seq1 = pF1KSDA0915.tfa, 2523 bp
seq2 = pF1KSDA0915/gi568815581f_8212040.tfa (gi568815581f:8212040_8420979), 208940 bp

>pF1KSDA0915 2523
>gi568815581f:8212040_8420979 (Chr17)

1-601  (100001-100601)   100% ->
602-934  (100883-101215)   100% ->
935-989  (101462-101516)   100% ->
990-1048  (102867-102925)   100% ->
1049-1260  (103027-103238)   100% ->
1261-1421  (103375-103535)   100% ->
1422-1574  (103716-103868)   100% ->
1575-1704  (103980-104109)   100% ->
1705-1779  (106348-106422)   100% ->
1780-1872  (106531-106623)   100% ->
1873-2033  (106711-106871)   100% ->
2034-2186  (106968-107120)   100% ->
2187-2269  (107273-107355)   100% ->
2270-2374  (107460-107564)   100% ->
2375-2523  (108803-108951)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGCCCAGTCCCTTCCTGCAGCAACACCCCCCACGCAGAAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGCCCAGTCCCTTCCTGCAGCAACACCCCCCACGCAGAAGCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGATCATCCGCCCCCGCCCTCCTTCTCGTTCCAGGGCTGCCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGATCATCCGCCCCCGCCCTCCTTCTCGTTCCAGGGCTGCCCAGTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGGCCTCCCCACAATGGCTCCTCTCCACAAGAACTACCCCGAAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGGCCTCCCCACAATGGCTCCTCTCCACAAGAACTACCCCGAAACTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGATGCACCAACCCCAATGTGCACCCCCATCTTCTGGGAGCCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGATGCACCAACCCCAATGTGCACCCCCATCTTCTGGGAGCCCCCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCATCCCTCAAGCCCCCTGCTCTTTTGCCCCCCTCAGCTTCTAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCATCCCTCAAGCCCCCTGCTCTTTTGCCCCCCTCAGCTTCTAGAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTCGACTCCCAGACTTCCCCAGACTCACCTTCCAGCACCCCCACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTCGACTCCCAGACTTCCCCAGACTCACCTTCCAGCACCCCCACACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTCCAGTGTCCCGGCGCTCCGCCTCCCCAGAACCTGCTCCCCGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTCCAGTGTCCCGGCGCTCCGCCTCCCCAGAACCTGCTCCCCGGTCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTCCCCCCACCCAAGCCGTCTGGGTCACCCTGCACGCCTCTGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTCCCCCCACCCAAGCCGTCTGGGTCACCCTGCACGCCTCTGCTCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCTGGAGTCCTGGCTCAGAATGGCTCTGCCTCAGCTCCTGGCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCTGGAGTCCTGGCTCAGAATGGCTCTGCCTCAGCTCCTGGCACTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGAGGCTGGCTGGCAGGTTTGAAGGGGGTGCTGAAGGCCGGGCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGAGGCTGGCTGGCAGGTTTGAAGGGGGTGCTGAAGGCCGGGCTCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCAGATGCCCCGGAGCCAGGTCTCCAAGCGAGAGCAGATGTGAATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCAGATGCCCCGGAGCCAGGTCTCCAAGCGAGAGCAGATGTGAATGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAGAGAAGCTCCCCTCACCGGGAGTGGGTCCCAGGAGAACGGTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAGAGAAGCTCCCCTCACCGGGAGTGGGTCCCAGGAGAACGGTGCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 G         ATGCTGGCCTGGCCTGCCCTCCCTGCTGCCCCTGTGTCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTG...CAGATGCTGGCCTGGCCTGCCCTCCCTGCTGCCCCTGTGTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACACCACCCGGCCTGGCCTGGAGCTCAGATGGGTGCCTGTGGGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100923 CCACACCACCCGGCCTGGCCTGGAGCTCAGATGGGTGCCTGTGGGGGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGAGGAGGTCCCCAGGGTCCCCCGTCGGGCCTCCCCGCTGCGGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100973 ATGAGGAGGTCCCCAGGGTCCCCCGTCGGGCCTCCCCGCTGCGGACCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGCTCCCGCCCCCACCCTCCAAGCATCGGTCACCCTGCCGTTGTCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101023 CGCTCCCGCCCCCACCCTCCAAGCATCGGTCACCCTGCCGTTGTCCTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ATCCTACCGCTCCACTGCTGAGCGCAAACTCCTGCCACTCCTCAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101073 ATCCTACCGCTCCACTGCTGAGCGCAAACTCCTGCCACTCCTCAAGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCAAACCAACTCGTGTCAGGCAGGATGCCACCATTTTCGGGGACCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101123 CCAAACCAACTCGTGTCAGGCAGGATGCCACCATTTTCGGGGACCCCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGCCAGATCTTGATCTGCTTTCTGAAGATGGAATCCAAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101173 CAGCCAGATCTTGATCTGCTTTCTGAAGATGGAATCCAAACAGGTG...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935   GGGACAGTCCTGATGAAGCTCCTCAGAATACTCCTCCAGCAACTGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101460 AGGGGACAGTCCTGATGAAGCTCCTCAGAATACTCCTCCAGCAACTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGGGGAG         GGAAGAGGAGGGGCTAGAGGTGCTGAAGGAGCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101510 AGGGGAGGTA...CAGGGAAGAGGAGGGGCTAGAGGTGCTGAAGGAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AATTGGGAGCTGCCCCTGCAGGATG         AACCTCTGTACCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102901 AATTGGGAGCTGCCCCTGCAGGATGGTG...TAGAACCTCTGTACCAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTACCGAGCAGCCGTGCTGTCAGAGGAGCTGTGGGGGGTGGGTGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103043 CTACCGAGCAGCCGTGCTGTCAGAGGAGCTGTGGGGGGTGGGTGAGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GGAGTCCTTCTCCAGCAAATGCTGGAGATGCACCCACCTTCCCACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103093 GGAGTCCTTCTCCAGCAAATGCTGGAGATGCACCCACCTTCCCACGACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCTGGACCTCGCAACACCCTGTGGCAGGAGCTTCCGGCTGTGCAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103143 CCTGGACCTCGCAACACCCTGTGGCAGGAGCTTCCGGCTGTGCAAGCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGGTCTTCTGGATACCCTCAGCCCCCAGGAGAGGCGCATGCAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103193 CGGTCTTCTGGATACCCTCAGCCCCCAGGAGAGGCGCATGCAGGAGGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261      AGTCTTTTCGAGGTGGTGACGTCCGAGGCTTCCTACCTGCGCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103243 ..TAGAGTCTTTTCGAGGTGGTGACGTCCGAGGCTTCCTACCTGCGCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTGCGGCTGCTGACCGACACCTTCGTGCTGAGCCAGGCACTCCGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103420 CTGCGGCTGCTGACCGACACCTTCGTGCTGAGCCAGGCACTCCGGGACAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GCTCACCCCCCGTGATCACCACACACTCTTCTCCAATGTGCAGCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103470 GCTCACCCCCCGTGATCACCACACACTCTTCTCCAATGTGCAGCGAGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGGGAGTCAGCGAGCG         GTTTCTAGCAACGCTCCTGTCCCGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103520 AGGGAGTCAGCGAGCGGTC...CAGGTTTCTAGCAACGCTCCTGTCCCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GTGCGCTCTTCCCCCCACATCAGCGACTTGTGTGATGTGGTGCATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103741 GTGCGCTCTTCCCCCCACATCAGCGACTTGTGTGATGTGGTGCATGCCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CGCTGTGGGGCCTTTCTCGGTGTATGTGGATTATGTGCGGAACCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103791 CGCTGTGGGGCCTTTCTCGGTGTATGTGGATTATGTGCGGAACCAGCAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ATCAGGAGGAGACCTACAGCCGCCTCAT         GGACACCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103841 ATCAGGAGGAGACCTACAGCCGCCTCATGTG...CAGGGACACCAACGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CGCTTCTCCGCCGAGCTGCGCCGGCTGCAGAGCCTCCCTAAGTGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103993 CGCTTCTCCGCCGAGCTGCGCCGGCTGCAGAGCCTCCCTAAGTGTGAGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GCTCCCGCTGCCGTCCTTCCTGCTACTGCCCTTCCAGCGCATCACCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104043 GCTCCCGCTGCCGTCCTTCCTGCTACTGCCCTTCCAGCGCATCACCCGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TGCGCATGCTGCTGCAG         AATATCCTGCGCCAGACAGAAGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104093 TGCGCATGCTGCTGCAGGTA...CAGAATATCCTGCGCCAGACAGAAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GGGTCCAGCCGTCAGGAGAATGCCCAGAAGGCCCTGGGTGCTGTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106372 GGGTCCAGCCGTCAGGAGAATGCCCAGAAGGCCCTGGGTGCTGTCAGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 G         ATCATCGAGCGTTGCAGCGCTGAGGTGGGGCGCATGAAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106422 GGTG...TAGATCATCGAGCGTTGCAGCGCTGAGGTGGGGCGCATGAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGACTGAAGAGCTGATCCGGCTCACCCAAAGGCTGCGCTTCCACAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106571 AGACTGAAGAGCTGATCCGGCTCACCCAAAGGCTGCGCTTCCACAAAGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAG         GCCCTGCCCCTGGTCTCCTGGTCACGGCGCCTGGAATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106621 AAGGTA...CAGGCCCTGCCCCTGGTCTCCTGGTCACGGCGCCTGGAATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CCAGGGAGAGCTGACTGAGTTAGGGTGCCGGAGGGGGGGCGTGCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106749 CCAGGGAGAGCTGACTGAGTTAGGGTGCCGGAGGGGGGGCGTGCTCTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CCTCGCGCCCCCGCTTCACCCCTCTTTGCCTGCTGCTCTTTAGCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106799 CCTCGCGCCCCCGCTTCACCCCTCTTTGCCTGCTGCTCTTTAGCGACCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CTGCTCATCACTCAGCCTAAGAG         TGGGCAGCGGTTACAGGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106849 CTGCTCATCACTCAGCCTAAGAGGTG...CAGTGGGCAGCGGTTACAGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TCTGGACTATGCCCATCGCTCCCTGGTCCAGGCCCAGCAGGTTCCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106986 TCTGGACTATGCCCATCGCTCCCTGGTCCAGGCCCAGCAGGTTCCGGATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 CATCTGGACCCCCTACCTTCCGCCTCTCCCTTCTCAGCAACCACCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107036 CATCTGGACCCCCTACCTTCCGCCTCTCCCTTCTCAGCAACCACCAGGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 CGCCCCACCCACCGACTACTCCAAGCTTCTTCCCT         ATCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107086 CGCCCCACCCACCGACTACTCCAAGCTTCTTCCCTGTG...CAGATCAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CATGCAGCGCTGGCTGGGAGCCTTCCCAACCCCAGGCCCCCTTCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107279 CATGCAGCGCTGGCTGGGAGCCTTCCCAACCCCAGGCCCCCTTCCCTGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 CCCCAGACACCATCTATGAGGACTGTG         ACTGTTCCCAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107329 CCCCAGACACCATCTATGAGGACTGTGGTG...CAGACTGTTCCCAGGAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CTGTGTTCAGAGTCGTCTGCACCTGCCAAGACTGAAGGACGGAGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107474 CTGTGTTCAGAGTCGTCTGCACCTGCCAAGACTGAAGGACGGAGTCTGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 GTCCAGGGCTGCCCCCAAACACCTGCACAAGACCCCTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107524 GTCCAGGGCTGCCCCCAAACACCTGCACAAGACCCCTGAAGGTG...CAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 GTTGGCTGAAGGGGCTTCCTGGGGCCTTCCCTGCCCAGCTGGTGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108803 GTTGGCTGAAGGGGCTTCCTGGGGCCTTCCCTGCCCAGCTGGTGTGTGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 GTCACAGGGGAACACGAAAGGAGGAGGCACCTTCGCCAGAACCAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108853 GTCACAGGGGAACACGAAAGGAGGAGGCACCTTCGCCAGAACCAGAGGCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2475 TCTCGAGGCTGTTGGACCTTCTTCAGGCACCCCCAATGCCCCCCCACCC
        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 108903 TCTCGAGGCTGTTGGATCTTCTTCAGGCACCCCCAATGCCCCCCCACCC