAGCGCCTGGAAGCTGTGCAGCGCTATATCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 107174 GTCTACACCTGTCCCTGAGCGCCTGGAAGCTGTGCAGCGCTACATCAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTGCA         GTACAATCACACAGGGACACAGTTCTTTGAAATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107224 AGCTGCAGTA...CAGGTACAATCACACAGGGACACAGTTCTTTGAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAAGAGCAGACCTCTGACAGG         GCTGATGGACCTGGCCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108403 AAGAAGAGCAGACCTCTGACAGGGTA...CAGGCTGATGGACCTGGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAATGACCAAAGAGGCCCTGCCAATCAAATGCCTGGAAGCCGTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110334 GGAAATGACCAAAGAGGCCCTGCCAATCAAATGCCTGGAAGCCGTGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGGAAT         TTACCTCACCAACAGCATGCCCACCCTGGAGCGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110384 TGGGAATGTA...CAGTTACCTCACCAACAGCATGCCCACCCTGGAGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCCCCATCAGCTTCAAGACCTACTTCTCAGGGAACTACTTCCGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113105 TTCCCCATCAGCTTCAAGACCTACTTCTCAGGGAACTACTTCCGCCACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGTGCTGGGGGTGAACTTCGCGGGCCGCTACGGTGCGCTGGGCATGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113155 CGTGCTGGGGGTGAACTTCGCGGGCCGCTACGGTGCGCTGGGCATGAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCGCGAGGACCTGATGTACAAGCCGCCCGCCTTCCGCACGCTCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113205 GGCGCGAGGACCTGATGTACAAGCCGCCCGCCTTCCGCACGCTCAGCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCGTGCTGGACTTCGAGGCCGCCTACGGCCGCTGCTGGCACGTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113255 CTCGTGCTGGACTTCGAGGCCGCCTACGGCCGCTGCTGGCACGTGCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAGGTGAAGCTGGGCCAGAGCGTGTCACACGACCCGCACAGCGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113305 GAAGGTGAAGCTGGGCCAGAGCGTGTCACACGACCCGCACAGCGTGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGATCGAGTGGAAGCACTCGGTGCTGGACGTGGAGCGCCTGGGCCGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113355 AGATCGAGTGGAAGCACTCGGTGCTGGACGTGGAGCGCCTGGGCCGCGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACTTCCGCAAGGAGCTGGAGCGCCACGCCCGCGACATGCGGCTCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113405 GACTTCCGCAAGGAGCTGGAGCGCCACGCCCGCGACATGCGGCTCAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913        ATTGGCAAAGGGACGGGCCCTCCCTCTCCCACCAAGGACCGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113455 C...TAGATTGGCAAAGGGACGGGCCCTCCCTCTCCCACCAAGGACCGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGAAGGATGTTTCTTCCCCGCAGCGGGCCCAGTCCAGCCCCCACCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115181 AGAAGGATGTTTCTTCCCCGCAGCGGGCCCAGTCCAGCCCCCACCGCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AACAGCCGCAGTGAAAGACG         GCCCTCGGGTGACAAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115231 AACAGCCGCAGTGAAAGACGGTG...CAGGCCCTCGGGTGACAAGAAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1047 TTCCGAGCCCAAAGCCATGCCAGACCTTAACGGGTACCAGATCCGGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116146 TTCCGAGCCCAAAGCCATGCCAGACCTTAACGGGTACCAGATCCGGGTC