seq1 = pF1KSDA0846.tfa, 2067 bp
seq2 = pF1KSDA0846/gi568815596f_33415137.tfa (gi568815596f:33415137_33659031), 243895 bp

>pF1KSDA0846 2067
>gi568815596f:33415137_33659031 (Chr2)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-173  (101406-101508)   100% ->
174-236  (104816-104878)   100% ->
237-368  (105417-105548)   100% ->
369-516  (106819-106966)   100% ->
517-690  (108743-108916)   100% ->
691-807  (109296-109412)   100% ->
808-1083  (112001-112276)   100% ->
1084-1161  (119187-119264)   100% ->
1162-1275  (123961-124074)   100% ->
1276-1391  (128376-128491)   100% ->
1392-1539  (134468-134615)   100% ->
1540-1576  (140395-140431)   100% ->
1577-1702  (143075-143200)   100% ->
1703-2067  (143536-143902)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATCAAGTGGCCTTGGGAAAGCAGCAACATTAGATGAACTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATCAAGTGGCCTTGGGAAAGCAGCAACATTAGATGAACTGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTTGCATTGAGATGTTTG         ATGACAATGGAGAGCTGGATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CACTTGCATTGAGATGTTTGGTA...CAGATGACAATGGAGAGCTGGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAGTTATTTGCCAAGAATAGTTCTACTGATGCACCGATGGTATTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 ATAGTTATTTGCCAAGAATAGTTCTACTGATGCACCGATGGTATTTATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCACTGAATTGGCAGAAAAACTTCTCTGCAT         GTATCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101477 TCCACTGAATTGGCAGAAAAACTTCTCTGCATATA...TACGTATCGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCCACTGGAGAAAGCTGCAATGAATTTCGATTAAAGATCTGCTACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104825 TGCCACTGGAGAAAGCTGCAATGAATTTCGATTAAAGATCTGCTACTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAG         GTACTGGATTCTGAAGTTTCCTGCAGAGTTTAATTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104875 TGAGGTA...CAGGTACTGGATTCTGAAGTTTCCTGCAGAGTTTAATTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATCTTGGTTTGATTCGTATGACTGAGGAATTTCGGGAAGTAGCTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105454 GATCTTGGTTTGATTCGTATGACTGAGGAATTTCGGGAAGTAGCTAGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTAGGATATGAAAAACACGTCAGCCTCATCGACATATCCAGCAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105504 ACTAGGATATGAAAAACACGTCAGCCTCATCGACATATCCAGCATGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     TCCTTCCTATGACTGGATGAGAAGAGTCACACAGAGGAAAAAAGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105554 .TAGTCCTTCCTATGACTGGATGAGAAGAGTCACACAGAGGAAAAAAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCCAAGAAGGGAAAAGCCTGTCTGCTGTTTGACCATCTGGAGCCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106865 TCCAAGAAGGGAAAAGCCTGTCTGCTGTTTGACCATCTGGAGCCCATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATTGGCTGAGCACCTCACTTTTCTGGAGCATAAATCTTTTAGAAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106915 ATTGGCTGAGCACCTCACTTTTCTGGAGCATAAATCTTTTAGAAGGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CA         TTCACTGATTACCAAAGCTATGTCATCCATGGCTGCCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106965 CAGTA...TAGTTCACTGATTACCAAAGCTATGTCATCCATGGCTGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGAATAATCCAACCTTGGAAAGATCGATTGCTTTATTTAATGGAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108782 GAGAATAATCCAACCTTGGAAAGATCGATTGCTTTATTTAATGGAATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAGTGGGTCCAGTTGATGGTTCTTAGCAAACCAACCCCCCAGCAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108832 TAAGTGGGTCCAGTTGATGGTTCTTAGCAAACCAACCCCCCAGCAAAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGAAGTCATCACAAAGTTTATCAATGTTGCAAAG         AAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108882 CAGAAGTCATCACAAAGTTTATCAATGTTGCAAAGGTA...CAGAAGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTTCAGCTCAAAAATTTTAACACCCTGATGGCAGTGGTGGGAGGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109302 CTTCAGCTCAAAAATTTTAACACCCTGATGGCAGTGGTGGGAGGCCTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCATAGTTCCATTTCACGCCTCAAAGAGACCCATTCTCATCTTTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109352 TCATAGTTCCATTTCACGCCTCAAAGAGACCCATTCTCATCTTTCTTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGTTACAAAG         AACTGGAATGAAATGACAGAGTTGGTCTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109402 AAGTTACAAAGGTA...CAGAACTGGAATGAAATGACAGAGTTGGTCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCCAACGGCAATTACTGCAATTACCGCAAGGCCTTTGCCGACTGCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112031 TCCAACGGCAATTACTGCAATTACCGCAAGGCCTTTGCCGACTGCGATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTCAAAATCCCCATCCTTGGAGTACACTTGAAAGACTTGATAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112081 CTTCAAAATCCCCATCCTTGGAGTACACTTGAAAGACTTGATAGCTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGTCATTTTCCCAGACTGGACAGAGGAGAACAAAGTGAACATTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112131 ATGTCATTTTCCCAGACTGGACAGAGGAGAACAAAGTGAACATTGTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGCACCAGCTCTCCGTTACCCTGAGTGAACTAGTCTCCCTGCAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112181 ATGCACCAGCTCTCCGTTACCCTGAGTGAACTAGTCTCCCTGCAGAATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCTCACCACTTAGAACCCAACATGGATTTGATCAACCTGCTCACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112231 CTCTCACCACTTAGAACCCAACATGGATTTGATCAACCTGCTCACGGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      CTTTCCCTGGACCTCTATCACACTGAAGATGATATTTACAAACTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112281 ..TAGCTTTCCCTGGACCTCTATCACACTGAAGATGATATTTACAAACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCACTGGTGCTGGAGCCTAGAAATTCTAAATCG         CCTACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119232 TCACTGGTGCTGGAGCCTAGAAATTCTAAATCGGTA...CAGCCTACCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCCTACGACGCCCAACAAGCCTGTGGTACCCCTGGAGTGGGCATTAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123969 CCCTACGACGCCCAACAAGCCTGTGGTACCCCTGGAGTGGGCATTAGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGATGCCAAAGCCAGACCCCACGGTCATCAACAAGCACATAAGGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124019 TGATGCCAAAGCCAGACCCCACGGTCATCAACAAGCACATAAGGAAATTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGAG         TCTGTATTTAGAAACTATGATCACGACCATGATGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124069 GTGGAGGTA...CAGTCTGTATTTAGAAACTATGATCACGACCATGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTACATTTCCCAAGAGGACTTTGAAAGTATAGCTGCCAATTTTCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128411 GTACATTTCCCAAGAGGACTTTGAAAGTATAGCTGCCAATTTTCCCTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGATTCCTTCTGTGTTCTGGACAAAGATCA         GGATGGCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128461 TGGATTCCTTCTGTGTTCTGGACAAAGATCAGTA...CAGGGATGGCCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATTAGTAAAGATGAAATGATGGCTTACTTCCTGAGAGCTAAATCCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134478 ATTAGTAAAGATGAAATGATGGCTTACTTCCTGAGAGCTAAATCCCAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACACTGTAAAATGGGACCAGGATTTATCCATAATTTTCAGGAGATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134528 ACACTGTAAAATGGGACCAGGATTTATCCATAATTTTCAGGAGATGACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATCTCAAGCCAACCTTCTGCGAACACTGTGCGGGATTT         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134578 ATCTCAAGCCAACCTTCTGCGAACACTGTGCGGGATTTGTA...CAGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TGGGGCATAATCAAGCAAGGATACAAATGCAAAG         ACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 140398 TGGGGCATAATCAAGCAAGGATACAAATGCAAAGGTA...CAGACTGTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGCCAATTGTCACAAACAGTGCAAAGACCTCCTGGTTCTGGCCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143082 AGCCAATTGTCACAAACAGTGCAAAGACCTCCTGGTTCTGGCCTGCAGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GATTTGCCCGGGCGCCCTCCTTGAGCAGTGGTCATGGGTCACTGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143132 GATTTGCCCGGGCGCCCTCCTTGAGCAGTGGTCATGGGTCACTGCCTGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGCCCCTCGCTGCCCCCAG         CGCAGGATGAGGTGTTTGAGTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 143182 AGCCCCTCGCTGCCCCCAGGTA...CAGCGCAGGATGAGGTGTTTGAGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCCTGGAGTCACTGCTGGACACAGGGATTTAGACAGCAGAGCCATCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143558 CCCTGGAGTCACTGCTGGACACAGGGATTTAGACAGCAGAGCCATCACAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGGTTACAGGCTCTTCTCGCAAGATCTCTGTGAGGCTACAGAGGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143608 TGGTTACAGGCTCTTCTCGCAAGATCTCTGTGAGGCTACAGAGGGCCACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ACCAGCCAGGCCACCCAGACTGAACCTGTCTGGTCAGAGGCTGGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143658 ACCAGCCAGGCCACCCAGACTGAACCTGTCTGGTCAGAGGCTGGCTGGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGACTCGGGGTCCCACACCTTCCCTAAAATGAAATCCAAGTTCCATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143708 GGACTCGGGGTCCCACACCTTCCCTAAAATGAAATCCAAGTTCCATGACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AAGCAGCAAAGGACAAAGGCTTTGCCAAATGGGAAAATGAGAAGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143758 AAGCAGCAAAGGACAAAGGCTTTGCCAAATGGGAAAATGAGAAGCCCAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GTGCATGCTGGTGTGGATGTTGTAGACCGGGGCACGGAGTTTGAACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143808 GTGCATGCTGGTGTGGATGTTGTAGACCGGGGCACGGAGTTTGAACTTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2025 CCAGGATGAAGGAGAAGAGACCAGACAGGATGGTGAGG ATG GC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| |-||
 143858 CCAGGATGAAGGAGAAGAGACCAGACAGGATGGTGAGGTAAGTGC