seq1 = pF1KSDA0842.tfa, 3057 bp
seq2 = pF1KSDA0842/gi568815597f_15584559.tfa (gi568815597f:15584559_15833931), 249373 bp

>pF1KSDA0842 3057
>gi568815597f:15584559_15833931 (Chr1)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-167  (131679-131785)   100% ->
168-277  (132149-132258)   100% ->
278-377  (133335-133434)   100% ->
378-465  (133980-134067)   100% ->
466-652  (135176-135362)   100% ->
653-712  (136771-136830)   100% ->
713-941  (140759-140987)   100% ->
942-1760  (142456-143274)   100% ->
1761-1830  (143521-143590)   100% ->
1831-1921  (143709-143799)   100% ->
1922-1986  (144111-144175)   100% ->
1987-2075  (144544-144632)   100% ->
2076-2208  (145239-145371)   100% ->
2209-2399  (145974-146164)   100% ->
2400-2465  (146634-146699)   100% ->
2466-2625  (147331-147490)   100% ->
2626-2805  (147792-147971)   100% ->
2806-2922  (148054-148170)   100% ->
2923-3057  (149239-149373)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGGGGGAGGTGAAGGACCGGATCCTGGAGAACATCTCGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGGGGGAGGTGAAGGACCGGATCCTGGAGAACATCTCGCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGAAGAAG         TTGCAGAGCTATTTTGCTGCATGTGAGGATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGAAGAAGGTG...CAGTTGCAGAGCTATTTTGCTGCATGTGAGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGATCCCTGCCATCCGGAACCATGACAAGGTCCTACAGCGTCTGTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131710 AGATCCCTGCCATCCGGAACCATGACAAGGTCCTACAGCGTCTGTGTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCTGGACCACGCCCTGCTGTACGG         ACTGCAAGACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 131760 CACCTGGACCACGCCCTGCTGTACGGGTA...CAGACTGCAAGACCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCTGGCTACTGGGTGCTCGTGGTGCATTTTACTCGGAGAGAGGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132164 CTCTGGCTACTGGGTGCTCGTGGTGCATTTTACTCGGAGAGAGGCCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCAGATCGAGGTGCTGCAGCACGTGGCCACCAACCTGGGGCGCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 132214 AGCAGATCGAGGTGCTGCAGCACGTGGCCACCAACCTGGGGCGCAGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GCCGTGCCTGGCTGTACCTGGCCCTCAACGAGAACTCCTTGGAGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132264 .CAGGCCGTGCCTGGCTGTACCTGGCCCTCAACGAGAACTCCTTGGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTACCTGCGGTTGTTCCAGGAGAACCTGGGCCTGCTGCATAAGTACTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133381 CTACCTGCGGTTGTTCCAGGAGAACCTGGGCCTGCTGCATAAGTACTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAA         GAATGCCCTGGTCTGCAGCCACGATCACCTGACGCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133431 TCAAGTG...CAGGAATGCCCTGGTCTGCAGCCACGATCACCTGACGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCCTGACCTTGGTGTCCGGGCTAGAGTTCATTCGTTTCGAGCTGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134017 TTCCTGACCTTGGTGTCCGGGCTAGAGTTCATTCGTTTCGAGCTGGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 G         GATGCCCCTTACCTAGACCTGGCCCCCTACATGCCCGACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134067 GGTG...CAGGATGCCCCTTACCTAGACCTGGCCCCCTACATGCCCGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACTACAAACCTCAGTACCTGCTGGACTTTGAAGACCGCCTTCCCAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135216 ACTACAAACCTCAGTACCTGCTGGACTTTGAAGACCGCCTTCCCAGCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCCACGGCTCAGACAGTCTGTCCCTCAACTCTTTCAACTCCGTCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135266 GTCCACGGCTCAGACAGTCTGTCCCTCAACTCTTTCAACTCCGTCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCAACCTGGAGTGGGATGACAGTGCGATTGCCCCATCTAGTGAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 135316 CACCAACCTGGAGTGGGATGACAGTGCGATTGCCCCATCTAGTGAGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653       ATTATGATTTTGGAGATGTGTTTCCAGCAGTGCCGTCTGTACCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135366 ...TAGATTATGATTTTGGAGATGTGTTTCCAGCAGTGCCGTCTGTACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCACAGACTGGGAAG         ATGGAGACCTCACAGACACGGTCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 136815 AGCACAGACTGGGAAGGTG...CAGATGGAGACCTCACAGACACGGTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGTCCCCGCTCCACAGCCTCCGACCTGACCAGCAGCAAGGCCTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140784 TGGTCCCCGCTCCACAGCCTCCGACCTGACCAGCAGCAAGGCCTCCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGAGCCCCACCCAGCGCCAGAACCCCTTCAACGAGGAGCCGGCAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140834 GGAGCCCCACCCAGCGCCAGAACCCCTTCAACGAGGAGCCGGCAGAGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGTCCTCCTCTGACACCACCCCCGTGCACACCACCTCTCAGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140884 GTGTCCTCCTCTGACACCACCCCCGTGCACACCACCTCTCAGGAGAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGGCCCAGGCCCTGGACCCGCCGGATGCCTGCACGGAGCTCGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140934 GGAGGCCCAGGCCCTGGACCCGCCGGATGCCTGCACGGAGCTCGAGGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAG         GGTCACCAAGAAGAAGAAAATTGGCAAGAAGAAAAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140984 TCAGGTC...CAGGGTCACCAAGAAGAAGAAAATTGGCAAGAAGAAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGCAGATCAGATGAGGAGGCAAGTCCACTCCACCCCGCCTGCAGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142493 AGCAGATCAGATGAGGAGGCAAGTCCACTCCACCCCGCCTGCAGCCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAATGTGCCAAGCAGGGGGACGGTGACAGCCGCAACGGCAGCCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142543 GAAATGTGCCAAGCAGGGGGACGGTGACAGCCGCAACGGCAGCCCAAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGGGCGGGACTCGCCAGACACTATGCTTGCCTCCCCCCAGGAGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142593 TTGGGCGGGACTCGCCAGACACTATGCTTGCCTCCCCCCAGGAGGAGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGGGGCCGAGCAGCACCACGGAGAGCAGCGAGCGCTCCGAGCCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142643 GAGGGGCCGAGCAGCACCACGGAGAGCAGCGAGCGCTCCGAGCCGGGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTGATCCCTGAGATGAAGGACACCTCCATGGAGCGCTTGGGGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142693 GCTGATCCCTGAGATGAAGGACACCTCCATGGAGCGCTTGGGGCAGCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGAGCAAGGTTATCGACCAGCTCAACGGGCAGCTGGACCCCAGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142743 TGAGCAAGGTTATCGACCAGCTCAACGGGCAGCTGGACCCCAGCACCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGCTCCCGTGCTGAGCCCCCAGACCAGTCCTTTCGGACCGGCTCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142793 TGCTCCCGTGCTGAGCCCCCAGACCAGTCCTTTCGGACCGGCTCTCCCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGATGCCCCGGAGAGGCCGCCGCTTTGCGACTTTAGTGAGGGGCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142843 GGATGCCCCGGAGAGGCCGCCGCTTTGCGACTTTAGTGAGGGGCTTTCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCCCAATGGACTTCTACCGCTTTACCGTCGAGAGTCCAAGCACTGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142893 CCCCAATGGACTTCTACCGCTTTACCGTCGAGAGTCCAAGCACTGTTACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TCAGGTGGCGGCCACCATGACCCTGCAGGGCTTGGCCAACCGCTGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142943 TCAGGTGGCGGCCACCATGACCCTGCAGGGCTTGGCCAACCGCTGCATGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCCTAGTAGCCCTGAGGCTGCTGGCCAAGAAGAAGAGGGAGGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142993 TCCTAGTAGCCCTGAGGCTGCTGGCCAAGAAGAAGAGGGAGGAGGAGGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGGGACAGACGCCTCGGCCCCTAGAGGATACCACGAGGGAGGCTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143043 AGGGACAGACGCCTCGGCCCCTAGAGGATACCACGAGGGAGGCTCAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTGGAGGCCCAGCTGTCCCTGGTCAGGGAGGGGCCTGTGTCTGAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143093 CTGGAGGCCCAGCTGTCCCTGGTCAGGGAGGGGCCTGTGTCTGAGCCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GCCTGGGACCCAGGAGGTTCTCTGCCAGCTCAAGCGAGACCAGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143143 GCCTGGGACCCAGGAGGTTCTCTGCCAGCTCAAGCGAGACCAGCCCAGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CGTGTCTGAGTAGCGCTGAGGATTCTGGGGTGGATGAGGGACAGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143193 CGTGTCTGAGTAGCGCTGAGGATTCTGGGGTGGATGAGGGACAGGGGAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CCTTCGGAGATGGTCCATTCCTCGGAGTTCAG         AGTAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 143243 CCTTCGGAGATGGTCCATTCCTCGGAGTTCAGGTA...CAGAGTAGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CAATCACCTGCTCCTGCTCATGATCCACGTGTTCCGAGAAAACGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143530 CAATCACCTGCTCCTGCTCATGATCCACGTGTTCCGAGAAAACGAAGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGCTGTTCAAA         ATGATCCGGATGAGCACCGGGCACATGGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 143580 AGCTGTTCAAAGTA...CAGATGATCCGGATGAGCACCGGGCACATGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GGCAACCTGCAGCTGCTGTACGTGCTGCTCACAGACTGCTATGTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143739 GGCAACCTGCAGCTGCTGTACGTGCTGCTCACAGACTGCTATGTCTACCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCTCCGGAAAG         GGGCCACAGAGAAGCCATACCTGGTGGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 143789 GCTCCGGAAAGGTG...CAGGGGCCACAGAGAAGCCATACCTGGTGGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AGGCCGTTTCTTACAATGAACTTGACTATGTGTCG         GTTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 144141 AGGCCGTTTCTTACAATGAACTTGACTATGTGTCGGTG...CAGGTTGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CTTGACCAGCAGACGGTGAAGCTGGTGTGCACCAACCGCAGGAAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144550 CTTGACCAGCAGACGGTGAAGCTGGTGTGCACCAACCGCAGGAAGCAGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TCTGCTGGACACGGCTGATGTGGCGCTGGCTGA         GTTCTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 144600 TCTGCTGGACACGGCTGATGTGGCGCTGGCTGAGTG...CAGGTTCTTTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TGGCTTCTTTGAAGTCAGCCATGATCAAAGGCTGTCGAGAACCTCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145247 TGGCTTCTTTGAAGTCAGCCATGATCAAAGGCTGTCGAGAACCTCCCTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CCCAGCATCCTGACGGATGCCACCATGGAGAAGCTGGCACTGGCCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145297 CCCAGCATCCTGACGGATGCCACCATGGAGAAGCTGGCACTGGCCAAATT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TGTGGCCCAAGAATCGAAGTGTGAG         GCATCTGCTGTCACCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 145347 TGTGGCCCAAGAATCGAAGTGTGAGGTA...CAGGCATCTGCTGTCACCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TGCGCTTCTACGGCCTTGTGCACTGGGAGGACCCCACAGACGAGTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145990 TGCGCTTCTACGGCCTTGTGCACTGGGAGGACCCCACAGACGAGTCCCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GGCCCCACGCCCTGCCACTGCTCACCCCCCGAGGGCACCATCACCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146040 GGCCCCACGCCCTGCCACTGCTCACCCCCCGAGGGCACCATCACCAAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 AGGCATGCTGCACTACAAGGCGGGCACCTCCTACCTGGGCAAGGAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146090 AGGCATGCTGCACTACAAGGCGGGCACCTCCTACCTGGGCAAGGAACACT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 GGAAGACGTGCTTCGTGGTGCTCAG         CAACGGGATCCTCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 146140 GGAAGACGTGCTTCGTGGTGCTCAGGTG...CAGCAACGGGATCCTCTAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 CAGTACCCGGACCGCACCGACGTCATCCCTCTGCTCTCGGTGAACATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146650 CAGTACCCGGACCGCACCGACGTCATCCCTCTGCTCTCGGTGAACATGGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466          GGGGGAGCAGTGCGGTGGCTGCCGGAGAGCCAACACCACGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146700 GTA...CAGGGGGGAGCAGTGCGGTGGCTGCCGGAGAGCCAACACCACGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 ATCGGCCCCACGCCTTCCAGGTCATTCTCTCCGACCGGCCCTGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147372 ATCGGCCCCACGCCTTCCAGGTCATTCTCTCCGACCGGCCCTGCCTGGAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 CTAAGTGCCGAGAGCGAGGCCGAGATGGCCGAGTGGATGCAGCATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147422 CTAAGTGCCGAGAGCGAGGCCGAGATGGCCGAGTGGATGCAGCATCTCTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 CCAGGCTGTGTCCAAAGGG         GTCATCCCCCAGGGCGTAGCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 147472 CCAGGCTGTGTCCAAAGGGGTG...CAGGTCATCCCCCAGGGCGTAGCTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 CCAGCCCCTGCATACCCTGCTGCCTGGTCCTCACGGATGACCGCCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147814 CCAGCCCCTGCATACCCTGCTGCCTGGTCCTCACGGATGACCGCCTCTTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 ACGTGCCATGAGGATTGCCAGACCAGCTTCTTCCGCTCTTTGGGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147864 ACGTGCCATGAGGATTGCCAGACCAGCTTCTTCCGCTCTTTGGGCACAGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 CAAGCTGGGCGACATCAGCGCCGTCTCCACCGAGCCGGGCAAGGAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147914 CAAGCTGGGCGACATCAGCGCCGTCTCCACCGAGCCGGGCAAGGAGTACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 GCGTCTTG         GAGTTCTCCCAGGACAGCCAGCAGCTCCTCCCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 147964 GCGTCTTGGTG...TAGGAGTTCTCCCAGGACAGCCAGCAGCTCCTCCCG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 CCCTGGGTCATCTACCTGAGCTGCACTTCTGAACTGGACCGATTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148087 CCCTGGGTCATCTACCTGAGCTGCACTTCTGAACTGGACCGATTGCTGTC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 TGCACTGAACTCTGGGTGGAAAACCATCTATCAG         GTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 148137 TGCACTGAACTCTGGGTGGAAAACCATCTATCAGGTA...CAGGTGGACC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2930 TCCCCCACACGGCGATCCAGGAAGCCTCCAACAAGAAGAAATTCGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149246 TCCCCCACACGGCGATCCAGGAAGCCTCCAACAAGAAGAAATTCGAGGAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2980 GCCTTGAGCCTCATCCACAGCGCCTGGCAGCGGAGCGACAGTCTCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149296 GCCTTGAGCCTCATCCACAGCGCCTGGCAGCGGAGCGACAGTCTCTGCCG

   3200     .    :    .    :    .
   3030 CGGCCGAGCCTCCCGAGACCCCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 149346 CGGCCGAGCCTCCCGAGACCCCTGGTGC