seq1 = pF1KSDA0844.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KSDA0844/gi568815588f_62276194.tfa (gi568815588f:62276194_62499786), 223593 bp

>pF1KSDA0844 1221
>gi568815588f:62276194_62499786 (Chr10)

1-743  (100001-100743)   100% ->
744-924  (112203-112383)   100% ->
925-962  (122547-122584)   100% ->
963-1221  (123335-123593)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAACAGAAGGCTTTTGAGGAAAGCAGATATCCCTGGCAGGAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAACAGAAGGCTTTTGAGGAAAGCAGATATCCCTGGCAGGAGTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGAATGTTGCTGTGTGCCTGCCATTACGCTGCCCGAGGTGTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGAATGTTGCTGTGTGCCTGCCATTACGCTGCCCGAGGTGTGGAGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATACCAGATTTAGAAGCTTGTCATCCTTGAGGGCCCATCTGGAGTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATACCAGATTTAGAAGCTTGTCATCCTTGAGGGCCCATCTGGAGTTCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAGCTACGAAGAAAGAACCCTCTTGACAAAATGCAGTCTCTTTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACAGCTACGAAGAAAGAACCCTCTTGACAAAATGCAGTCTCTTTCCATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCAAAGACACAGACCTAGTCACTTCCTCAGAACTCCTGAAACCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCAAAGACACAGACCTAGTCACTTCCTCAGAACTCCTGAAACCGGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AATTGCAGAGCAGTGGCAACGTGGTAAAGCAGAAACCGAGCTATGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AATTGCAGAGCAGTGGCAACGTGGTAAAGCAGAAACCGAGCTATGTTAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGTACAGCATTTCACATGAACATTCCAAGGACAGGAAGCCATTTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGTACAGCATTTCACATGAACATTCCAAGGACAGGAAGCCATTTGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGCAGAGAGGCCTGTGTCCTATGTGCAGACCTACACTGCCATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGCAGAGAGGCCTGTGTCCTATGTGCAGACCTACACTGCCATGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCATGCAGACTCGCTGGATGGGACACGGTCGGGTCCTGGACTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCATGCAGACTCGCTGGATGGGACACGGTCGGGTCCTGGACTGCCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCAGACACCAAAGCTTCTTTCGAGGCACATGTCAGAGAAAAATTCAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCAGACACCAAAGCTTCTTTCGAGGCACATGTCAGAGAAAAATTCAATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AATGGTTGAGGCTGTGGATAGGACCATTGAGAAGAGAATTGATAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AATGGTTGAGGCTGTGGATAGGACCATTGAGAAGAGAATTGATAAACTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAAAGAGTTGGCCCAGAAAACTGCGGAACTGTTGGAAGTTCGGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAAAGAGTTGGCCCAGAAAACTGCGGAACTGTTGGAAGTTCGGGCAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTGTGCAGCTGACTCAGAAAAAGCAGGAAGTTCAGAGACGAGAGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTGTGCAGCTGACTCAGAAAAAGCAGGAAGTTCAGAGACGAGAGCGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTAAACAGACAGGTGGACGTGGCCGTGGAAATGATAGCTGTACTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTAAACAGACAGGTGGACGTGGCCGTGGAAATGATAGCTGTACTGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AACGCCTGACGGAATCTGAGGAGGAGCTTCTTAGGAAAGAAGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100701 AACGCCTGACGGAATCTGAGGAGGAGCTTCTTAGGAAAGAAGAGTA...C

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744   AGAAGTTGTCACATTCAACCATTTCCTGGAAGCGGCAGCTGAGAAGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112201 AGAGAAGTTGTCACATTCAACCATTTCCTGGAAGCGGCAGCTGAGAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGTTCAAGGGAAAGCCCGGCTCCAGGACTTTATTGAGAATCTGTTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112251 GGTTCAAGGGAAAGCCCGGCTCCAGGACTTTATTGAGAATCTGTTACAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGGTAGAACTGGCGGAGAAGCAGCTTGAGTACTATCAGAGCCAGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112301 GGGTAGAACTGGCGGAGAAGCAGCTTGAGTACTATCAGAGCCAGCAGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCTGGCTTTGTCCGTGATCTCAGCGGGCACGTG         CTTACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112351 TCTGGCTTTGTCCGTGATCTCAGCGGGCACGTGGTG...CAGCTTACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CATCTCCTCAAATAGGAAGCCCAAATGCCT         AAGCCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122555 CATCTCCTCAAATAGGAAGCCCAAATGCCTGTA...TAGAAGCCGAGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACCCGCATTCGGTATGTAACCACCCTGATCTCAAGTCCCATTTCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 123346 ACCCGCATTCGGTATGTAACCACCCTGATCTCAAGGCCCATTTCCACCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAGGGAAGGAACCACCTGAAAAAGGCCAAGGATGACAGAGCCAGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123396 AAGGGAAGGAACCACCTGAAAAAGGCCAAGGATGACAGAGCCAGCATGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCCTGCCAAGGCCATTCACGAACAGGCTGAGTCCTCAAGAGACCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123446 GCCTGCCAAGGCCATTCACGAACAGGCTGAGTCCTCAAGAGACCTCTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GACCTCCAAAGAAAGGGGAGCTCCTGGGGTTTGGCCGCAAAGGCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123496 GACCTCCAAAGAAAGGGGAGCTCCTGGGGTTTGGCCGCAAAGGCAACATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1174 AGGCCCAAAATGGCTAAAAAAAAGCCAACAGCCATTGTGAACATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123546 AGGCCCAAAATGGCTAAAAAAAAGCCAACAGCCATTGTGAACATCATC