seq1 = pF1KSDA0907.tfa, 1692 bp
seq2 = pF1KSDA0907/gi568815597r_155815826.tfa (gi568815597r:155815826_156034373), 218548 bp

>pF1KSDA0907 1692
>gi568815597r:155815826_156034373 (Chr1)

(complement)

1-38  (100001-100038)   100% ->
39-255  (100525-100741)   100% ->
256-384  (104534-104662)   100% ->
385-464  (104999-105078)   100% ->
465-517  (107218-107270)   100% ->
518-681  (107535-107698)   100% ->
682-893  (108531-108742)   100% ->
894-954  (110687-110747)   100% ->
955-1012  (112456-112513)   100% ->
1013-1266  (112746-112999)   100% ->
1267-1440  (116702-116875)   100% ->
1441-1553  (117637-117749)   100% ->
1554-1692  (118410-118548)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGCGGGGAGCGCGACACATCCTGGAGCTGGCGG         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100001 ATGTCCGCGGGGAGCGCGACACATCCTGGAGCTGGCGGGTA...TAGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGCAGCAAATGGGACCAACCAGCTCCAGCCCCACTTCTCTTCCTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100528 CCGCAGCAAATGGGACCAACCAGCTCCAGCCCCACTTCTCTTCCTCCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCGGCCCCAGGTGGGGAGGTCACCAGCAGTGGGGGAAGTCCTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100578 CAGCGGCCCCAGGTGGGGAGGTCACCAGCAGTGGGGGAAGTCCTGGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCACAGCTGCTCCTTCAGGAGCCTTGGATGCTGCTGCTGCTGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100628 ACCACAGCTGCTCCTTCAGGAGCCTTGGATGCTGCTGCTGCTGTGGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGATTAATGCCATGCTCATGGCAAAAGGGAAGCTGAAACCAACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100678 CAAGATTAATGCCATGCTCATGGCAAAAGGGAAGCTGAAACCAACTCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGCTTCTGAGAAG         CTTCAGGCTCCTGGCAAAGGCCTAACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100728 ATGCTTCTGAGAAGGTA...TAGCTTCAGGCTCCTGGCAAAGGCCTAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCAATAAAAGCAAGGATGACCTGGTGGTAGCTGAAGTAGAAATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104561 AGCAATAAAAGCAAGGATGACCTGGTGGTAGCTGAAGTAGAAATTAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGCCTCTCACATGTAGGAACTTGCTGACTCGAGGACAGACTCAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104611 TGTGCCTCTCACATGTAGGAACTTGCTGACTCGAGGACAGACTCAAGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         ATCAGCCGACTTAGTGGGGCTGCAGTATCAACTCGAGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104661 AGGTG...TAGATCAGCCGACTTAGTGGGGCTGCAGTATCAACTCGAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGGTTCATGACAACTGAGGAAAAAGCCAAAGTGGGACCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105038 AGGTTCATGACAACTGAGGAAAAAGCCAAAGTGGGACCAGGGTG...TAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGATCGTCCATTATATCTTCATGTTCAGGGCCAGACACGGGAATTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107218 GGATCGTCCATTATATCTTCATGTTCAGGGCCAGACACGGGAATTAGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACA         GAGCTGTAAACCGGATCAAAGAAATTATCACCAATGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107268 ACAGTA...AAGGAGCTGTAAACCGGATCAAAGAAATTATCACCAATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGTAAAAGCTGCCACAGGAACAAGTCCAACTTTTAATGGTGCAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107573 GTGGTAAAAGCTGCCACAGGAACAAGTCCAACTTTTAATGGTGCAACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACTGTCTATCACCAGCCAGCACCCATCGCTCAGTTGTCTCCAGCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107623 AACTGTCTATCACCAGCCAGCACCCATCGCTCAGTTGTCTCCAGCTGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCAGAAGCCTCCCTTCCAGTCAGGG         ATGCATTATGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107673 GCCAGAAGCCTCCCTTCCAGTCAGGGGTA...CAGATGCATTATGTTCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATAAATTATTTGTGGGTCTAGAACATGCTGTACCCACTTTTAATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108546 GATAAATTATTTGTGGGTCTAGAACATGCTGTACCCACTTTTAATGTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGAAGGTGGAAGGTCCAGGCTGCTCCTATTTGCAGCACATTCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108596 GGAGAAGGTGGAAGGTCCAGGCTGCTCCTATTTGCAGCACATTCAGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAACAGGTGCCAAAGTCTTCCTGCGGGGCAAAGGTTCAGGCTGCATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108646 AAACAGGTGCCAAAGTCTTCCTGCGGGGCAAAGGTTCAGGCTGCATTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAGCATCTGGCCGAGAAGCTTTTGAACCTATGTATATTTACATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108696 CCAGCATCTGGCCGAGAAGCTTTTGAACCTATGTATATTTACATCAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    894       TCACCCCAAACCAGAAGGCCTGGCTGCTGCCAAGAAGCTTTGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108746 ...CAGTCACCCCAAACCAGAAGGCCTGGCTGCTGCCAAGAAGCTTTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGAATCTTTTGCAAACA         GTTCATGCTGAATACTCTAGATTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110731 AGAATCTTTTGCAAACAGTG...CAGGTTCATGCTGAATACTCTAGATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGAATCAGATTAATACTGCTGTACCTTTACCAG         GCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112480 GTGAATCAGATTAATACTGCTGTACCTTTACCAGGTG...CAGGCTATAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACAACCCTCTGCTATAAGTAGTGTCCCTCCTCAACCACCATATTATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112753 ACAACCCTCTGCTATAAGTAGTGTCCCTCCTCAACCACCATATTATCCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCAATGGCTATCAGTCTGGTTACCCTGTTGTTCCCCCTCCTCAGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112803 CCAATGGCTATCAGTCTGGTTACCCTGTTGTTCCCCCTCCTCAGCAGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTTCAACCTCCCTACGGAGTACCAAGCATAGTGCCACCAGCTGTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112853 GTTCAACCTCCCTACGGAGTACCAAGCATAGTGCCACCAGCTGTTTCATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGCACCTGGAGTCTTGCCGGCATTACCTACTGGAGTCCCACCTGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112903 AGCACCTGGAGTCTTGCCGGCATTACCTACTGGAGTCCCACCTGTGCCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACAATACCCGATAACACAAGTGCAGCCTCCAGCTAGCACTGGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112953 CACAATACCCGATAACACAAGTGCAGCCTCCAGCTAGCACTGGACAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267       AGTCCGATGGGTGGTCCTTTTATTCCTGCTGCTCCTGTCAAAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113003 ...CAGAGTCCGATGGGTGGTCCTTTTATTCCTGCTGCTCCTGTCAAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCCTTGCCTGCTGGCCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116746 TGCCTTGCCTGCTGGCCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCCACTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAAGTCAGCCCCAGGCACAGAAGAGACGATTCACAGAGGAGCTACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116796 CAAGTCAGCCCCAGGCACAGAAGAGACGATTCACAGAGGAGCTACCAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAACGGGAATCTGGACTGCTTGGATACCAG         CATGGACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116846 GAACGGGAATCTGGACTGCTTGGATACCAGGTT...TAGCATGGACCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCATATGACTAATTTAGGTACAGGCTTCTCCAGTCAGAATGAGATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117648 TCATATGACTAATTTAGGTACAGGCTTCTCCAGTCAGAATGAGATTGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GTGCAGGATCGAAGCCAGCAAGTTCCTCAGGCAAAGAGAGAGAGAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117698 GTGCAGGATCGAAGCCAGCAAGTTCCTCAGGCAAAGAGAGAGAGAGGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AG         GCAGTTGATGCCTCCACCAGCCTTTCCAGTGACTGGAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117748 AGGTA...TAGGCAGTTGATGCCTCCACCAGCCTTTCCAGTGACTGGAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AAAAACAGAGTCCGATGAAAGGAATGGGTCTGGGACCTTAACAGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118449 AAAAACAGAGTCCGATGAAAGGAATGGGTCTGGGACCTTAACAGGGAGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATGGTGAGTGTGATATAGCTGGGGGAACAGGGGAGTGGCTAAGACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118499 ATGGTGAGTGTGATATAGCTGGGGGAACAGGGGAGTGGCTAAGACTGGTC