seq1 = pF1KSDA0871.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KSDA0871/gi568815594f_70622574.tfa (gi568815594f:70622574_70891294), 268721 bp

>pF1KSDA0871 1407
>gi568815594f:70622574_70891294 (Chr4)

1-178  (100001-100178)   100% ->
179-352  (139946-140119)   100% ->
353-470  (140979-141096)   100% ->
471-572  (141902-142003)   100% ->
573-696  (145965-146088)   100% ->
697-758  (150938-150999)   100% ->
759-824  (152595-152660)   100% ->
825-894  (155796-155865)   100% ->
895-987  (160518-160610)   100% ->
988-1071  (162223-162306)   100% ->
1072-1239  (166233-166400)   100% ->
1240-1337  (166922-167019)   100% ->
1338-1407  (168652-168721)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCTCTGACGCCTCCGACCGATATGCCAACCCCCACCACTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGCTCTGACGCCTCCGACCGATATGCCAACCCCCACCACTGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCACACAGGCTGCCATGGAGACCATCTACCTTTGCAAATTCCGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCACACAGGCTGCCATGGAGACCATCTACCTTTGCAAATTCCGAGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATGGATGGAGAATGGCTCTGCCTGCGAGAGCTGGATGACATCTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATGGATGGAGAATGGCTCTGCCTGCGAGAGCTGGATGACATCTCACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACACCTGACCCAGAGCCTACCCATGAAG         ATCCTAATTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 ACACCTGACCCAGAGCCTACCCATGAAGGTA...CAGATCCTAATTATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGGCTAATGAACGCATGAACCTCATGAACATGGCCAAGCTGAGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139959 CATGGCTAATGAACGCATGAACCTCATGAACATGGCCAAGCTGAGTATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCTTGATTGAATCAGCTCTGAACCTGGGGAGGACTCTTGACTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140009 AGGGCTTGATTGAATCAGCTCTGAACCTGGGGAGGACTCTTGACTCTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGCACCTCTCCAGCAATTCTTTGTGGTGATGGAGCACTGTCTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140059 TATGCACCTCTCCAGCAATTCTTTGTGGTGATGGAGCACTGTCTGAAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGCTTGAAAG         CTAAAAAAACTTTTCTCGGACAAAATAAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140109 TGGCTTGAAAGGTA...TAGCTAAAAAAACTTTTCTCGGACAAAATAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTTCTGGGGGCCTCTAGAACTGGTAGAAAAGCTTGTTCCAGAAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141009 CCTTCTGGGGGCCTCTAGAACTGGTAGAAAAGCTTGTTCCAGAAGCCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGATAACAGCAAGTGTTAAAGATCTTCCAGGACTTAA         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 141059 GAGATAACAGCAAGTGTTAAAGATCTTCCAGGACTTAAGTA...TAGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACCAGTAGGTAGAGGAAGAGCCTGGCTTCGTTTGGCATTAATGCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141905 ACCAGTAGGTAGAGGAAGAGCCTGGCTTCGTTTGGCATTAATGCAAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACTTTCAGAATATATGAAAGCTTTGATCAATAAGAAAGAACTTCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 141955 AACTTTCAGAATATATGAAAGCTTTGATCAATAAGAAAGAACTTCTCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573         TGAATTCTACGAACCCAATGCCCTCATGATGGAAGAAGAAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142005 TA...CAGTGAATTCTACGAACCCAATGCCCTCATGATGGAAGAAGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCCATAATTGCTGGTCTGTTGGTGGGTCTGAATGTCATTGATGCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146007 AGCCATAATTGCTGGTCTGTTGGTGGGTCTGAATGTCATTGATGCCAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTGTATGAAAGGAGAAGACTTGGACTCTCAG         GTTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 146057 TCTGTATGAAAGGAGAAGACTTGGACTCTCAGGTA...TAGGTTGGAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATAGATTTTTCAATGTATCTCAAGGACGGGAACAGCAGTAAAGGTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150947 ATAGATTTTTCAATGTATCTCAAGGACGGGAACAGCAGTAAAGGTACTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGG         AGACGGTCAGATTACTGCAATTCTGGACCAGAAGAACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150997 AGGGTA...CAGAGACGGTCAGATTACTGCAATTCTGGACCAGAAGAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGTAGAAGAACTGAACAGACATTTGAA         TGCTACTGTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 152633 ATGTAGAAGAACTGAACAGACATTTGAAGTA...TAGTGCTACTGTAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACCTTCAGGCAAAAGTAGATGCATTAGAAAAATCCAACACTAAACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155809 AACCTTCAGGCAAAAGTAGATGCATTAGAAAAATCCAACACTAAACTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGGAG         CTTGCAGTTGCAAACAACAGGATCATTACCTTAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155859 AGAGGAGGTA...CAGCTTGCAGTTGCAAACAACAGGATCATTACCTTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGAAGAAATGGAACGAGTTAAAGAGGAAAGTTCCTACATACTGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160552 AAGAAGAAATGGAACGAGTTAAAGAGGAAAGTTCCTACATACTGGAATCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATCGGAAG         GGTCCCAAGCAAGACAGAACTGCAGAAGGGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 160602 AATCGGAAGGTT...AAGGGTCCCAAGCAAGACAGAACTGCAGAAGGGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCACTAAGTGAAGCAAGAAAGCATTTAAAAGAAGAGACACAATTACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162255 AGCACTAAGTGAAGCAAGAAAGCATTTAAAAGAAGAGACACAATTACGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TG         GATGTTGAGAAAGAACTGGAGATGCAGATCAGCATGAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162305 TGGTA...CAGGATGTTGAGAAAGAACTGGAGATGCAGATCAGCATGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAGGAGATGGAATTGGCTATGAAGATGCTGGAGAAGGATGTCTGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166272 CAGGAGATGGAATTGGCTATGAAGATGCTGGAGAAGGATGTCTGTGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCAGGATGCCCTGGTATCTCTTCGGCAGCAGCTGGATGACCTCAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166322 GCAGGATGCCCTGGTATCTCTTCGGCAGCAGCTGGATGACCTCAGAGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCAAGCATGAACTTGCCTTTAAGCTGCAG         AGTTCAGACTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 166372 TCAAGCATGAACTTGCCTTTAAGCTGCAGGTA...CAGAGTTCAGACTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGAGTAAAACAGAAAAGTGAACTAAACAGTCGCTTGGAAGAGAAGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166934 GGAGTAAAACAGAAAAGTGAACTAAACAGTCGCTTGGAAGAGAAGACTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCAGATGGCTGCTACCATTAAACAACTTGAACAAAG         TGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 166984 TCAGATGGCTGCTACCATTAAACAACTTGAACAAAGGTA...TAGTGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGGATTTGGTGAAACAGGCAAAGACCTTAAATAGTGCAGCAAATAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168657 AGGATTTGGTGAAACAGGCAAAGACCTTAAATAGTGCAGCAAATAAACTG

   1500     .    :    .
   1393 ATCCCAAAACATCAT
        |||||||||||||||
 168707 ATCCCAAAACATCAT