seq1 = pF1KSDA0851.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KSDA0851/gi568815595f_45603438.tfa (gi568815595f:45603438_45843666), 240229 bp

>pF1KSDA0851 1761
>gi568815595f:45603438_45843666 (Chr3)

1-32  (86029-86060)   100% ->
33-130  (100001-100098)   100% ->
131-205  (101698-101772)   100% ->
206-333  (103343-103470)   100% ->
334-483  (106061-106210)   100% ->
484-543  (109700-109759)   100% ->
544-577  (110609-110642)   100% ->
578-679  (116063-116164)   100% ->
680-765  (118563-118648)   100% ->
766-852  (119432-119518)   100% ->
853-921  (120038-120106)   100% ->
922-1001  (127864-127943)   100% ->
1002-1100  (128616-128714)   100% ->
1101-1239  (131798-131936)   100% ->
1240-1309  (134146-134215)   100% ->
1310-1382  (134335-134407)   100% ->
1383-1476  (135141-135234)   100% ->
1477-1569  (135344-135436)   100% ->
1570-1627  (136150-136207)   100% ->
1628-1761  (140096-140229)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGGCGGCCTACGAGCAGCTGAAGCT         GCATATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  86029 ATGGCGACGGCGGCCTACGAGCAGCTGAAGCTGTG...TAGGCATATCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCTGAAAAATTTTATGTGGAAGCTTGTGATGATGGAGCAGATGACGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 ACCTGAAAAATTTTATGTGGAAGCTTGTGATGATGGAGCAGATGACGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTACCATTGACCGTGTGTCCACAGAGGTTACCCTTGCAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100060 TTACCATTGACCGTGTGTCCACAGAGGTTACCCTTGCAGGTA...AAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGAAAGATGTTCCTCCTTCAGCTGTCACAAGACCAATATTTGGTATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101700 AAGAAAGATGTTCCTCCTTCAGCTGTCACAAGACCAATATTTGGTATACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGCACAATCCATCTGGTGGCAG         GTAATTATCTTATAGTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101750 GGGCACAATCCATCTGGTGGCAGGTA...CAGGTAATTATCTTATAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTACCAAAAAGATAAAAGTAGGTGAATTTTTCAGTCATGTAGTCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103361 TTACCAAAAAGATAAAAGTAGGTGAATTTTTCAGTCATGTAGTCTGGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCAACAGATTTTGATGTCCTTTCTTATAAGAAGACAATGTTGCACTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103411 GCAACAGATTTTGATGTCCTTTCTTATAAGAAGACAATGTTGCACTTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATATTCAG         TTACAAGATAATAAAACCTTCCTAGCGATGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103461 TGATATTCAGGTA...TAGTTACAAGATAATAAAACCTTCCTAGCGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAAACCATGTCTTGAATGTGGATGGATTTTACTTTTCAACAACATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106092 TAAACCATGTCTTGAATGTGGATGGATTTTACTTTTCAACAACATATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGACCCATACTTTGCAGCGGCTATCCAACACTAGTCCTGAATTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106142 TTGACCCATACTTTGCAGCGGCTATCCAACACTAGTCCTGAATTCCAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATGAGTCTCTTGGAAAGG         GCAGATCAGCGGTTTGTATGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106192 AATGAGTCTCTTGGAAAGGGTA...CAGGCAGATCAGCGGTTTGTATGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGGTCATCTTCTAAGAGAACTTTCTGCACAGCCAGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109722 ATGGTCATCTTCTAAGAGAACTTTCTGCACAGCCAGAGGTA...CAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATCGGTTTGCCCTTCCAGTGTTACATGGCT         TTATTACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110612 CATCGGTTTGCCCTTCCAGTGTTACATGGCTGTA...AAGTTATTACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCATTCATGTTCTATTAATGGAAAATACTTTGATTGGATTCTCATCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116073 GCATTCATGTTCTATTAATGGAAAATACTTTGATTGGATTCTCATCTCGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GGAGGAGCTGTTTCAGAGCTGGTGTGCGCTATTATGTAAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116123 GGAGGAGCTGTTTCAGAGCTGGTGTGCGCTATTATGTAAGAGGTG...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680  GAATTGATTCGGAAGGCCATGCAGCTAACTTTGTAGAAACAGAACAAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118562 GGAATTGATTCGGAAGGCCATGCAGCTAACTTTGTAGAAACAGAACAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGTGCACTACAATGGGAGCAAAGCTTCGTTTGTACAG         ACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118612 TGTGCACTACAATGGGAGCAAAGCTTCGTTTGTACAGGCA...TAGACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GAGGATCAATACCTGTTTTCTGGTCCCAAAGACCAAACCTCAAGTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119436 GAGGATCAATACCTGTTTTCTGGTCCCAAAGACCAAACCTCAAGTACAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCACTGCCACAGATCAGCAAAGTAGCAAATCAC         ATGGACGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119486 CCACTGCCACAGATCAGCAAAGTAGCAAATCACGTG...TAGATGGACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TTTCCAAAGGCATTTTGATTCCCAAGTAATTATTTATGGAAAACAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120046 TTTCCAAAGGCATTTTGATTCCCAAGTAATTATTTATGGAAAACAAGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TAATCAATCTG         ATTAACCAGAAGGGCTCGGAGAAGCCACTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120096 TAATCAATCTGGTA...CAGATTAACCAGAAGGGCTCGGAGAAGCCACTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GAGCAGACATTTGCAACAATGGTGTCTTCCTTGGGAAGTGGAATGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127894 GAGCAGACATTTGCAACAATGGTGTCTTCCTTGGGAAGTGGAATGATGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002          ATACATTGCCTTTGACTTCCATAAGGAATGTAAAAATATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127944 GTA...TAGATACATTGCCTTTGACTTCCATAAGGAATGTAAAAATATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GATGGGATCGACTAAGTATTTTATTGGATCAGGTAGCAGAAATGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128657 GATGGGATCGACTAAGTATTTTATTGGATCAGGTAGCAGAAATGCAAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAATTAAG         TTATTTTCTAGTGGACTCTGCTGGCCAGGTGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128707 GAATTAAGGTA...TAGTTATTTTCTAGTGGACTCTGCTGGCCAGGTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GGCAAACCAGGAAGGCGTGTTCCGAAGCAATTGCATGGATTGTCTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131831 GGCAAACCAGGAAGGCGTGTTCCGAAGCAATTGCATGGATTGTCTAGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GAACCAATGTGATCCAGAGTTTGTTAGCTCGTCGTTCACTTCAGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131881 GAACCAATGTGATCCAGAGTTTGTTAGCTCGTCGTTCACTTCAGGCCCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTTCAG         AGACTAGGAGTTTTGCATGTGGGACAAAAGCTTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131931 CTTCAGGTG...CAGAGACTAGGAGTTTTGCATGTGGGACAAAAGCTTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 AGAACAAGATGAATTTGAGAAGATTTACAAAAATG         CCTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134181 AGAACAAGATGAATTTGAGAAGATTTACAAAAATGGTA...CAGCCTGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 CTGACAACGCAAATGCTTGTGCCAAGCAATATGCGGGAACTGGTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134341 CTGACAACGCAAATGCTTGTGCCAAGCAATATGCGGGAACTGGTGCCTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 AAGACTGACTTTACCAG         AACTGGAAAGAGAACTCATTTGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 134391 AAGACTGACTTTACCAGGCA...CAGAACTGGAAAGAGAACTCATTTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 ACTTATAATGGATGGCTGGAACTCAATGATACGATATTATAAGAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135165 ACTTATAATGGATGGCTGGAACTCAATGATACGATATTATAAGAACAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TTTCCGATGGATTTAGACAA         GATTCCATAGACTTATTTCTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 135215 TTTCCGATGGATTTAGACAAGTA...TAGGATTCCATAGACTTATTTCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 GGAAACTATTCAGTGGATGAATTAGAATCTCATAGTCCTTTAAGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135365 GGAAACTATTCAGTGGATGAATTAGAATCTCATAGTCCTTTAAGTGTTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 AAGGGACTGGAAATTCCTGGCT         TTGCCTATTATCATGGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 135415 AAGGGACTGGAAATTCCTGGCTGTA...CAGTTGCCTATTATCATGGTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TTGCCTTTTCAATGTGCATTATCTGTTTGCTTATGGCTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 136169 TTGCCTTTTCAATGTGCATTATCTGTTTGCTTATGGCTGGTA...CAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630 GACACTTGGACAGAAACACTGGCCTATGTGCTCTTCTGGGGAGTTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140098 GACACTTGGACAGAAACACTGGCCTATGTGCTCTTCTGGGGAGTTGCAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1680 CATTGGAACATTTTTTATCATTCTTTACAATGGCAAAGATTTTGTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140148 CATTGGAACATTTTTTATCATTCTTTACAATGGCAAAGATTTTGTCGATG

   1900     .    :    .    :    .    :
   1730 CTCCCAGACTGGTCCAGAAAGAAAAGATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 140198 CTCCCAGACTGGTCCAGAAAGAAAAGATAGAC