seq1 = pF1KSDA1020.tfa, 1845 bp
seq2 = pF1KSDA1020/gi568815576f_21344921.tfa (gi568815576f:21344921_21546740), 201820 bp

>pF1KSDA1020 1845
>gi568815576f:21344921_21546740 (Chr22)

1-26  (97912-97937)   100% ->
27-1845  (100002-101820)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTCTGGGCCCTTGGCACTCCG         GTGGTGCGCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  97912 ATGGTGTCTGGGCCCTTGGCACTCCGGTG...CAGGTGGTGCGCGTGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGGCGCGGGGACATGGGGCCCGACATGGAGCTGCCCAGCCACTCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 AGGGCGCGGGGACATGGGGCCCGACATGGAGCTGCCCAGCCACTCGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTCCTGCTGCAGCTGAACCAGCAGAGGACCAAGGGCTTCCTGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 AGCTCCTGCTGCAGCTGAACCAGCAGAGGACCAAGGGCTTCCTGTGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCATCATCATGGTGGAGAACTCCATCTTCCGGGCCCACAAGAACGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 GTCATCATCATGGTGGAGAACTCCATCTTCCGGGCCCACAAGAACGTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCGCCAGCAGCATCTATTTCAAGTCCCTGGTCCTGCACGACAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100167 AGCCGCCAGCAGCATCTATTTCAAGTCCCTGGTCCTGCACGACAACCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAACCTGGACACAGACATGGTCAGCTCCACAGTGTTCCAGCAGATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100217 TCAACCTGGACACAGACATGGTCAGCTCCACAGTGTTCCAGCAGATCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTTCATCTACACAGGCAAGCTGCTGCCCAGCGACCAGCCAGCCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100267 GACTTCATCTACACAGGCAAGCTGCTGCCCAGCGACCAGCCAGCCGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAACTTCAGCACCCTCCTCACTGCCGCCAGCTACCTCCAGCTGCCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 CAACTTCAGCACCCTCCTCACTGCCGCCAGCTACCTCCAGCTGCCCGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCAGCCCTCTGCCGCCGCAAACTCAAGCGAGCCGGCAAGCCCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100367 TGGCAGCCCTCTGCCGCCGCAAACTCAAGCGAGCCGGCAAGCCCTTTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTGGGAGGGCGGGGTCCACTGGCATGGGGCGGCCCCCCCGCAGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100417 TCTGGGAGGGCGGGGTCCACTGGCATGGGGCGGCCCCCCCGCAGCCAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGTCCACGGCCTCTGTCATCCAAGCTCGGTATCGGGGGCTCGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100467 GCTGTCCACGGCCTCTGTCATCCAAGCTCGGTATCAGGGGCTCGTGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGCGCAAGGGGGCCCACGCCCCCCAGGAGCTCCCCCAAGCCAAAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100517 GGCGCAAGGGGGCCCACGCCCCCCAGGAGCTCCCCCAAGCCAAAGGCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACGATGAACTCTTTCTTGGTGGCTCTAACCAGGATAGCGTGCAAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100567 GACGATGAACTCTTTCTTGGTGGCTCTAACCAGGATAGCGTGCAAGGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGCCGGGCTGTCTGCCCAGCTGGCGGGGAGGCGGGTCTGGGGGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100617 GGGCCGGGCTGTCTGCCCAGCTGGCGGGGAGGCGGGTCTGGGGGGCTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAGCAGCACCAACGGGAGCAGCGGGGGCTGCGAGCAGGAGCTGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100667 GCAGCAGCACCAACGGGAGCAGCGGGGGCTGCGAGCAGGAGCTGGGCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACCTGTCCAAGAAAAGCCCACCCTTGCCCCCTGCCACCCCAGGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100717 GACCTGTCCAAGAAAAGCCCACCCTTGCCCCCTGCCACCCCAGGTCCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTCACTCCCGATGACGCAGCCCAGCTGAGCGACAGCCAACATGGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100767 CCTCACTCCCGATGACGCAGCCCAGCTGAGCGACAGCCAACATGGCTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCCTGCGGCCTCTGCCCCTCCCGTTGCCAACAGTGCCTCTTATTCTGAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100817 CCCCTGCGGCCTCTGCTCCTCCCGTTGCCAACAGTGCCTCTTATTCTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGGGGGGCACCCCTGATGAGCCCATGGATCTGGAGGGGGCCGAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100867 CTGGGGGGCACCCCTGATGAGCCCATGGATCTGGAGGGGGCCGAGGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCACCTGAGCCTGCTGGAGGCGCCTGGTGGGCAGCCTCGGAAGAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100917 CCACCTGAGCCTGCTGGAGGCGCCTGGTGGGCAGCCTCGGAAGAGCCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGCACTCCACTCGGAAGAAGGAGTGGGGCAAGAAGGAGCCTGTGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100967 GGCACTCCACTCGGAAGAAGGAGTGGGGCAAGAAGGAGCCTGTGGCTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TCCCCCTTTGAGCGGAGAGAAGCAGGGCCCAAGGGTCCCTGCCCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101017 TCCCCCTTTGAGCGGAGAGAAGCAGGGCCCAAGGGTCCCTGCCCGGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGAGGGTGAGGGGGTCGGGGACAGGGTTCCCAATGGCATCCTGGCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101067 GGAGGGTGAGGGGGTCGGGGACAGGGTTCCCAATGGCATCCTGGCTAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GGGCTGGCCCTAGCGGGCCCTATGGGGAGCCCCCCTACCCCTGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 GGGCTGGCCCTAGCGGGCCCTATGGGGAGCCCCCCTACCCCTGCAAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GAGGAGGAGAACGGCAAGGATGCAAGTGAAGACAGTGCGCAGAGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 GAGGAGGAGAACGGCAAGGATGCAAGTGAAGACAGTGCGCAGAGCGGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CGAGGGGGGCAGCGGCCACGCCAGCGCCCACTACATGTACCGGCAGGAGG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 101217 CGAGGGGGGCAGCGGCCATGCCAGCGCCCACTACATGTACCGGCAGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GCTACGAGACGGTGTCCTACGGGGACAACTTGTATGTGTGCATTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101267 GCTACGAGACGGTGTCCTACGGGGACAACTTGTATGTGTGCATTCCCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCCAAGGGCTTCCCCAGCTCTGAGCAGCTCAATGCGCACGTGGAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101317 GCCAAGGGCTTCCCCAGCTCTGAGCAGCTCAATGCGCACGTGGAGACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CACGGAGGAAGAGCTGTTCATCAAGGAAGAGGGGGCCTACGAGACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101367 CACGGAGGAAGAGCTGTTCATCAAGGAAGAGGGGGCCTACGAGACAGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GTGGGGGTGCCGAGGAGGAGGCCGAGGACCTGTCAGCACCCAGTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101417 GTGGGGGTGCCGAGGAGGAGGCCGAGGACCTGTCAGCACCCAGTGCGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TACACGGCTGAGCCCCGGCCCTTCAAGTGTTCGGTCTGCGAGAAGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101467 TACACGGCTGAGCCCCGGCCCTTCAAGTGTTCGGTCTGCGAGAAGACCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CAAGGACCCAGCCACGCTGCGGCAGCACGAGAAGACGCACTGGCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101517 CAAGGACCCAGCCACGCTGCGGCAGCACGAGAAGACGCACTGGCTGACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GGCCCTTCCCCTGCAACATCTGTGGCAAAATGTTCACGCAGCGCGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101567 GGCCCTTCCCCTGCAACATCTGTGGCAAAATGTTCACGCAGCGCGGCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 ATGACGCGTCACATGCGGAGCCACCTGGGCCTGAAGCCCTTCGCCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101617 ATGACGCGTCACATGCGGAGCCACCTGGGCCTGAAGCCCTTCGCCTGCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TGAGTGTGGCATGCGCTTCACCCGTCAGTACCGCCTCACGGAGCACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101667 TGAGTGTGGCATGCGCTTCACCCGTCAGTACCGCCTCACGGAGCACATGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GTGTGCACTCGGGCGAGAAACCTTACGAGTGCCAGCTGTGCGGGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101717 GTGTGCACTCGGGCGAGAAACCTTACGAGTGCCAGCTGTGCGGGGGCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 TTCACCCAGCAGCGCAACCTCATCAGCCACCTGCGCATGCACACCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101767 TTCACCCAGCAGCGCAACCTCATCAGCCACCTGCGCATGCACACCTCCCC

   1850 
   1842 CTCC
        ||||
 101817 CTCC