seq1 = pF1KSDA0952.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KSDA0952/gi568815578f_11818276.tfa (gi568815578f:11818276_12023663), 205388 bp

>pF1KSDA0952 1566
>gi568815578f:11818276_12023663 (Chr20)

1-326  (100001-100326)   100% ->
327-417  (100811-100901)   100% ->
418-536  (101443-101561)   100% ->
537-1566  (104359-105388)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGATGACAAGGAAAAGAACATGAAATGTCTCACCTTCTTCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAGATGACAAGGAAAAGAACATGAAATGTCTCACCTTCTTCTTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTCCAGAGACGGTAAAGAACAGGTCCAAGAAAAGCTCAAAGAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTCCAGAGACGGTAAAGAACAGGTCCAAGAAAAGCTCAAAGAAAGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATACCAGCAGCAGCAGTAGCAACAGCAGCAAGTTGCCACCAGTTTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATACCAGCAGCAGCAGTAGCAACAGCAGCAAGTTGCCACCAGTTTGTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAATAATTACCTTGAAGACTAAAAAGAAGAAGATGGCTGCTGATATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAATAATTACCTTGAAGACTAAAAAGAAGAAGATGGCTGCTGATATATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCCGTAAAAAGCCAGCCAACTCCAGCAGCACCAGCGTCCAGCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCCGTAAAAAGCCAGCCAACTCCAGCAGCACCAGCGTCCAGCAGTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCAGCAGAATCTCAGTAACAACAACCTTATCCCGGCCCCAAACTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCAGCAGAATCTCAGTAACAACAACCTTATCCCGGCCCCAAACTGGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTCTTTATCCCACCATTAGAGAGAG         AAATGCGATGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100301 GGTCTTTATCCCACCATTAGAGAGAGGTA...TAGAAATGCGATGATGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAATAATGATTTGATGGCAGATGTACATTTTGTGGTTGGGCCACCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100826 CAATAATGATTTGATGGCAGATGTACATTTTGTGGTTGGGCCACCAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGACTCAACGGTTGCCAGGACACAAA         TATGTTTTAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100876 GGACTCAACGGTTGCCAGGACACAAAGTA...CAGTATGTTTTAGCTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGAGCTCTGTGTTCCATGCGATGTTTTACGGAGAACTTGCAGAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101458 GGGAGCTCTGTGTTCCATGCGATGTTTTACGGAGAACTTGCAGAGGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATGAAATCCGTATACCAGATGTCGAACCTGCTGCTTTTCTCGCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101508 AGATGAAATCCGTATACCAGATGTCGAACCTGCTGCTTTTCTCGCTATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAA         ATATATCTATTGTGATGAAATTGACTTGGCTGCTGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101558 TGAAGTA...CAGATATATCTATTGTGATGAAATTGACTTGGCTGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACAGTGCTGGCCACACTTTATGCTGCCAAAAAGTACATTGTCCCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104396 ACAGTGCTGGCCACACTTTATGCTGCCAAAAAGTACATTGTCCCTCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCCAGAGCCTGTGTTAATTTCCTGGAGACCAGCCTGAGTGCCAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104446 TGCCAGAGCCTGTGTTAATTTCCTGGAGACCAGCCTGAGTGCCAAGAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTGTGTGCTCCTCTCCCAGAGCTGCCTGTTCGAGGAGCCAGACCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104496 CCTGTGTGCTCCTCTCCCAGAGCTGCCTGTTCGAGGAGCCAGACCTGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGCGTTGCTGGGAGGTGATTGATGCCCAGGCTGAGTTAGCTCTCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104546 CAGCGTTGCTGGGAGGTGATTGATGCCCAGGCTGAGTTAGCTCTCAAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAGGGATTCTGCGATATTGACTTCCAGACACTAGAAAGTATTCTCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104596 TGAGGGATTCTGCGATATTGACTTCCAGACACTAGAAAGTATTCTCCGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGGAAACTCTGAATGCCAAAGAAATTGTGGTTTTTGAGGCAGCTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104646 GGGAAACTCTGAATGCCAAAGAAATTGTGGTTTTTGAGGCAGCTCTCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TGGGCTGAAGTAGAATGCCAACGACAAGATCTGGCGTTGAGCATTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104696 TGGGCTGAAGTAGAATGCCAACGACAAGATCTGGCGTTGAGCATTGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TAAACGCAAGGTTCTAGGAAAGGCACTTTACTTGATCCGCATACCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104746 TAAACGCAAGGTTCTAGGAAAGGCACTTTACTTGATCCGCATACCCACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGGCCCTCGATGATTTTGCAAATGGTGCTGCACAGTCCGGGGTATTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104796 TGGCCCTCGATGATTTTGCAAATGGTGCTGCACAGTCCGGGGTATTAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTCAATGAGACCAACGACATCTTCCTCTGGTATACTGCAGCCAAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104846 CTCAATGAGACCAACGACATCTTCCTCTGGTATACTGCAGCCAAAAAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGAGCTTCAGTTTGTGAGTAAAGCCCGTAAGGGCCTTGTCCCCCAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104896 TGAGCTTCAGTTTGTGAGTAAAGCCCGTAAGGGCCTTGTCCCCCAGCGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GTCACCGTTTCCAGTCGTGTGCCTATCGAAGCAACCAATGGCGCTATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104946 GTCACCGTTTCCAGTCGTGTGCCTATCGAAGCAACCAATGGCGCTATCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GGTCGCTGTGACAGCATCCAGTTTGCAGTTGATAAAAGAGTGTTCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104996 GGTCGCTGTGACAGCATCCAGTTTGCAGTTGATAAAAGAGTGTTCATTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGGCTTTGGGCTGTATGGCTCCAGCTGTGGTTCTGCAGAATACAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105046 TGGCTTTGGGCTGTATGGCTCCAGCTGTGGTTCTGCAGAATACAGTGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGATTGAACTTAAGCGGCAGGGCGTTGTCCTGGGGCAGAACTTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105096 AGATTGAACTTAAGCGGCAGGGCGTTGTCCTGGGGCAGAACTTGAGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TACTTCTCAGATGGGTCCAGCAATACCTTTCCCGTATGGTTTGAATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105146 TACTTCTCAGATGGGTCCAGCAATACCTTTCCCGTATGGTTTGAATACCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGTGCAGATCGAGCCAGACACCTTCTACACAGCCAGTGTGATACTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105196 AGTGCAGATCGAGCCAGACACCTTCTACACAGCCAGTGTGATACTGGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GCAATGAACTCAGCTACTTTGGACAAGAAGGCATGACAGAAGTTCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105246 GCAATGAACTCAGCTACTTTGGACAAGAAGGCATGACAGAAGTTCAGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GGCAAAGTGACTGTCCAGTTTCAGTGCTCCTCAGATAGCACCAATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105296 GGCAAAGTGACTGTCCAGTTTCAGTGCTCCTCAGATAGCACCAATGGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TGGGGTACAGGGAGGGCAGATCCCTGAACTTATATTCTATGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105346 TGGGGTACAGGGAGGGCAGATCCCTGAACTTATATTCTATGCT