seq1 = pF1KSDA0888.tfa, 2010 bp
seq2 = pF1KSDA0888/gi568815593r_74681463.tfa (gi568815593r:74681463_74941676), 260214 bp

>pF1KSDA0888 2010
>gi568815593r:74681463_74941676 (Chr5)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-232  (101504-101603)   100% ->
233-318  (102627-102712)   100% ->
319-490  (107080-107251)   100% ->
491-670  (127658-127837)   100% ->
671-799  (136393-136521)   100% ->
800-912  (137072-137184)   100% ->
913-952  (140048-140087)   100% ->
953-1103  (140647-140797)   100% ->
1104-1260  (145491-145647)   100% ->
1261-1464  (158543-158746)   100% ->
1465-2010  (159669-160214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATTCCCTGTGGATATGCTGGAAAATTGCAGCCATGAGGAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATTCCCTGTGGATATGCTGGAAAATTGCAGCCATGAGGAATTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATTCTGCTGAAGATTACATGTCAGATTTAAGGTGTGGGGACCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAATTCTGCTGAAGATTACATGTCAGATTTAAGGTGTGGGGACCCTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCCAGAGTGTTTTTCTCTTCTCAATATTACG         ATTCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 ATCCAGAGTGTTTTTCTCTTCTCAATATTACGGTA...CAGATTCCTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCTGTCAAATGTAGGCTTTGTACCTCTTTATGGTGGAGATCAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101513 AGCCTGTCAAATGTAGGCTTTGTACCTCTTTATGGTGGAGATCAGACCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAATTCTTGCTCTCTTTGCACCTGAAGATTCACTGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101563 GAAAATTCTTGCTCTCTTTGCACCTGAAGATTCACTGACAGGTC...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTGGCACTTTACCTTGCTGATCAGTGGTGGGCTATTGATGATATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102627 CTGTGGCACTTTACCTTGCTGATCAGTGGTGGGCTATTGATGATATTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAACATCTGTTCCTTCAAGAGAGGGGCTTAAGCAG         GTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102677 AAAACATCTGTTCCTTCAAGAGAGGGGCTTAAGCAGGTA...TAGGTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACTCTTGGGGAGAGAGTGGTTCTGTATGTTCTGAATCGAATTATTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107085 CACTCTTGGGGAGAGAGTGGTTCTGTATGTTCTGAATCGAATTATTTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAAACAGGAAATGGAGAGAAATGAGATCCCATTCCTGTGTCATAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107135 GAAAACAGGAAATGGAGAGAAATGAGATCCCATTCCTGTGTCATAGCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTGATTATGCTAAGATTCTGTGGAAGAAAGGAGAGGCCATTGGGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107185 ACTGATTATGCTAAGATTCTGTGGAAGAAAGGAGAGGCCATTGGGTTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCAGTTAAGCCTACAG         GAAGCATATGTGCCTCTTTTCTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107235 TTCAGTTAAGCCTACAGGTG...CAGGAAGCATATGTGCCTCTTTTCTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAAAGTTACCAATTGCCAGTTCTTGATACAATGTTTCTAAGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127682 CCCAAAGTTACCAATTGCCAGTTCTTGATACAATGTTTCTAAGAAAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACAGAGGTAAAGATTTTGGGCTTCACATGCTGGAGGACTTTGTTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127732 TACAGAGGTAAAGATTTTGGGCTTCACATGCTGGAGGACTTTGTTGATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTTACAGAAGATGCGCTTGGCTTGCGGTATCCACTGTCTTCTCTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127782 CTTTACAGAAGATGCGCTTGGCTTGCGGTATCCACTGTCTTCTCTCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATACAG         CTTGCAAGCAATACTTTGAGAAGTATCCAGGAGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127832 ATACAGGTA...CAGCTTGCAAGCAATACTTTGAGAAGTATCCAGGAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CATGAACTCCTTTGGGAAGTTGAAGGTGTTGGACACTGGTACCAGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136428 CATGAACTCCTTTGGGAAGTTGAAGGTGTTGGACACTGGTACCAGCGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCAGTCACCAGAGCATTACAAAGAGAAGCACTTAAAATTCTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 136478 ACCAGTCACCAGAGCATTACAAAGAGAAGCACTTAAAATTCTAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800    CACTTTCTCAAAATGAACCTAAAAGACCTATGTCTGGAGAATATGGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137069 CAGCACTTTCTCAAAATGAACCTAAAAGACCTATGTCTGGAGAATATGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGCATCTGTTCCAGAATACGAAGCAAGAACTGAAGACAATCAGTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137119 CCTGCATCTGTTCCAGAATACGAAGCAAGAACTGAAGACAATCAGTCTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAGATGCAGCTAACT         ATTGATTCTCTAAAAGATGCCTTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 137169 TGAGATGCAGCTAACTGTA...TAGATTGATTCTCTAAAAGATGCCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAAGCACTTCCGAAG         GTCATGATAAAACATCTGTTTCCACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 140073 CAAGCACTTCCGAAGGTA...CAGGTCATGATAAAACATCTGTTTCCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CATACTCGAAGTGGTAATCTAAAGCGGCCAAAGATTGGAAAGCGGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140673 CATACTCGAAGTGGTAATCTAAAGCGGCCAAAGATTGGAAAGCGGTTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGATTCTGAATTTAGCAGTTCTCAAGGTGAAGATGAAAAGACCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140723 GGATTCTGAATTTAGCAGTTCTCAAGGTGAAGATGAAAAGACCTCCCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTCACTTACAGCTTCAATAAACAA         ATTGGAGTCTACTGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 140773 CTTCACTTACAGCTTCAATAAACAAGTA...TAGATTGGAGTCTACTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGCCCATCAGAGAGCTCAGAAGAATTCCTGGAAGAAGAACCTGAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145507 CGCCCATCAGAGAGCTCAGAAGAATTCCTGGAAGAAGAACCTGAACAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGGGATTGAATTTGAGGATGAAAGCAGTGATAGAGATGCACGGCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145557 AGGGATTGAATTTGAGGATGAAAGCAGTGATAGAGATGCACGGCCAGCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGAAACCCAGCCACAGCAAGAGAAGCAAGATGGTGAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 145607 TGGAAACCCAGCCACAGCAAGAGAAGCAAGATGGTGAAAAGGTA...TAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAATCTGAATTAGAGCCTATGAATGGTGAGATAATGGACGATTCTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158543 GAATCTGAATTAGAGCCTATGAATGGTGAGATAATGGACGATTCTCTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GACCTCACTTATAACAGAAGAGGAAGACTCCACTAGTGAAGTTTTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158593 GACCTCACTTATAACAGAAGAGGAAGACTCCACTAGTGAAGTTTTAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAGAATTAAAATTGCAGCCTTTTAATTCCAGTGAAGACTCTACAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158643 AAGAATTAAAATTGCAGCCTTTTAATTCCAGTGAAGACTCTACAAATCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTTCCACTGGTGGTAGAATCTTCAAAACCCCCTGAGGTAGATGCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158693 GTTCCACTGGTGGTAGAATCTTCAAAACCCCCTGAGGTAGATGCACCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TAAG         ACCCCACGTATACCTGACTCAGAAATGTTGATGGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158743 TAAGGTA...CAGACCCCACGTATACCTGACTCAGAAATGTTGATGGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAGGCACATCTGATGAAAAGGGGCACATGGAAGAGAAATTGTCCCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159706 AAGGCACATCTGATGAAAAGGGGCACATGGAAGAGAAATTGTCCCTACTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCAAGAAAGAAAGCACATCTTGGGAGTTCAGACAATGTTGCTACTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159756 CCAAGAAAGAAAGCACATCTTGGGAGTTCAGACAATGTTGCTACTATGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AAATGAAGAACGATCTGATGGTGGTTTTCCAAACTCTGTGATAGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159806 AAATGAAGAACGATCTGATGGTGGTTTTCCAAACTCTGTGATAGCTGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTTCCGAAGAACCGGTCTCTGAGAATTTGTCTCCTAATACTACTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159856 TTTCCGAAGAACCGGTCTCTGAGAATTTGTCTCCTAATACTACTTCCTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TTGGAAGACCAGGGTGAGGAGGGGGTATCTGAGCCCCAGGAAACATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159906 TTGGAAGACCAGGGTGAGGAGGGGGTATCTGAGCCCCAGGAAACATCTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGCTCTTCCTCAGAGTTCTTTGATAGAGGTTGAACTTGAAGACGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159956 TGCTCTTCCTCAGAGTTCTTTGATAGAGGTTGAACTTGAAGACGTGCCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TTTCACAGAATGCAGGACAGAAGAATCAGTCAGAGGAGCAGTCTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160006 TTTCACAGAATGCAGGACAGAAGAATCAGTCAGAGGAGCAGTCTGAAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TCTTCCGAGCAACTGGATCAGTTTACACAATCGGCAGAAAAAGCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160056 TCTTCCGAGCAACTGGATCAGTTTACACAATCGGCAGAAAAAGCTGTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TAGCAGCTCAGAGGAAATAGAAGTGGAAGTGCCTGTGGTAGACAGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160106 TAGCAGCTCAGAGGAAATAGAAGTGGAAGTGCCTGTGGTAGACAGGCGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ATTTAAGAAGAAAGGCCAAAGGGCATAAAGGACCTGCTAAGAAGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160156 ATTTAAGAAGAAAGGCCAAAGGGCATAAAGGACCTGCTAAGAAGAAAGCT

   2100     .
   2002 AAGCTGACC
        |||||||||
 160206 AAGCTGACC