seq1 = pF1KSDA0860.tfa, 1623 bp
seq2 = pF1KSDA0860/gi568815578r_3010109.tfa (gi568815578r:3010109_3223365), 213257 bp

>pF1KSDA0860 1623
>gi568815578r:3010109_3223365 (Chr20)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-1255  (100782-101982)   100% ->
1256-1417  (107900-108061)   100% ->
1418-1623  (113052-113257)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAATAAATCTTTGCCTCCCACAGTTCAGACCAAGAATTCACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAATAAATCTTTGCCTCCCACAGTTCAGACCAAGAATTCACTGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAG         ATATCAGCTGATGGTTACGAAGTAGAAAATCTCATCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGTA...TAGATATCAGCTGATGGTTACGAAGTAGAAAATCTCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGAAGATCTCACAAAGAGAAGTCATGGTTTCAGGACAGAGTATTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100819 CTGAAGATCTCACAAAGAGAAGTCATGGTTTCAGGACAGAGTATTTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCCACCAGTCTATGTGACAGTTTCATTTCCCTTTAATGTGGAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100869 AAGCCACCAGTCTATGTGACAGTTTCATTTCCCTTTAATGTGGAAATCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGGATCAACATAGACCTCACAGCTGGGGGAGGTCAGAACGTCACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100919 TAGGATCAACATAGACCTCACAGCTGGGGGAGGTCAGAACGTCACTGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAAATGTACACATCTGCCTCATCTAGCAGAGTGTCTTGGAATACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100969 TGGAAATGTACACATCTGCCTCATCTAGCAGAGTGTCTTGGAATACGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGTGCCGGACCCTGGGCCCAGCTGAGCCATCTGTCCCAGACAAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101019 CAGTGCCGGACCCTGGGCCCAGCTGAGCCATCTGTCCCAGACAAGGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTTCACCTTGGTAGGCAAAGTCTTACTGAAAAACCAGAGCCAAGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101069 GTTCACCTTGGTAGGCAAAGTCTTACTGAAAAACCAGAGCCAAGTGGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTAGCCACAGGGGCTTCAAGGCCAGGCCCCCTTTTGGCGCGATGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101119 TTAGCCACAGGGGCTTCAAGGCCAGGCCCCCTTTTGGCGCGATGGAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACACTCCCCTCCCCTGCTGTTGTGGCCCAGGAGCTCTGGAATAAAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101169 ACACTCCCCTCCCCTGCTGTTGTGGCCCAGGAGCTCTGGAATAAAGGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCTTTCCCTTAGCCACGTGGCCCACTTAAGGATCTGTATCACCCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101219 TCTTTCCCTTAGCCACGTGGCCCACTTAAGGATCTGTATCACCCATGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGGCGGCGGTATCCCTTGTATCAAGCGGTTGGAAGTGTGGGGTCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101269 CAGGCGGCGGTATCCCTTGTATCAAGCGGTTGGAAGTGTGGGGTCAGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCAAGACCTGCTCCCAGGAAGTGATAGACAGCATCCTGCTGGTCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101319 GCCAAGACCTGCTCCCAGGAAGTGATAGACAGCATCCTGCTGGTCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAGAACCTGCCTCAGGATGTGGCTCTGCAGGCTCCAGCCTTGCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101369 AGAGAACCTGCCTCAGGATGTGGCTCTGCAGGCTCCAGCCTTGCCCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAAGTGACTGTGACCCTGGGGACCAGCCTGAGAGCCAGCAGGCTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101419 AAAGTGACTGTGACCCTGGGGACCAGCCTGAGAGCCAGCAGGCTCCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGCCTGCAGAAGCTGGCCGAGATCATTCAGGATGTGCCTGAGGAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101469 AGCCTGCAGAAGCTGGCCGAGATCATTCAGGATGTGCCTGAGGAGTTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGATCCCATCACCCTGGAGATCATGCCTTGTCCCATGCTGCTGCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101519 GGATCCCATCACCCTGGAGATCATGCCTTGTCCCATGCTGCTGCCCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCAAGGTCATCGACCAGAGCACACTGGAGAAGTGTAACCGCAGTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101569 GCAAGGTCATCGACCAGAGCACACTGGAGAAGTGTAACCGCAGTGAAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACATGGGGCCGAGTGCCCAGTGACCCTTTCACGGGGGTAGCTTTTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101619 ACATGGGGCCGAGTGCCCAGTGACCCTTTCACGGGGGTAGCTTTTACTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCACTCTCAGCCCCTGCCTCACCCCTCCCTCAAGGCCCGGATTGACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101669 GCACTCTCAGCCCCTGCCTCACCCCTCCCTCAAGGCCCGGATTGACCATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCTGCTCCAGCACTCCATCCCTGGCTGCCACCTGCTTGGGAGAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101719 TCCTGCTCCAGCACTCCATCCCTGGCTGCCACCTGCTTGGGAGAGCACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACGGCATTGGCAGTGATCCCTTCTTCCATTGTTCTGCCCTCTCAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101769 ACGGCATTGGCAGTGATCCCTTCTTCCATTGTTCTGCCCTCTCAGAAAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GAAGATAGAGCAGGCTGAACATGTCCCAGACAGTAACTTTGGTGTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101819 GAAGATAGAGCAGGCTGAACATGTCCCAGACAGTAACTTTGGTGTAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CTTCCTGTTTTTCTGCCACAAGCCCTTTGGTCTTACCCACTACCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101869 CTTCCTGTTTTTCTGCCACAAGCCCTTTGGTCTTACCCACTACCTCAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CACACTGCTAAGAAAATGAAAGCCACCAATGAGCCCAGCCTGACACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101919 CACACTGCTAAGAAAATGAAAGCCACCAATGAGCCCAGCCTGACACATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GGACTGCTCGACAG         GTCCACTGTCCCACGAGCAGAAGCTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101969 GGACTGCTCGACAGGTA...CAGGTCCACTGTCCCACGAGCAGAAGCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CACAAAGCTTGGAAATTGCCTTGGCATCCACCCTTGGCTCTATGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107927 CACAAAGCTTGGAAATTGCCTTGGCATCCACCCTTGGCTCTATGCCCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TTCACGGCACGGCTGACCAGGGGACAGCTCCAGCACCTTGGCACAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107977 TTCACGGCACGGCTGACCAGGGGACAGCTCCAGCACCTTGGCACAAGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GAGCAACACTTCCTGGAGGCCTGGCACCGGCTCGG         AGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108027 GAGCAACACTTCCTGGAGGCCTGGCACCGGCTCGGGTA...CAGAGCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CTGGGAGCATCCTGGGCCCCGAATGTGCCTCCTGCAAAAGAGTATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113058 CTGGGAGCATCCTGGGCCCCGAATGTGCCTCCTGCAAAAGAGTATTTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CCCTACTTCAAAAAGGAGCCGGTGTACCAGCTGCCCTGCGGCCACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113108 CCCTACTTCAAAAAGGAGCCGGTGTACCAGCTGCCCTGCGGCCACCTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GTGCCGACCCTGCCTGGGTGAGAAGCAACGCTCCCTGCCCATGACGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113158 GTGCCGACCCTGCCTGGGTGAGAAGCAACGCTCCCTGCCCATGACGTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CAGCCTGCCAGCGGCCGGTTGCTAGCCAAGACGTGCTGCGGGTCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113208 CAGCCTGCCAGCGGCCGGTTGCTAGCCAAGACGTGCTGCGGGTCCACTTC