seq1 = pF1KSDA0880.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KSDA0880/gi568815587f_75062653.tfa (gi568815587f:75062653_75304577), 241925 bp

>pF1KSDA0880 2127
>gi568815587f:75062653_75304577 (Chr11)

1-16  (88730-88745)   100% ->
17-147  (100003-100133)   100% ->
148-285  (101311-101448)   100% ->
286-448  (103135-103297)   100% ->
449-682  (106521-106754)   100% ->
683-781  (107014-107112)   100% ->
782-972  (109727-109917)   100% ->
973-1075  (125484-125586)   100% ->
1076-1433  (130566-130923)   100% ->
1434-1599  (133862-134027)   100% ->
1600-1763  (137572-137735)   100% ->
1764-1828  (140249-140313)   100% ->
1829-1949  (140655-140775)   100% ->
1950-2127  (141748-141925)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCCAGGATAG         GGCCAGCGGGTGAGGTACCCCAGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  88730 ATGGGACCCAGGATAGGTA...CAGGGCCAGCGGGTGAGGTACCCCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCAGACAAGGAAACCAAAGCCACAATGGGCACAGAAAACACACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 ACCAGACAAGGAAACCAAAGCCACAATGGGCACAGAAAACACACCTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAAGCCAGCCCAGACCCTCAGGACGTGCGGCCAAGTGTGTTCCATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 GCAAAGCCAGCCCAGACCCTCAGGACGTGCGGCCAAGTGTGTTCCATAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAAG         CTGTTCGTTCTGTGCCACAGCCTGCTGCAGCTGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 ATCAAGGTA...CAGCTGTTCGTTCTGTGCCACAGCCTGCTGCAGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAGCTCATGATCTCCGGCTACCTAAAGAGCTCCATCTCCACAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101346 GCAGCTCATGATCTCCGGCTACCTAAAGAGCTCCATCTCCACAGTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCGCTTCGGCCTCTCCAGCCAGACGTCGGGGCTGCTGGCCTCCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101396 AGCGCTTCGGCCTCTCCAGCCAGACGTCGGGGCTGCTGGCCTCCTTCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAG         GTGGGGAACACAGCCTTGATTGTGTTTGTGAGCTATTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101446 GAGGTA...CAGGTGGGGAACACAGCCTTGATTGTGTTTGTGAGCTATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGCAGCCGGGTGCACCGACCCCGAATGATTGGCTATGGGGCTATCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103173 TGGCAGCCGGGTGCACCGACCCCGAATGATTGGCTATGGGGCTATCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGCCCTGGCGGGCCTGCTCATGACTCTCCCGCACTTCATCTCGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103223 TGGCCCTGGCGGGCCTGCTCATGACTCTCCCGCACTTCATCTCGGAGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCGCTACGACAACACCAGCCCTG         AGGATATGCCACAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103273 TACCGCTACGACAACACCAGCCCTGGTA...CAGAGGATATGCCACAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTCAAGGCTTCCCTGTGCCTGCCCACAACCTCGGCCCCAGCCTCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106537 CTTCAAGGCTTCCCTGTGCCTGCCCACAACCTCGGCCCCAGCCTCGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTCCAATGGCAACTGCTCAAGCTACACAGAAACCCAGCATCTGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106587 CCTCCAATGGCAACTGCTCAAGCTACACAGAAACCCAGCATCTGAGTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGGGATCATGTTCGTGGCACAGACCCTGCTGGGCGTGGGCGGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106637 GTGGGGATCATGTTCGTGGCACAGACCCTGCTGGGCGTGGGCGGGGTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATTCAGCCCTTTGGCATCTCCTACATCGATGACTTTGCCCACAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106687 CATTCAGCCCTTTGGCATCTCCTACATCGATGACTTTGCCCACAACAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTCGCCCCTCTACCTCG         GGATCCTGTTTGCAGTGACCATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106737 ACTCGCCCCTCTACCTCGGTG...TAGGGATCCTGTTTGCAGTGACCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGGGGCCAGGCCTGGCCTTTGGGCTGGGCAGCCTCATGCTGCGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107037 ATGGGGCCAGGCCTGGCCTTTGGGCTGGGCAGCCTCATGCTGCGCCTTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGGACATTAACCAGATGCCAGAAG         GTGGTATCAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107087 TGTGGACATTAACCAGATGCCAGAAGGTG...CAGGTGGTATCAGCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCATAAAGGACCCCCGATGGGTGGGTGCCTGGTGGCTGGGTTTCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109742 CCATAAAGGACCCCCGATGGGTGGGTGCCTGGTGGCTGGGTTTCCTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGCCGGTGCAGTGGCCCTGGCTGCCATCCCCTACTTCTTCTTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109792 GCTGCCGGTGCAGTGGCCCTGGCTGCCATCCCCTACTTCTTCTTCCCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGAAATGCCCAAGGAAAAACGTGAGCTTCAGTTTCGGCGAAAGGTCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109842 GGAAATGCCCAAGGAAAAACGTGAGCTTCAGTTTCGGCGAAAGGTCTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGTCACAGACTCACCTGCCAGGAAG         GGCAAGGACTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109892 CAGTCACAGACTCACCTGCCAGGAAGGTA...CAGGGCAAGGACTCTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCTAAGCAGAGCCCTGGGGAGTCCACGAAGAAGCAGGATGGCCTAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125499 TCTAAGCAGAGCCCTGGGGAGTCCACGAAGAAGCAGGATGGCCTAGTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATTGCACCAAACCTGACTGTGATCCAGTTCATTAAAG         TCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 125549 GATTGCACCAAACCTGACTGTGATCCAGTTCATTAAAGGTA...CAGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCCCCAGGGTGCTGCTGCAGACCCTACGCCACCCCATCTTCCTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130569 TCCCCAGGGTGCTGCTGCAGACCCTACGCCACCCCATCTTCCTGCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTCCTGTCCCAGGTATGCTTGTCATCCATGGCTGCGGGCATGGCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130619 GTCCTGTCCCAGGTATGCTTGTCATCCATGGCTGCGGGCATGGCCACCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTGCCCAAGTTCCTGGAGCGCCAGTTTTCCATCACAGCCTCCTACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130669 CCTGCCCAAGTTCCTGGAGCGCCAGTTTTCCATCACAGCCTCCTACGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACCTGCTCATCGGCTGCCTCTCCTTCCCTTCGGTCATCGTGGGCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130719 ACCTGCTCATCGGCTGCCTCTCCTTCCCTTCGGTCATCGTGGGCATCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTGGGTGGCGTCCTGGTCAAGCGGCTCCACCTGGGCCCTGTGGGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130769 GTGGGTGGCGTCCTGGTCAAGCGGCTCCACCTGGGCCCTGTGGGATGCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCCCTTTGCCTGCTGGGGATGCTGCTGTGCCTCTTCTTCAGCCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130819 TGCCCTTTGCCTGCTGGGGATGCTGCTGTGCCTCTTCTTCAGCCTGCCGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCTTCTTTATCGGCTGCTCCAGCCACCAGATTGCGGGCATCACACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130869 TCTTCTTTATCGGCTGCTCCAGCCACCAGATTGCGGGCATCACACACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACCAG         TGCCCACCCTGGGCTGGAGCTGTCTCCAAGCTGCAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130919 ACCAGGTG...CAGTGCCCACCCTGGGCTGGAGCTGTCTCCAAGCTGCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGAGGCCTGCTCCTGCCCATTGGACGGCTTTAACCCTGTCTGCGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133898 GGAGGCCTGCTCCTGCCCATTGGACGGCTTTAACCCTGTCTGCGACCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCACTCGTGTGGAATACATCACACCCTGCCACGCAGGCTGCTCAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133948 GCACTCGTGTGGAATACATCACACCCTGCCACGCAGGCTGCTCAAGCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GTGGTCCAGGATGCTCTGGACAACAGCCAG         GTTTTCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 133998 GTGGTCCAGGATGCTCTGGACAACAGCCAGGTG...CAGGTTTTCTACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CAACTGCAGCTGCGTGGTGGAGGGCAACCCCGTGCTGGCAGGATCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137583 CAACTGCAGCTGCGTGGTGGAGGGCAACCCCGTGCTGGCAGGATCCTGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ACTCAACGTGCAGCCATCTGGTGGTGCCCTTCCTGCTCCTGGTCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137633 ACTCAACGTGCAGCCATCTGGTGGTGCCCTTCCTGCTCCTGGTCAGCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGCTCGGCCCTGGCCTGTCTCACCCACACACCCTCCTTCATGCTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137683 GGCTCGGCCCTGGCCTGTCTCACCCACACACCCTCCTTCATGCTCATCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AAG         AGGAGTGAAGAAAGAAGACAAGACTTTGGCTGTGGGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137733 AAGGTG...TAGAGGAGTGAAGAAAGAAGACAAGACTTTGGCTGTGGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TCCAGTTCATGTTCCTGAGGATTTTGG         CCTGGATGCCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 140287 TCCAGTTCATGTTCCTGAGGATTTTGGGTA...CAGCCTGGATGCCCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CCCGTGATCCACGGCAGCGCCATCGACACCACCTGTGTGCACTGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140669 CCCGTGATCCACGGCAGCGCCATCGACACCACCTGTGTGCACTGGGCCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GAGCTGTGGGCGTCGAGCTGTCTGTCGCTACTACAATAATGACCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140719 GAGCTGTGGGCGTCGAGCTGTCTGTCGCTACTACAATAATGACCTGCTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 GAAACCG         GTTCATCGGCCTCCAGTTCTTCTTCAAAACAGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140769 GAAACCGGTG...CAGGTTCATCGGCCTCCAGTTCTTCTTCAAAACAGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TCTGTGATCTGCTTCGCCTTAGTTTTGGCTGTCCTGAGGCAGCAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141782 TCTGTGATCTGCTTCGCCTTAGTTTTGGCTGTCCTGAGGCAGCAGGACAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGAGGCAAGGACCAAAGAGAGCAGATCCAGCCCTGCCGTAGAGCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141832 AGAGGCAAGGACCAAAGAGAGCAGATCCAGCCCTGCCGTAGAGCAGCAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TGCTAGTGTCGGGGCCAGGGAAGAAGCCAGAGGATTCCCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141882 TGCTAGTGTCGGGGCCAGGGAAGAAGCCAGAGGATTCCCGAGTG