seq1 = pF1KSDA0957.tfa, 2076 bp
seq2 = pF1KSDA0957/gi568815592f_89466977.tfa (gi568815592f:89466977_89731001), 264025 bp

>pF1KSDA0957 2076
>gi568815592f:89466977_89731001 (Chr6)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-219  (128940-129038)   100% ->
220-318  (136053-136151)   100% ->
319-417  (139031-139129)   98% ->
418-516  (145296-145394)   100% ->
517-615  (146816-146914)   100% ->
616-714  (149583-149681)   100% ->
715-792  (150978-151055)   100% ->
793-927  (156434-156568)   100% ->
928-1113  (156896-157081)   99% ->
1114-1266  (157563-157715)   100% ->
1267-1380  (160607-160720)   100% ->
1381-1507  (162136-162262)   100% ->
1508-2076  (163457-164025)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCAGCAAGATGCGGTCGCTGCACTTTCAGAGCGCCTTCTCGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCAGCAAGATGCGGTCGCTGCACTTTCAGAGCGCCTTCTCGTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGTACAAAGGCCAAACAGAGAATGTGGTTCAGCTCATCAACAAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGTACAAAGGCCAAACAGAGAATGTGGTTCAGCTCATCAACAAGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGGGTAGCGGTTACCAAG         CATGGCCGGACTCCCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 CCAGGGTAGCGGTTACCAAGGTA...CAGCATGGCCGGACTCCCCTGCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGCTGCCAATAAGGGCCATCTTCCTGTGGTCCAGATCTTGCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128961 CTTGCTGCCAATAAGGGCCATCTTCCTGTGGTCCAGATCTTGCTGAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCTGCGACCTTGATGTCCAGGATGAT         GGGGACCAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129011 TGGCTGCGACCTTGATGTCCAGGATGATGTG...CAGGGGGACCAGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTTGCACCGGGCCACAGTGGTGGGGAACACGGAGATCATCGCGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136066 CCTTGCACCGGGCCACAGTGGTGGGGAACACGGAGATCATCGCGGCGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCACGAAGGGTGTGCCCTGGACAGACAAGACAAG         GATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136116 ATCCACGAAGGGTGTGCCCTGGACAGACAAGACAAGGTG...TAGGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAATACAGCCTTGCATGAAGCATCCTGGCATGGTTTCAGCCAGTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139036 GAATACAGCCTTGCATGAAGCATCCTGGCATGGTTTCAGCCAGTCAGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTGCTCGTTAAAGCAGGAGCCAACGTGCTTGCCAAGAACAAG      
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 139086 AGCTGCTCATTAAAGCAGGAGCCAACGTGCTTGCCAAGAACAAGGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    GCGGGGAACACAGCTCTGCACCTGGCCTGCCAGAACAGCCACTCCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145293 AAGGCGGGGAACACAGCTCTGCACCTGGCCTGCCAGAACAGCCACTCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGCACGCGCGTCCTCCTGCTGGCCGGGTCCCGCGCTGACCTCAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145343 GAGCACGCGCGTCCTCCTGCTGGCCGGGTCCCGCGCTGACCTCAAAAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AT         GCAGGAGACACCTGTTTGCACGTTGCTGCGCGCTATAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145393 ATGTG...CAGGCAGGAGACACCTGTTTGCACGTTGCTGCGCGCTATAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACTTGTCCATCATTAGGCTCCTCCTCACTGCTTTCTGTTCTGTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146855 CACTTGTCCATCATTAGGCTCCTCCTCACTGCTTTCTGTTCTGTCCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAGAACCAG         GCTGGAGACACAGCACTTCACGTTGCTGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 146905 AAAGAACCAGGTC...CAGGCTGGAGACACAGCACTTCACGTTGCTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCTAAATCACAAGAAGGTGGCCAAAATCTTACTGGAAGCCGGAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149614 CCCTAAATCACAAGAAGGTGGCCAAAATCTTACTGGAAGCCGGAGCAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACGACCATTGTTAACAAT         GCAGGCCAGACTCCGCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 149664 ACGACCATTGTTAACAATGTA...CAGGCAGGCCAGACTCCGCTGGAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCCCGCTACCACAATAACCCGGAAGTTGCTCTTCTCCTTACTAAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151001 TGCCCGCTACCACAATAACCCGGAAGTTGCTCTTCTCCTTACTAAAGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCAG         GGCAGTGTCTCAGCAGGAGACACCCCCAGCAGTGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151051 CCCAGGTA...TAGGGCAGTGTCTCAGCAGGAGACACCCCCAGCAGTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGGCTGTGGCCAGAAAAGAAGAAGCCAGAGAAGAGTTCCTGTCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156470 CAGGCTGTGGCCAGAAAAGAAGAAGCCAGAGAAGAGTTCCTGTCAGCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCCAGAACCCAGAGCAAAGGATGACAGGAGGAGAAAGTCAAGGCCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 156520 CCCAGAACCCAGAGCAAAGGATGACAGGAGGAGAAAGTCAAGGCCCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928         GTGTCAGCGTTTTCTGACCCCACCCCACCAGCCGACCAACAG
        >>...>>>|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 156570 TC...CAGGTGTCAGCATTTTCTGACCCCACCCCACCAGCCGACCAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTGGACACCAGAAGAACCTGCATGCTCATAATCACCCTAAAAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156938 CCTGGACACCAGAAGAACCTGCATGCTCATAATCACCCTAAAAAGAGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGGCATCGGTGTTCATCCCCACCCCCACCCCATGAGTTCAGGGCGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156988 CAGGCATCGGTGTTCATCCCCACCCCCACCCCATGAGTTCAGGGCGTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTCTACACATTGTACCGGGGCAAGGATGGGAAAGTGATGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 157038 AGCTCTACACATTGTACCGGGGCAAGGATGGGAAAGTGATGCAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114    GCACCAATAAATGGTTGTCGATGTGAACCTCTAATCAACAAGCTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157560 TAGGCACCAATAAATGGTTGTCGATGTGAACCTCTAATCAACAAGCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAATCAGTTGGAGGCTACTGTGGAGGAGATAAAAGCAGAGCTGGGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157610 GAATCAGTTGGAGGCTACTGTGGAGGAGATAAAAGCAGAGCTGGGATCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTCAGGACAAAATGAATACAAAGCTGGGGCAGATGGAGAATAAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157660 TTCAGGACAAAATGAATACAAAGCTGGGGCAGATGGAGAATAAGACCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CACCAA         ATGCGTGTTTTGGACAAGCTGATGGTTGAGCGACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157710 CACCAAGTA...TAGATGCGTGTTTTGGACAAGCTGATGGTTGAGCGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TTCTGCAGAGAGGACGGAGTGCCTGAACCGCCTGCAACAGCACTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160642 TTCTGCAGAGAGGACGGAGTGCCTGAACCGCCTGCAACAGCACTCAGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAGAGAAGCATGAGGGGGAGAAACGACAG         ATATCCTTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 160692 CAGAGAAGCATGAGGGGGAGAAACGACAGGTA...AAGATATCCTTGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GATGAATTAAAAACCTGGTGCATGTTAAAGATTCAGAATCTGGAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162148 GATGAATTAAAAACCTGGTGCATGTTAAAGATTCAGAATCTGGAGCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTTTCTGGAGATTCTAGGGCCTGCAGAGCTAAATCCACACCATCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162198 GCTTTCTGGAGATTCTAGGGCCTGCAGAGCTAAATCCACACCATCTACTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GTGAGTCCTCTACAG         GTGTGGACCAATTAGTGGTGACTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 162248 GTGAGTCCTCTACAGGTA...CAGGTGTGGACCAATTAGTGGTGACTGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GGTCCAGCAGCAGCTTCCGACAGCTCCCCTCCAGTGGTTAGGCCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163483 GGTCCAGCAGCAGCTTCCGACAGCTCCCCTCCAGTGGTTAGGCCCAAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAAGGCCCTCAACTCCACTGCTACCCAGAGACTCCAGCAGGAGCTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163533 GAAGGCCCTCAACTCCACTGCTACCCAGAGACTCCAGCAGGAGCTGTCGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTTCTGACTGTACAGGCTCCCGACTGAGAAACGTCAAGGTCCAGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163583 CTTCTGACTGTACAGGCTCCCGACTGAGAAACGTCAAGGTCCAGACAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTGCTACCCATGAATGAGGCAGCCAGATCTGATCAGCAGGCTGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163633 TTGCTACCCATGAATGAGGCAGCCAGATCTGATCAGCAGGCTGGGCCCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CGTCAACAGAGGCACTCAAACTAAGAAGTCTGGGAAGAGTGGGCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163683 CGTCAACAGAGGCACTCAAACTAAGAAGTCTGGGAAGAGTGGGCCAACAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGCATCGTGCCCAGCAACCCGCAGCCAGCAGCACCTGTGGGCAGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163733 GGCATCGTGCCCAGCAACCCGCAGCCAGCAGCACCTGTGGGCAGCCGCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCAGCCACAGGCAGCGAGCAGACTGGCCCTCACATTCGGGACACCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163783 CCAGCCACAGGCAGCGAGCAGACTGGCCCTCACATTCGGGACACCTCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AGCTCTGGAGCTTACCCAGTATTTTTTTGAGGCTGTTTCTACCCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163833 AGCTCTGGAGCTTACCCAGTATTTTTTTGAGGCTGTTTCTACCCAGATGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AAAAGTGGTATGAAAGGAAGATTGAAGAAGCACGAAGCCAAGCCAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163883 AAAAGTGGTATGAAAGGAAGATTGAAGAAGCACGAAGCCAAGCCAATCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAAGCCCAGCAAGATAAGGCTACATTGAAGGAACACATTAAAAGTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163933 AAAGCCCAGCAAGATAAGGCTACATTGAAGGAACACATTAAAAGTTTAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGAGGAACTTGCCAAACTAAGGACTAGGGTGCAGAAGGAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163983 AGAGGAACTTGCCAAACTAAGGACTAGGGTGCAGAAGGAAAAT