seq1 = pF1KSDA0887.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KSDA0887/gi568815593f_176348408.tfa (gi568815593f:176348408_176606947), 258540 bp

>pF1KSDA0887 1335
>gi568815593f:176348408_176606947 (Chr5)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-132  (130781-130849)   100% ->
133-267  (137948-138082)   100% ->
268-344  (140544-140620)   100% ->
345-483  (143787-143925)   100% ->
484-569  (145592-145677)   100% ->
570-661  (145777-145868)   100% ->
662-839  (148079-148256)   100% ->
840-1011  (150507-150678)   100% ->
1012-1155  (151596-151739)   100% ->
1156-1335  (158361-158540)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCCTGAGGAGCGGGATCTAACCCAGGAGCAGACAGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCCTGAGGAGCGGGATCTAACCCAGGAGCAGACAGAGAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCAGTTTCAG         GATCTCACTGGCATCGAATCTATGGATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCAGTTTCAGGTA...CAGGATCTCACTGGCATCGAATCTATGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTGTCGCCATACCTTGGAACAGCATAACTGGAACATAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 130809 AGTGTCGCCATACCTTGGAACAGCATAACTGGAACATAGAGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTGCTGTACAGGACAGATTGAATGAGCAAGAGGGCGTACCTAGTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137948 GCTGCTGTACAGGACAGATTGAATGAGCAAGAGGGCGTACCTAGTGTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAACCCACCTCCATCACGACCCCTGCAGGTTAATACAGCTGACCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137998 CAACCCACCTCCATCACGACCCCTGCAGGTTAATACAGCTGACCACAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTACAGCTATGTTGTCTCAAGACCTCAACCAAGG         GGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 138048 TCTACAGCTATGTTGTCTCAAGACCTCAACCAAGGGCA...CAGGGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTGGATGGGGTTATTACTTGATAATGCTTCCATTCCGGTTTACCTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140550 CTTGGATGGGGTTATTACTTGATAATGCTTCCATTCCGGTTTACCTATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACGATACTTGATATATTTAG         GTTTGCTCTTCGTTTTATAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 140600 CACGATACTTGATATATTTAGGTA...CAGGTTTGCTCTTCGTTTTATAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGCCTGACCCTCGCAGCCGGGTCACTGACCCCGTTGGGGACATTGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143807 GGCCTGACCCTCGCAGCCGGGTCACTGACCCCGTTGGGGACATTGTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTATGCACTCTTTTGAAGAGAAATATGGGAGGGCACACCCTGTCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143857 TTTATGCACTCTTTTGAAGAGAAATATGGGAGGGCACACCCTGTCTTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAGGGAACGTACAGCCAG         GCACTTAACGATGCCAAAAGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 143907 CCAGGGAACGTACAGCCAGGTC...CAGGCACTTAACGATGCCAAAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCTTCGCTTTCTTTTGGTTTATCTTCATGGAGATGATCACCAGGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145614 AGCTTCGCTTTCTTTTGGTTTATCTTCATGGAGATGATCACCAGGACTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGAGTTTTGTCG         CAACACACTCTGTGCACCTGAAGTTAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 145664 GATGAGTTTTGTCGGTA...CAGCAACACACTCTGTGCACCTGAAGTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTCACTAATAAACACTAGGATGCTCTTCTGGGCATGCTCTACAAACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145804 TTCACTAATAAACACTAGGATGCTCTTCTGGGCATGCTCTACAAACAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGAGGGATACAGGG         TCTCACAGGCTTTACGAGAGAACACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 145854 CTGAGGGATACAGGGGTA...CAGTCTCACAGGCTTTACGAGAGAACACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATCCATTCCTGGCCATGATTATGCTGAAGGATCGAAGGATGACTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148105 TATCCATTCCTGGCCATGATTATGCTGAAGGATCGAAGGATGACTGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGACGGCTAGAAGGCCTCATTCAACCTGATGACCTCATTAACCAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148155 GGGACGGCTAGAAGGCCTCATTCAACCTGATGACCTCATTAACCAACTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CATTTATCATGGATGCTAACCAGACTTACCTGGTGTCAGAACGCCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148205 CATTTATCATGGATGCTAACCAGACTTACCTGGTGTCAGAACGCCTAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AG         GGAAGAAAGAAACCAGACCCAAGTGCTGAGACAACAGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148255 AGGTA...CAGGGAAGAAAGAAACCAGACCCAAGTGCTGAGACAACAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGATGAGGCCTACCTGGCCTCTCTCAGAGCTGACCAGGAGAAAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150546 GGATGAGGCCTACCTGGCCTCTCTCAGAGCTGACCAGGAGAAAGAAAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGAAACGGGAGGAGCGGGAGCGTAAGCGGCGGAAGGAGGAGGAGGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150596 AGAAACGGGAGGAGCGGGAGCGTAAGCGGCGGAAGGAGGAGGAGGTGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGCAAAAGTTGGCAGAGGAGAGACGGCGGCAG         AATTTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 150646 CAGCAAAAGTTGGCAGAGGAGAGACGGCGGCAGGTA...CAGAATTTACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGAGGAAAAGGAAAGGAAGTTGGAATGCCTGCCCCCTGAACCTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151604 GGAGGAAAAGGAAAGGAAGTTGGAATGCCTGCCCCCTGAACCTTCCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGACCCTGAAAGTGTCAAGATCATCTTCAAATTACCTAATGATTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151654 ATGACCCTGAAAGTGTCAAGATCATCTTCAAATTACCTAATGATTCTCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTAGAGAGACGATTCCACTTTTCACAGTCTCTAACA         GTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 151704 GTAGAGAGACGATTCCACTTTTCACAGTCTCTAACAGTA...CAGGTAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCACGACTTCTTATTCTCCTTGAAGGAAAGCCCAGAAAAGTTTCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158366 CCACGACTTCTTATTCTCCTTGAAGGAAAGCCCAGAAAAGTTTCAGATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGCCAATTTTCCCAGGCGAGTGCTGCCCTGCATCCCTTCAGAGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158416 AAGCCAATTTTCCCAGGCGAGTGCTGCCCTGCATCCCTTCAGAGGAGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCCAATCCCCCTACGCTACAGGAGGCCGGACTCAGCCACACAGAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158466 CCCAATCCCCCTACGCTACAGGAGGCCGGACTCAGCCACACAGAAGTTCT

   1400     .    :    .    :    .
   1311 TTTTGTTCAGGACCTAACTGACGAA
        |||||||||||||||||||||||||
 158516 TTTTGTTCAGGACCTAACTGACGAA