seq1 = pF1KSDA1024.tfa, 2748 bp
seq2 = pF1KSDA1024/gi568815583f_79356148.tfa (gi568815583f:79356148_79568381), 212234 bp

>pF1KSDA1024 2748
>gi568815583f:79356148_79568381 (Chr15)

1-2298  (100001-102298)   99% ->
2299-2553  (106920-107174)   100% ->
2554-2748  (112040-112234)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCAGTCAGGAAACTTCCCTCTTCTTGGTGAAGATCTTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCAGTCAGGAAACTTCCCTCTTCTTGGTGAAGATCTTGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGGACAGCAAGCAAAATACCGTTTCTTATCAGGACCTGTGCAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGGACAGCAAGCAAAATACCGTTTCTTATCAGGACCTGTGCAAATCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGTGCCCGGTTCGACCTGTCGCAGCTTGCCAAACTGAGAAGTGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGTGCCCGGTTCGACCTGTCGCAGCTTGCCAAACTGAGAAGTGTGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTACACAGCTTGTCTCGATCCCAATTTTCCAGCCACGCTATTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTACACAGCTTGTCTCGATCCCAATTTTCCAGCCACGCTATTCAAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGATGAAATGCACTGTGAATAACCAGCAATCAAAGAAAATCATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGATGAAATGCACTGTGAATAACCAGCAATCAAAGAAAATCATGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCAGATATTGTGACGATATTCAACCTGATCCAAATGAATGGCGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGCAGATATTGTGACGATATTCAACCTGATCCAAATGAATGGCGGGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAAGGAGAAGCTGCCCACGGGCCGCCAGAAGGTACGCAAGAAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCAAGGAGAAGCTGCCCACGGGCCGCCAGAAGGTACGCAAGAAGGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATCCTTTGAATCATGTAGGTCGGACACAGAGATCTGCAATGCAGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATCCTTTGAATCATGTAGGTCGGACACAGAGATCTGCAATGCAGCTGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGAGCCCCTGAACTGTGAGCTGAGTGAGAGGTCTTTCAGCCGGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGAGCCCCTGAACTGTGAGCTGAGTGAGAGGTCTTTCAGCCGGGGCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCATCAGGCAGTCGTCCAAGTGCCGGAAGATGGACTGCAAGGACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCATCAGGCAGTCGTCCAAGTGCCGGAAGATGGACTGCAAGGACTGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACAGTTTGTCCCTGCCTCTGAGCCTAACTTCCTGTTGGGAGTTAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACAGTTTGTCCCTGCCTCTGAGCCTAACTTCCTGTTGGGAGTTAGCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGTGAAAAACCGCGCCGCTTCCCTGGACAGGTTGCAGGCCCTGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGTGAAAAACCGCGCCGCTTCCCTGGACAGGTTGCAGGCCCTGGCTCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACTCTGTGACCAGCCCTCAGCCCTGTGAGATGCAGAGGACCTACTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACTCTGTGACCAGCCCTCAGCCCTGTGAGATGCAGAGGACCTACTTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGAACATCGAAAACGAGTCCATTTCAGACCAGGACTCCCTGCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGAACATCGAAAACGAGTCCATTTCAGACCAGGACTCCCTGCCCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATCAGAGCATCAAGGAGACCTTCATTTCCAATGAGGAGCCATTTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATCAGAGCATCAAGGAGACCTTCATTTCCAATGAGGAGCCATTTGTGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGTCCTGTGTCCAGAAAAGGAATATCTTCAAAGAGGATTTTCACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGTCCTGTGTCCAGAAAAGGAATATCTTCAAAGAGGATTTTCACAATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GATGGCAGTGTCCCCCAGTTTGGTTGGCCCCATCAGCAAAGCAGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GATGGCAGTGTCCCCCAGTTTGGTTGGCCCCATCAGCAAAGCAGAGAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCACAGGGAACCCCAGAGTCGAAAGGAACCCCACAAGCCACCCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGCACAGGGAACCCCAGAGTCGAAAGGAACCCCACAAGCCACCCTTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACCACAGCTTTGAAATGCCCTATAACAGCCAGTACCTGAATCCAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACCACAGCTTTGAAATGCCCTATAACAGCCAGTACCTGAATCCAGTGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTCCCCGGTTCCTGACAAAAGGCGAGCAAAGCACGAAAGCTTAGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTCCCCGGTTCCTGACAAAAGGCGAGCAAAGCACGAAAGCTTAGATGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TTCAAGCCTCTACATATTTTGGGCCCACTCCCGTGATGGGAACCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TTCAAGCCTCTACATATTTTGGGCCCACTCCCGTGATGGGAACCCAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCAGGCGCTGTCTAGGGAAGCCCAACAAGCAGACTCCCTGGCCAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCAGGCGCTGTCTAGGGAAGCCCAACAAGCAGACTCCCTGGCCAGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AAGCTGGAGCCTAAACACAGAGGAAGTTCCTGACTTTGAACGGTCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AAGCTGGAGCCTAAACACAGAGGAAGTTCCTGACTTTGAACGGTCCTTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCAATAGAAATCCCTCCGAGGAGAAGCTACACTATCCAAATGCCAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCAATAGAAATCCCTCCGAGGAGAAGCTACACTATCCAAATGCCAGTAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAGACCCCCAATTTCCCAGCCCCAGAAAGGCGCCCAACTTACCTTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CAGACCCCCAATTTCCCAGCCCCAGAAAGGCGCCCAACTTACCTTGTGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AAAGGATCAACAGCCAATTCTCCCCATTGCTTATGCGGCAAAACAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AAAGGATCAACAGCCAATTCTCCCCATTGCTTATGCGGCAAAACAAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGCTCAAATCTAAAGAGATCTCATCCCCTGTTGACCTGGAGAAGCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGCTCAAATCTAAAGAGATCTCATCCCCTGTTGACCTGGAGAAGCATGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCAGTCAAAAAGTTTAAAGACAAGAGCATTAACTGCACCAGTGGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CCAGTCAAAAAGTTTAAAGACAAGAGCATTAACTGCACCAGTGGGCAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CAGCTCAGACACCAGTAGCGTGGGCACCCAGACTGAGCACGTGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAGCTCAGACACCAGTAGCGTGGGCACCCAGACTGAGCACGTGCTGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCAAGAAATGCAGAGACCTGTGCACCTCTGGTCAGGGCAAGTACAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CCAAGAAATGCAGAGACCTGTGCACCTCTGGTCAGGGCAAGTACAGTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AGGCACACCATGAAGCACTCAGACGATGACTCAGAAATTGTCAGCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AGGCACACCATGAAGCACTCAGACGATGACTCAGAAATTGTCAGCGACGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CATCAGTGACATTTTCCGATTTCTTGATGACATGAGCATCAGTGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CATCAGTGACATTTTCCGATTTCTTGATGACATGAGCATCAGTGGCTCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CGGGAGTGATACAGTCGTCCTGCTACAACAGCACAGGATCCTTGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CGGGAGTGATACAGTCGTCCTGCTACAACAGCACAGGATCCTTGTCTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTCCATAAGTCAGACTGCGACAGTTCCCCTGAGCACAACTTAACCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTCCATAAGTCAGACTGCGACAGTTCCCCTGAGCACAACTTAACCAAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 TGCCAATGGGGTCCCCAACAGCAAGGGAGACAAGGGCAACCGGCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 TGCCAATGGGGTCCCCAACAGCAAGGGAGACAAGGGCAACCGGCCTGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ACACCCACCACTCGGAAGAAGAGCTGAAGACCAGTGTGTGCAAACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ACACCCACCACTCGGAAGAAGAGCTGAAGACCAGTGTGTGCAAACTGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CTCAGGATTGGCGAAATCGAACGGAAGCTGGAATCCCTGTCGGGTGTCCG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 CTCAGGATTGGCGAAATTGAACGGAAGCTGGAATCCCTGTCGGGTGTCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TGATGAAATCTCCCAGGTCTTGGGCAAACTAAATAAATTGGACCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 TGATGAAATCTCCCAGGTCTTGGGCAAACTAAATAAATTGGACCAGAAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 TGCAACAGCCTGAGAAGGTGAGTGTGCAGATAGATCTGAACTCCTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 TGCAACAGCCTGAGAAGGTGAGTGTGCAGATAGATCTGAACTCCTTGACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 AGCGAGGGTCCGTCTGATGACAGTGCCTCTCCCCGGATGTTCCACGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 AGCGAGGGTCCGTCTGATGACAGTGCCTCTCCCCGGATGTTCCACGCACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CAGTGGCTCCCACGGACCCAAACTAGAGAACAACCCTGACTGGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CAGTGGCTCCCACGGACCCAAACTAGAGAACAACCCTGACTGGTGCTGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CTGATGCTAGCGGGAGCAACAGTGAAAGCCTGCGGGTCAAGGCCTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 CTGATGCTAGCGGGAGCAACAGTGAAAGCCTGCGGGTCAAGGCCTTAAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 AAAAGCCTCTTCACCAGGCCATCCTCTAGGTCCCTAACAGAGGAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 AAAAGCCTCTTCACCAGGCCATCCTCTAGGTCCCTAACAGAGGAGAACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 TGCCACAGAGTCCAAAATTGCCAGCATCTCCAACTCGCCCAGAGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 TGCCACAGAGTCCAAAATTGCCAGCATCTCCAACTCGCCCAGAGACTGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 GCACCATCACTTATACCAACCGTGTGGGCCTCAATGAGGAGGAGATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 GCACCATCACTTATACCAACCGTGTGGGCCTCAATGAGGAGGAGATAAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 GACACAGGCCCAGGAGATAATAAAGACTGGCATCGGAAATCTAAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102251 GACACAGGCCCAGGAGATAATAAAGACTGGCATCGGAAATCTAAAGAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2299        GCAGACAGGCAGTACGACATTCCCCCACAGCACCGACTGCCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 A...CAGGCAGACAGGCAGTACGACATTCCCCCACAGCACCGACTGCCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 AGCAGCCCAAAGATGGCTTCCTGGTGGAGCAGGTGTTCAGCCCTCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106963 AGCAGCCCAAAGATGGCTTCCTGGTGGAGCAGGTGTTCAGCCCTCACCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 TACCCTGCCTCCCTCAAGGCCCACATGAAGAGCAACCCCCTGTACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107013 TACCCTGCCTCCCTCAAGGCCCACATGAAGAGCAACCCCCTGTACACAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 CATGCGGCTGACCGAGTTGGCCGAGGTGAAGCGGGGCCAACCTTCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107063 CATGCGGCTGACCGAGTTGGCCGAGGTGAAGCGGGGCCAACCTTCTTGGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2492 CCATTGAGGAGTATGCACGGAATGCGGGCGACAAGGGCAAGCTGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107113 CCATTGAGGAGTATGCACGGAATGCGGGCGACAAGGGCAAGCTGACAGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2542 CTGGACCTGCAG         ACGCAAGAATCTTTAAACCCAAATAATTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107163 CTGGACCTGCAGGTG...TAGACGCAAGAATCTTTAAACCCAAATAATTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 AGAGTACTGGATGGAAGACATTTATACTCCAGGATACGATTCATTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112069 AGAGTACTGGATGGAAGACATTTATACTCCAGGATACGATTCATTACTAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2633 AACGTAAAGAAGCCGAATTCAGACGAGCCAAGGTCTGCAAGATAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112119 AACGTAAAGAAGCCGAATTCAGACGAGCCAAGGTCTGCAAGATAGCTGCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2683 CTGATCGCTGCTGCGGCATGCACCGTCATCCTCGTTATTGTCGTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112169 CTGATCGCTGCTGCGGCATGCACCGTCATCCTCGTTATTGTCGTGCCCAT

   2750     .    :    .
   2733 CTGCACAATGAAATCA
        ||||||||||||||||
 112219 CTGCACAATGAAATCA