seq1 = pF1KSDA0989.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KSDA0989/gi568815595r_134257708.tfa (gi568815595r:134257708_134471433), 213726 bp

>pF1KSDA0989 2340
>gi568815595r:134257708_134471433 (Chr3)

(complement)

1-734  (100001-100734)   100% ->
735-1041  (103631-103937)   100% ->
1042-1186  (105007-105151)   100% ->
1187-1279  (105525-105617)   100% ->
1280-1575  (109627-109922)   100% ->
1576-1883  (111021-111328)   100% ->
1884-2104  (111931-112151)   100% ->
2105-2284  (112715-112894)   99% ->
2285-2340  (113671-113726)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGACACTGGAAGACTCCTCGGGGACAGTCCTGCACCGCCTCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGACACTGGAAGACTCCTCGGGGACAGTCCTGCACCGCCTCATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCAGCTGCGCTACGGCAACCTGACTGAGACGCGCACGCTGCTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCAGCTGCGCTACGGCAACCTGACTGAGACGCGCACGCTGCTAGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGCAGCAGGCCCTGAGGGGTGGGGCTGGAACTGGGGGTACAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGCAGCAGGCCCTGAGGGGTGGGGCTGGAACTGGGGGTACAGGGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCAGGCCTCCCTGGAGATCCTGGCCCCAGAGGACAGTCAGGTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCAGGCCTCCCTGGAGATCCTGGCCCCAGAGGACAGTCAGGTGCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGGCCACCAGGCAGGAGCCCCAGGGCCAGGAGCACCAGGGCGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGGCCACCAGGCAGGAGCCCCAGGGCCAGGAGCACCAGGGCGGTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCACCTGGCAGAGAACACCCTCTACCGGCTATGCCCACAGCCCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCACCTGGCAGAGAACACCCTCTACCGGCTATGCCCACAGCCCAGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAGAGGAGCTGCCCACCTATGAGGAGGCCAAAGCCCACTCGCAGTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAGAGGAGCTGCCCACCTATGAGGAGGCCAAAGCCCACTCGCAGTACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCGGCCCAGCAGGCAGGGACCCGGCCACATGCGGGGGACCGAGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCGGCCCAGCAGGCAGGGACCCGGCCACATGCGGGGGACCGAGATCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGGGGCCCCGGGAGGCAGTCGGAGGCAGGACGAGGCCCTGCGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGGGGCCCCGGGAGGCAGTCGGAGGCAGGACGAGGCCCTGCGGGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGGCATGGGCACGTGCGCTCGTTGAGTGAACGGCTCCTTCAGTTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGGCATGGGCACGTGCGCTCGTTGAGTGAACGGCTCCTTCAGTTGTCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGAGGAACGGCGCCCGGGCCCCCAGCCACATGAGCTCCTCCCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGAGGAACGGCGCCCGGGCCCCCAGCCACATGAGCTCCTCCCACAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCCACAGCTGGCCCGCAACCAGCAGGGCCCCCCACTGAGGGGCCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCCACAGCTGGCCCGCAACCAGCAGGGCCCCCCACTGAGGGGCCCCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGAGGGCCCAGAGTCCCGAGGACCCCCACCTCAGTACCCTCATGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGAGGGCCCAGAGTCCCGAGGACCCCCACCTCAGTACCCTCATGTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACTAGCTCATGAGACCACCACTGCTGTCACTGACCCACGGTACCGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACTAGCTCATGAGACCACCACTGCTGTCACTGACCCACGGTACCGTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCGGCAGCCCGCACTTCCAGCATGCTGAAGTCAG         GATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100701 GCGGCAGCCCGCACTTCCAGCATGCTGAAGTCAGGTA...CAGGATCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGCCCAGGTGCCTCCTGTGTTCCTCCAACAGCAGCAGCAGTACCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103638 CAGGCCCAGGTGCCTCCTGTGTTCCTCCAACAGCAGCAGCAGTACCAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTGCAGCAATCTCAGGAGCACCCCCCTCCCCCACATCCAGCTGCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103688 CCTGCAGCAATCTCAGGAGCACCCCCCTCCCCCACATCCAGCTGCTCTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCCATGGCCCCCTGAGCTCCCTCAGTCCACCTGCTGTGGAGGGGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103738 GCCATGGCCCCCTGAGCTCCCTCAGTCCACCTGCTGTGGAGGGGCCAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGTGCCCAGGCCTCCTCAGCCACCTCGGGCAGTGCCCACCTGGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103788 AGTGCCCAGGCCTCCTCAGCCACCTCGGGCAGTGCCCACCTGGCCCAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGAGGCCGTGCTGAGGGAGAATGCCAGGCTGCAGAGAGACAATGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103838 GGAGGCCGTGCTGAGGGAGAATGCCAGGCTGCAGAGAGACAATGAGCGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCAGAGGGAGCTGGAGAGCTCTGCGGAGAAGGCTGGCCGCATTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103888 TGCAGAGGGAGCTGGAGAGCTCTGCGGAGAAGGCTGGCCGCATTGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042          CTGGAAAGCGAAATCCAGCGGCTCTCTGAGGCCCATGAGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103938 GTA...CAGCTGGAAAGCGAAATCCAGCGGCTCTCTGAGGCCCATGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCTGACCAGAGCCTCCTCCAAGCGTGAGGCCCTGGAGAAGACCATGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105048 CCTGACCAGAGCCTCCTCCAAGCGTGAGGCCCTGGAGAAGACCATGCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACAAGATGGACAGTGAAATGAGGAGGCTGCAAGACTTCAACCGGGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105098 ACAAGATGGACAGTGAAATGAGGAGGCTGCAAGACTTCAACCGGGATCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGAG         AGAGATTGGAATCTGCAAATCGCCGCCTGGCAAGCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105148 AGAGGTG...CAGAGAGATTGGAATCTGCAAATCGCCGCCTGGCAAGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GACACAGGAGGCCCAGGCCGGCAGTCAGGACATGGTGGCCAAGCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105562 GACACAGGAGGCCCAGGCCGGCAGTCAGGACATGGTGGCCAAGCTGCTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTCAGA         GCTACGAACAGCAGCAGGAGCAAGAGAAGCTGGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105612 CTCAGAGTG...CAGGCTACGAACAGCAGCAGGAGCAAGAGAAGCTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CGAGAGATGGCACTGCTGCGCGGCGCCATCGAGGACCAGCGGCGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109662 CGAGAGATGGCACTGCTGCGCGGCGCCATCGAGGACCAGCGGCGGCGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGAGCTGCTGGAGCAGGCTCTGGGCAATGCGCAGGGCCGGGCAGCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109712 CGAGCTGCTGGAGCAGGCTCTGGGCAATGCGCAGGGCCGGGCAGCTCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CCGAAGAGGAGCTGCGCAAGAAGCAGGCCTATGTGGAGAAAGTGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109762 CCGAAGAGGAGCTGCGCAAGAAGCAGGCCTATGTGGAGAAAGTGGAGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTGCAGCAGGCGCTCGGGCAGCTGCAGGCAGCCTGTGAGAAGCGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109812 CTGCAGCAGGCGCTCGGGCAGCTGCAGGCAGCCTGTGAGAAGCGGGAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCTGGAGCTGCGTCTGCGGACTCGCCTGGAGCAGGAACTCAAGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109862 GCTGGAGCTGCGTCTGCGGACTCGCCTGGAGCAGGAACTCAAGGCCCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GTGCACAGCAG         AGACAGGCAGGTGCCCCAGGTGGTAGCAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109912 GTGCACAGCAGGTG...CAGAGACAGGCAGGTGCCCCAGGTGGTAGCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GGCAGTGGTGGGTCTCCAGAGCTCAGCGCCCTGCGACTGTCAGAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111051 GGCAGTGGTGGGTCTCCAGAGCTCAGCGCCCTGCGACTGTCAGAACAACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GCGAGAGAAGGAGGAGCAGATCCTGGCGCTGGAGGCCGACATGACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111101 GCGAGAGAAGGAGGAGCAGATCCTGGCGCTGGAGGCCGACATGACCAAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GGGAGCAGAAGTATTTGGAGGAACGTGCCATGAGGCAGTTTGCCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111151 GGGAGCAGAAGTATTTGGAGGAACGTGCCATGAGGCAGTTTGCCATGGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GCGGCTGCCACGGCTGCTGCTCAGCGTGACACCACTCTCATCCGACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111201 GCGGCTGCCACGGCTGCTGCTCAGCGTGACACCACTCTCATCCGACATTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CCCCCAGCCCTCACCCAGCAGCAGCTTCAATGAGGGTCTGCTCACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111251 CCCCCAGCCCTCACCCAGCAGCAGCTTCAATGAGGGTCTGCTCACTGGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GCCACAGGCATCAGGAGATGGAAAGCAG         GTTAAAGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111301 GCCACAGGCATCAGGAGATGGAAAGCAGGTT...CAGGTTAAAGGTGCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CATGCCCAGATCCTGGAGAAGGATGCAGTGATCAAGGTCCTTCAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111944 CATGCCCAGATCCTGGAGAAGGATGCAGTGATCAAGGTCCTTCAGCAGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CTCCAGGAGAGACCCTGGCAAGGCCATCCAGGGCTCCCTGCGGCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111994 CTCCAGGAGAGACCCTGGCAAGGCCATCCAGGGCTCCCTGCGGCCTGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 AGTCGGTGCCATCTGTTTTCGCGGCTGCGGCAGCAGGAACCCAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112044 AGTCGGTGCCATCTGTTTTCGCGGCTGCGGCAGCAGGAACCCAGGGCTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 CAAGGGCTCTCTTCTAGTGAGCGACAAACAGCAGACGCCCCTGCTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112094 CAAGGGCTCTCTTCTAGTGAGCGACAAACAGCAGACGCCCCTGCTCGGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 GACTACAG         CAGACAGAGCACCCACAGAGGAGCCAGTGGTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112144 GACTACAGGTA...CAGCAGACAGAGCACCCACAGAGGAGCCAGTGGTCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 CAGCTCCCCCTGCTGCCCATGCCAAACACGGGAGCAGAGATGGGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112748 CAGCTCCCCCTGCTGCCCATGCCAAACACGGGAGCAGAGATGGGAGCACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 CAGACTGACGGCCCCCCAGACAGCACCTCCACCTGCCTGCCACCGGAGCC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112798 CAGACTGAGGGCCCCCCAGACAGCACCTCCACCTGCCTGCCACCGGAGCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 TGACAGCCTTCTGGGGTGCAGCAGTAGCCAGAGAGCAGCCTCTCTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112848 TGACAGCCTTCTGGGGTGCAGCAGTAGCCAGAGAGCAGCCTCTCTGGGTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2285       ACTCTGTAGCTACATCCAGAGTCCAGGACTTGTCAGACATGGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112898 ...CAGACTCTGTAGCTACATCCAGAGTCCAGGACTTGTCAGACATGGTG

   2400     .    :
   2329 GAGATACTGATC
        ||||||||||||
 113715 GAGATACTGATC