seq1 = pF1KSDA1014.tfa, 3051 bp
seq2 = pF1KSDA1014/gi568815587r_47617425.tfa (gi568815587r:47617425_47867288), 249864 bp

>pF1KSDA1014 3051
>gi568815587r:47617425_47867288 (Chr11)

(complement)

1-220  (100001-100226)   97% ->
221-313  (101927-102019)   100% ->
314-450  (112625-112761)   100% ->
451-637  (114187-114373)   100% ->
638-785  (115999-116146)   100% ->
786-906  (116253-116373)   100% ->
907-1245  (120895-121233)   100% ->
1246-1456  (123126-123336)   100% ->
1457-1581  (130549-130673)   100% ->
1582-1686  (133160-133264)   100% ->
1687-1820  (134619-134752)   100% ->
1821-2008  (135728-135915)   100% ->
2009-2319  (142511-142821)   100% ->
2320-2464  (143117-143261)   100% ->
2465-2805  (143973-144313)   100% ->
2806-2963  (147203-147360)   100% ->
2964-3051  (149777-149864)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGAAGTCCCGGGCGGTACCCGGCCGTAGGCCCATCCTGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAGAAGTCCCGGGCGGTACCCGGCCGTAGGCCCATCCTGCAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTCCGCCGGGTCCTCGGGGCAGCACGCCGGGCCGGGACCCGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTCCGCCGGGTCCTCGGGGCAGCACGCCGGGCCGGGACCCGGAGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACCCGACACTGAGCCGGACTCAACCGCGGCGGTCCCCAGCCAGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACCCGACACTGAGCCGGACTCAACCGCGGCGGTCCCCAGCCAGCCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGTCGGCGGCGACGACCACC      GCGGTGACTGCCGCCGCGGCCTC
        |||||||||||||||||||||------|||||||||||||||||||||||
 100151 CCGTCGGCGGCGACGACCACCACCACCGCGGTGACTGCCGCCGCGGCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 GGACGACTCGCCTTCAGAAGGCAAGG         ATGAACAGGAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 GGACGACTCGCCTTCAGAAGGCAAGGGTG...CAGATGAACAGGAAGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236 TGCAGGAGGTTCCTAGAGTTGTTCAGAATCCTCCAAAACCAGTCATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101942 TGCAGGAGGTTCCTAGAGTTGTTCAGAATCCTCCAAAACCAGTCATGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286 ACTAGACCCACAGCTGTTAAAGCAACAG         GCGGTCTATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101992 ACTAGACCCACAGCTGTTAAAGCAACAGGTA...TAGGCGGTCTATGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327 GCTTGGTGCTTATGCTGACAGTGATGACGATGACAATGATGTTTCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112638 GCTTGGTGCTTATGCTGACAGTGATGACGATGACAATGATGTTTCCGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377 AACTAGCACAATCCAAAGAGACAAATGGAAACCAGTCAACTGATATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112688 AACTAGCACAATCCAAAGAGACAAATGGAAACCAGTCAACTGATATTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427 AGTACATTGGCCAACTTCCTAGCG         GAGATCGATGCCATAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112738 AGTACATTGGCCAACTTCCTAGCGGTT...AAGGAGATCGATGCCATAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468 AGCTCCTCAGCCTGCAGCTCCTGTAGGAGCTTCTGCTCCACCTCCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114204 AGCTCCTCAGCCTGCAGCTCCTGTAGGAGCTTCTGCTCCACCTCCAACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518 CACCTCGACCAGAGCCAAAGGAAGCAGCAACATCTACCCTTTCTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114254 CACCTCGACCAGAGCCAAAGGAAGCAGCAACATCTACCCTTTCTTCTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568 ACTTCAAATGGAACAGACTCCACCCAAACATCTGGTTGGCAATATGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114304 ACTTCAAATGGAACAGACTCCACCCAAACATCTGGTTGGCAATATGATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618 TCAGTGTTCACTGGCAGGAG         TCGGAATTGAGATGGGCGATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114354 TCAGTGTTCACTGGCAGGAGGTA...TAGTCGGAATTGAGATGGGCGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659 GGCAGGAAGTCTGGGATGAGAACACGGGATGTTATTATTATTGGAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116020 GGCAGGAAGTCTGGGATGAGAACACGGGATGTTATTATTATTGGAATACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709 CAAACAAATGAAGTGACTTGGGAGTTACCCCAATATCTTGCCACACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116070 CAAACAAATGAAGTGACTTGGGAGTTACCCCAATATCTTGCCACACAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 ACAGGGATTACAGCATTACCAGCCCAG         TTCTGTGCCAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116120 ACAGGGATTACAGCATTACCAGCCCAGGTA...TAGTTCTGTGCCAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 CTGAAACTAGTTTTGTGGTAAATACAGACATATATTCTAAGGAGAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116267 CTGAAACTAGTTTTGTGGTAAATACAGACATATATTCTAAGGAGAAAACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 ATTTCTGTTTCCAGTAGTAAAAGTGGACCAGTCATAGCCAAGCGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116317 ATTTCTGTTTCCAGTAGTAAAAGTGGACCAGTCATAGCCAAGCGAGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 TAAAAAG         GAAGTAAATGAAGGAATTCAGGCTCTCTCAAATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116367 TAAAAAGGTC...TAGGAAGTAAATGAAGGAATTCAGGCTCTCTCAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 GTGAGGAGGAGAAGAAAGGGGTGGCAGCATCGCTGCTTGCTCCTTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120929 GTGAGGAGGAGAAGAAAGGGGTGGCAGCATCGCTGCTTGCTCCTTTATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 CCTGAGGGAATAAAAGAAGAAGAAGAGAGATGGAGAAGAAAAGTAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120979 CCTGAGGGAATAAAAGAAGAAGAAGAGAGATGGAGAAGAAAAGTAATTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041 TAAAGAGGAGCCAGTTTCAGAAGTAAAAGAAACAAGTACAACAGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121029 TAAAGAGGAGCCAGTTTCAGAAGTAAAAGAAACAAGTACAACAGTAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 AAGCAACAACAATAGTAAAGCCACAGGAAATTATGTTGGACAATATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121079 AAGCAACAACAATAGTAAAGCCACAGGAAATTATGTTGGACAATATAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 GACCCTTCTCAGGAGGATCTTTGCAGTGTTGTCCAATCTGGAGAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121129 GACCCTTCTCAGGAGGATCTTTGCAGTGTTGTCCAATCTGGAGAAAGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 GGAGGAAGAGGAACAAGATACCCTTGAACTGGAGCTAGTTTTGGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121179 GGAGGAAGAGGAACAAGATACCCTTGAACTGGAGCTAGTTTTGGAAAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 AAAAA         GCAGAGTTGCGAGCCTTGGAGGAAGGAGATGGTAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121229 AAAAAGTA...TAGGCAGAGTTGCGAGCCTTGGAGGAAGGAGATGGTAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 GTGTCAGGGTCTAGTCCACGTTCTGATATCAGCCAGCCAGCATCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123162 GTGTCAGGGTCTAGTCCACGTTCTGATATCAGCCAGCCAGCATCTCAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 TGGAATGCGTAGGCTTATGTCTAAAAGAGGAAAATGGAAGATGTTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123212 TGGAATGCGTAGGCTTATGTCTAAAAGAGGAAAATGGAAGATGTTTGTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382 GAGCTACCAGTCCAGAATCTACCAGTAGGAGTTCTAGTAAAACTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123262 GAGCTACCAGTCCAGAATCTACCAGTAGGAGTTCTAGTAAAACTGGACGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1432 GATACTCCAGAAAATGGAGAAACTG         CAATTGGTGCTGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123312 GATACTCCAGAAAATGGAGAAACTGGTA...CAGCAATTGGTGCTGAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1473 TTCAGAAAAAATAGATGAGAATTCAGATAAAGAGATGGAAGTAGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130565 TTCAGAAAAAATAGATGAGAATTCAGATAAAGAGATGGAAGTAGAAGAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1523 CTCCAGAGAAAATAAAAGTACAGACAACACCAAAAGTAGAAGAAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130615 CTCCAGAGAAAATAAAAGTACAGACAACACCAAAAGTAGAAGAAGAACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573 GATTTGAAA         TTTCAGATTGGAGAACTGGCAAATACCCTGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 130665 GATTTGAAAGTA...TAGTTTCAGATTGGAGAACTGGCAAATACCCTGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1614 AAGTAAATTCGAGTTTCTAGGCATTAATAGACAATCCATCTCCAACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133192 AAGTAAATTCGAGTTTCTAGGCATTAATAGACAATCCATCTCCAACTTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1664 ATGTGCTGCTCTTACAGACTGAG         ACTCGAATTGCAGACTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133242 ATGTGCTGCTCTTACAGACTGAGGTA...TAGACTCGAATTGCAGACTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1705 CGGGAAGGGGCTCTTAATGGAAACTACCTTAAACGAAAACTTCAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134637 CGGGAAGGGGCTCTTAATGGAAACTACCTTAAACGAAAACTTCAGGATGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1755 AGCAGAACAACTAAAACAGTATGAAATAAACGCCACTCCTAAAGGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134687 AGCAGAACAACTAAAACAGTATGAAATAAACGCCACTCCTAAAGGCTGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1805 CCTGCCACTGGGACAG         GGATCATAGACGGTATTTCTATGTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 134737 CCTGCCACTGGGACAGGTA...TAGGGATCATAGACGGTATTTCTATGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1846 AACGAACAGTCGGGCGAGTCTCAGTGGGAGTTTCCAGATGGTGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135753 AACGAACAGTCGGGCGAGTCTCAGTGGGAGTTTCCAGATGGTGAAGAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1896 AGAAGAAGAAAGCCAAGCACAAGAAAATAGAGATGAGACTCTTGCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135803 AGAAGAAGAAAGCCAAGCACAAGAAAATAGAGATGAGACTCTTGCCAAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946 AGACCTTGAAAGACAAAACTGGCACTGATTCAAATTCAACAGAATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135853 AGACCTTGAAAGACAAAACTGGCACTGATTCAAATTCAACAGAATCCTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1996 GAAACTTCCACAG         GTTCTCTTTGTAAAGAATCCTTTTCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 135903 GAAACTTCCACAGGTG...TAGGTTCTCTTTGTAAAGAATCCTTTTCTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2037 TCAAGTTTCTTCTTCATCACTCATGCCACTTACTCCATTCTGGACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142539 TCAAGTTTCTTCTTCATCACTCATGCCACTTACTCCATTCTGGACCCTCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2087 TTCAGTCAAATGTTCCTGTGCTTCAACCTCCATTACCCTTGGAAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142589 TTCAGTCAAATGTTCCTGTGCTTCAACCTCCATTACCCTTGGAAATGCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2137 CCACCCCCACCTCCACCTCCAGAATCACCTCCACCCCCTCCTCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142639 CCACCCCCACCTCCACCTCCAGAATCACCTCCACCCCCTCCTCCACCACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2187 TCCTCCTGCGGAAGATGGTGAGATCCAGGAGGTAGAGATGGAGGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142689 TCCTCCTGCGGAAGATGGTGAGATCCAGGAGGTAGAGATGGAGGATGAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2237 GAAGTGAGGAGCCCCCTGCCCCAGGAACAGAGGAAGATACCCCTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142739 GAAGTGAGGAGCCCCCTGCCCCAGGAACAGAGGAAGATACCCCTTTGAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2287 CCTTCAGCACAAACCACAGTTGTAACTAGCCAG         AGTTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 142789 CCTTCAGCACAAACCACAGTTGTAACTAGCCAGGTA...CAGAGTTCAGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2328 TGATTCCACCATCTCTAGTTCTTCTTCCACTAAAGGAATAAAGAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143125 TGATTCCACCATCTCTAGTTCTTCTTCCACTAAAGGAATAAAGAGGAAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2378 CTACAGAAATTAGCACTGCAGTGGTTCAGAGGTCAGCTACCATTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143175 CTACAGAAATTAGCACTGCAGTGGTTCAGAGGTCAGCTACCATTGGCAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2428 TCTCCAGTTCTCTATAGCCAGTCAGCTATAGCTACAG         GTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 143225 TCTCCAGTTCTCTATAGCCAGTCAGCTATAGCTACAGGTA...TAGGTCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2469 CCAGGCAGCAGGGATTGGAAACCAGGCAACAGGAATTGGACATCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143977 CCAGGCAGCAGGGATTGGAAACCAGGCAACAGGAATTGGACATCAGACAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2519 TACCAGTTAGCCTTCCAGCAGCAGGAATGGGTCATCAGGCCAGAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144027 TACCAGTTAGCCTTCCAGCAGCAGGAATGGGTCATCAGGCCAGAGGAATG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2569 AGCCTGCAGTCAAATTACCTTGGACTAGCGGCAGCACCTGCAATTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144077 AGCCTGCAGTCAAATTACCTTGGACTAGCGGCAGCACCTGCAATTATGAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2619 TTATGCAGAATGTTCTGTCCCAATTGGAGTGACTGCTCCCTCATTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144127 TTATGCAGAATGTTCTGTCCCAATTGGAGTGACTGCTCCCTCATTGCAGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2669 CAGTTCAGGCCCGAGGTGCTGTGCCTACCGCTACCATTATAGAACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144177 CAGTTCAGGCCCGAGGTGCTGTGCCTACCGCTACCATTATAGAACCACCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2719 CCACCACCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCACCACCAGCTCCCAAAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144227 CCACCACCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCACCACCAGCTCCCAAAATGCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2769 ACCACCTGAAAAGACAAAAAAAGGAAGGAAAGACAAG         GCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 144277 ACCACCTGAAAAGACAAAAAAAGGAAGGAAAGACAAGGTA...CAGGCAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2810 AGAAGAGTAAGACCAAAATGCCATCTTTGGTAAAAAAGTGGCAGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147207 AGAAGAGTAAGACCAAAATGCCATCTTTGGTAAAAAAGTGGCAGAGTATC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2860 CAGCGTGAGTTAGATGAAGAGGACAATTCTAGTTCCAGTGAAGAGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147257 CAGCGTGAGTTAGATGAAGAGGACAATTCTAGTTCCAGTGAAGAGGATCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2910 GGAATCAACTGCACAGAAGCGAATTGAAGAGTGGAAACAGCAGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147307 GGAATCAACTGCACAGAAGCGAATTGAAGAGTGGAAACAGCAGCAGCTGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2960 TTAG         TGGCATGGCAGAGAGAAATGCTAATTTTGAAGCCCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147357 TTAGGTA...CAGTGGCATGGCAGAGAGAAATGCTAATTTTGAAGCCCTT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3001 CCTGAGGATTGGAGAGCAAGGCTGAAGAGAAGGAAAATGGCTCCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149814 CCTGAGGATTGGAGAGCAAGGCTGAAGAGAAGGAAAATGGCTCCAAACAC

   3200 
   3051 A
        |
 149864 A