seq1 = pF1KSDA1034.tfa, 2199 bp
seq2 = pF1KSDA1034/gi568815596r_199172214.tfa (gi568815596r:199172214_199556037), 383824 bp

>pF1KSDA1034 2199
>gi568815596r:199172214_199556037 (Chr2)

(complement)

1-169  (100001-100169)   100% ->
170-346  (122524-122700)   100% ->
347-473  (174218-174344)   100% ->
474-597  (175551-175674)   100% ->
598-700  (187331-187433)   100% ->
701-1173  (206865-207337)   100% ->
1174-1386  (227128-227340)   100% ->
1387-1542  (232080-232235)   100% ->
1543-1740  (247081-247278)   100% ->
1741-2199  (283366-283824)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGGCGGAGCGAGAGCCCGTGTCTGCGGGACAGCCCCGACCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGGCGGAGCGAGAGCCCGTGTCTGCGGGACAGCCCCGACCGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGGCAGCCCGGACGTCAAGGGGCCTCCCCCAGTGAAGGTGGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCGGCAGCCCGGACGTCAAGGGGCCTCCCCCAGTGAAGGTGGCCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGCAGAACGGCAGCCCCATGGGAGCCCGCGGGAGGCCCAACGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGCAGAACGGCAGCCCCATGGGAGCCCGCGGGAGGCCCAACGGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCCAAGGCCGTGGGAG         GTTTGATGATTCCTGTCTTTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGCCAAGGCCGTGGGAGGTA...CAGGTTTGATGATTCCTGTCTTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCGTGGAGCAGTTGGACGGCTCTCTTGAATATGACAACAGAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122546 TGTCGTGGAGCAGTTGGACGGCTCTCTTGAATATGACAACAGAGAAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGCCGAGTTTGTCCTGGTGCGGAAAGATGTGCTTTTTAGCCAGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122596 ACGCCGAGTTTGTCCTGGTGCGGAAAGATGTGCTTTTTAGCCAGCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGACTGCGCTCCTGGCCCTGGGGTATTCTCACAGCTCTGCGGCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122646 GAGACTGCGCTCCTGGCCCTGGGGTATTCTCACAGCTCTGCGGCCCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAAG         GAATAATCAAGCTGGGAAGGTGGAACCCTCTCCCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122696 CCAAGGTA...CAGGAATAATCAAGCTGGGAAGGTGGAACCCTCTCCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAGTTATGTGACAGATGCACCCGACGCGACAGTGGCCGACATGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174254 TCAGTTATGTGACAGATGCACCCGACGCGACAGTGGCCGACATGCTACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGTCTATCATGTTGTGACGTTGAAAATCCAATTACAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 174304 GATGTCTATCATGTTGTGACGTTGAAAATCCAATTACAAAGGTG...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGTTCAAAGTTGGAAGACTTGCCTGCGGAGCAGTGGAACCATGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175551 TTGTTCAAAGTTGGAAGACTTGCCTGCGGAGCAGTGGAACCATGCCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCGCAATGCCTTAAAGGAACTGCTCAAAGAGATGAACCAGAGCACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175601 TCCGCAATGCCTTAAAGGAACTGCTCAAAGAGATGAACCAGAGCACATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCAAAGAATGCCCTCTCTCCCAG         AGTATGATTTCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 175651 GCCAAAGAATGCCCTCTCTCCCAGGTC...CAGAGTATGATTTCATCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTAAATAGCACATATTATGCCAATGTGTCAGCAACCAAGTGCCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187348 TGTAAATAGCACATATTATGCCAATGTGTCAGCAACCAAGTGCCAGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGGGAGATGGTATAAAAAGTACAAGAAGATTAAAG         TGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 187398 TTGGGAGATGGTATAAAAAGTACAAGAAGATTAAAGGTA...CAGTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGTGGAACGAGAAAACCTTTCAGACTATTGTGTTCTGGGCCAGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206870 AGAGTGGAACGAGAAAACCTTTCAGACTATTGTGTTCTGGGCCAGCGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATGCATTTACCAAATATGAACCAGCTGGCATCCCTGGGGAAAACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206920 AATGCATTTACCAAATATGAACCAGCTGGCATCCCTGGGGAAAACCAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACAGTCTCCTCACAGCCAAATTCACCACAGTACTCCAATCCGAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206970 AACAGTCTCCTCACAGCCAAATTCACCACAGTACTCCAATCCGAAACCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTGCCCGCATTACAGCCCATCATGAGCCCTGGTCTTCTTTCTCCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207020 GTGCCCGCATTACAGCCCATCATGAGCCCTGGTCTTCTTTCTCCCCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAGTCCACAACTTGTAAGGCAACAAATAGCCATGGCCCATCTGATAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207070 TAGTCCACAACTTGTAAGGCAACAAATAGCCATGGCCCATCTGATAAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AACAGATTGCCGTTAGCCGGCTCCTGGCTCACCAGCATCCTCAAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207120 AACAGATTGCCGTTAGCCGGCTCCTGGCTCACCAGCATCCTCAAGCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AACCAGCAGTTCCTGAACCATCCACCCATCCCCAGAGCAGTTAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207170 AACCAGCAGTTCCTGAACCATCCACCCATCCCCAGAGCAGTTAAGCCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCCAACCAACTCTTCCGTGGAAGTCTCTCCAGATATCTACCAGCAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207220 GCCAACCAACTCTTCCGTGGAAGTCTCTCCAGATATCTACCAGCAAGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GAGATGAGCTGAAGAGGGCCAGTGTGTCCCAAGCTGTCTTTGCAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207270 GAGATGAGCTGAAGAGGGCCAGTGTGTCCCAAGCTGTCTTTGCAAGAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCATTCAACCGCACACAG         GGATTGTTGTCTGAGATTCTGCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 207320 GCATTCAACCGCACACAGGTA...CAGGGATTGTTGTCTGAGATTCTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TAAGGAAGAAGACCCTCGGACAGCCTCTCAGTCTCTTCTAGTAAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227151 TAAGGAAGAAGACCCTCGGACAGCCTCTCAGTCTCTTCTAGTAAACCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGGCCATGCAGAATTTCCTCAATCTGCCAGAAGTGGAGCGAGATCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227201 GGGCCATGCAGAATTTCCTCAATCTGCCAGAAGTGGAGCGAGATCGCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TACCAGGATGAGAGGGAGCGGAGCATGAATCCCAATGTGAGCATGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227251 TACCAGGATGAGAGGGAGCGGAGCATGAATCCCAATGTGAGCATGGTCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTCGGCCTCCAGCAGTCCCAGCTCCTCCCGAACCCCTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 227301 CTCGGCCTCCAGCAGTCCCAGCTCCTCCCGAACCCCTCAGGTG...TAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCAAAACCTCGACACCGACAACAGACCTCCCTATTAAGGTGGACGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232081 CCAAAACCTCGACACCGACAACAGACCTCCCTATTAAGGTGGACGGCGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AACATCAACATCACAGCTGCCATTTATGACGAGATCCAACAGGAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232131 AACATCAACATCACAGCTGCCATTTATGACGAGATCCAACAGGAGATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AAGGGCCAAGGTGTCTCAAGCCCTGTTTGCCAAAGTGGCTGCAAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232181 AAGGGCCAAGGTGTCTCAAGCCCTGTTTGCCAAAGTGGCTGCAAATAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GTCAG         GGCTGGCTGTGTGAACTGCTCCGCTGGAAGGAGAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232231 GTCAGGTG...CAGGGCTGGCTGTGTGAACTGCTCCGCTGGAAGGAGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CCAAGCCCAGAAAACCGCACCCTCTGGGAAAACCTCTGTACCATCCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247117 CCAAGCCCAGAAAACCGCACCCTCTGGGAAAACCTCTGTACCATCCGTCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CTTCCTGAACCTTCCCCAGCATGAGAGGGATGTCATCTATGAGGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247167 CTTCCTGAACCTTCCCCAGCATGAGAGGGATGTCATCTATGAGGAGGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CAAGGCATCACCACAGCGAACGCATGCAACACGTGGTCCAGCTTCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247217 CAAGGCATCACCACAGCGAACGCATGCAACACGTGGTCCAGCTTCCCCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GAGCCGGTGCAG         GTACTTCATAGACAGCAGTCTCAGCCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 247267 GAGCCGGTGCAGGTC...CAGGTACTTCATAGACAGCAGTCTCAGCCAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CAAGGAGAGTTCCCCTCCCAGAGAAGAAGCGCCTCCCCCACCTCCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283395 CAAGGAGAGTTCCCCTCCCAGAGAAGAAGCGCCTCCCCCACCTCCTCCGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CTGAAGACAGTTGTGCCAAAAAGCCCCGGTCTCGCACAAAGATCTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283445 CTGAAGACAGTTGTGCCAAAAAGCCCCGGTCTCGCACAAAGATCTCCTTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAAGCCCTGGGGATCCTCCAAAGCTTTATTCATGATGTAGGCCTGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283495 GAAGCCCTGGGGATCCTCCAAAGCTTTATTCATGATGTAGGCCTGTACCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 AGACCAGGAAGCCATCCACACTCTTTCGGCTCAGCTGGATCTCCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283545 AGACCAGGAAGCCATCCACACTCTTTCGGCTCAGCTGGATCTCCCCAAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 ACACCATCATCAAGTTCTTCCAGAACCAGCGGTACCACGTGAAGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283595 ACACCATCATCAAGTTCTTCCAGAACCAGCGGTACCACGTGAAGCACCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GGGAAGCTGAAAGAGCACCTGGGCTCCGCGGTGGACGTGGCTGAATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283645 GGGAAGCTGAAAGAGCACCTGGGCTCCGCGGTGGACGTGGCTGAATATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 GGACGAGGAGCTGCTGACCGAGTCAGAGGAGAACGACAGCGAGGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283695 GGACGAGGAGCTGCTGACCGAGTCAGAGGAGAACGACAGCGAGGAAGGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CCGAGGAGATGTACAAAGTGGAGGCTGAGGAGGAAAATGCTGACAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283745 CCGAGGAGATGTACAAAGTGGAGGCTGAGGAGGAAAATGCTGACAAAAGC

   2250     .    :    .    :    .    :
   2170 AAGGCAGCACCTGCCGAAATTGACCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 283795 AAGGCAGCACCTGCCGAAATTGACCAGAGA