seq1 = pF1KSDA0862.tfa, 1746 bp
seq2 = pF1KSDA0862/gi568815588f_110864524.tfa (gi568815588f:110864524_111111815), 247292 bp

>pF1KSDA0862 1746
>gi568815588f:110864524_111111815 (Chr10)

1-703  (99836-100538)   100% ->
704-841  (121105-121242)   100% ->
842-972  (135892-136022)   100% ->
973-1161  (140083-140271)   100% ->
1162-1284  (143008-143130)   100% ->
1285-1422  (144725-144862)   100% ->
1423-1540  (145190-145307)   100% ->
1541-1746  (147087-147292)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAGTAGTTTAGGAAAAGAAAAAGACTCTAAAGAAAAAGATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99836 ATGAGTAGTAGTTTAGGAAAAGAAAAAGACTCTAAAGAAAAAGATCCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTACCATCAGCCAAGGAAAGAGAAAAGGAGGCAAAAGCCTCTGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99886 AGTACCATCAGCCAAGGAAAGAGAAAAGGAGGCAAAAGCCTCTGGAGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGGAAAGAGAGCAAAGAAAAAGAACCTAAGACCAAAGGGAAAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99936 TTGGGAAAGAGAGCAAAGAAAAAGAACCTAAGACCAAAGGGAAAGATGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGATGGAAAGAAGGACTCCAGTGCTGCCCAACCAGGGGTGGCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99986 AAAGATGGAAAGAAGGACTCCAGTGCTGCCCAACCAGGGGTGGCATTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTTGACAATACGATCAAACGGCCAAACCCAGCACCTGGGACTAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100036 AGTTGACAATACGATCAAACGGCCAAACCCAGCACCTGGGACTAGAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AATCCAGCAATGCAGAGGTGATTAAAGAGCTCAACAAATGCCGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100086 AATCCAGCAATGCAGAGGTGATTAAAGAGCTCAACAAATGCCGGGAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATTCAATGCGTTTGGACTTATCCAAGAGATCTATACACATATTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100136 AATTCAATGCGTTTGGACTTATCCAAGAGATCTATACACATATTGCCATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATCAATCAAAGAGTTGACTCAATTAACAGAACTTTATTTATACAGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100186 ATCAATCAAAGAGTTGACTCAATTAACAGAACTTTATTTATACAGTAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AATTGCAGTCCCTCCCAGCAGAGGTGGGATGTTTAGTAAATCTCATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100236 AATTGCAGTCCCTCCCAGCAGAGGTGGGATGTTTAGTAAATCTCATGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGCTCTAAGTGAAAATTCACTTACCAGTTTGCCTGACTCTCTTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100286 CTGGCTCTAAGTGAAAATTCACTTACCAGTTTGCCTGACTCTCTTGATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTGAAGAAGCTGCGGATGCTTGATTTACGGCATAATAAACTGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100336 CTTGAAGAAGCTGCGGATGCTTGATTTACGGCATAATAAACTGAGAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCCTTCAGTGGTGTATAGGCTGGATTCTCTCACCACTCTTTACCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100386 TTCCTTCAGTGGTGTATAGGCTGGATTCTCTCACCACTCTTTACCTTCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTAATCGTATAACTACTGTGGAAAAGGACATCAAAAACTTGTCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100436 TTTAATCGTATAACTACTGTGGAAAAGGACATCAAAAACTTGTCAAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAGCATGCTTAGCATTCGAGAGAACAAAATTAAACAACTACCTGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100486 CAGCATGCTTAGCATTCGAGAGAACAAAATTAAACAACTACCTGCTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTG         GTGAATTATGTAACCTCATTACGCTGGATGTAGCTCAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100536 TTGGTA...CAGGTGAATTATGTAACCTCATTACGCTGGATGTAGCTCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AATCAACTTGAACACCTTCCAAAGGAGATTGGAAACTGTACACAGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121143 AATCAACTTGAACACCTTCCAAAGGAGATTGGAAACTGTACACAGATAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAACCTTGACTTGCAGCACAATGAACTGCTAGACCTCCCAGATACTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121193 CAACCTTGACTTGCAGCACAATGAACTGCTAGACCTCCCAGATACTATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842          GAAACCTGTCCAGTTTAAGTCGTCTTGGTCTGAGATATAAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121243 GTA...CAGGAAACCTGTCCAGTTTAAGTCGTCTTGGTCTGAGATATAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGACTGTCAGCAATACCCAGATCATTAGCAAAATGCAGTGCACTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135933 AGACTGTCAGCAATACCCAGATCATTAGCAAAATGCAGTGCACTTGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATTAAATTTAGAGAACAATAACATTTCTACTTTACCAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 135983 ATTAAATTTAGAGAACAATAACATTTCTACTTTACCAGAGGTA...CAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTCTTTTATCAAGTCTTGTGAAACTGAATAGTTTGACCTTAGCTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140084 GTCTTTTATCAAGTCTTGTGAAACTGAATAGTTTGACCTTAGCTAGAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TGCTTCCAGTTGTATCCAGTGGGTGGTCCATCTCAGTTTTCTACCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140134 TGCTTCCAGTTGTATCCAGTGGGTGGTCCATCTCAGTTTTCTACCATCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TTCCCTCAACATGGAACACAATCGAATCAACAAAATTCCATTTGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140184 TTCCCTCAACATGGAACACAATCGAATCAACAAAATTCCATTTGGAATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCTCCAGAGCAAAAGTATTAAGTAAGCTGAATATGAAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 140234 TCTCCAGAGCAAAAGTATTAAGTAAGCTGAATATGAAGGTA...CAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AATCAGTTAACATCACTTCCCTTGGATTTTGGAACTTGGACCAGTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143011 AATCAGTTAACATCACTTCCCTTGGATTTTGGAACTTGGACCAGTATGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AGAATTGAATTTAGCCACTAATCAGCTCACAAAGATCCCTGAGGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143061 AGAATTGAATTTAGCCACTAATCAGCTCACAAAGATCCCTGAGGATGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CTGGTCTCGTTTCTCTTGAG         GTTCTTATCTTATCAAACAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 143111 CTGGTCTCGTTTCTCTTGAGGTT...TAGGTTCTTATCTTATCAAACAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTTCTAAAGAAGCTTCCCCATGGTCTTGGAAACCTTAGGAAGTTAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144746 CTTCTAAAGAAGCTTCCCCATGGTCTTGGAAACCTTAGGAAGTTAAGAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GTTGGATCTAGAAGAGAACAAATTGGAATCCTTGCCAAATGAAATTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144796 GTTGGATCTAGAAGAGAACAAATTGGAATCCTTGCCAAATGAAATTGCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ATCTTAAGGATTTACAG         AAATTAGTCTTGACAAACAACCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 144846 ATCTTAAGGATTTACAGGTA...TAGAAATTAGTCTTGACAAACAACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TTGACCACTCTTCCCAGAGGCATTGGTCACCTTACTAATCTCACACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145214 TTGACCACTCTTCCCAGAGGCATTGGTCACCTTACTAATCTCACACATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGGCCTTGGAGAGAACCTACTTACTCACCTTCCTGAAGAAATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 145264 GGGCCTTGGAGAGAACCTACTTACTCACCTTCCTGAAGAAATTGGTA...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1541    GTACACTGGAGAACCTAGAAGAACTGTATTTGAATGACAACCCCAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147084 CAGGTACACTGGAGAACCTAGAAGAACTGTATTTGAATGACAACCCCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CTGCATAGCCTTCCCCTTGAGCTGGCACTCTGCAGCAAGCTTTCAATCAT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147134 CTGCATAGCCTTCCCTTTGAGCTGGCACTCTGCAGCAAGCTTTCAATCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GAGTATTGAGAACTGTCCACTCAGTCACCTTCCACCTCAGATTGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147184 GAGTATTGAGAACTGTCCACTCAGTCACCTTCCACCTCAGATTGTTGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GGGGGCCTTCTTTCATCATTCAGTTCTTAAAGATGCAGGGTCCATATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147234 GGGGGCCTTCTTTCATCATTCAGTTCTTAAAGATGCAGGGTCCATATCGT

   1800     .
   1738 GCCATGGTC
        |||||||||
 147284 GCCATGGTC