seq1 = pF1KSDA0908.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KSDA0908/gi568815596f_70158165.tfa (gi568815596f:70158165_70377389), 219225 bp

>pF1KSDA0908 1515
>gi568815596f:70158165_70377389 (Chr2)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-319  (101196-101402)   100% ->
320-494  (103048-103222)   99% ->
495-706  (116795-117006)   100% ->
707-859  (117350-117502)   100% ->
860-1515  (118570-119225)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCGCGTCGTCGCGGAGCTCGTCTCCTCGCTGCTGGGGTTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCGCGTCGTCGCGGAGCTCGTCTCCTCGCTGCTGGGGTTGTGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGCTGTGCAGCTGCGGATGCCCCGAGGGCGCCGAGCTGCGTGCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTGCTGTGCAGCTGCGGATGCCCCGAGGGCGCCGAGCTGCGTGCTCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGATAAAATCG         CGATTATTGGAGCCGGAATTGGTGGCACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGATAAAATCGGTA...TAGCGATTATTGGAGCCGGAATTGGTGGCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAGCAGCCTATTACCTGCGGCAGAAATTTGGGAAAGATGTGAAGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101225 TCAGCAGCCTATTACCTGCGGCAGAAATTTGGGAAAGATGTGAAGATAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGTTTGAAAGAGAAGAGGTCGGGGGCCGCCTGGCTACCATGATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101275 CCTGTTTGAAAGAGAAGAGGTCGGGGGCCGCCTGGCTACCATGATGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGGCAAGAATACGAGGCAGGAGGTTCTGTCATCCATCCTTTAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101325 AGGGGCAAGAATACGAGGCAGGAGGTTCTGTCATCCATCCTTTAAATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACATGAAACGTTTTGTCAAAGACCTGG         GTCTCTCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101375 CACATGAAACGTTTTGTCAAAGACCTGGGTA...CAGGTCTCTCTGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGGCCTCTGGTGGCCTACTGGGGATATATAATGGAGAGACTCTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103061 TCAGGCCTCTGGTGGCCTACTGGGGATATATAATGGAGAGACTCTGGTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGAGGAGAGCAACTGGTTCATAATTAACGTGATTAAATTAGTTTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103111 TTGAGGAGAGCAACTGGTTCATAATTAACGTGATTAAATTAGTTTGGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATGGATTTCAATTCCTCCGTATGCACATGTGGGTAGAGGACGTGTTAGA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103161 TATGGATTTCAATCCCTCCGTATGCACATGTGGGTAGAGGACGTGTTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGTTCATGAG         GATCTACCGCTACCAGTCTCATGACTATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103211 CAAGTTCATGAGGTA...AAGGATCTACCGCTACCAGTCTCATGACTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTTCAGTAGTGTCGAAAAATTACTTCATGCTCTAGGAGGAGATGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116824 CCTTCAGTAGTGTCGAAAAATTACTTCATGCTCTAGGAGGAGATGACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTGGAATGCTTAATCGAACACTTCTTGAAACCTTGCAAAAGGCCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116874 CTTGGAATGCTTAATCGAACACTTCTTGAAACCTTGCAAAAGGCCGGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCTGAGAAGTTCCTCAATGAAATGATTGCTCCTGTTATGAGGGTCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116924 TTCTGAGAAGTTCCTCAATGAAATGATTGCTCCTGTTATGAGGGTCAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGGCCAAAGCACGGACATCAATGCCTTTGTGG         GGGCGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116974 ATGGCCAAAGCACGGACATCAATGCCTTTGTGGGTA...CAGGGGCGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCACTGTCCTGTTCTGATTCTGGCCTTTGGGCAGTAGAAGGTGGCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117358 TCACTGTCCTGTTCTGATTCTGGCCTTTGGGCAGTAGAAGGTGGCAATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACTTGTTTGCTCAGGGCTTCTGCAGGCATCCAAAAGCAATCTTATATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117408 ACTTGTTTGCTCAGGGCTTCTGCAGGCATCCAAAAGCAATCTTATATCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCTCAGTAATGTACATCGAGGAGAAAACAAAGACCAAGTACACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117458 GCTCAGTAATGTACATCGAGGAGAAAACAAAGACCAAGTACACAGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860     GAAATCCAACAAAGATGTATGAAGTGGTCTACCAAATTGGAACTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117508 .TAGGAAATCCAACAAAGATGTATGAAGTGGTCTACCAAATTGGAACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACTCGTTCAGACTTCTATGACATCGTCTTGGTGGCCACTCCGTTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118616 GACTCGTTCAGACTTCTATGACATCGTCTTGGTGGCCACTCCGTTGAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAAAAATGTCGAATATTACTTTTCTCAACTTTGATCCTCCAATTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118666 GAAAAATGTCGAATATTACTTTTCTCAACTTTGATCCTCCAATTGAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTCCATCAATATTATCAACATATAGTGACAACTTTAGTTAAGGGGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118716 TTCCATCAATATTATCAACATATAGTGACAACTTTAGTTAAGGGGGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAATACATCTATCTTTAGCTCTAGACCCATAGATAAATTTGGCCTTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118766 GAATACATCTATCTTTAGCTCTAGACCCATAGATAAATTTGGCCTTAATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAGTTTTAACCACTGATAATTCAGATTTGTTCATTAACAGTATTGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118816 CAGTTTTAACCACTGATAATTCAGATTTGTTCATTAACAGTATTGGGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTGCCCTCTGTGAGAGAAAAGGAAGATCCTGAGCCATCAACAGATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118866 GTGCCCTCTGTGAGAGAAAAGGAAGATCCTGAGCCATCAACAGATGGAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ATATGTTTGGAAGATCTTTTCCCAAGAAACTCTTACTAAAGCACAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118916 ATATGTTTGGAAGATCTTTTCCCAAGAAACTCTTACTAAAGCACAAATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TAAAGCTCTTTCTGTCCTATGATTATGCTGTGAAGAAGCCATGGCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118966 TAAAGCTCTTTCTGTCCTATGATTATGCTGTGAAGAAGCCATGGCTTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TATCCTCACTATAAGCCCCCGGAGAAATGCCCCTCTATCATTCTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119016 TATCCTCACTATAAGCCCCCGGAGAAATGCCCCTCTATCATTCTCCATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TCGACTTTATTACCTCAATGGCATAGAGTGTGCAGCAAGTGCCATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119066 TCGACTTTATTACCTCAATGGCATAGAGTGTGCAGCAAGTGCCATGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TGAGTGCCATTGCAGCCCACAACGCTGCACTCCTTGCCTATCACCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119116 TGAGTGCCATTGCAGCCCACAACGCTGCACTCCTTGCCTATCACCGCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AACGGGCACACAGACATGATTGATCAGGATGGCTTATATGAGAAACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119166 AACGGGCACACAGACATGATTGATCAGGATGGCTTATATGAGAAACTTAA

   1550     .    :
   1506 AACTGAACTA
        ||||||||||
 119216 AACTGAACTA