seq1 = pF1KSDA0962.tfa, 2346 bp
seq2 = pF1KSDA0962/gi568815597f_15429106.tfa (gi568815597f:15429106_15668174), 239069 bp

>pF1KSDA0962 2346
>gi568815597f:15429106_15668174 (Chr1)

1-167  (100001-100167)   100% ->
168-234  (105132-105198)   100% ->
235-574  (107370-107709)   100% ->
575-759  (115294-115478)   100% ->
760-864  (117662-117766)   100% ->
865-1023  (119165-119323)   100% ->
1024-1154  (130421-130551)   100% ->
1155-1338  (133037-133220)   100% ->
1339-1521  (134824-135006)   100% ->
1522-1598  (135178-135254)   100% ->
1599-1679  (136814-136894)   100% ->
1680-1778  (136977-137075)   100% ->
1779-1949  (137994-138164)   100% ->
1950-2346  (138673-139069)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGTGAGAAAGTTGAGCATTTCCTGGCAGTTCTTGATAGTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGTGAGAAAGTTGAGCATTTCCTGGCAGTTCTTGATAGTTCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGATCCTGCAAATTCTGTCTGCGTTGGATTTTGACCCATACAGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGATCCTGCAAATTCTGTCTGCGTTGGATTTTGACCCATACAGAGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGGGGTCAGCCGAACAGCCAGTCAGGCTGATATTAAAAAGGCTTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGGGGTCAGCCGAACAGCCAGTCAGGCTGATATTAAAAAGGCTTATAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTCGCCCGGGAATG         GCATCCTGACAAAAACAAAGATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCTCGCCCGGGAATGGTA...CAGGCATCCTGACAAAAACAAAGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAGCAGAAGACAAGTTCATTCAAATCAGTAAGGCTTACGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105156 TGGAGCAGAAGACAAGTTCATTCAAATCAGTAAGGCTTACGAGGTA...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   ATTCTTTCAAATGAAGAAAAGAGATCAAATTATGATCAATATGGAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107368 AGATTCTTTCAAATGAAGAAAAGAGATCAAATTATGATCAATATGGAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGGAGAGAACCAGGGCTACCAGAAGCAGCAACAGCAGCGAGAGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107418 GCTGGAGAGAACCAGGGCTACCAGAAGCAGCAACAGCAGCGAGAGTATCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCCGCCATTTCCATGAAAATTTTTATTTTGATGAATCCTTTTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107468 CTTCCGCCATTTCCATGAAAATTTTTATTTTGATGAATCCTTTTTTCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCTTTTAATTCTGAACGGCGGGACTCAATTGACGAAAAGTATTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107518 TCCCTTTTAATTCTGAACGGCGGGACTCAATTGACGAAAAGTATTTATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTTTTCACATTATGTGAATGAAGTGGTTCCAGATAGCTTCAAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107568 CACTTTTCACATTATGTGAATGAAGTGGTTCCAGATAGCTTCAAGAAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTACCTCATCAAGATCACCTCCGATTGGTGCTTTAGCTGCATTCATATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107618 CTACCTCATCAAGATCACCTCCGATTGGTGCTTTAGCTGCATTCATATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCCTGTGTGGAAAGAAGTCATTCAAGAACTGGAAGAATTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107668 AGCCTGTGTGGAAAGAAGTCATTCAAGAACTGGAAGAATTGGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575  GTGTAGGAATTGGCGTGGTCCATGCTGGGTATGAGAGACGCCTGGCCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115293 GGTGTAGGAATTGGCGTGGTCCATGCTGGGTATGAGAGACGCCTGGCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCACCTAGGGGCACACAGCACGCCCTCTATCCTAGGAATCATTAACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115343 TCACCTAGGGGCACACAGCACGCCCTCTATCCTAGGAATCATTAACGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAATCTCCTTCTTCCACAATGCAGTTGTCCGTGAAAATCTGCGACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115393 AAATCTCCTTCTTCCACAATGCAGTTGTCCGTGAAAATCTGCGACAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTAGAAAGTCTTCTTCCAGGGAACTTGGTGGAGAAA         GTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115443 GTAGAAAGTCTTCTTCCAGGGAACTTGGTGGAGAAAGTA...AAGGTTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAATAAAAATTACGTCAGATTCCTCTCTGGCTGGCAGCAAGAGAATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117667 AAATAAAAATTACGTCAGATTCCTCTCTGGCTGGCAGCAAGAGAATAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCATGTCCTTCTGTTTGACCAAACGCCCATTGTGCCACTGTTATACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117717 CTCATGTCCTTCTGTTTGACCAAACGCCCATTGTGCCACTGTTATACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865          TTGACTGCCTTTGCATACAAAGATTATTTATCATTTGGATA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117767 GTA...CAGTTGACTGCCTTTGCATACAAAGATTATTTATCATTTGGATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTATATGTGGGTTTGAGAGGGACGGAAGAGATGACAAGGCGGTACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119206 TGTATATGTGGGTTTGAGAGGGACGGAAGAGATGACAAGGCGGTACAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCAATATCTACGCCCCTACCCTCTTGGTCTTTAAAGAACATATAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119256 TCAATATCTACGCCCCTACCCTCTTGGTCTTTAAAGAACATATAAACAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTGCCGATGTTATCCAG         GCCCGAGGTATGAAGAAGCAAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 119306 CCTGCCGATGTTATCCAGGTA...TAGGCCCGAGGTATGAAGAAGCAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CATTGACGACTTCATCACCCGAAACAAATATCTATTGGCAGCCAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130444 CATTGACGACTTCATCACCCGAAACAAATATCTATTGGCAGCCAGGCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCAGCCAGAAGTTGTTCCATGAACTCTGCCCTGTGAAACGGTCGCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130494 CCAGCCAGAAGTTGTTCCATGAACTCTGCCCTGTGAAACGGTCGCATCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGAGGAA         GTACTGTGTGGTTTTATTGACTGCTGAGACTAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 130544 CAGAGGAAGTA...CAGGTACTGTGTGGTTTTATTGACTGCTGAGACTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAAGTTGAGCAAACCCTTTGAGGCTTTCCTGTCCTTTGCCCTGGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133070 CAAGTTGAGCAAACCCTTTGAGGCTTTCCTGTCCTTTGCCCTGGCAAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTCAAGACACAGTGAGATTTGTGCATGTCTACAGCAATCGGCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133120 CTCAAGACACAGTGAGATTTGTGCATGTCTACAGCAATCGGCAGCAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTTGCCGACACCTTACTACCAGACAGTGAGGCGTTTCAAGGGAAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133170 TTTGCCGACACCTTACTACCAGACAGTGAGGCGTTTCAAGGGAAATCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 G         GTGTCTATTTTAGAAAGGCGCAACACAGCAGGAAGGGTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133220 GGTA...CAGGTGTCTATTTTAGAAAGGCGCAACACAGCAGGAAGGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGTATAAAACCCTGGAAGACCCTTGGATTGGGAGTGAGAGTGACAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134864 TGTATAAAACCCTGGAAGACCCTTGGATTGGGAGTGAGAGTGACAAATTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATCCTCTTGGGCTATCTCGACCAGCTGCGTAAAGATCCAGCTCTTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134914 ATCCTCTTGGGCTATCTCGACCAGCTGCGTAAAGATCCAGCTCTTCTGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CTCTGAAGCAGTGCTTCCTGACCTGACCGATGAACTTGCCCCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 134964 CTCTGAAGCAGTGCTTCCTGACCTGACCGATGAACTTGCCCCTGTG...T

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1522   GTTTTTCTCCTTCGATGGTTCTACTCTGCTTCTGACTACATCTCAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135176 AGGTTTTTCTCCTTCGATGGTTCTACTCTGCTTCTGACTACATCTCAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TGCTGGGATAGCATTTTTCACAACAACTG         GAGGGAAATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 135226 TGCTGGGATAGCATTTTTCACAACAACTGGTA...TAGGAGGGAAATGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GCCCCTGCTGTCCCTGATCTTCTCTGCCCTCTTCATCCTCTTCGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136826 GCCCCTGCTGTCCCTGATCTTCTCTGCCCTCTTCATCCTCTTCGGCACTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCATCGTTCAGGCTTTCAG         CGACTCTAATGATGAGCGAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 136876 TCATCGTTCAGGCTTTCAGGTA...TAGCGACTCTAATGATGAGCGAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TCAAGCCCTCCAGAAAAAGAGGAAGCCCAAGAGAAGACTGGGAAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136999 TCAAGCCCTCCAGAAAAAGAGGAAGCCCAAGAGAAGACTGGGAAAACTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GCCAAGCTTCACCAAAGAAAACAGCAG         CAAGATTCCTAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 137049 GCCAAGCTTCACCAAAGAAAACAGCAGGTT...CAGCAAGATTCCTAAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AAGGCTTTGTGGAGGTAACTGAACTCACAGATGTAACATACACCAGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138008 AAGGCTTTGTGGAGGTAACTGAACTCACAGATGTAACATACACCAGTAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TTGGTACGTCTGAGGCCAGGCCACATGAATGTGGTCCTCATCCTGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138058 TTGGTACGTCTGAGGCCAGGCCACATGAATGTGGTCCTCATCCTGTCGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TTCTACCAAGACCAGCCTACTACAGAAATTTGCTTTGGAGGTCTACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138108 TTCTACCAAGACCAGCCTACTACAGAAATTTGCTTTGGAGGTCTACACAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TTACTGG         GAGCAGCTGCCTACACTTCTCCTTCCTGAGTCTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138158 TTACTGGGTA...CAGGAGCAGCTGCCTACACTTCTCCTTCCTGAGTCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GATAAACACAGAGAATGGCTAGAATACTTACTAGAATTTGCTCAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138707 GATAAACACAGAGAATGGCTAGAATACTTACTAGAATTTGCTCAAGATGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGCTCCAATCCCAAACCAATATGATAAGCATTTCATGGAGCGTGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138757 AGCTCCAATCCCAAACCAATATGATAAGCATTTCATGGAGCGTGACTACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CTGGTTATGTACTGGCTCTGAATGGCCACAAGAAATACTTCTGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138807 CTGGTTATGTACTGGCTCTGAATGGCCACAAGAAATACTTCTGCCTCTTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 AAGCCCCAAAAGACAGTCGAAGAGGAGGAAGCCATAGGGTCGTGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138857 AAGCCCCAAAAGACAGTCGAAGAGGAGGAAGCCATAGGGTCGTGCAGTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TGTTGACTCTTCCCTCTACCTGGGTGAATCTCGAGGGAAACCTTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138907 TGTTGACTCTTCCCTCTACCTGGGTGAATCTCGAGGGAAACCTTCCTGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 GCCTTGGATCCAGGCCCATCAAAGGAAAGTTGAGCAAGCTCTCTTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138957 GCCTTGGATCCAGGCCCATCAAAGGAAAGTTGAGCAAGCTCTCTTTATGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 ATGGAACGCCTGCTGGAGGGCTCCTTACAGAGGTTTTATATCCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139007 ATGGAACGCCTGCTGGAGGGCTCCTTACAGAGGTTTTATATCCCATCATG

   2450     .    :
   2334 GCCTGAACTAGAC
        |||||||||||||
 139057 GCCTGAACTAGAC