seq1 = pF1KSDA0976.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KSDA0976/gi568815597f_107048594.tfa (gi568815597f:107048594_107495328), 446735 bp

>pF1KSDA0976 1092
>gi568815597f:107048594_107495328 (Chr1)

1-246  (100001-100246)   100% ->
247-887  (275689-276329)   100% ->
888-1060  (346561-346733)   100% ->
1061-1092  (359089-359120)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTTGTCAAGATTCCTGTCGATTCATGCCCTTTGGGTTACGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATTTGTCAAGATTCCTGTCGATTCATGCCCTTTGGGTTACGGTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGTGATGCAGCCCTACCCTTTGGTTTGGGGACATTATGATTTGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGTGATGCAGCCCTACCCTTTGGTTTGGGGACATTATGATTTGTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACTCAGATTTACACGGAAGAAGGGAAAGTTTGGGATTACATGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGACTCAGATTTACACGGAAGAAGGGAAAGTTTGGGATTACATGGCCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCCGGAATCCACGGACATGACAAAATATCTGAAAGTGAAACTCGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCCGGAATCCACGGACATGACAAAATATCTGAAAGTGAAACTCGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCGGATATTACCTGTGGAGACCCTCCTGAGACGTTCTGTGCAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100201 TCCGGATATTACCTGTGGAGACCCTCCTGAGACGTTCTGTGCAATGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247      GGCAATCCCTACATGTGCAATAATGAGTGTGATGCGAGTACCCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ..TAGGGCAATCCCTACATGTGCAATAATGAGTGTGATGCGAGTACCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCTGGCACACCCCCCTGAGCTGATGTTTGATTTTGAAGGAAGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275734 GAGCTGGCACACCCCCCTGAGCTGATGTTTGATTTTGAAGGAAGACATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCCACATTTTGGCAGTCTGCCACTTGGAAGGAGTATCCCAAGCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275784 CTCCACATTTTGGCAGTCTGCCACTTGGAAGGAGTATCCCAAGCCTCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGTTAACATCACTCTGTCTTGGAGCAAAACCATTGAGCTAACAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275834 AGGTTAACATCACTCTGTCTTGGAGCAAAACCATTGAGCTAACAGACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATAGTTATTACCTTTGAATCTGGGCGTCCAGACCAAATGATCCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275884 ATAGTTATTACCTTTGAATCTGGGCGTCCAGACCAAATGATCCTGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCTCTCGATTATGGACGAACATGGCAGCCCTATCAGTATTATGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275934 GTCTCTCGATTATGGACGAACATGGCAGCCCTATCAGTATTATGCCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTGCTTAGATGCTTTTCACATGGATCCTAAATCCGTGAAGGATTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275984 ACTGCTTAGATGCTTTTCACATGGATCCTAAATCCGTGAAGGATTTATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGCATACGGTCTTAGAAATCATTTGCACAGAAGAGTACTCAACAGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276034 CAGCATACGGTCTTAGAAATCATTTGCACAGAAGAGTACTCAACAGGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TACAACAAATAGCAAAATAATCCACTTTGAAATCAAAGACAGGTTCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276084 TACAACAAATAGCAAAATAATCCACTTTGAAATCAAAGACAGGTTCGCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTTTTGCTGGACCTCGCCTACGCAATATGGCTTCCCTCTACGGACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276134 TTTTTGCTGGACCTCGCCTACGCAATATGGCTTCCCTCTACGGACAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GATACAACCAAGAAACTCAGAGATTTCTTTACAGTCACAGACCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276184 GATACAACCAAGAAACTCAGAGATTTCTTTACAGTCACAGACCTGAGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AAGGCTGTTAAGACCAGCCGTTGGGGAAATATTTGTAGATGAGCTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276234 AAGGCTGTTAAGACCAGCCGTTGGGGAAATATTTGTAGATGAGCTACACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGCACGCTACTTTTACGCGATCTCAGACATAAAGGTGCGAGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 276284 TGGCACGCTACTTTTACGCGATCTCAGACATAAAGGTGCGAGGAAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888      GTGCAAGTGTAATCTCCATGCCACTGTATGTGTGTATGACAACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276334 ..CAGGTGCAAGTGTAATCTCCATGCCACTGTATGTGTGTATGACAACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAAATTGACATGCGAATGTGAGCACAACACTACAGGTCCAGACTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346606 CAAATTGACATGCGAATGTGAGCACAACACTACAGGTCCAGACTGTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AATGCAAGAAGAATTATCAGGGCCGACCTTGGAGTCCAGGCTCCTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346656 AATGCAAGAAGAATTATCAGGGCCGACCTTGGAGTCCAGGCTCCTATCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCCATCCCCAAAGGCACTGCAAATACCT         GTATCCCCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 346706 CCCATCCCCAAAGGCACTGCAAATACCTGTG...CAGGTATCCCCAGTAT

   1100     .    :    .
   1074 TTCCAGTATTGGTAGTAAG
        |||||||||||||||||||
 359102 TTCCAGTATTGGTAGTAAG