seq1 = pF1KSDA0939.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KSDA0939/gi568815578f_49715008.tfa (gi568815578f:49715008_49987933), 272926 bp

>pF1KSDA0939 1743
>gi568815578f:49715008_49987933 (Chr20)

1-26  (97916-97941)   100% ->
27-208  (100001-100182)   100% ->
209-289  (108054-108134)   100% ->
290-348  (124534-124592)   100% ->
349-432  (130029-130112)   100% ->
433-534  (134572-134673)   100% ->
535-569  (135803-135837)   100% ->
570-713  (140431-140574)   100% ->
714-852  (147922-148060)   100% ->
853-958  (149732-149837)   100% ->
959-1075  (159698-159814)   99% ->
1076-1158  (162974-163056)   100% ->
1159-1270  (165917-166028)   100% ->
1271-1491  (168839-169059)   100% ->
1492-1638  (171745-171891)   100% ->
1639-1743  (172822-172926)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGAGAAGATGGCGGAAGAGGA         GAGGTTCCCCAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  97916 ATGGGGGAGAAGATGGCGGAAGAGGAGTG...CAGGAGGTTCCCCAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AACTCATGAGGGTTTCAATGTCACCCTCCACACCACCCTGGTTGTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AACTCATGAGGGTTTCAATGTCACCCTCCACACCACCCTGGTTGTCACGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGAAACTGGTGCTCCCGACCCCTGGCAAGCCCATCCTCCCCGTGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 CGAAACTGGTGCTCCCGACCCCTGGCAAGCCCATCCTCCCCGTGCAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGAGCAGGCCCAGCAAGAGGAGCAGTCCAGCGGCATGACCATTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 GGGGAGCAGGCCCAGCAAGAGGAGCAGTCCAGCGGCATGACCATTTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCTCCTTGTCCTAG         CTATCTGCATCATATTGGTGCATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100166 CAGCCTCCTTGTCCTAGGTG...CAGCTATCTGCATCATATTGGTGCATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TACTGATCCGATACAGATTACATTTCTTGCCAGAGAGTGTTGCTGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108078 TACTGATCCGATACAGATTACATTTCTTGCCAGAGAGTGTTGCTGTTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTTTAG         GTATTCTCATGGGAGCAGTTATAAAAATTATAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108128 TCTTTAGGTA...TAGGTATTCTCATGGGAGCAGTTATAAAAATTATAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTTAAAAAACTGGCGAATTGGAAG         GAAGAAGAAATGTTTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124568 GTTTAAAAAACTGGCGAATTGGAAGGTA...CAGGAAGAAGAAATGTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTCCAAACATGTTTTTCCTCCTCCTGCTTCCCCCTATTATCTTTGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130045 GTCCAAACATGTTTTTCCTCCTCCTGCTTCCCCCTATTATCTTTGAGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGATATTCATTACACAAG         GGTAACTTCTTTCAAAATATTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 130095 GGATATTCATTACACAAGGTG...CAGGGTAACTTCTTTCAAAATATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTCCATCACCCTGTTTGCTGTTTTTGGGACGGCAATCTCCGCTTTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134595 TTCCATCACCCTGTTTGCTGTTTTTGGGACGGCAATCTCCGCTTTTGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGGTGGAGGAATTTATTTTCTGGGTCAG         GCTGATGTAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 134645 TAGGTGGAGGAATTTATTTTCTGGGTCAGGTA...CAGGCTGATGTAATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCTAAACTCAACATGACAGACAG         TTTTGCGTTTGGCTCCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 135815 TCTAAACTCAACATGACAGACAGGTA...CAGTTTTGCGTTTGGCTCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AATATCTGCTGTCGATCCAGTGGCCACTATTGCCATTTTCAATGCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140449 AATATCTGCTGTCGATCCAGTGGCCACTATTGCCATTTTCAATGCACTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGTGGACCCCGTGCTCAACATGCTGGTCTTTGGAGAAAGTATTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140499 ATGTGGACCCCGTGCTCAACATGCTGGTCTTTGGAGAAAGTATTCTCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATGCAGTCTCCATTGTTCTGACCAA         CACAGCTGAAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 140549 GATGCAGTCTCCATTGTTCTGACCAAGTA...TAGCACAGCTGAAGGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AACAAGAAAAAATATGTCAGATGTCAGTGGGTGGCAAACATTTTTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147937 AACAAGAAAAAATATGTCAGATGTCAGTGGGTGGCAAACATTTTTACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCCTTGACTACTTCCTCAAAATGTTCTTTGGCTCTGCAGCGCTCGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147987 CCCTTGACTACTTCCTCAAAATGTTCTTTGGCTCTGCAGCGCTCGGCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCACTGGCTTAATTTCTGCATTA         GTGCTGAAGCATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 148037 CTCACTGGCTTAATTTCTGCATTAATA...TACGTGCTGAAGCATATTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTTGAGGAAAACGCCTTCCTTGGAGTTTGGCATGATGATCATTTTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149749 CTTGAGGAAAACGCCTTCCTTGGAGTTTGGCATGATGATCATTTTTGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATCTGCCTTATGGGCTTGCAGAAGGAATCTCACTCTCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 149799 ATCTGCCTTATGGGCTTGCAGAAGGAATCTCACTCTCAGGTA...TAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATCATGGCCATCCTGTTCTCAGGCATCGTGATGTCCCACTACACGCACCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159700 ATCATGGCCATCCTTTTCTCAGGCATCGTGATGTCCCACTACACGCACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TAACCTCTCCCCAGTCACCCAGATCCTCATGCAGCAGACCCTCCGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159750 TAACCTCTCCCCAGTCACCCAGATCCTCATGCAGCAGACCCTCCGCACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGCCTTCTTATGTG         AAACATGTGTGTTTGCATTTCTTGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 159800 TGGCCTTCTTATGTGGTG...CAGAAACATGTGTGTTTGCATTTCTTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGTCCATTTTTAGTTTTCCTCACAAGTTTGAAATTTCCTTTGTCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163000 CTGTCCATTTTTAGTTTTCCTCACAAGTTTGAAATTTCCTTTGTCATCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GTGCATA         GTGCTTGTACTATTTGGCAGAGCGGTAAACATTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163050 GTGCATAGTA...CAGGTGCTTGTACTATTTGGCAGAGCGGTAAACATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCCCTCTTTCCTACCTCCTGAATTTCTTCCGGGATCATAAAATCACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165951 TCCCTCTTTCCTACCTCCTGAATTTCTTCCGGGATCATAAAATCACACCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGATGATGTTCATCATGTGGTTTAGTG         GCCTGCGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 166001 AAGATGATGTTCATCATGTGGTTTAGTGGTA...CAGGCCTGCGGGGAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CATCCCCTATGCCCTGAGCCTACACCTGGACCTGGAGCCCATGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168852 CATCCCCTATGCCCTGAGCCTACACCTGGACCTGGAGCCCATGGAGAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GGCAGCTCATCGGCACCACCACCATCGTCATCGTGCTCTTCACCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168902 GGCAGCTCATCGGCACCACCACCATCGTCATCGTGCTCTTCACCATCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTGCTGGGCGGCAGCACCATGCCCCTCATTCGCCTCATGGACATCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168952 CTGCTGGGCGGCAGCACCATGCCCCTCATTCGCCTCATGGACATCGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CGCCAAGGCACACCGCAGGAACAAGAAGGACGTCAACCTCAGCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169002 CGCCAAGGCACACCGCAGGAACAAGAAGGACGTCAACCTCAGCAAGACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGAAGATG         GGCAACACTGTGGAGTCGGAGCACCTGTCGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 169052 AGAAGATGGTT...CAGGGCAACACTGTGGAGTCGGAGCACCTGTCGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTCACGGAGGAGGAGTACGAGGCCCACTACATCAGGCGGCAGGACCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171778 CTCACGGAGGAGGAGTACGAGGCCCACTACATCAGGCGGCAGGACCTTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGGCTTCGTGTGGCTGGACGCCAAGTACCTGAACCCCTTCTTCACTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171828 GGGCTTCGTGTGGCTGGACGCCAAGTACCTGAACCCCTTCTTCACTCGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GGCTGACGCAGGAG         GACCTGCACCACGGGCGCATCCAGATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 171878 GGCTGACGCAGGAGGTG...CAGGACCTGCACCACGGGCGCATCCAGATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AAAACTCTCACCAACAAGTGGTACGAGGAGGTACGCCAGGGCCCCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172849 AAAACTCTCACCAACAAGTGGTACGAGGAGGTACGCCAGGGCCCCTCCGG

   1850     .    :    .    :    .
   1716 CTCCGAGGACGACGAGCAGGAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 172899 CTCCGAGGACGACGAGCAGGAGCTGCTC