seq1 = pF1KSDA1028.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KSDA1028/gi568815592r_110514538.tfa (gi568815592r:110514538_110915136), 400599 bp

>pF1KSDA1028 1506
>gi568815592r:110514538_110915136 (Chr6)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ==
209-315  (244600-244706)   100% ->
316-456  (247563-247703)   100% ->
457-514  (276431-276488)   100% ->
515-646  (282976-283107)   100% ->
647-790  (287992-288135)   100% ->
791-860  (288292-288361)   100% ->
861-933  (291775-291847)   100% ->
934-1031  (292225-292322)   100% ->
1032-1110  (292971-293049)   100% ->
1111-1377  (293767-294033)   100% ->
1378-1506  (300471-300599)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTATGATTTCAAGGCGAAGCTGGCGGCGGAGCGGGAGCGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTATGATTTCAAGGCGAAGCTGGCGGCGGAGCGGGAGCGGGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATTTGTTTGAGTACGAAGGGTGCAAAGTGGGACGCGGCACCTACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATTTGTTTGAGTACGAAGGGTGCAAAGTGGGACGCGGCACCTACGGTC

    100     .    :    .    :    .
    101 ACGTCTACAAGGCGAGGCGGAAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGTCTACAAGGCGAGGCGGAAAGATGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    209 TGCGAGAATTGAAGCACCCTAATGTGATTGCATTGCAGAAGGTGTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244600 TGCGAGAATTGAAGCACCCTAATGTGATTGCATTGCAGAAGGTGTTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259 TCTCACAGTGACAGGAAGGTATGGCTGCTGTTTGATTATGCAGAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244650 TCTCACAGTGACAGGAAGGTATGGCTGCTGTTTGATTATGCAGAGCATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    309 CTTGTGG         CATATTATTAAGTTTCACCGTGCATCAAAAGCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244700 CTTGTGGGTA...TAGCATATTATTAAGTTTCACCGTGCATCAAAAGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 ATAAAAAGCCCATGCAGTTGCCAAGATCTATGGTTAAATCCTTACTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247597 ATAAAAAGCCCATGCAGTTGCCAAGATCTATGGTTAAATCCTTACTTTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 CAGATTCTTGATGGTATCCATTACCTCCATGCAAATTGGGTGCTTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247647 CAGATTCTTGATGGTATCCATTACCTCCATGCAAATTGGGTGCTTCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 AGACTTG         AAACCAGCAAATATCCTAGTAATGGGAGAAGGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247697 AGACTTGGTA...TAGAAACCAGCAAATATCCTAGTAATGGGAGAAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 CTGAGAGGGGGAGAGTCAAAATAG         CTGACATGGGTTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 276465 CTGAGAGGGGGAGAGTCAAAATAGGTA...TAGCTGACATGGGTTTTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 AGATTATTCAATTCTCCTCTAAAGCCACTAGCAGATTTGGATCCAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282993 AGATTATTCAATTCTCCTCTAAAGCCACTAGCAGATTTGGATCCAGTAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 TGTGACATTTTGGTATCGGGCTCCAGAACTTTTGCTTGGTGCAAGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283043 TGTGACATTTTGGTATCGGGCTCCAGAACTTTTGCTTGGTGCAAGGCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632 ATACAAAGGCCATTG         ATATATGGGCAATAGGTTGTATATTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 283093 ATACAAAGGCCATTGGTA...CAGATATATGGGCAATAGGTTGTATATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 GCTGAATTGTTGACTTCGGAACCTATTTTTCACTGTCGTCAGGAAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288018 GCTGAATTGTTGACTTCGGAACCTATTTTTCACTGTCGTCAGGAAGATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 AAAAACAAGCAATCCCTTTCATCATGATCAACTGGATCGGATATTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288068 AAAAACAAGCAATCCCTTTCATCATGATCAACTGGATCGGATATTTAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 TCATGGGGTTTCCTGCAG         ATAAAGACTGGGAAGATATTAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 288118 TCATGGGGTTTCCTGCAGGTA...AAGATAAAGACTGGGAAGATATTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 AAGATGCCAGAATATCCCACACTTCAAAAAGACTTTAGAAGAACAAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 288315 AAGATGCCAGAATATCCCACACTTCAAAAAGACTTTAGAAGAACAACGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861       GTATGCCAACAGTAGCCTCATAAAGTACATGGAGAAACACAAGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288365 ...CAGGTATGCCAACAGTAGCCTCATAAAGTACATGGAGAAACACAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 TCAAGCCTGACAGCAAAGTGTTCCTCTTG         CTTCAGAAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 291819 TCAAGCCTGACAGCAAAGTGTTCCTCTTGGTA...TAGCTTCAGAAACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 CTGACCATGGATCCAACCAAGAGAATTACCTCGGAGCAAGCTCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292237 CTGACCATGGATCCAACCAAGAGAATTACCTCGGAGCAAGCTCTGCAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 TCCCTATTTTCAGGAGGACCCTTTGCCAACATTAGA         TGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 292287 TCCCTATTTTCAGGAGGACCCTTTGCCAACATTAGAGTA...TAGTGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 TTGCCGGCTGCCAGATTCCATACCCCAAACGAGAATTCCTTAATGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292976 TTGCCGGCTGCCAGATTCCATACCCCAAACGAGAATTCCTTAATGAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 GATCCTGAAGAAAAAGGTGACAAG         AATCAGCAACAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 293026 GATCCTGAAGAAAAAGGTGACAAGGTA...AAGAATCAGCAACAGCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 GAACCAGCATCAGCAGCCCACAGCCCCTCCACAGCAGGCAGCAGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293784 GAACCAGCATCAGCAGCCCACAGCCCCTCCACAGCAGGCAGCAGCCCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 CACAGGCGCCCCCACCACAGCAGAACAGCACCCAGACCAACGGGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293834 CACAGGCGCCCCCACCACAGCAGAACAGCACCCAGACCAACGGGACCGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 GGTGGGGCTGGGGCCGGGGTCGGGGGCACCGGAGCAGGGTTGCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293884 GGTGGGGCTGGGGCCGGGGTCGGGGGCACCGGAGCAGGGTTGCAGCACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 CCAGGACTCCAGCCTGAACCAGGTGCCTCCAAACAAGAAGCCACGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293934 CCAGGACTCCAGCCTGAACCAGGTGCCTCCAAACAAGAAGCCACGGCTAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328 GGCCTTCAGGCGCAAACTCAGGTGGACCTGTGATGCCCTCGGATTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293984 GGCCTTCAGGCGCAAACTCAGGTGGACCTGTGATGCCCTCGGATTATCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378          CACTCCAGTTCTCGCCTGAATTACCAAAGCAGCGTTCAGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294034 GTA...TAGCACTCCAGTTCTCGCCTGAATTACCAAAGCAGCGTTCAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419 ATCCTCTCAGTCCCAGAGCACACTTGGCTACTCTTCCTCGTCTCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300512 ATCCTCTCAGTCCCAGAGCACACTTGGCTACTCTTCCTCGTCTCAGCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1469 GCTCACAGTACCACCCATCTCACCAGGCCCACCGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300562 GCTCACAGTACCACCCATCTCACCAGGCCCACCGGTAC